Механизмы фотоиндуцированного взаимодействия функциональных групп белков с реагентами на основе 4-азидофенилфосфата и 4-азидо-2, 3, 5, 6-тетрафторбензойной кислоты

ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Содержание

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ГЛАВА 1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР Аффинная модификация биополимеров фосфорилирующими реагентами и реагентами на основе 4-азидоарилфосфата и перфторарилазида
- 1. 1 Аффинные реагенты с фосфорилирующей реакционноспособной группой и 10 группой, потенциально способной к фосфорилированию
- 111. Фосфорилирующие аффинные реагенты — производные моно-и олигонуклеотидов, содержащие реакционноспособную группу на 5'-конце
1 1 2 Фосфорилирующие аффинные реагенты — производные нуклеиновых кислот, содержащие реакционноспособную группу в составе межнуклеотидной пирофосфатной связи 1.1 3 Фотоаффинные реагенты на основе л-азидофенил- и
4-азидо-2-нитрофенилфосфата 1.14 Механизмы окисления гидрохинонфосфоэфиров
1 2 Применение перфторированных арилазидов для фотоаффинной модификации биополимеров
ГЛАВА 2. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
2 1 Механизм фотопревращения реагентов на основе л-азидофенилфосфата в условиях проведения фотоаффинной модификации биополимеров
2 1 1 Синтез и фотопревращение Р-(4-азидофенилового эфира)1ГОР при его облучении в водном растворе при рН
2 1 2 Фотопревращение л-азидофенилфосфата при его облучении в водном растворе при рН
2 1 3 Фотопревращение л-азидофенилфосфата при его облучении в водном растворе при рН
2.1 4 Фотопревращение л-азидофенилфосфата при его облучении в водном растворе с 2,6-ксилолом
2
5. Фотопревращение л-азидофенилфосфата при его облучении в присутствии лизина
2. Фотовзаимодействие 4-азидо-2,3,5,6-тетрафторбензоильной группы с 72 боковыми радикалами аминокислот в составе комплементарного комплекса
2 2.1 Получение фотоактивируемых производных олигонуклеотидов и конъюгатов олигонуклеотидов с соединениями, имитирующими функциональные группы белков
2 2 2 Внутрикомплексное фотохимическое взаимодействие тетрафторазидобензоильной группы с боковыми радикалами аминокислот
2 3 Фотовзаимодействие 4-азидо-2,3,5,6-тетрафторбензоильной группы с боковыми радикалами ароматических аминокислот в модельных соединениях
23 1 Синтез производных ароматических аминокислот, несущих остаток
4-азидо-2,3,5,6-тетрафторбензойной кислоты
2 3 2 Фотовзаимодействие 4-азидо-2,3,5,6-тетрафторбензоильной группы с остатком тирозина
2.3 3 Фотовзаимодействие л-азидоперфторбензоильной группы с остатком триптофана
ГЛАВА 3. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
3 1 Материалы и методы 96 3 2 Компьютерное моделирование модельных соединений (80) — (82) 98 3 3 Синтез я-азидофенилфосфата 99 3 4 Синтез (Ц4-азидофенил)уридин-5'-дифосфата (63) 99 3 5 Фотолиз л-азидофенилфосфата в карбонатном буферном растворе (рН 9.6)
3 6 Выделение продуктов фотолитического разложения я-азидофенилфосфата в водном растворе (рН = 5.1) 3 7 Фотолиз я-азидофенилфосфата в присутствии лизина при рН
3 8 Синтез л-бензохинонмоноимина при рН
9. Фотолиз л-азидофенилфосфата в водном растворе 2,6-ксилола
3.10 Получение цетавлоновой соли олигонуклеотидов
3.11 Получение фосфорилирующих производных моно- и олгонуклеотидов 101 (77а) — (77ж) в DMF
3 12 Синтез 3'-(3-аминопропил)-амидофосфата олигонуклеотида GGTATCp
3 13 Синтез 3'-(3-аминопропил)-амидофосфата олигонуклеотида pGATACCAA
3 14 Синтез 3'-[2-(2-аминоэтилдисульфанил)-этил]-амидофосфата олигонуклеотида GGTATCp (76) 3 15 Синтез 3'-[3-(3-индолилацетиламидо)пропил]-амидофосфата олигонуклеотида GGTATCp (75) 3 16 Синтез 5'-[3-(4-азидо-2,3,5,6-тетрафторбензоиламидо)пропил]амидофосфата олигонуклеотида pGATACCAA (73) 3.17 Внутридуплексная фотохимическая модификация
18. Синтез трет-6у1токстафотпшшо-(4-третбутилкарбонилоксибензил)-уксусной кислоты (98) 3 19 Синтез Мгидроксисукцинимидного эфира третбутилоксикарбониламино-(4-/я/?е/л-бутилкарбонилоксибензил)-уксусной кислоты (99)
20. Синтез -У-(3-аминопропил)-4-азидо-2,3,5,6-тетрафторбензамида (100)
3 21 Синтез Аг-(2-аминоэтил)-4-азидо-2,3,5,6-тетрафторбензамида (101)
22. Синтез//-(4-аминобутил)-4-азидо-2,3,5,6-тетрафтор-бензамида (102)
3 23 Синтез Лг-{2-[2-амино-3-(4-гидроксифенил)-пропиониламино]-этал}-4азидо-2,3,5,6-тетрафторбензамида (80) 3 24 Синтез Лг-{3-[2-амино-3-(4-гидроксифенил)-пропиониламино]-пропил}
4-азидо-2,3,5,6-тетрафторбенз&мида (81)
3 25 Синтез ^-{4-[2-амино-3-(4-гидроксифенил)-пропиониламино]-бутил}
4-азидо-2,3,5,б-тетрафторбензамида (82)
3 26 Синтез /У-{3-[2-шино-3-(1//-индол-3-ил)-пропиониламино]-пропил}-4азидо-2,3,5,6-тетрафторбензамида (83)
3 27 Идентификация основных продуктов фотолиза соединений (80), (81),
82), (84)
ВЫВОДЫ ПРИМЕЧАНИЯ

