Дипломы, курсовые, рефераты, контрольные...
Срочная помощь в учёбе

Функциональные особенности эндогенных ретровирусов на примере gypsy (МДГ 4)

Диссертация: Функциональные особенности эндогенных ретровирусов на примере gypsy (МДГ 4)
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Диссертационная работа является вкладом в изучение феномена горизонтального и межвидового распространения ретротранспозонов и эндогенных ретровирусов. Мы впервые продемонстрировали, что этот процесс определён вирусоподобными частицами ретроэлементов, и функции структурных белков таких частиц не ограничены только структурной компонентой. Эти белки обеспечивают механизм медленной и неспецифической… Читать ещё >

Содержание

  • СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ
  • 1. ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ
  • 2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
    • 2. 1. Структурно-функциональная характеристика ретротранспозонов
      • 2. 1. 1. История открытия мобильных элементов
      • 2. 1. 2. Многообразие ретротранспозонов
      • 2. 1. 3. Открытые рамки считывания в ретротранспозонах
      • 2. 1. 4. Отсутствие рамок считывания в ретротранспозонах
      • 2. 1. 5. Стратегии распространения ретротранспозонов
      • 2. 1. 6. Структурная организация ретротранспозонов
      • 2. 1. 7. Транскрипция и РНК ретротранспозонов
      • 2. 1. 8. Перемещения ретротранспозонов с помощью обратной транскрипции
      • 2. 1. 5. Клеточный цикл репликации
    • 2. 2. Эрантивирусы
      • 2. 2. 1. IERV-K и IERV-S подгруппы
      • 2. 2. 2. Env эрантивирусов
      • 2. 2. 3. Gag эрантивирусов
      • 2. 2. 4. Вирусные частицы
      • 2. 2. 5. Инфекционность эрантивирусов
      • 2. 2. 6. Место эрантивирусов в филогении ретровирусов
    • 2. 3. Взаимодействие ретровируса и клетки
      • 2. 3. 1. Белки клетки, взаимодействующие с ретровирусной частицей
      • 2. 3. 2. Экзосомная стратегия распространения вируса
    • 2. 4. Биотехнологичные вирусоподобные частицы
  • СОБЮСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
  • 3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
    • 3. 1. Линии Drosophila melanogaster
    • 3. 2. Штаммы Escherihia coli, плазмиды и ферменты, использованные в работе
    • 3. 3. Маркеры размера и молекулярной массы
    • 3. 4. Праймеры
    • 3. 5. Манипуляции с нуклеиновыми кислотами
      • 3. 5. 1. Выделение ДНК и РНК
      • 3. 5. 2. Клонирование ДНК
      • 3. 5. 3. Создание рекомбинантного бакуловируса
      • 3. 5. 3. Конструирование плазмид для экспрессии в бактериях
    • 3. 6. Манипуляции с пересеваемыми культурами клеток
      • 3. 6. 1. Трансформация культуры клеток
      • 3. 6. 2. Совместное культивирование донорных и реципиентных клеток
      • 3. 6. 4. Получение вирусоподобных частиц
      • 3. 6. 5. Гибридизация in situ
    • 3. 7. Анализ нуклеиновых кислот и белков
      • 3. 7. 1. Электрофорез образцов ДНК в агарозном геле
      • 3. 7. 2. Блот анализ
      • 3. 7. 3. Связывание меченой ДНК с белками, иммобилизованными на фильтре
      • 3. 7. 4. РНК-белковое связывание
      • 3. 7. 5. Вестерн-блот анализ
    • 3. 8. Бактериальная система экспрессии
      • 3. 8. 1. Стандартные растворы
      • 3. 8. 2. Среды
      • 3. 8. 3. Добавки к средам
      • 3. 8. 4. Синтез белка
      • 3. 8. 5. Очистка белка
      • 3. 8. 6. Концентрирование белков
      • 3. 8. 7. Определение количества белка в пробе
      • 3. 8. 8. Электрофорез белков в полиакриламидном геле (ПААГ)
      • 3. 8. 9. Выделение вирусоподобных частиц из бактериальных клеток
    • 3. 9. Электронная микроскопия
  • 4. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ
    • 4. 1. Функциональные особенности вирусоподобных частиц (ВПЧ) на модели культивируемых клеток дрозофилы
      • 4. 1. 1. Обнаружение вирусоподобных частиц ретротранспозона gypsy в культуральных средах пересеваемых клеток
      • 4. 1. 2. Способность вирусоподобных частиц, образуемых gypsy, к межклеточной передаче этого мобильного элемента
        • 4. 1. 2. 1. Способность клеток D. hydei приобретать элемент gypsy при добавлении в среду их культивирования внеклеточных вирусоподобных частиц D. melanogaster
        • 4. 1. 2. 2. Способность gypsy перемещаться от донорных к реципиентным клеткам в смешанной культуре
        • 4. 1. 2. 2. Увеличение во времени пропорции клеток D. hydei, несущих gypsy
      • 4. 1. 3. Способность ретранспозона МДГЗ перемещаться между соматическими клетками неродственных видов при их совместном культивировании
        • 4. 1. 3. 1. Совместное культивирование и выделение реципиентных клеток
        • 4. 1. 3. 2. Межвидовой перенос МДГЗ при совместном культивировании донорных и реципиентных клеток
      • 4. 1. 4. Распределение геномной РНК ретротранспозона МДГЗ в культуре клеток
      • 4. 1. 5. Способность функциональных мотивов аминокислотной последовательности Gag обеспечивать его взаимодействие с белками-партнерами
    • 4. 2. Синтез Gag gypsy в гетерологичных системах экспрессии
      • 4. 2. 1. Экспрессия структурного белка Gag ретровируса gypsy рекомбинантным бакуловирусом в культуре клеток Spodoptera frugiperda
      • 4. 2. 2. Первое экспериментальное доказательство того, что белок, кодируемой первой рамкой считывания gypsy является его структурным белком
      • 4. 2. 3. Gypsy Gag как эффективный белковый субстрат для казеиновой киназы типа
      • 4. 2. 4. Влияние фосфорилирования на связывания Gypsy Gag с РНК
      • 4. 2. 5. Способность Gag gypsy формировать вирусоподобные частицы в бактериальной клетке
      • 4. 2. 6. Фракция Gag в водонерастворимой части лизата бактериальных клеток
      • 4. 2. 7. Роль нуклеокапсида в мультимеризации Gag gypsy

Функциональные особенности эндогенных ретровирусов на примере gypsy (МДГ 4) (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Актуальность проблемы. Эндогенные ретровирусы и ретротранспозоны, будучи интегральной частью эукариотического генома, как правило, занимают около 10%, а в некоторых случаях до 50% генома. Их способность к транспозициям и горизонтальному переносу представляет один из основных факторов генетической нестабильности и пластичности генома, а в рамках отдельного организма может привести к развитию ряда заболеваний животных и человека. В настоящее время с активностью эндогенных ретровирусов связывают ряд психосоматических расстройств, включая шизофрению [Christensen, 2010], гипертонию, аутоиммунные заболевания [Dreyfus, 2011], появление некоторых видов опухолей, псориаз [Sarid and Gao, 2011] и т. д. Кроме того, в вероятности межвидового переноса эндогенных ретровирусов таится главная опасность ксенотрансплантации клеток свиньи, несмотря на то, что подобный подход имеет большой потенциал для лечения многих заболеваний человека, включая замену органов и диабет [Denner, 2011]. Прогресс в изучении эндогенных ретровирусов имеет фундаментальную и теоретическую значимость для ветеринарной вирусологии и генетики и важен с хозяйственной точки зрения, например, для понимания причин многолетнего персистирования вируса лейкоза в российской популяции крупного рогатого скота.

Наиболее удобной моделью для изучения эндогенных ретровирусов на сегодняшний день является ретровирус дрозофилы (эрантивирус) gypsy (его другое название — МДГ4). Интерес к изучению gypsy определён его довольно активной экспрессией, высокой частотой транспозиций и амплифицированностью в геноме. Именно на примере gypsy впервые была установлена способность эндогенного ретровируса перемещаться не только внутри генома, но и между разными клетками и организмами. Межклеточные перемещения gypsy явились одним из первых примеров трафика вируса, независимого от белков оболочки вирусной частицы. Сейчас это явление подтверждено многими примерами, а механизмы, лежащие в его основе, развиты в теорию экзосомной стратегии распространения вируса [Gould et al., 2003].

