Бездонная яма. 
Подземные реки и пещеры

Итак, Иверская гора состоит из отложений карбоната кальция, покрытых твердой, водонепроницаемой оболочкой, поросшей в свою очередь густой растительностью. Очевидно, что при отсутствии на поверхности горы повреждений, появление размывов и трещин невозможно. Но дело в том, что образование гор немыслимо без возникновения трещин, не говоря уже о том, что на протяжении всей жизни горы, на нее действуют внешние разрушающие силы — выветривание, таяние снегов, обильные осадки, природные катаклизмы (например, землетрясения).

Все эти факторы обусловили появление где-то мелких, где-то весьма крупных трещин на поверхности, обнажив тем самым уязвимую внутреннюю часть Иверской горы.

Опуская все сложные научные объяснения, хочется заметить, что в результате проведенных исследований выяснилось, что формирование новоафонских пещер началось более 4 млн. лет назад. Процесс этот, прямо скажем, не быстрый. Заканчивается же он всегда одинаково — полным растворением известняка и превращением горы в огромную карстовую полость. Как говорится, «Все, что имеет начало, имеет и конец». Любая гора, а вместе с ней и пещеры, в ней расположенные, в конце концов «умирают» … Нам же остается радоваться тому, что на нашем веку (как, впрочем, и в ближайшее пару-тройку миллионов лет) этого не произойдет, и мы имеем возможность любоваться удивительными по красоте залами этой пещеры. Исследования показывают, что закарствование Иверской горы началось не сверху, с вершины горы, а снизу, силами подземных вод. В результате действия подземных вод образовался древний сифонный канал к ущелью Псырдзха. Там вода, наконец, смогла выбиться на поверхность.

Интересный факт — дно южной части новоафонской пещеры существенно глубже, чем дно северной ее части. Это связано с тем, что именно здесь, в южной части, наиболее бурно и активно проходила разгрузка подземных вод, а следовательно, и процесс растворения известковой породы проходил куда активнее. Кроме того, нисходящий характер потока практически полностью вытеснил подземные воды из северной части пещеры, предоставив тем самым благоприятные условия для формирования натечно-капельных образований.

Таким образом, новоафонская пещера формировалась под воздействием сначала подземных вод, заполнявших всю ее внутреннюю поверхность, а затем, с учетом вертикальной системы пещеры, силами проточных вод, впадавших в пещеру через отверстие «Бездонной ямы» и через все залы проникавших в конечный пункт своего путешествие — зал «Абхазия» .

Активная часть формирования северной части Новоафонской пещеры уже прошла, чего нельзя сказать о южной ее части, где по-прежнему происходит скопление подземных вод во время паводков, а, следовательно, процесс изменения географии пещеры все еще продолжается.