Механизмы фотоиндуцированного взаимодействия функциональных групп белков с реагентами на основе 4-азидофенилфосфата и 4-азидо-2, 3, 5, 6-тетрафторбензойной кислоты (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

В настоящее время все возрастающую роль в исследовании структуры нуклеопротеидов и динамики процессов с участием надмолекулярных комплексов играют химические методы Особенно привлекательны в этом аспекте фотохимические методы, поскольку фотохимическое превращение можно осуществить за доли секунд, а именно в этом временном масштабе происходят многие биохимические события Часто при синтезе фотоаффинных реагентов используются арилазиды. Последние, как известно, обладают способностью модифицировать различные функциональные группы и, тем самым, позволяют получать наиболее полную информацию об окружении реагентов в области связывания [1].

Для исследования разных биологических систем используется широкий спектр ароматических азидов, различающихся типом заместителя в бензольном кольце. Фотореагенты на основе и-азидоарилфосфата хорошо зарекомендовали себя при изучении функционирования транскрипционного комплекса прокариот, а также для исследования важнейших биоэнергетических механизмов, локализованных в мембранах [2−5]. Фотоаффинные реагенты на основе я-азидоперфторбензойной кислоты в настоящее время широко используются для изучения белково-нуклеиновых комплексов функционирующих в процессе матричного биосинтеза биополимеров [6−8] Несмотря на широкое применение ароматических азидов в фотоаффинном мечении белков, малоисследованными остаются процессы фотолиза арилазидов в водных растворах В большинстве случаев не установлено также и строение соединений, образующихся при взаимодействии белков с арилазидами в результате облучения.

На протяжении ряда лет в Лаборатории исследования модификации биополимеров ИХБФМ СО РАН проводится систематическое исследование механизмов фотоиндуцируемых реакций арилазидов в условиях проведения фотоаффинной модификации белков К моменту проведения настоящей работы было обнаружено, что облучение в водных растворах двух типов арилазидов — я-азидоанилина и л-нитрозамещенных арилазидов приводит к образованию реакционноспособных соединений. Было установлено, что «темновые» процессы в фотоаффинной модификации белков при использовании л-нитрозамещенных арилазидных реагентов обусловлены образованием реакционноспособного ароматического нитрозосоединения [9] В случае реагентов на основе л-азидоанилина частицей, модифицирующей белки, может быть производное я-бензохинондиимина [10, 11]. Что касается реагентов на основе перфторазидоарила и л-азидофенилфосфата, то для них до сих пор не установлена даже природа модифицированного аминокислотного остатка При этом некоторые экспериментальные факты свидетельствуют о том, что в случае реагентов на основе /7-азидофенилфосфата в модификации белков могут принимать участие частицы не нитреновои природы Так, при фотомодификации тимидилатсинтазы 5-фтор-2'-дезоки-[6−3Н]-уридин-5'-(п-азидо-[2,6−14С]-фенил)-фосфатом, авторы наблюдали включение в фермент либо арилазиднои, либо нуклеотидной части реагента в зависимости от условий проведения эксперимента [12] Таким образом, исследование фотохимического взаимодействия ароматических азидов с функциональными группами белков является до сих пор актуальной задачей биоорганической химии.

Целью настоящей работы являлось установление механизмов фотоиндуцированного взаимодействия реагентов на основе 4-азидофенилфосфата и 4-азидо-2,3,5,б-тетрафторбензойной кислоты с функциональными групп белков Для достижения поставленной цели необходимо было решить следующие задачи.

• изучить продукты фотолиза реагентов на основе л-азидофенилфосфата, образующиеся в условиях проведения фотоаффинной модификации биополимеров,.

• сконструировать модельные системы, в которых я-азидоперфторбензоильная группа и аминокислотный остаток сближены на расстояние, сопоставимое с расстоянием между реагирующими центрами при фотоаффинной модификации белков;

• с использованием модельных систем изучить эффективность взаимодействия остатка 4-азидо-2,3,5,6-тетрафторбензойной кислоты с функциональными группами определенного типа биополимеров и установить строение продуктов внутримолекулярной модификации по остаткам Туг и Тф.

выводы.