Изучение молекулярной архитектуры вирусных и вирусоподобных частиц, образуемых эндогенными ретровирусами, актуально для развития новейших нанобиотехнологий. В последние годы стало очевидным, что свойства структурного белка ретровирусов (как и некоторых других вирусов) можно использовать при разработке рекомбинантных вакцин, а также систем доставки в клетку нуклеиновых кислот или иных биологически активных молекул. В частности, в последнее десятилетие показано, что структурный белок (Gag) ряда ретровирусов способен самостоятельно формировать вирусоподобную частицу вне зависимости от каких либо факторов эукариотической клетки, упаковывать вовнутрь частицы нуклеиновые кислоты и/или экспонировать на поверхности собранной частицы гетерологичный пептид.

Цель работы. Выявить функциональные особенности эндогенного ретровируса gypsy (МДГ4) и образуемых им частиц.

Основные задачи исследования.

1. Разработать тесты на примере gypsy для выявления способности эндогенного ретроэлемента сохранять свою генетическую информацию во внеклеточной форме в виде вирусоподобных частиц.

2. Разработать систему, моделирующую «экзогенизацию» эндогенного ретровируса. Изучить на примере gypsy и родственного ему ретротранспозона МДГЗ способность к межклеточной передаче эндогенных ретровирусов.

3. Исследовать функции структурного белка gypsy (Gag) в процессе межклеточной передачи частиц ретроэлемента.

4. Клонирование и экспрессия в гетерологичных системах структурного белка ретровируса gypsyразработать технологию его очистки.

5. Определить принципы образования мономерами Gag вирусоподобных частиц.

Научная новизна работы. В представленной диссертационной работе на примере gypsy обобщен опыт моделирования функциональных особенностей эндогенного ретровируса. Исследованы функции частиц, образуемых gypsy и ретротранспозоном МДГЗ, принадлежащим к группе gypsy. Впервые обнаружен феномен межклеточного переноса ретроэлементов от одной клетки к другой. На основе культивируемых соматических клеток была разработана система, позволяющая моделировать межклеточный перенос эндогенных ретровирусов и ретротранспозонов и определять частоту таких событий. Установлено, что межклеточные перемещения эндогенных ретровирусов и ретротранспозонов происходят без какой либо предварительной стимуляции реципиентных или донорных клеток.

Экспериментально доказана возможность межвидовой передачи эндогенных ретровирусов и ретротранспозонов их вирусоподобными частицами. Раскрыто, что межвидовой процесс передачи не зависит от гена env, а структурный белок ретровируса может обеспечить его медленные межклеточные перемещения.

Обоснована теория о том, что ряд белков, кодируемых геномом клетки-хозяина, может использоваться структурными белками ретроэлемента для выхода из клеток или проникновения в них. В рамках теории о том, что взаимодействие структурного белка ретроэлемента с клеточными белками-партнёрами может регулироваться его фосфорилированием, изучена кинетика взаимодействия казеиновой киназы типа 2 (СК2) со структурным протеином gypsy;

Была клонирована нуклеотидная последовательность, кодирующая структурный белок (Gag) ретровируса gypsy. Gag gypsy был впервые экспрессирован в гетерологичных системах, используя бактериальные (Е. coli) и эукариотические (S. frugiperda) клетки.

Продемонстрированы подходы для изучения молекулярной архитектуры частиц, образуемых структурными белками ретровирусов типа gypsy. Проведён теоретический и экспериментальный анализ функциональных областей структурного белка gypsy. Экспериментально определена функция нуклеокапсида в формировании частиц gypsy и раскрыт механизм мультимеризации мономеров Gag в вирусоподобные частицы.

Полученные результаты закладывают фундаментальную базу для разработки стратегий борьбы с рядом медленно развивающихся болезней человека и животных, определенных межвидовым и неспецифическим распространением вирусов.

Вклад автора в развитие отечественной биологической науки был отмечен Главной Премией МАИК «Наука/Интерпериодика» в области биологии за 2004 г. С обоснованием такого решения можно ознакомиться по следующей ссылке: http://www.maik.ru/cgi-perl/contents.pl?lang=rus&catalog=4&page=18.

Теоретическая и практическая значимость работы. Теоретическая значимость работы заключается в обнаружении феномена межклеточного переноса ретроэлементов и межвидовой передачи эндогенных ретровирусов. Показано, что такой перенос определен вирусоподобными частицами ретроэлементов. Принципиальным является результат, раскрывающий, что процесс межклеточной передачи частиц ретроэлементов не всегда зависит от гена env, несмотря на то, что классическая схема предусматривает необходимость гликопротеина Env для инфекционности ретровируса. Развита теория о том, что ряд белков, кодируемых геномом клетки-хозяина, может использоваться структурными белками ретроэлемента для выхода из клеток или проникновения в них.

Практическая значимость работы состоит в том, что на основе структурного белка ретровируса gypsy и конструкций, позволяющих его экспрессию в гетерологичных системах экспрессии, разработаны принципы построения биотехнологичных глобулярных наночастиц. Кроме того, в рамках диссертационной работы впервые предложены для научно-исследовательских работ следующие технологии:

• На культурах клеток разработана система для моделирования распространения вируса и вирусоподобных наночастиц;

• Разработаны методы очистки казеиновой киназы типа 2 (СК2) из культуры клеток и фосфорилирования мономеров Gag in vitro;

• Предложен метод лиганд-блоттинга, позволяющий детектировать структурные белки вирусов. Эта технология защищена патентом;

• Разработаны методологические основы получения вирусоподобных частиц в эукариотической системе экспрессии и их очистки;

• Получены и очищены глобулярные белковые наночастицы в бактериальной системе экспрессии;

• Предложена технология получения глобулярных белковых наночастиц из мономеров белка in vitro;

• Определена минимальная последовательность Gag gypsy, необходимая для производства рекомбинантной белковой наночастицы. Методология диссертационной работы может помочь в изучении ряда медленно развивающихся заболеваний животных и человека, имеющих вирусную этиологию, например лейкоза КРС и аденомотоза овец. Разработанные в рамках диссертации генно-инженерные наночастицы могут послужить основой для создания рекомбинантных вакцин нового поколения и разработки молекулярных носителей для доставки биологически активных веществ в клетку.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Экспериментально доказано, что геном беспозвоночных населяют эндогенные ретровирусы, также как геном млекопитающих.

2. Обнаружен феномен межклеточного перемещения ретроэлементов от одной соматической клетки к другой и межвидовая передача эндогенных ретровирусов и ретротранспозонов. Показано, что такой перенос определен вирусоподобными частицами ретроэлементов. На модели культивируемых клеток разработана система, моделирующая процесс межклеточных перемещений эндогенного ретровируса.

3. Процесс межклеточной передачи частиц ретротранспозонов не связан с геном env, несмотря на то, что классическая схема предусматривает необходимость гликопротеина Env для распространения ретровируса. Межклеточные перемещения частиц эндогенного ретровируса могут быть определены его структурным белком, т. е. обнаружен альтернативный путь распространения ретровируса, обеспечивающий его межвидовую передачу.

4. Ряд белков, кодируемых геномом клетки-хозяина, может использоваться структурными белками ретровируса для выхода из клеток или проникновения в них. Определены несколько клеточных белков, взаимодействующих с Gag gypsy: убиквитин, SUMO и казеиновая киназа типа 2.

5. Gag gypsy способен образовывать вирусоподобные частицы в гетерологичной эукариотической системе экспрессии. Он самодостаточен для мультимеризации в глобулярные частицы без участия каких-либо факторов эукариотической клетки, поскольку, экспрессированный в бактериях, способен также образовывать частицы.

6. Нуклеокапсид существенно влияет на организацию частиц Gag gypsy, и эту функцию определяет последовательность аминокислотных остатков на его N-конце (проксимальная часть нуклеокапсида). Формирование частиц эффективно происходит в присутствии РНК или однонитевых олигонуклеотидов произвольной последовательности.

Апробация работы. Результаты работы были представлены на 3-ем и 4-ом Всероссийском симпозиуме по генетике культивируемых соматических клеток, Москва, 1986 г. и Москва-Звенигород, 1989 г.- на 2-ом Европейском конгрессе по клеточной биологии, Будапешт, 1986 г.- на 2-ом Всероссийском сипозиуме «Молекулярные механизмы генетических процессов» Москва, 1987 г.- на 6-ом Всероссийском симпозиуме по проблемам биологии и генетики дрозофилы, Одесса, 1989 г.- на Международном симпозиуме.

