Каталог известных баз данных
База данных последовательностей 16S рибосомальных РНК различных организмов. База данных не кодирующих белки молекул РНК, встречаемых у млекопитающих. База данных семейств (классификация) нс кодирующих белки молекул РНК. Базы данных последовательностей, структур и функций молекул РНК. Структуры и функциональная аннотация трансмембранных белков. Базы данных последовательностей, структур и функций… Читать ещё >
Каталог известных баз данных (реферат, курсовая, диплом, контрольная)
В данном параграфе приведены таблицы (табл. 4.3—4.6) с интернет-адресами и краткими описаниями некоторых из доступных онлайн БД. К сожалению, исчерпывающего списка всех существующих БД не существует, и тем более подобный список невозможно привести в печатной литературе, поскольку в мире регулярно появляются новые и исчезают некоторые из не очень популярных существующих БД. Поэтому при решении различного рода научных задач помимо ознакомления с информацией, представленной в описанных ниже БД, мы рекомендуем производить самостоятельный поиск БД, наиболее полно отвечающих требованиям исследования. При ознакомлении с новой БД в первую очередь следует обращать внимание (знакомиться) с научными статьями, описывающими данную БД, ссылки на которые (а иногда и сами статьи), как правило, представлены на сайте БД.
Таблица 4.3
Основные молекулярно-биологические базы данных.
Имя базы данных. | Интернет-адрес. | Краткое описание. |
GenBank/. DDBJ/EMBL. | www.ncbi.nlm.nih. gov/entrez/ query. fcgi? db=Nucleotide. | Нуклеотидные последовательности. |
Ensembl. | www.ensembl.org. | Человеческий и мышиный геномы. |
Pub Med. | www.ncbi.nlm.nih. gov/entrez/query.fcgi? DB=pubmed. | База данных литературных ссылок. |
NR. | www.ncbi.nlm.nih.gov/. entrez/query.fcgi?db=Protein. | Список уникальных белковых последовательностей. |
Swiss-Prot. | www.expasy.ch. | Белковые последовательности. |
InterPro. | www.ebi.ac.uk/interpro/. | Домены белков. |
PDB. | www.rcsb.org/ pdb/. | Структуры белков. |
Таблица 4.4
Базы данных последовательностей и аннотаций геномов различных организмов.
Имя базы данных. | Интернет-адрес. | Краткое описание. |
MaizeGDB. | www.maizegdb.org/. | Геном кукурузы. |
Есосус. | ecocyc.org/. | Геном и биохимия Escherichia coli К-12 MG1655. |
FlyBase. | flybase.org/. | Геном Drosophila melanogaster |
National Microbial Pathogen Data Resource. | www.nmpdr.org/FIG/wiki/. view.cgi. | Аннотированные геномы и биохимия микроорганизмов: Campylobacter, Listeria, Staphylococcus, Streptococcus, Vibrio, Chlamydiaceae, Haemophilus, Mycoplasma, Neisseria, Treponema, Ureaplasma |
Имя базы данных. | Интернет-адрес. | Краткое описание. |
Saccharomyces Genome Database. | www.yea.stgenome.org/. | Геном почкующихся дрожжей Saccharomyces cerevisiae |
Xenbase. | xenbase.org/common/. | Биология и геномы Xenopus laevis и Xenopus tropicalis |
Wormbase. | www.wormbase.org/. | Геномы нематод Caenorhabditis elegans, Caenorhabditis briggsae и Caenorhabditis remanei |
Zebrafish. Information. Network. | zfin.org/cgibin/webdri ver? MIval=aa-ZDB_home.apg. | Ресурс, посвященный модельному организму Danio rerio |
The Arabidopsis. Information. Resource. | arabidopsis.org/. | Геном растения Arabidopsis thaliana |
UCSC Malaria Genome Browser. | arcslab.ucsc.edu/. | Информация о возбудителях малярии Plasmodium sp. |
Таблица 45
Базы данных последовательностей, структур и функций молекул РНК
Имя базы данных. | Интернет-адрес. | Краткое описание. |
5S ribosomal RNA Database. | www.man.poznan. pl/5SData/. | База данных последовательностей 5S рибосомальных РНК различных организмов. Позволяет получить как одиночные последовательно™, так и множественные выравнивания и структурные выравнивания. |
RDP Ribosomal Database Project of 16S rRNA sequences. | rdp.cme.msu.edu/. | База данных последовательностей 16S рибосомальных РНК различных организмов. |