I. Показано, что при облучении реагентов на основе л-азидофенилфосфата в водных растворах образуются фосфорилирующее производное и л-бензохинонмоноимин, что позволяет рассматривать исследуемые арилазиды как фотовключаемые бифункциональные реагенты.

II. Выделено и охарактеризовано фосфорилирующее производное олигонуклеотидов с цвиттер-ионной (3-фосфорилметилендиметилиминогруппой. С его использованием разработан эффективный и простой в исполнении метод пост-синтетической дериватизации концевых фосфатных групп олигонуклеотидов, позволяющий вводить по ним различные функциональные группировки, в том числе и остатки ароматических азидов.

III. С использованием модели, состоящей из производных двух комплементарных олигонуклеотидов, к 5'-концевому фосфату одного из которых через спейсер присоединена 4-азидоперфторбензоильная группа, а к 3'-концевому фосфату другогоостаток пропилендиамина, цистамина или 3-индолилуксусной кислоты исследовано внутрикомплексное фотохимическое взаимодействие. Обнаружено, что 4-азидоперфторбензоильный остаток на фоне взаимодействия с олигонуклеотидной мишенью модифицирует функциональные группы аминокислотных остатков С наибольшей эффективностью данный арилазид взаимодействует с боковым радикалом триптофана.

IV. Для изучения фотовзаимодействия перфторазидоарильных реагентов с функциональными группами белков синтезированы модельные системы, в которых аминокислотные остатки тирозина или триптофана сближены при помощи линкера с 4-азидо-2,3,5,б-тетрафторбензоильной группой на расстояние, сопоставимое с расстоянием между реагирующими группами при фотоаффинной модификации белка. Обнаружено:

1. при облучении модельного соединения А''-{4-[2-амино-3-(4-гидроксифенил)-пропиониламино]-бутил}-4-азидо-2,3,5,б-тетрафторбензамида образуется 4-амино-14,15,16,17-тетрафтор-3-(4-гидроксифенил)-2,6,11 -триаза-бицикло[11.2.2]гептадека-1(16), 13(17), 14-триен-5,12-дион — продукт внутримолекулярной модификации по бензильному атому углерода фенильной группы Туг.

2. при облучении модельного соединения Л^-{3-[2-амино-3-(1Н-индол-3-ил)-пропиониламино]-пропил}-4-азидо-2,3,5,6-тетрафторбензамид образуется 8-амино-17,18,24,25-тетрафтор-4,10,14,20-тетрааза-тетрацикло[ 14.4 3. О3-гз.217'20]пентакоза-1,3(23), 5,16(24), 17,19(25), 21 -гептаен-9,15-дион — продукт внутримолекулярной модификации по бензольному ядру индольной группы Тф.