Теоретические и прикладные аспекты молекулярной биологии". Москва-Самарканд. 1991 г.- на 42-й и 50-й Ежегодной конференции по исследованиям на дрозофиле, Вашингтон, США, 2001 г. и Чикаго, США, 2009 г.- 4-ом Международном симпозиуме по исследованиям ретровирусного нуклеокапсида, 2003 год, Страсбург, ФранцияМеждународной конференции «Развитие международного сотрудничества в области изучения инфекционных заболеваний», Новосибирск, 2004 г.- 23-ей Российской конференции по электронной микроскопии, Черноголовка, 2010 г.- Международной научно-практической конференции «Актуальные проблемы инфекционных болезней молодняка и других возрастных групп сельскохозяйственных животных, рыб и пчел», посвященной 50-летию со дня основания лаборатории лейкозологии, лаборатории ихтиопатологии и отдела охраны полезной энтомофауны ВИЭВ, Москва, 2011 г.- и др.

Личный вклад автора. На всех этапах диссертационного исследования от постановки задач до выполнения основных результатов роль автора была основной. Участие соавторов отражено в совместно изданных научных статьях.

Публикации. По теме диссертации опубликовано 39 печатных работ, в том числе 25 статей в рецензируемых научных журналах и патент на изобретение.

Объём и структура диссертации. Диссертация изложена на 245 страницах, содержит 8 таблиц, 48 рисунков и состоит из следующих разделов: введения, обзора литературы, материалов и методов исследований, результатов собственных исследований, обсуждения полученных результатов, заключения, выводов, рекомендаций по использованию научных выводов и списка цитируемой литературы. Список цитированной литературы состоит из 427 ссылок.

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

ВЫВОДОВ.

1. Методология проведения работы может быть рекомендована в дальнейших исследованиях ретровирусных инфекций. Например, изучения механизмов персистенции ретровируса крупного рогатого скота или в изучении этиологии аденоматоза лёгких овец.

2. Продемонстрированные в работе теоретические и экспериментальные подходы по выявлению клеточных белков-партнёров, которые могут взаимодействовать со структурным белком вируса, обеспечивая его медленное неспецифическое распространение, рекомендуются к использованию для разработки стратегий борьбы с рядом медленно развивающихся болезней человека и животных, определенных межвидовым и неспецифическим распространением вирусов.

3. Разработанные в рамках диссертации принципы образования наночастиц применимы для создания рекомбинантных вакцин нового поколения и/или разработки молекулярных носителей для доставки биологически активных веществ в клетку.

6.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

.

Представленная работа посвящена изучению механизмов межклеточного распространения эндогенных ретровирусов и ретротранспозонов. Эта проблема приобретает все больший интерес, так как в последние годы появилось множество данных о том, что перемещение эндогенных ретровирусов может являться причиной различных заболеваний человека и животных. Вместе с тем, такое явление открывает перспективы для создания биотехнологичных наночастиц, способных распространяться по клеткам организма. Несмотря на важность проблемы в настоящее время пока мало известно о биологии эндогенных ретровирусов и, особенно о механизмах их распространения.

В диссертационной работе внимание уделено изучению функций частиц, образуемых эндогенными ретровирусами и ретротранспозонами. Изучали два ретроэлемента дрозофилы — gypsy и МДГЗ, структурно сходные с простейшими эндогенными ретровирусами человека и других млекопитающих. Следует отметить, что эти элементы явились одними из первых обнаруженных мобильных элементов животных и были клонированы и охарактеризованы соавтором большинства работ академиком Ю. В. Ильиным в 1970;80-е годы. До сих пор в мире велик интерес к изучению этих элементов генома дрозофилы, поскольку они представляют собой пример простейших ретровирусов и, соответственно, удобным инструментом для изучения генов gag, pol и env функционирование которых определяет распространение всех ретровирусов.

Центральным моментом работы явилось обнаружение феномена межклеточного переноса ретроэлементов от одной соматической клетки к другой и даже межвидовой передачи эндогенных ретровирусов и ретротранспозонов. Показано, что такой перенос определен вирусоподобными частицами ретроэлементов. Принципиальным является результат, показывающий, что процесс межклеточной передачи частиц ретроэлементов не зависит от гена env, несмотря на то, что классическая схема предусматривает необходимость гликопротеина Env для инфекционности ретровируса. Эти данные согласуются с массой косвенных свидетельств в пользу того, что ретротранспозоны, большинство из которых не содержат епу-ген, способны к межвидовому переносу, и это является существенным фактором нестабильности и пластичности генома, а в рамках отдельного организма может привести к развитию ряда заболеваний, в том числе и у человека.

Развита теория о том, что ряд белков, кодируемых геномом клетки-хозяина, может использоваться структурными белками ретроэлемента для выхода из клеток или проникновения в них. Выявлен ряд функциональных мотивов в последовательностях структурного белка Gag. Экспериментально определен один из белков-партнеров — казеиновая киназа типа II и изучена кинетика ее взаимодействия со структурным протеином ретровируса gypsy. В работе выявлено, что убиквитин и SUMO, являясь клеточными белками-партнёрами Gag, могут способствовать неспецифическому выходу частицы из клетки и проникновению в неё либо определять неспецифическое проникновение частицы в клетку, если частица оказалась вне клетки вследствие разрушения хозяйской клетки.

До представленной работы ничего не было известно о молекулярной архитектуре частиц, образуемых структурными белками ретротранспозонов типа gypsy. Особенностью Gag gypsy является то, что он не содержит известных канонических мотивов, характерных для Gag всех подсемейств ретровирусов: лентивирусов, онковирусов и спумавирусов. Более того, нет свидетельств, позволяющих предполагать, что Gag gypsy процессирует на отдельные матриксный, капсидный и нуклеокапсидный пептиды, как это присуще структурным белкам большинства ретровирусов позвоночных. Деление Gag gypsy на соответствующее домены возможно лишь виртуально.

Дополняет картину то, что в нуклеокапеидной части этого белка отсутствуют классические «цинковые пальцы» (или так называемые ССНС мотивы), обычно обеспечивающие связывание структурного белка с РНК ретровируса. Актуальность изучения такого белка определена тем, что такая организация Gag не ограничена gypsy, а также характерна для ряда ретротранспозонов дрозофилы и дрожжей. Кроме того, структурные белки спумавирусов млекопитающих и ряда эндогенных ретровирусов, обнаруживаемых также у человека (например, HERVL) также лишены ССНС.

В результате наших исследований было показано, что Gag gypsy самодостаточен для мультимеризации в глобулярные частицы без участия каких-либо факторов эукариотической клетки, поскольку в бактериях способен образовывать частицы. Несмотря на то, что для мультимеризации белка необходима нуклеиновая кислота, нуклеокапсид не является исключительным необходимым фактором мультимеризации Gag gypsy. Капсидная часть белка также способна мультимеризоваться в присутствии нуклеиновой кислоты. Нуклеокапсид существенно влияет на организацию и структуру частиц, и эту функцию определяет N-концевая часть нуклеокапсида gypsy. Формирование частиц белками эффективно происходит в присутствии РНК или однонитевых олигонуклеотидов, при этом какая-либо специфичность последовательности нуклеиновых кислот не требуется.

Диссертационная работа является вкладом в изучение феномена горизонтального и межвидового распространения ретротранспозонов и эндогенных ретровирусов. Мы впервые продемонстрировали, что этот процесс определён вирусоподобными частицами ретроэлементов, и функции структурных белков таких частиц не ограничены только структурной компонентой. Эти белки обеспечивают механизм медленной и неспецифической передачи частиц ретроэлементов от клетки к клетке, что определяет горизонтальное и межвидовое распространение ретротранспозонов и эндогенных ретровирусов. Полученные результаты закладывают базу для разработки стратегий борьбы с рядом медленно развивающихся болезней человека и животных, определенных межвидовым и неспецифическим распространением вирусов.