Ribosomal. Mutation. Database. | ribosome.fandm.edu/. | База данных, описывающая известные из литературных источников мутации, встречаемые в рибосомальных РНК. |
ncRNA — Noncoding RNAs Database. | biobases.ibch.poznan.pl/. ncRNA/. | База данных не кодирующих белки молекул РНК. Содержит информацию о более чем 30 000 регуляторных РНК транксриптов, как эукариотических, так и прокариотических. |
RNAdb — mammalian noncoding RNA database. | research.imb.uq.edu.au/. rnadb/. | База данных не кодирующих белки молекул РНК, встречаемых у млекопитающих. |
Имя базы данных. | Интернет-адрес. | Краткое описание. |
fRNAdb: functional RNA database. | www.ncrna.org/ frnadb /. | База данных не кодирующих белки молекул РНК. |
Rfam: database of noncoding RNA families. | rfam.sangcr.ac.uk/. | База данных семейств (классификация) нс кодирующих белки молекул РНК. |
GtRDB Genomic tRNA Database. | lowelab.ucsc.edu/GtRNAdb/. | База данных молекул тРНК. Получена автоматическим анализом последовательностей геномов различных организмов. |
RNase P: RNase P RNA and protein database. | jwbrown.mbio.ncsu.edu/ RNase P/home.html. | База данных, посвященная рибонуклеонротеину РНКза Р, обладающему рибонуклеазной активностью. |
NDB — nucleic acid database. | ndbserver.rutgers.edu/. | База данных пространственных структур нуклеиновых кислот. Использует формат файла, совместимый с PDB. |
BPS. Database of RNA Base-pair Structures. | bps.rutgers.edu/bps/. | База данных, описывающая взаимодействие (спаривание) оснований в известных структурах РНК. |
SCOR Structural Classification of RNA. | scor.berkeley.edu/. | Структурная классификация молекул РНК. |
Таблица 4.6
Базы данных последовательностей, структур и функций белков.
Имя базы данных. | Интернет-адрес. | Краткое описание. |
Swiss-Prot. | www.expasy.ch. | Белковые последовательности. |
UniProt — Universal Protein knowledgebase. | www. u n i prot.org/. | Объединенная база данных белковых последовательностей SwissProt и in silico транслированных нуклеотидных последовательностей базы ЕМ В L (TrEМ ВL). |
1PI; International Protein Index. | www.ebi.ac.uk/IPI/IPIhelp. html. | Кросс-база данных, предоставляющая координирующую информацию для основных баз данных белковых последовательностей. Ориентирована на протсомы высших эукариот. |
PDB. | www.rcsb.org/pdb/. | Структуры белков и нуклеопротеиновых комплексов. |
Имя базы данных. | Интернет-адрес. | Краткое описание. |
PDBTMProtein Data Bank of Transmembrane Proteins. | pdbtm.enzim.hu/. | Структуры трансмембранных белков. |
MPDB Membrane Protein Data Bank. | www.mpdb.tcd.ie/. | Структуры и функциональная аннотация трансмембранных белков. |
PQS Protein Quaternary Structure Database. | www.ebi.ac.uk/pdbe/pqs/. | База данных четвертичных структур белков. |
DSSP. | swift.cmbi.kun.nl/gv/dssp/. | База данных вторичных структур белковых последовательностей, полученных методом DSSP. |
InterPro. | www.ebi.ac.uk/interpro/. | База данных доменов белковых последовательностей, интегрирующая данные из множества других БД: PROSITE, PRINTS, Pfam, ProDom, SMART, TIGRFAMs, Gene3D, SUPERFAMILY, PIR Superfamily и PANTHER. |
CATH. | www.cathdb.info/. | Классификация известных белковых структур |
SCOPStructural Classification of Proteins. | scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/. scop/index.html. | Классификация известных белковых структур |
CluSTr. | www.ebi.ac.uk/clustr/. | Автоматическая классификация аминокислотных последовательностей из баз Uniprot и 1PI в группы сходных белков. |
ProtRepeatsDB: Database of amino acid repeats in genomes. | bioinfo.icgeb.res.in/repeats/. | База данных аминокислотных повторов в белках и инструментарий для их анализа. |
SFLD StructureFunction Linkage Database. | sfld.rbvi.ucsf.edu/cgi-bin/. SFLDvm.py. | Кросс-база данных структура — функция белков. |