Показать весь текст

Список литературы

Knorre DG, Godovikova TS Photoaffmity labeling as an approach to study supramolecular nucleoprotein complexes //FEBS Lett. 1998. V. 433. P. 9−14.
DeRiemer L H, Meares С F Synthesis of mono- and dinucleotide photoaffmity probes of ribonucleic acid polymerase // Biochemistry. 1981 V. 20. P. 1606−1612.
DeRiemer L H, Meares С F Early steps in the path of nascent ribonucleic acid across the surface of ribonucleic acid polymerase, determined by photoaffmity labelling // Biochemistry. 1981. V. 20. P. 1612−1617.
Кнорре ДГ, Кудряшова HB, JIaepm О И Химические подходы к изучению матричного биосинтеза: общие вопросы и исследование транскрипции // Успехи химии. 1997. Т. 66 С 401−413
Грайфер ДМ, Карпова Г Г Структурно-функциональная топография рибосом человека по данным сшивок с аналогами мРНК производными олигорибонуклеотидов // Молекуляр. биология. 2001. Т. 35. С. 584−596.
Кнорре ДГ., Кудряшова НВ, Лаврик О И Химические подходы к изучению матричного биосинтеза: исследование репликации и обратной транскрипции // Успехи химии. 1998. Т. 67. С. 486−502.
Badashkeyeva A G, Gall TS, Efimova E V, Knorre DG, Lebedev A V Mysina SD. Reactive derivative of adenosine-5'-triphosphate formed by irradiation of ATP y-p-azidoanilide // FEBS Lett. 1983. V. 155. P. 263−266.
Кудряшова HB, Шаманина МЮ, Годовикова ТС, Ананько ЕА, Ахмадиева Ф Ф, Ромащенко, А Г// Особенности взаимодействия ДНК-полимеразы I Е coll и ее большого фрагмента с^{-w-азидоанилидом} dGTP // Биохимия. 1993. Т. 58. Вып. 2. С. 224−232.
Stephanson L G, Whiteley J. M 5-Fluoro-2'deoxyuridine 5'-(p-azidophenyl phosphate), a potential photoaffinity label of thymidylate synthetase // J. Med. Chem. 1979. V. 22. P 953−957.
Смирнов ЮВ, Липкий ВЫ, Овчинников ЮА, Грачев МА, Мустаев, А А Аффинная модификация центра связывания инициирующего субстрата ДНК зависимой РНК-полимеразы Ecoli аденозин-5'-триметофосфатом // Биоорган, химия. 1981. Т. 7 С. 1113−1116.
Grachev МА, Mustaev A A. Cyclic adenosine-5'-tnmetaphosphate phosphorylates, а histidine residue nearby the initiating substrate binding site of Escherichia coli DNA-dependent RNA-polymerase // FEBS Lett. 1982. V. 137 P. 89−94.
Grachev MA, Kolocheva TI, Lukhtanov EA, Mustaev A A Studies on the functional topography of Escherichia coli RNA polymerase. Highly selective affinity labelling by analogues of initiating substrates // Eur. J. Biochem. 1987. V. 163. P. 113−121.
Mustaev A, Kashlev M, Zaychikov E, Grachev M, Goldfarb A Active center rearrangement in RNA polymerase initiation complex // J. Biol. Chem. 1993. V. 268. P. 19 185−19 187.
Грачев MA, Лухтанов EA, Мустаев, А А, Абдукаюмов MH, Рабинов ИВ, Рихтер В А., Скоблов Ю С. Локализция остатка гистидина в области связывания инициирующего субстрата РНК-полимеразы Е coli II Биоорган, химия. 1987. Т. 13. С. 992−995.
Mustaev А, Kashlev М, LeeJY, Polyakov А, Lebedev A., Zalenskaya К., Grachev М&bdquo- Goldfarb А, Nikiforov V. Mapping of the priming substrate contacts in the active center of Escherichia coli RNA polymerase//! Biol. Chem. 1991. V. 266. P. 23 927−23 931.
Кочетков С Н, Габибов, А Г, Северин ЕС Механизмы переноса фосфорильной группы в ферментативных реакциях // Биоорган, химия. 1984. Т. 10. С. 1301−1325.
Kenyon GL, Reed GH. Creatine kinase, structure-activity relationships // Adv. Enzymol. Relat Areas Mol Biol. 1983. V 54. P 367−426.
Козицына JIА, Куплетская HБ Применение УФ-, ИК- и ЯМР-спектроскопии в органической химии // М.: Высшая школа. 1971. С. 243.
Невинский Г А, Доронин С В, Подуст В Н, Лаврик О И Эффективность комплексообразования нуклеотидов с ДНК-полимеразой, а человека поданным модификации фермента их реакционноспособными аналогами // Мол. биология. 1987. Т. 21. С. 1070−1079.
Doromn S V, Lavrik О I, Nevinsky G А, Podust VN The efficiency of dNTP complex formation with human placenta DNA polymerase alpha as demonstrated by affinity modification//FEBS Lett 1987. V. 216. P. 221−224.
Невинский Г A, Доронин С В, Лаврик О И ДНК-полимераза I Е coli: зависимая от праймер-матричного комплекса инактивация фермента имидазолидами дезоксинуклеозид-5'-трифосфатов // Биополимеры и клетка. 1985. Т. 1. С. 247 253.
Доронин С В, Невинский ГА, Хомов В В, Лаврик О И Аффинная модификация ДНК-полимеразы I из Escherichia coli и ее фрагмента Кленова имидазолидами нуклеотидов // Мол. биология. 1991. Т. 25. С. 358−367.