Показать весь текст

Список литературы

  1. С.Н. Характеристика первичной структуры полноразмерной копии ретротранспозона дрозофилы МДГ1 / С. Н. Аведисов, В. А. Черкасова, Ю. В. Ильин // Генетика. 1990. — Т.26. — С. 1905−1914.
  2. С.Н. Трансмобилизация делетированных копий ретротранспозона мдгЗ в культуре клеток дрозофилы / С. Н. Аведисов, Е. С. Зеленцова, Ю. В. Ильин // Генетика. 1998. — Т.34. — С. 335−342.
  3. И.Р. Вирусоподобные частицы, содержащие последовательности мдг элементов, в культуральной среде клеток Drosophila melanogaster / И. Р. Архипова, A.A. Кричевская, В. А. Черкасова и др. // Докл. Акад. Наук СССР. 1987. — Т.292. — С. 212−215.
  4. Л. А. Стрессовая индукция транспозиции ретротранспозонов дрозофилы: вероятность событий, характерные черты, возможная роль в эволюции / Л. А Васильева, В. А. Ратнер, Е. В. Бубенчикова //Генетика. 1997. — Т.ЗЗ. — С. 1083−1093.
  5. Д. Клонирование ДНК //Методы. М: Мир, 1988. — 538с.
  6. М.Б. Мобильные элементы и видообразование / М. Б. Евгеньев, Е. И. Миджоян, Е. С. Зеленцова, Н. Г. Шостак, Г. Т. и др. // Мол. Биол. 1998.-V. 32. — Р. 184−192.
  7. Ю.В. Мобильные диспергированные гены эукариот / В кн.: Итоги науки и техники. Т. 18. Сер. Молекулярная биология, М. ВИНИТИ. -1982.- 109 с.
  8. Ю.В. Множественные рассеянные по хромосомам группы Dr. melanogaster с варьирующей локализацией. Сообщение VII. Транскрипция мобильных диспергированных генов 1 и 3 / Ю. В. Ильин, В. Г. Хмеляускайте,
  9. B.В. Кульгускин //Генетика. 1981. — Т. 17. — С.211−221.
  10. П. Принципы эволюции. Москва. Мир. — 1986. — С. 112−119.
  11. А.И. Экспрессия мобильного элемента Drosophila melanogaster, мдг1, на разныз стадиях развития / А. И. Кувакина, Д. И. Нурминский, Г. Л. Коган // Генетика. 1988. — Т. 24: С. 1234−1240.
  12. H.A. Исследование транскрипции мобильного элемента репейник на разных стадиях развития дрозофилы / H.A. Пономаренко, Л. Г. Айрих, Майзонраут К., H.A. Чуриков // Докл. Акад. Наук России. 1997. — Т. 355. — С. 266−268.
  13. А.З. Клонирование и экспрессия в Е. coli GAG-подобного белка gypsy (мдг4) / А. З. Рачинский, O.A. Турапов, A.C. Степанов, Б. В. Сёмин, Ю. В. Ильин // Доклады Академии Наук. 1997. — Т.357. — № 4. — С. 554−557.
  14. .В. Внутриклеточное распределение нуклеотидных последовательностей гомологичных мобильным диспергированным генам // Генетика. 1989. — Т. 25. — С. 981−992.
  15. .В. Выявление ДНК-связывающих белков в препаратах вирусоподобных частиц Drosophila melanogaster / Б. В. Сёмин, К. В. Кандрор, А. В. Семакин, A.B., Цупрун В. Л., A.C. Степанов // Доклады Академии Наук СССР. 1992. — Т. 322. — С. 166−169.
  16. .В. Исследование некоторых биохимических характеристик вирусоподобных частиц gypsy (МДГ4) / Б. В. Сёмин, К. В. Кандрор, A.B. Семакин, В. Л. Цупрун, A.C. Степанов // Биохимия. 1994. — Т.59. — No 4.1. C.363 369.
  17. .В. Внутриклеточные вирусоподобные частицы ретротранспозона Gypsy (МДГ4) как фактор инфекционности / Б. В. Сёмин, Ю. В. Ильин // Доклады Академии Наук. 1994. — Т.339. — № 6. — С. 838−841.
  18. .В. Связывание с нуклеиновыми кислотами белка, кодируемого первой открытой рамкой считывания ретротранспозона gypsy (МДГ4) / Б. В. Сёмин, O.A. Турапов, A.C. Степанов и Ю. В. Ильин // Молекулярная биология. 1999. — Т.ЗЗ. — С. 423−427.
  19. .В. Гомологичная и гетерологичная казеиновые киназы типа 2 одинаковым образом влияют на сродство структурного полипротеина Gag gypsy (МДГ4) к РНК / Б. В. Сёмин, М. А. Маликова, A.C. Степанов, Ю. В. Ильин // Молекулярная биология. 2002. — С. 28−29.
  20. .В. Экспрессированный в бактериальной системе полипротеин Gag ретроэлемента gypsy (МДГ4) способен формировать мультимерные комплексы / Б. В. Сёмин, В. И. Попенко, М. А. Маликова и др. // Доклады Академии Наук. 2001. — Т. 380. — С. 266−268.
  21. .В. Ретротранспозон МДГЗ способен перемещаться между соматическими клетками неродственных видов при их совместном культивировании / Б. В. Сёмин, Т. Я. Леонова, Ю. В. Ильин // Молекулярная биология. -2002. Т.36. — С. 617−622.
  22. .В. Распределение транскриптов ретротранспозона МДГЗ в культуре клеток / Б. В. Сёмин, Ю. В. Ильин //Молекулярная биология. 2003. — Т. 37. — С. 634−636.
  23. .В. Эрантивирусы Drosophila / Б. В. Сёмин, Ю. В. Ильин // Генетика. 2003. — Т. 39. — С. 657−663.
  24. .В. Функциональные мотивы, выявляемые в аминокислотной последовательности Gag ретровируса Gypsy / Б. В. Сёмин, Ю. В. Ильин // Доклады Академии Наук. 2004. — Т.398. — С 419−421.
  25. .В. Многообразие ДКП ретротранспозонов и механизмы их участия в реорганизации генома / Б. В. Сёмин, Ю. В. Ильин // Генетика. 2005. -Т. 41.-С. 542−548.
  26. .В. Детекция структурного белка (Gag) эндогенного ретровируса МДГ4 (gypsy) в культивируемых клетках / Б. В. Сёмин, Ю. В. Ильин // Доклады Академии Наук. 2006. — Т. 408. — С. 125−127.
  27. .В. Структурный белок Gag ретровируса D. melanogaster МДГ4 (gypsy) формирует вирусоподобные частицы в бактериальной клетке / Б. В. Сёмин, Л. А. Иванова, В. И. Попенко, Ю. В. Ильин // Молекулярная биология. 2011. — Т. 45. — С. 517−523.
  28. Д.А. Преимущественная транскрипйция ретротранспозона copia в семенниках Drosophila melanogaster / Д. А. Филатов, C.B. Нуждин, Е.Г. Пасюкова// Мол. Биол. 1998.- Т.32. — С. 976−980.
  29. Р.Б. Непостоянство генома. М.: Наука, 1985. — 472с
  30. В.А. Мобильный элемент дрозофилы мдг1 содержит два участка, специфически узнаваемых белками грубого ядерного экстракта / В. А. Черкасова, Ю. А. Седков, А. А. Караванов и др. // Генетика 1989. Т. 25. — С. 2101−2109.
  31. Adamson C.S. The molecular basis of HIV capsid assembly five years of progress / C.S. Adamson, I.M. Jones // Rev Med Virol. 2004. — Vol. 14. — P. 107 121.
  32. Affranchino J.L. In vitro assembly of the feline immunodeficiency virus Gag polyprotein / J.L. Affranchino, S.A. Gonzalez // Virus Res. 2010. — Vol. 150. -P. 153−157.
  33. Ananiev E.V. Reiterated genes with varying location in intercalary heterochromatin of Drosophila melanogasteri polytene chromosomes / E.V. Ananiev, V.A. Gvozdev, Y.V. Ilyin et al. // Cromosoma. 1978. — Vol. 70. — P. 117.
  34. Amrein H. The sex-determining gene tra-2 of Drosophila encodes a putative RNA binding protein / H. Amrein, M. Gorman, R. Nothiger // Cell. 1988. -Vol. 55.-P. 1025−1035.
  35. Arkhipova I.R. Properties of promoter regions of mdgl Drosophila retrotransposon indicate that it belongs to a specific class of promoters / I.R. Arkhipova, Y.V. Ilyin// EMBO J. 1991,-Vol. 10. — P. l 169−1177.
  36. Arkhipova I.R. Complex patterns of transcription of a Drosophila retrotransposon in vivo and in vitro by RNA polymerases II and III // Nucl. Acids Res. 1995. — Vol. 23. — P. 4480−4487
  37. Arkhipova I.R., Ilyin Y.V. Control of transcription of Drosophila retrotransposons / I.R. Arkhipova, Y.V. Ilyin // Bioessays. 1992. — Vol. 14. — P. 161−168.
  38. Arkhipova I.R., Lyubomirskaya N.V., Ilyin Y.V. Drosophila retrotransposons. RG Landes / I.R. Arkhipova, N.V. Lyubomirskaya, Y.V. Ilyin // Austin. Tex. — 1995