Joyce С М., Ollis D L, Rush J, Sieiiz T. A, Konigsberg WH, Grindley ND F// UCLA Symp. on Molecular and Cellular Biology / D. Oxender, ed. N.-Y.: Liss, 1986. P. 197 205.
Joyce СМ., Kelley WS, Grindley ND Nucleotide sequence of the Escherichia coli polA gene and primary structure of DNA polymerase I // J. Biol. Chem. 1982. V. 257. P. 1958−1964.
Argos P A sequence motif in many polymerases // Nucleic Acids Res. 1988. V. 16 P. 9909−9916.
Mustaev A A, Godson G N Studies of the functional topography of the catalytic center of Escherichia coli primase //J. Biol. Chem. 1995 V. 270. P. 15 711−15 718.
Tougu K, Peng H, Marians К J Identification of a domain of Escherichia coli primase required for functional interaction with the DnaB helicase at the replication fork // J. Biol. Chem. 1994. V. 269. P. 4675−4682.
Sun W, Tormo J, Steitz ТА, Godson GN Domains of Escherichia coli primase: functional activity of a 47-kDa N-terminal proteolytic fragment // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994. V. 91. P. 11 462−11 466.
Stamford N P, Lilley P E, Dixon N E Enriched sources of Escherichia coli replication proteins. The dnaG primase is a zinc metalloprotein // Biochim. Biophys Acta. 1992. V. 1132. P. 17−25
Bernstein J A, Richardson CCA 7-kDa region of the bacteriophage T7 gene 4 protein is required for primase but not for helicase activity // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. V. 85. P. 396−400.
Бунева В H, Годовикова Т С, Зарытова В Ф Модификация РНКазы 5'-фосфо-^ метилимидазолидными производными ди- и олигодезоксирибонуклеотидов // Биоорган химия. 1986. Т. 12. С. 906−910.
Барам Г И, Бунева В Н, Добрикова Е Ю, Петров В Н Множественность аффинной модификации РНКазы при алкилировании ее реакционноспособным аналогом 5'-дезоксирибонуклеотида// Биоорган, химия. 1986. Т. 12 С. 613−620.
Grachev MA, Zaychikov E F Initiation by Escherichia coli RNA-polymerase: transformation of abortive to productive complex // FEBS Lett. 1980. V. l 15. P. 23−26.
Seroz T, Perez С, Bergmann E, Bradsher J, Egly JM// p44/SSLl, the regulatory subunit of the XPD/RAD3 helicase, plays a crucial role in the transcriptional activity of TFIIH. J. Biol. Chem 2000. V. 275. P. 33 260−33 266.
Кузнецова С А, Ивановская МГ, Шабарова ЗА Химические реакции в двуспиральных нуклеиновых кислотах. IX Направленное введение замещенных пирофосфатных связей в структуру ДНК // Биоорган химия. 1990. Т. 16. С. 219 225.
Kuznetsova SA, Ivanovskaya MG, Shabarova ZA Design of new DNA duplexes containing chemically cleavable internucleotide bonds // Nucl. Acids Res. 1991. № 24, Symp Ser, P 235.
Козлов И А, Кубарева И А, Ивановская МГ, Шабарова ЗА Определение положения контактов фактора транскрипции NF-kB с ДНК методом региоселективного ковалентного связывания // Мол. биология 1997. Т. 31. С. 6373.
McClarin J A, Frederick С A, Wang ВС, Greene P, Boyer HW, Grable J, Rosenberg J. M Structure of the DNA-?coRI endonuclease recognition complex at 3 A resolution//Science. 1986. V. 234 P 1526−1541.
Lenardo M, Pierce JW, Baltimore D Protein-binding sites in lg gene enhancers determine transcriptional activity and inducibility // Science. 1987. V. 236 P. 15 731 577.
Ghosh G, van Duyne G, Ghosh S, Sigler P В Structure of NF-kappa В p50 homodimer bound to a kappa В site // Nature. 1995. V. 373: P. 303−310.
Muller С W, Rey FA, Sodeoka M, Verdine G L, Harrison S С Structure of the NF-kappa В p50 homodimer bound to DNA. Nature. 1995. V. 373. P. 311−317.
Meisenheimer KM, Koch TH Photocross-linking of nucleic acids to associated proteins//Cnt. Rev. Biochem. Mol. Biol 1997 V. 32. P 101−140.
Danenberg P V Thymidylate synthetase a target enzyme in cancer chemotherapy // Biochim Biophys Acta 1977 V 473. P. 73−92.
Langenbach RJ, Danenberg PV, Heidelberger С Thymidylate synthetase: mechanism of inhibition by 5-fluoro-2'-deoxyuridylate // Biochem Biophys Res Commun. 1972 V.48.P 1565−1571.
Wataya Y, Santi D V, Hansch С Inhibition of Lactobacillus casei thymidylate synthetase by 5-substituted 2'-deoxyundylates Preliminary quantitative structure-activity relationship//J Med. Chem. 1977. V. 20. P. 1469−1473.
Pougeois R, Lauquin GJ Further investigations on the inorganic phosphate binding site of beef heart mitochondrial Fi-ATPase // Biochemistry. 1985. V. 24. P. 1020−1024.
Pougeois R, Lauquin G J, Vignais P V Interaction of 4-azido-2-nitrophenyl phosphate, an inorganic phosphate photoreactive analogue, with chloroplast coupling factor 1 // Biochemistry. 1983. V. 22 P. 1241−1245
Pougeois R, Lauquin GJ, Vignais P V Evidence that 4-azido-2-mtrophenylphosphate binds to the phosphate site on the p-subunit of Escherichia coli BFi-ATPase // FEBS Lett. 1983. V 153. P. 65−70.
Tommasino M, Prezioso G, Palmieri F Photoaffmity labeling of the mitochondrial phosphate carrier by 4-azido-2-nitrophenyI phosphate I I Biochim. Biophys. Acta. 1987. V. 890. P. 39−46.
Michel L, Garin J, Girault G, Vignais P V. Photolabeling of the phosphate binding site of chloroplast coupling factor 1 with 32P. azidonitrophenyl phosphate // FEBS Lett. 1992. V.313.P. 90−93.
Lacapere J J, Garin J Interaction of 4-azido-2-nitrophenyl phosphate, a pseudosubstrate, with the sarcoplasmic reticulum Ca-ATPase // Biochemistry. 1994 V. 33. P 2586−2593.
Tran CM, Farley R A Photoaffinity labeling of the active site of the Na+/K±ATPase with 4-azido-2-mtrophenyl phosphate // Biochemistry 1996 V. 35. P. 47−55.
Michel L, Garin J, Issartel JP, Vignais PV Synthesis and properties of azidonitrophenyl pyrophosphate, a photoaffinity probe of the nucleotide binding sites of mitochondrial Fi-ATPase // Biochemistry. 1989. V. 28 P 10 022−10 028.
Michel L, Garin J, Vincon M, Gagnon J, Vignais P Mapping of the pyrophosphate binding sites of beef heart mitochondrial Fj-ATPase by photolabelling with azidonitrophenyl a-32P.pyrophosphate // Biochim Biophys. Acta. 1995. V. 1228 P 67−72.
Abrahams JP, Leslie A G, Lutter R, Walker JE Structure at 2.8 A resolution of Fj-ATPase from bovine heart mitochondria//Nature 1994. V. 370. P 621−628.
Wieland T, Pattermann F Modellreaktion zur oxydativen Phosphorylierung // Angew. Chem. 1958. V. 70 P 313−314.
Lapidot A, Samuel D The points of bond fission in the hydrolysis of quinol phosphates using 180 as tracer//Biochim. Biophys Acta 1962 V.65 P 164−166
Durckheimer W, Cohen LA The Oxidative Conversion of Hydroquinone Monophosphates to Quinone Ketals // Biochemistry. 1964. V. 3. P 1948−1952.
Todd A Some aspects of phosphate chemistry // Proc. Natl. Acad Sci U. S A. 1959. V. 45 P. 1389−1397.
Cramer F, Winler M Imidoesters, IV Katalytische Wirkung von Dimethylformamid bei Reactionen von Phosphorsaureester-chlonde // Chem. Ber. 1961. V. 94. P 989−996.
Ratz R, Sweeting О J Some Chemical Reactions of 3,9-Dichloro-2,4,8,10-tetraoxa-3,9-diphosphaspiro5.5.undecane 3,9-Dioxide // J. Org Chem. 1963. V. 28. P. 1608−1612.
Tomasi GE, Dallam D The phosphorylation reaction that accompanies the nonenzymic oxidation of 2-methyl-l, 4-naphthohydroquinone diphosphate // J Biol. Chem. 1964. V. 239. P. 1604−1613.
Cohen JS. Lapidot A Proof of the imidoil phosphate intermediate for oxidativef бphosphorylation in 0. dimethilformamide solution // J. Chem. Soc. ©. 1967. P 1210−1213.
Bayley, H, Photogenerated Reagents in Biochemistry and Molecular Biology. Elsevier-North Holland Biomedical Press 1983.
Schuster G В, Platz MS Photochemistry of phenyl azide // Adv. Photochem. 1992. V. 17 P. 69−143
Liang T Y, Schuster G В Photochemistry of 3- and 4-nitrophenyl azides- detection and characterization of reactive intermediates // J. Am. Chem Soc. 1987. V. 109. P 7803−7810.
Горяйнова T Ф, Ершов Ю A, Лившиц P M Фотохимические превращения органических азидов // Химия высоких энергий 1975 Т. 9 С. 99−117.
Грицан Н П, Притчина Е, А Механизм фотолиза ароматических азидов // Успехи химии. 1992. Т. 61. С. 910−939.
Fleming SA Chemical Reagents in Photoaffinity Labeling // Tetrahedron 1995. V. 51. P. 12 479−12 520
Soundararajan N, Platz MS Descriptive photochemistry of polyfluorinated azide derivatives of methyl benzoate// J. Org Chem 1990. V. 55. P 2034−2044.
Рое R, Schnapp K, Young M JT, Grayzar J, Platz MS Chemistry and kinetics of singlet (pentafluorophenyl)nitrene // J. Am. Chem. Soc. 1992. V. 114. P. 5054−5067.
Karney W. L., Borden W. T. Why does o-fluonne substitution raise the barrier to ring expansion of phenylmtrene 7 // J. Am. Chem. Soc 1997 V. 119 P 3347−3350.
Reiser A, Leyshon L Correlation between negative charge on nitrogen and the reactivity of aromatic nitrenes // J. Am. Chem. Soc. 1970. V. 92. P 7487.
Leyva E, Young M JT, Platz M S High yields of formal CH insertion products in the reactions of polyfluorinated aromatic nitrenes // J. Am. Chem. Soc. 1986. V. 108. P. 8307−8309
Abramovitch R. A, Challand S R, Scriven E F. V. On the mechanism of intermolecular aromatic substitution by arylnitrenes // J. Am. Chem. Soc. 1972. V 94. P. 1374−1376.