  39. Arkhipova I.R. Promoter elements revealed in Drosophila by sequence analysis//Genetics, 1995. Vol. 139. — P. 1359−1369.
  40. Arkhipova I.R. The steps of reverse transcription of Drosophila mobile dispersed genetic elements and U3-R-U5 structure of their LTRs / I.R. Arkhipova, A.M. Mazo, V.A. Cherkasova et al. //Cell. 1986.- V. 44. — P. 555−563.
  41. Arkhipova I.R. Reverse transcription of Drosophila mobile dispersed genetic element RNAs: detection of intermediate forms / I.R. Arkhipova, T.V. Gorelova, Y.V. Ilyin et al. // Nucl. Acids Res. 1984. — Vol. 12. — P. 7533−7548.
  42. Avedisov S.N. Identification of spliced RNA species of Drosophila melanogaster gypsy retrotransposon: new evidence for retroviral nature of the gypsy element / S.N. Avedisov, Y.V. Ilyin // FEBS Lett. 1994. — Vol. 350. — P. 147−150.
  43. Baltimore D. Viral RNA dependent DNA polymerase // Nature, 1970. -Vol. 226.-P. 1209−1211.
  44. Barr S.M. Cell-free assembly of a polyoma-like particlefrom empty capside and DNA / S.M.Barr, K. Keck, H.V.Aposhian // Virology 1979. -Vol.96. — P.656−659.
  45. Batista F.R. Behavior of wild-type and transfected S2 cells cultured in two different media. /F.R. Batista, K.N. Greco, R.M. Astray, S.A. Jorge et al.// Appl Biochem Biotechnol. 2011. — Vol. 163. — P. 1−13
  46. Bayev A.A. Structural organization of transposable element mdg4 from Drosophila melanogaster and nucleotide sequence of its terminal repeats / A.A.
  47. Bayev, N.V. Lyubomirskaya, E.B. Dzhumagaliev et al. // Nucl. Acids res. 1984. -Vol. 12. — P. 3707−3723.
  48. Becker J. Best-Belpomme M. Characterization and purification of DNA-RNA complexes related with 1731 and copia-like transposable elements in Drosophila cell line / J. Becker, J.L. Becker // Cell. Mol. Biol. — 1990. — Vol. 36. -P. 449−460.
  49. Biggin M. Transcription factors activate the Ultrabithorax promoter in developmentally staged extracts / M. Biggin, R. Tjian // Cell. 1988. — Vol. 53. — P. 699−711.
  50. Bingham P.M. The molecular basis of P-M hybrid dysgenesis: the role of P-element, a P specific transposable family / P.M. Bingham, M.G. Kidwell, G.M. Rubin // Cell. 1982. — Vol. 29. — P. 995−1004.
  51. Birchler J. Interaction of mottler of white with transposable element alleles at the white locus in Drosophila melanogaster / J. Birchler, J. Hiebert, L. Rabinow // Genes Dev. 1989. — Vol. 3. — P. 73−84.
  52. Blackman R. K, Meselson M. Interspecific nucleotide sequence comparisons used to identify regulatory and structural features of the Drosophila hsp82 gene / R.K. Blackman, M. Meselson // J Mol Biol. 1986. — Apr, 20. — Vol. 188.-P. 499−515.
  53. Boeke J.D. Family Pseudoviridae. In: Virus Taxonomy: Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Ed. by Fauquet CM. et al. / J.D. Boeke, T. Eickbush, S.B. Sandmeyer, D.F. Voytas // Amsterdam. -2005. — Elsevier. — P. 397−407.
  54. Boeke J.D. Metaviridae. In: Virus Taxonomy: ICTV VH’th Report. Ed. by van Regenmortel M.H.V. et al. / J.D. Boeke, T. Eickbush, S.B. Sandmeyer, D.F. Voytas // N.Y. 2000. — Academic Press. — P. 359−367.
  55. Boeke J.D. Retroviruses Cofin JM, Hughes SH, and Varmus HE, Eds. / J.D. Boeke, J.P. Stoye // Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY. 1997. — P.343−435.
  56. Boeke J.D. Transcription and reverse transcription of retrotransposons / J.D. Boeke, V.G. Corces//Annu. Rev. Microbiol. — 1989.- Vol.43. — P.403−434.
  57. Bowen N.J. Genomic analysis of Caenorhabditis elegans reveals ancient families of retroviral-like elements / N.J. Bowen, J.F. McDonald // Genome Res. 1999. — Vol.9. — P. 924−935.
  58. Bras F. Sequences of the N and M genes of the sigma virus of Drosophila and evolutionary comparison /F. Bras, D. Teninges, S. Dezelee // Virology. -1994. Vol. 200. — P. 189−199.
  59. Braude-Zolotarjova T.I. Transient expression of hsp-CAT I and copia-CAT I hybrid genes in D. melanogaster and D. virilis cultured cells / T.I. Braude-Zolotarjova, N. G. Shuppe // Drosophila Inform. Ser. 1987. — Vol. 66. — P. 33−36.
  60. Braude-Zolotarjora T.I. Male diploid embryonic cell line of Drosophila virilis / T.I. Braude-Zolotarjova, V.T. Kakpakov, N. G. Shuppe // In vitro 1986. -Vol. 22.-P. 481−489.
  61. Brierley C. The retrotransposon copia controls the relative levels of its gene products post transcriptionally by differential expression from its two major RNAs / C. Brierley, A.J. Flavell // Nucl. Acids Res. — 1990. — Vol. 18. — P. 29 472 951.
  62. Brookman J. J The 412 retrotransposon and the development of the gonadal mesoderm in Drosophila / J.J. Brookman, A.T. Toosy, L.S. Shashidhara et al. // Development 1992. Vol. 116. — P. 1185−1192.
  63. Bronner G. Mesoderm-specific B104 expression in the Drosophila embryo is mediated by internal cis-acting elements of the transposon / G. Bronner, H. Taubert, H. Jackie // Chromosoma, 1995. Vol. 103. — P. 669−675.
  64. Bolinger P.Y. An integrated self-assembled nanofluidic system for controlled biological chemistries / P.Y. Bolinger, D. Stamou, H. Vogel // Angew Chem Int Ed Engl. 2008. — Vol. 47. — P. 5544−5549.
  65. Bucheton A. I transposable elements and I-R hybrid dysgenensis // Trends Genet. 1990. — Vol. 6. — P. 16−19.
  66. Bureau T.E. Transduction of a cellular gene by a plant retroelement / T.E. Bureau, S.E. White, S.R. Wessler // Cell. 1994. — Vol. 77. — P. 479−480.
  67. Burgess R.R. Refolding solubilized inclusion body proteins. // Methods Enzymol. 2009. — Vol. 463. — P. 259−282.
  68. Burns N.R. Symmetry, flexibility and permeability in the structure of yeast retrotransposon virus-like particles / N.R. Burns, H.R. Saibil, N.S. White et al. //EMBOJ. 1992.- Vol.11.- P. 1155−1164.
  69. Campbell S. Self-assembly in vitro of purified CA-NC proteins from Rous sarcoma virus and human immunodeficiency virus type 1/ V.M. Vogt, Campbell S.// J. Virol 1995. — Vol. 69. — P. 6487−6497.
  70. Canizares J. Tirant is a new member of the gypsy family of retrotransposons in Drosophila melanogaster/ J. Canizares, M. Grau, N. Paricio et al. // Genome, 2000. Vol. 43. — P. 9−14.
  71. Calvi B.R. Evidence for a common origin of inverted repeat transposons in Drosophila and plants: hobo, Activator and Tam3 / B.R. Calvi, T.J. Hong, S.D. Findley et al. // Cell, 1992. Vol. 66. — P. 465−471.
  72. Chalvet F. Proviral amplification of the Gypsy endogenous retrovirus of Drosophila melanogaster involves env-independent invasion of the female germline / F. Chalvet, L. Teysset, C. Terzian et al. // EMBO J. 1999. — Vol. 4. — P. 26 592 669.
  73. Chow Y.H. gpl20-Independent infection of CD4-. epithelial cells and CD4[+] T-cells by HIV-1. / Y.H.Chow, D. Yu, J.Y. Zhang [et al.]// J Acquir Immune Defic Syndr. 2002. — Vol. 30. — P. 1−8.
  74. Chou T.B. Developmental expression of a regulatory gene is programmed at the level of splicing / T.B. Chou, Z. Zachar, P.M. Bingham // EMBO J. 1987. — Vol. 6. — P. 4095−4104.
  75. Cavarec L. The Drosophila copia retrotransposon contains binding sites for transcriptional regulation by homeoproteins / L. Cavarec, T. Heidmann // Nucl. Acids Res. 1993. — Vol. 21. — P. 5041−5049.
  76. Ciechanover A. The ubiquitin-mediated proteolytic pathway and mechanisms of energy-dependent intracellular protein degradation. /A. Ciechanover, D. Finley, A. Varshavsky // J Cell Biochem. 1984. — Vol. 24. — P. 27−53.
  77. Claypool J.A. Ten-Kilodalton Domain in Ty3 Gag3-Pol3p between PR and RT Is Dispensable for Ty3 Transposition / J.A. Claypool, H.S. Malik, T.H. Eickbush et al. // J. Virol. 2001. — Vol.75. — P.1557−1560.
  78. Coffin J.M. Retroviridae and their replication // In: Fields B.N., Knipe D.M. et al. eds. Virology. 2nd ed. New York: Raven Press, 1992. P. 1437−1500.
  79. Contursi C. Functional dissection of two promoters that control sense and antisense transcription of Drosophila melanogaster F elements / C. Contursi, G. Minchiotti, P.P. DiNocera // J. Mol. Biol. 1993. — Vol. 234. — P. 988−997.
  80. Copeland C.S. Boudicca, a retrovirus-like long terminal repeat retrotransposon from the genome of the human blood fluke Schistosoma mansoni / C.S. Copeland, P.J. Brindley, O. Heyers et al. //J Virol. 2003. — Vol.77. — P. 6153−6166.
  81. Corces V.G. Interactions of retrotransposons with the host genome: the case of the gypsy element of Drosophila / V.G. Corces, P.K. Geyer // Trends Genet.- 1991.-Vol. 7.-P. 86−90.
  82. Covey S.N. Amino acid homology in Gag region of reverse transcribing elements and the coat protein gene of cauliflower mosaic virus // Nucl. Acids Res. -1986.-Vol.14.-P. 623−635.
  83. Christensen T. HERVs in neuropathogenesis // J Neuroimmune Pharmacol. 2010. — Vol. 5.- 326−335.
  84. Csink A. Mosaic suppressor, a gene in Drosophila that modifier of retroelement expression, position effect variegation and locus insertion alleles / A. Csink, R. Linsk, J. Birchler // Genetics, 1994. Vol. 138. — P. 153−163.
  85. Daniels S.B. Evidence for horizontal transmission of the P transposable element between Drosophila species / S.B. Daniels, K.R. Peterson, L.D. Strausbaugh et al. // Genetics, 1990. Vol. 124. — P. 339−355.
  86. Darlix J.L. Circularization of retroviral genomic RNA and the control of RNA translation, packing and reverse transcription. / Biochemie. 1986. — Vol. 68. — P. 941−949.
  87. Darnell J.E. Speculation on the early course of evolution / J.E. Darnell, W.F. Doolittle // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1986. — Vol. 83. — P. 1271−1275.
  88. Dej K.J. A hotspot for the Drosophila gypsy retroelement in the ovo locus / K.J. Dej, T. Gerasimova, V.G. Corces et al. // Nucl. Acids Res. 1998. -Vol. 26.-P. 4019−4025.
  89. Demerec M. Frequency of spontaneous mutations in certain stocks of Drosophila melanogaster. Genetics, 1937. Vol. 22. — P. 469−478.
  90. Denner J. Infectious risk in xenotransplantation what post-transplant screening for the human recipient? // Xenotransplantation. — 2011. — Vol. 18. — P. 151−157
  91. Desterro J.M. SUMO-1 modification of IkappaBalpha inhibits NF-kappaB activation / J.M. Desterro, M.S. Rodriguez, R.T. Hay// Mol an Cell Biol. -1998.-Vol. 2.-P. 233−239
  92. Dewannieux M. The mouse IAPE endogenous retrovirus can infect cells through any of the five GPI-anchored Ephrin A proteins / Dewannieux M, Vernochet C, Ribet D, Bartosch B et al. // PLoS Pathog. 2011. — Vol.7. -el002309.
  93. Diem O. Influence of antipsychotic drugs on human endogenous retrovirus (HERV) transcription in brain cells / O. Diem, M. Schaffner, W. Seifarth, C. Leib-Mosch // PLoS One. 2012. — Vol.7. — e30054.
  94. DiNocera P.P. Related polypeptides are encoded by Drosophila F elements, I factors and mammalian LI sequences / P.P. DiNocera, G. Casari // Proc. Natl. Acad, of Sci. USA. 1987. — Vol. 84. — P. 5843−5847.
  95. Domingo E. Mechanisms of viral emergence//Vet. Res. -2010. Vol. 41:38-P. 1−14.
  96. Doolittle R.F. Origins and evolutionary relationships of retroviruses/ R. F. Doolittle, D.F. Feng, M.S. Johnson et al. // Quart. Rev. Biol. 1989. — Vol. 64.-P. 1−30.
  97. Dorsett D. Potentiation of a polyadenylation site by a downstream protein-DNA interaction // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. — Vol. 87. — P. 43 734 377.
  98. Dreyfus D.H. Autoimmune disease: A role for new anti-viral therapies? // Autoimmun Rev. 2011, Dec. — Vol. 11. — P. 88−97.
  99. Dzherbashan A.R. Gradient condensation of chromatin in ribosomal genes of Drosophila melanogaster / A.R. Dzherbashan, V.L. Karpov, A.M. Kolchinskii, A.D. Mirzabekov // Mol Biol Mosk. 1988. — Vol. 22. — P.231−241
  100. Eickbush Т. Origin and evolutionary relationships of retroelements // In: Morse S.S. ed. The evolutionary biology of viruses. NY: Raven Press, 1994. P. 121−157.
  101. Eickbush Т.Н. Origins and evolution of retrotransposons. In: Mobile DNA. / Т.Н. Eickbush, H.S. Malik // Edited by Craig NL, Craigie R, Gellert M, Lambowitz AL. Washington, DC. ASM Press. 2002. — P. l 111−1144.
  102. Eigen M. Stages of emerging life five principles of early organization / M. Eigen, P. Schuster// J. Mol. — Evol. — 1982. — Vol. 19. — P. 47−61.
  103. Emori Y. The nucleotide sequences of copia and copia-related RNA in Drosophila virus-like particles / Y. Emori, T. Shiba, S. Kanaya et al. // Nature, 1985.-Vol. 315.-P. 773−776.
  104. Engelman A. In vivo analysis of retroviral integrase structure and function. // Adv Virus Res. 1999. — Vol. 52 — P. 411−426.
  105. Engels W.R. P elements in Drosophila melanogaster // In: Berg D.E., Howe M.M. eds. Mobile DNA. Washington, DC: American Society for Microbiology, 1989. P. 437−484.
  106. Evgen’ev M.B. Ulysses transposable element of Drosophila shows high structural similarities to functional domains of retroviruses / M.B. Evgen’ev, V.G. Corces, D.H. Lankenau // J. Mol. Biol. 1992. — Vol. 225. — P. 917−924.
  107. Falkenthal S. Structure, translation and metabolism of the cytoplasmic Copia ribonucleic acid of Drosophila melanogaster / S. Falkenthal, J.A. Lenguel // Biochemistry. 1980. — Vol. 19. — P. 5842−5850.
  108. Fanning T. The LINE1 DNA sequences in four mammalian orders predict proteins that conserve homologies to retrovirus proteins / T. Fanning, M. Singer//Nucl. Acids Res. 1987. — Vol. 15. — P. 2251−2260.
  109. Fawcett D.H. Transposable elements controlling I-R hybrid dysgenesis in D. melanogaster are similar to mammalian LINEs / D.H. Fawcett, C.K. Lister, E. Kellet // Cell. 1986.- Vol.47. — P. 1007−1015.
  110. Feng H. Recombinant canine parvovirus-like particles express foreign epitopes in silkworm pupae / H. Feng, M. Liang, H.L. Wang et al. // Vet Microbiol. 2011. — [Epub ahead of print]
  111. Feng Y. Translation initiation in Drosophila melanogaster is reduced by mutations upstream of the AUG initiator codon / Y. Feng, L.E. Gunter, E.L. Organ, D.R. Cavener// Mol. Cell Biol. 1991. — Vol. 4. — P. 2149−2153.