MarcinekA, Platz MS, ChanS Y, Floresca R, Rajagopalan К, GolinskiM WattDS Unusually long lifetimes of the singlet nitrenes derived from 4-azido-2,3,5,6-tetrafluorobenzamides // J. Phys. Chem. 1994. V. 98. P. 412−419.
Gritsan NР, Zhai НВ, Yuzawa Т, Karweik D, Brooke J, Platz MS Spectroscopy and kinetics of singlet perfluoro-4-biphenylnitrene and singlet perfluorophenylmtrene // J. Phys. Chem. A. 1997 V 101 P. 2833−2840
Польшаков ДА, Центалович ЮП, Грицаи НП Изучение бимолекулярных реакций фторзамещенных синглетных арилнитренов методом лазерного импульсного фотолиза//Кинетика и катализ. 2001. Т 42. С 664−670.
Gritsan NР, Platz MS Kinetics and spectroscopy of substituted phenylnitrenes // Adv. Phys. Org.Chem. 2001 V. 36. P. 255−304.
Engelking PC, Lineberger WC Laser photoelectron spectrometry of NH": Electron affinity and intercombination energy difference in NH // J. Chem. Phys. 1976. V. 65 P. 4323−4323.
Michl J, Bonacic-Koutecky V Electronic aspects of organic photochemistry. Wiley,. New York, 1990. P. 149.
Leopold DG, Murray K.K., Miller AES Methylene: A study of the 3Bi and a! Ai states by photoelectron spectroscopy of CH2″ and CD2~// J. Chem. Phys. 1985. V. 83. P. 4849−4865.
Salem L, Rowland С The electronic properties of diradicals // Angew. Chem. Int. Ed. Engl 1972. V 11 P 92−111.
McGlynn, S P, Azumi, T, Kinoshita, M Molecular Spectroscopy of the Triplet State // Prentice Hall: Englewood Cliffs. 1969
Kim S-J, Hamilton TP, Schaefer HF Phenylmtrene: Energetics, vibrational frequencies, and molecular structures // J. Amer. Chem Soc. 1992 V. 114. P. 53 495 355.
Hrovat DA, Waali EE, Borden WT Ah Initio calculations of the singlet-triplet energy difference in phenylmtrene // J. Am Chem. Soc. 1992. V. 114 P 8698−8699
MarcinekA, Platz MS Deduction of the activation parameters for ring expansion and intersystem crossing in fluorinated singlet phenylmtrenes // J Phys. Chem. 1993. V. 97. P. 12 674−12 677
Liang T Y, Schuster G В Photochemistry of 3- and 4-nitrophenyl azides: detection and characterization of reactive intermediates I I J. Am Chem Soc. 1987. V. 109. P. 78 037 810
Черноловская ЕЛ, Черепанов П П, Горожанкин АВ, Добриков МИ, Власов В В, Кобец Н Д Взаимодействие фотоактивных производных олиготимидилата с хроматином клеток HeLa//Биоорган, химия. 1993. Т. 19. С. 889−893.
Laletina Е, Graifer D, Malygin A, Ivanov A, Shatsky I, Karpova G Proteins surrounding hairpin IHe of the hepatitis С virus internal nbosome entry site on the human 40S ribosomal subunit//Nucleic Acids Res. 2006. V. 34. P 2027−2036.
Keana JFW, Cai SX New reagents for photoaffinity labeling: synthesis and photolysis of functionalized perfluorophenyl azides // J. Org Chem. 1990. V. 55 P. 3640−3647.
Левина AC, Васильева ТВ, Зарытова ВФ Синтез производных олигодезоксирибонуклеотидов, содержащих перфторарилазидную группу при С8-атоме дезоксиаденозина и фотомодификация ими фрагментов ДНК // Биоорган, химия. 1999. Т. 25. С. 56−61.
Кобец НД, Горожанкин, А В, Годовикова Т. С, Сильников ВН., Кнорре ДГ Аффинная модификация хроматина фотореакционноспособными производными олиготимидилата // Докл. АН. 1996 Т. 349 С 822−825.
WlassoffW, А, Kimura М, Ishihama A Functional organization of two large subunits of the fission yeast Schizosaccharomyces pombe RNA polymerase II // J. Biol. Chem. 1999. V. 274 P. 5104−5113.
Doronin S V., Dobrikov MI, Lavrik OI Photolabeling of DNA polymerase a DNA primase complex based on catalytic competence of a dNTP reactive analog // FEBS Lett. 1992. V. 313. P. 31−33.
Doronin S. V, Dobrikov MI., Buckle M., Roux P., Buc H, Lavrik O. I // Affinity modification of human immunodeficiency virus reverse transcriptase and DNA template by photoreactive dCTP analogs//FEBS Lett. 1994. V. 354 P 200−202.
Lavrik 01, Prasad R, Sobol RW, Horton JK, Ackerman EJ, Wilson SH Photoaffinity labeling of mouse fibroblast enzymes by a base excision repair intermediate Hi Biol. Chem 2001. V. 276. P. 25 541−25 548.
Lebedeva N A, Kolpashchikov DM, Rechkunova N I, Khodyreva SN, Lavrik OI. A binary system of photoreagents for high-efficiency labeling of DNA polymerases // Biochem. Biophys. Res. Comm. 2001. V. 287. P. 530−535
Богачев ВС. Исследование реакции трифторуксусного ангидрида с тимидин-5'-фосфатом // Биоорган, химия. 1995. Т. 21. С. 212−217.
Богачев ВС Синтез дезоксинуклеотид-5'-трифосфатов с использованием в качестве активирующего реагента трифторуксусного ангидрида // Биоорган, химия. 1996. Т. 22. С. 699−705.