  112. Finnegan D.J. Repeated gene families in Drosophila melanogaster / D.J.Finnegan, G.M. Rubin, M.W. Young et al. // Cold Spring Harbor Symp. -Quant. Biol. 1978. — Vol. 42. — P. 1053−1063.
  113. Finnegan D.J. I factors in Drosophila melanogaster and similar elements in other eukaryotes // In: Kingsman A.J., Kingsman S., Chater K., eds. Transposition. Cambridge: Cambridge University Press, 1988. P. 271−285.
  114. Finnegan D.J. The I factor and I-R hybrid dysgenensis in Drosophila melanogaster // In: Berg D.E., Howe M.M. eds. Mobile DNA. Washington, DC: American Society for Microbiology, 1989. P. 503−517.
  115. Finnegan D.J. Retroviruses and transposable elements which came first? //Nature, 1983. — Vol. 302. — P. 105−106.
  116. Finnegan D.J. Retroviruses and transposons. Wandering retroviruses? // Curr Biol., 1994. Vol. 4. — P. 641−643
  117. Flavell A.J. Extrachromosomal circular copies of the eukaryotic transposable element copia in cultured Drosophila cells / A.J. Flavell, Ish Horowicz D//Nature, 1981. Vol. 292. — P. 561−574.
  118. Flavell A.J. The origin of extrachromosomal circular copia elements / A.J. Flavell, Ish Horowicz D // Cell. 1983. — Vol. 34. — P. 415−419.
  119. Flavell A.J. Long terminal repeat retrotransposons jump between species / Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999. — Vol. 96. — P. 12 211−12 212.
  120. Flavell A.J. Role of reverse transcriptase in the generation of extrachromosomal copia mobile genetic elements // Nature, 1984. Vol. 310. — P. 514−516.
  121. Flavell A.J. Translation and developmental regulation of RNA encoded by the eukaryotic transposable element copia / A.J. Flavell, S.W. Ruby, J.J. Toole et al. // Proc. Natl. Acd. Sci. USA. — 1980. — Vol. 77. — P. 7107−7111.
  122. Flavell A.J. The termini of extrachromosomal linear copia elements / A.J. Flavell, C. Brierley // Nucl. Acids Res. 1986. — Vol. 14. — P. 3659−3569.
  123. Flavell A.J. The 5' termini of RNAs encoded by the transposable element copia / A.J. Flavell, R. Lewis, M.A. Simon et al. // Nucl. Acids Res. -1981.- Vol. 9.-P. 6279−6291.
  124. Freed E. O. Mechanisms of enveloped virus release // Virus Res. -2004.- Vol.106. P.85−86.
  125. Freund R. Long terminal repeat nucleotide sequence and specific insertion of the gypsy transposon / R. Freund, M. Meselson // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1984. — Vol. 81. — P. 4462−4464.
  126. Feng Y. Translation initiation in Drosophila melanogaster is reduced by mutations upstream of the AUG initiator codon / Y. Feng, L.E. Gunter, E.L. Organ et al. // Mol. Cell Biol. 1991. — Vol. 4. — P. 2149−2153.
  127. Fourcade-Peronnet F. Primary structure and functional organization of Drosophila 1731 retrotransposon / F. Fourcade-Peronnet, d’Auriol L., J. Becker et al. // Nucl. Acids Res. 1988. — Vol. 16. — P. 6113−6125.
  128. Fourcade-Peronnet F. A nuclear single-stranded DNA binding factor interacts with the long terminal repeats of the 1731 Drosophila retrotransposon / F. Fourcade-Peronnet, S. Codani-Simonart, M. Best-Belpomme // J. Virol. 1992. -Vol. 66.-P. 1682−1687.
  129. Frame I.G. New BEL-like LTR retrotransposons in Fugu rubripes, Caenorhabditis elegans, and Drosophila melanogaster / I.G. Frame, J.F. Cutfield, R.T.M. Poulter // Gene. 2001. — Vol. 263. — P. 219−230
  130. Fridell R. A retrotransposon 412 insertion within an exon of the Drosophila melanogaster vermilion gene is spliced from precursor RNA / R. Fridell, A. Pret // Genes Dev. 1990. — Vol. 4. — P. 559−566.
  131. Friesen P.D. Gene organization and transcription of TED, a Lipidopteran retrotransposon integrated within the baculovirus genome / P.D. Friesen, M.S. Nissen // Mol Cell Biol. 1990. — Vol. 10. — P. 3067−3077.
  132. Friese P.D. Bidirectional transcription from a solo long terminal repeat of the retrotransposon TED: symmetrical RNA start sites / P.D. Friese, W.C. Rice, D.W. Miller et al. // Mol. Cell. Biol. — 1986. — Vol.6. — P. 1599−1607.
  133. Fuetterer J. Involvement of nucleocapsids in reverse transcription: a general phenomenon? / J. Fuetterer, T. Hohn // Trends Biochem. Sci. — 1987. -Vol. 12.-P. 92−95.
  134. Gael C. The Gag-like protein of the yeast Tyl retrotransposon contains a nucleic acid chaperone domain analogous to retroviral nucleocapsid proteins / C. Gael, D. Ficheux, J.L. Darlix // JBC. 2000. — Vol. 275. — P. 19 210−19 217.
  135. Gabriel A. Retrotransposon reverse transcription. In: Skalka A.M., Goff S.P. Reverse transcriptase / A. Gabriel, J.D. Boeke // Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1993. P. 275−328.
  136. Gabus C. Characterization of a nucleocapsid-like region and of two distinct primer tRNALys'2 binding sites in the endogenous retrovirus Gypsy / C. Gabus, R. Ivanyi-Nagy, J. Depollier et al. // Nucleic Acids Res. 2006. — Vol. 34. -P. 5764−5777.
  137. Gao X. Translational recoding signals between Gag and pol in diverse LTR retrotransposons / X. Gao, E.R. Havecker, P.V. Baranov et al. // RNA. -2003, — Vol.9. P.1422−1430.
  138. Gaudet F. Dnmtl expression in pre- and postimplantation embryogenesis and the maintenance of IAP silencing / F. Gaudet, W.M. Rideout 3rd, A. Meissner, J. Dausman, H. Leonhardt, R. Jaenisch // Mol Cell Biol. 2004. -Vol. 24. — P. 1640−1648.
  139. Garcia R.L. Virus-like particlesas vaccines and vessels for the delivery of small molecules / R.L. Garcia, L. Gissman// Cur. Opin. Biotech. 2004. Vol. 15. -P. 513−517.
  140. Georgiev P. Novel genes influencing the expression of the yellow locus and mdg4 in Drosophila melanogaster / P. Georgiev, T. Gerasimova // Mol. Gen. -Genet. 1989. — Vol. 220. — P. 121−126.
  141. Georgiev G.P. Mobile genetic elements in animal cells and their biological significance // Eur. J. Biochem. 1984. — Vol. 145. — P. 203−220.
  142. Gilboa E. A detailed model of reverse transcription and a test of crucial aspects / E. Gilboa, S. Mitra, S. Goff et al. // Cell, 1979. Vol. 18. — P. 93−100.
  143. Glover C.V. Purification and characterization of a type II casein kinase from Drosophila melanogaster. / C.V. Glover, E.R. Shelton, D.L. Brutlag// J Biol Chem. 1983. — Vol. 258. — P.3258−3265.
  144. Goldmann C. Packaging of small molecules into VP 1-virus-like particles of the human polyomavirus JC virus // C. Goldmann, N. Stolte, T. Nisslein, G. Hansmann, W. Luke, H. Petry// J.Virol. Methods. 2000. Vol. 90. — P.85−90
  145. Gould S. J. The Trojan exosome hypothesis / S.J. Gould, A.M. Booth, and J.E.K. Hildreth //PNAS. 2003. — Vol. 100. — P. 10 592−10 597.
  146. Goodwin T.J. The DIRS1 group of retrotransposons / T.J. Goodwin, R.T. Poulter // Mol. Biol. Evol. — 2001. — Vol. 18. — P. 2067−2082.
  147. Goodwin T.J. A new group of tyrosine recombinase-encoding retrotransposons / T.J. Goodwin, R.T. Poulter // Mol. Biol. Evol. — 2004. -Vol.21.-P. 746−759.
  148. Gottwein E. Analysis of human immumodeficiency virus type 1 Gag ubiquitination/ E. Gottwein, H.G. Krausslich// J Virol. 2005. — Vol. 79. — P. 91 349 144.