Богачев ВС, Уланов ПА. Исследование взаимодействия ангидридов и галогенидов тригалогенуксусных кислот с тимидин-5'-фосфатом: путь к новымактивирующим реагентам в реакциях фосфорилирования для нуклеотидов // Биоорган, химия. 2003. Т. 29. С. 64−74.
Corbett J.F. Benzoquinone imines Part II. Hydrolysis of p-benzoqumone mono-imine and p-benzoqumone di-imine, J Chem. Soc. (B). 1969. V. 3 P. 213−216.
Лебедев, А В, Резвухин, А И Закономерности изменених химических сдвигов ядер фосфора в спектрах 31Р-ЯМР производных нуклеотидов // Биоорган химия 1983 Т. 9. С. 149−185.
Гордон, А, Форд Р Спутник химика // Перевод с английского М: «Мир». 1976. С. 200−234.
The Sadtler standard infrared grating spectra, Philadelphia, PA, 1980
Sadtler Collection of Standard NMR Spectra, Philadelphia, PA, 1980
Berger St, Richer A Zur Kenntnis des Chinoiden Zustandes XIX. 13C-Founer-transform-Spektroskopie von orto- und para-Benzochinonen / {Correlation zwischen chemischer Verschiebung und anderen Molekuldaten, Tetrahedron 1972. V. 28 P. 31 233 139.
J.F. Corbett, Benzoquinone imines Part I. p-Phenylenediamine-ferricyanide and p-aminophenol-femcyanide redox systems, J. Chem. Soc. (B) 1969. V. 3. P. 207−212.
FallerJW Determination of organic structures by physical methods. Ed Nachod FC, ZuckermanJJ Academic Press. 1973. V 5. P 75.
Norm R K, Sternhell S N M.R. spectra of «p-mtrosophenol» and its methyl derivatives //Austr. J. Chem. 1966 V. 19. P. 841−860.
Kramer DN, Gamson RM, Miller F M A Study of the Physical and Chemical Properties of the Esters of Indophenols I. Preparation // J. Org. Chem. V 1959. V. 24. P. 1742−1747.
Tong LKJ, Glesmann MС The mechanism of dye formation in color photography. III. Oxidative condensation with /7-phenylenediamines in aqueous alkaline solutions // J. Am. Chem. Soc. 1957. V. 79. P. 583−592.
Tong LKJ, Glesmann MC, Bent RL The mechanism of dye formation in color photography. VII. Intermediate bases in the deamination of quinonediimines // J. Am. Chem. Soc. 1960. V. 82. P. 1988−1996
Tong LKJ, Glesmann CM Kinetics and mechanism of oxidative coupling of p-phenylenediamines // J. Am. Chem. Soc. 1968. V. 90. P. 5164−5173.
Tong L KJ, Baetzold R.C. Kinetics of dye formation by flash photolysis. In 1-octanol // J. Am. Chem. Soc. 1971. V. 93. P. 1394−1399.
Heyrowsky M, VavrickaS, Exner 0 Charge-transfer interaction in complexes between acids and their anions // Collection Czechoslov. Chem. Commun. 1972. V 37. P 28 582 863.
Wallwork S С, Harding T T. Molecular Compounds of the Quinhydrone Type // Nature. 1953. V 171. P 40
Гордон A, Форд P Спутник химика // Пер с англ М.: Мир. 1976. С. 437−444
Hashimoto М, Mukaiyama Т Phosphorylation by oxidation-reduction condensation: preparation and reaction of S-(2-pyndyl)phosphorothioates // Tetrahedron Lett. 1971 № 26 P 2425−2428
Годовикова ТС, Березовский MB, Кнорре ДГ Фотоаффинная модификация производных олигонуклеотидов в комплементарном комплексе // Биоорган, химия. 1995. Т. 21. С. 858−867.
Коваль В В, Максакова ГА, Федорова О С Фотомодификация ДНК перфторарилазидопроизводным олигонуклеотида // Биоорган, химия. 1997. Т. 23 С 266−272.
Общая органическая химия, под ред. Н. К. Кочеткова / Химия. М. 1985. Т. 8. С. 490.
Millie Р, Malrieu JP, Benaim J, Lallemand J Y, Julia M Researches in the indole series. XX. Quantum mechanical calculations and charge-transfer complexes of substituted indoles. //J. Med. Chem. 1968. V. 11. P 207−211.
Аврамчук ТВ Механизмы фотоиндуцированных реакций л-нитрозамещенных арилазидов в условиях проведения фотоаффинной модификации белков // Дис. канд. хим. наук. ИХБФМ СО РАН. 2005. С. 94−99.
Зарытова ВФ., Иванова ЕМ, Романенко В П. Синтез олигонуклеотидов в хлороформе триэфирным методом // Биоорган, химия. 1983. Т. 9. С. 516−521.
Calvert J G, Pitts J N Photochemistry / Wiley New York 1966 P. 780
Cantor CR, Tinoco IJr Absorption and optical rotatory dispersion of seven trinucleoside diphosphates//J Mol Biol 1965 V 13 P 65−77.
The Handbook of Biochemistry and Molecular Biology. Nucleic Acids / Ed ТЕ Fasman Cleveland CRC Press, 1975 P 589
Cornell WD, Cieplak P, Bayly CI, Gould IR, Merz KM, Ferguson DM. Spellmeyer DC, Fox T, Caldwell JW, Kollman PA A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules // J Am Chem Soc 1995 V 117 P 5179−5197
Гершкович A A, Кибирев В К Синтез пептидов Реагенты и методы / Киев Наук думка 1987 С 123

Заполнить форму текущей работой