  149. Grainger R.J. Prp8 protein: At the heart of the spliceosome / R.J. Grainger, J.D. Beggs // RNA. 2005. — Vol. 11. — P. 533−557.
  150. Grandbastein M. A. Retroelements in higher plants // Trends Genet. -1992.-Vol. 8.-P. 103−108.
  151. Hadravova R. In vitro assembly of virus-like particles of a gammaretrovirus, the murine leukemia virus XMRV / R. Hadravova, A. de Marco, P. Ulbrich, J. Stokrova, M. Dolezal et al. // J Virol. 2012. — Vol. 86. — 1297−1306.
  152. Havecker E.R. The diversity of LTR retrotransposons / E.R. Havecker, X. Gao, D.F. Voytas // Genome Biology. 2004. — Vol.5. — P. 225 — 231.
  153. Haim H. Contribution of intrinsic reactivity of the HIV-1 envelope glycoproteins to CD4-independent infection and global inhibitor sensitivity. / H. Haim, B. Strack, A. Kassa et al. // PLoS Pathog. 2011. — Vol. 7. — el002101.
  154. Hargous Y. Molecular basis of RNA recognition and TAP binding by the SR proteins SRp20 and / Y. Hargous, G.M. Hautbergue, A.M. Tintaru et al. // EMBO J. 2006. — Vol. 25. — P. 5126−5137.
  155. Hassan S.S. Expression and Functional Characterization of Bluetongue Virus VP2 Protein: Role in Cell Entry / S.S. Hassan, P. Roy // J Virol. 1999. -Vol. 73.-P. 9832−9842.
  156. Heine C.W. The detection of intracellular retrovirus-like entities in Drosophila melanogaster cell cultures / C.W. Heine, D.C. Kelly, R.J. Avery // J. Gen. Virol. 1980. — Vol. 49. — P. 385−395.
  157. Herniou E. Retroviral diversity and distribution in vertebrates / E. Herniou, J. Martin, K. Miller et al. // J Virol. 1998. — Vol. 72. — P. 5955−5966.
  158. Hershko A. The ubiquitin system / A. Hershko, A. Ciechanover // Annu Rev Biochem. 1998. -Vol.67. — P. 425−479.
  159. Haoudi A. Developmental expression analysis of the 1731 retrotransposon reveals an enhancement of Gag-Pol frameshifling in males of Drosophila melanogaster / A. Haoudi, M. Rachidi, M.H. Kim et al. // Gene. -1997.-Vol. 196.-P. 83−93.
  160. Hock A. Regulation of the p53 pathway by ubiquitin and related proteins. / Hock A. K.H.Vousden// Int J Biochem Cell Biol. 2010. -Vol. 42. — P. 1618−1621.
  161. Hogue I.B. Gag induces the coalescence of clustered lipid rafts and tetraspanin-enriched microdomains at HIV-1 assembly sites on the plasma membrane./ I.B. Hogue, J.R. Grover, F. Soheilian et al. // J Virol. 2011.- Vol. 85. — P. 9749−9766.
  162. Hu W. Zeon-1, a member of a new maize retrotransposon family / W. Hu, O.P. Das, J. Messing // Mol Gen Genet. 1995. — Vol.248. — P.471−480.
  163. Hwang I. Direct stimulation of naive T cells by membrane vesicles from antigen-presenting cells: distinct roles for CD54 and B7 molecules./I. Hwang, X. Shen, J. Sprent// Proc Natl Acad Sei USA.- 2003. Vol. 100. — P.6670−6675.
  164. Ilyin Y.V. Studies on the DNA fragments of mammals and Drosophila containing structural genes and adjacent sequences / Y.V. Ilyin, N.A. Tcurikov, E.V.
  165. Ananiev et al. 11 Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. — 1978. — Vol. 42. — P. 959−969.
  166. Ilyin Y.V. Mobile dispersed genetic element mdgl of Drosophila melanogaster structural organization / Y.V. Ilyin, V.G. Chmeliauskaite, E.V. Ananiev et al. //Nucl. Acids Res. 1984. — Vol. 12. — P. 7517−7531.
  167. Ilyin Y.V. Mobile dispersed genetic element MDG1 of Drosophila melanogaster transcription pattern / Y.V. Ilyin, V.G. Chmeliauskaite, V.V. Kulguskin et al. //Nucl. Acids Res. 1980. — Vol. 8. — P. 5333−5346.
  168. Ilyin Y.V. Circular copies of mobile despersed genetic elements in Drosophila melanogaster cultured cells / Y.V. Ilyin, N.G. Schuppe, N.V. Lyubomirskaya et al. // Nucl. Acids Res. 1984. — Vol. 12. — P.7517−7531.
  169. Ilyin Y.V. Retrotransposon gypsy and genetic instability in Drosophila (review) / Y.V. Ilyin, N.V. Lyubomirskaya, A.I. Kim // Genetica, 1991. Vol. 85. -P. 13−22.
  170. Ilyin Y.V. Isolation and characterization of a new family of mobile despersed genetic elements, mdg3, in Drosophila melanogaster / Y.V. Ilyin, V.G. Chmeliauskaite, E.V. Ananiev et al. // Chromosoma, 1980. Vol. 81. — P. 27−53.
  171. Inouye S. Complete nucleotide sequence and genome organization of a Drosophila transposable genetic element, 297 / S. Inouye, S. Yuki, K. Saigo // Eur. J. Biochem. 1986. — Vol. 154. — P. 417−425.
  172. Jacks T. Signals for ribosomal frameshifting in Rous sarcoma virus Gag-pol region / T. Jacks, H.D. Madhani, F.R. Maziars et al. // Cell, 1988. Vol. 55. P. 447−458.
  173. Jacks T. Characterization of ribosomal frameshifting in HIV-1 Gag-pol expression / T. Jacks, M.D. Power, F.R. Maziars et al. // Nature, 1988. Vol.331. -P. 280−283.
  174. Jager S. Global landscape of HIV-human protein complexes / S. Jager, P. Cimermancic, N. Gulbahce, J.R. Johnson et al. // Nature, 2011. — Vol.481. -P.365−370.
  175. Jarrell K.A. Drosophila retrotransposon promoter includes an essential sequence at the initiation site and requires a downstream element for full activity / K.A. Jarrell, M. Meselson // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1991. — Vol. 88. — P. 102 104.
  176. Jensen S. Retrotransposition of a marked Drosophila LINE-like I element in cells in culture / S. Jensen, L. Cavarec, O. Dhellin et al. // Nucl. Acids Res. 1994. — Vol. 22. — P. 1484−1488.
  177. Jern P. Use of Endogenous Retroviral Sequences ERVs. and structural markers for retroviral phylogenetic inference and taxonomy / P. Jern, G.O. Perber, J. Blomberg // Retrovirology. 2005. — 2:50 doi: 10.1186/1742−4690−2-50
  178. Johnson M.C. Nucleic acid-independent retrovirus assembly can be driven by dimerization / M.C. Johnson, H.M. Scobie, Y.M. Ma, V.M.Vogt // J. Virol. 2002. — Vol.76. — P. 11 177−11 185.
  179. Johnson M.C. The C-terminal half of TSG101 blocks Rous sarcoma virus budding and sequesters Gag into unique nonendosomal structures / M.C. Johnson, J.L. Spidel, Ako-D. Adjei, J.W. Wills, V.M.Vogt // J. Virol. 2005, Mar. — Vol. 79. — P. 3775−3786.
  180. N. (a). Dasheng: a recently amplified nonautonomous long terminal repeat element that is a major component of pericentromeric regions in rice / N. Jiang, Z. Bao, S. Temnykh et al. // Genetics. 2002. — Vol. 161. — P. 12 931 305.
  181. N. (b). Dasheng and RIRE2. A nonautonomous long terminal repeat element and its putative autonomous partner in the rice genome / N. Jiang, I.K. Jordan, S.R. Wessler //Plant Physiol. 2002.- Vol. 130.- P. 1697−1705.
  182. Jin Y.K. Integration and nonrandom mutation of a plasma membrane proton ATPase gene fragment within the Bsl retroelement of maize / Y.K. Jin, J.L. Bennetzen // Plant Cell. 1994. — Vol. 6. — P. 1177−1186.
  183. Jordan I.K. Evidence for the recent horizontal transfer of long terminal repeat retrotransposon / I.K. Jordan, L.V. Matyunina, J.F. McDonald // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. — 1999. — Vol. 96. — P. 12 621−12 625.
  184. Junakovic N. Transposition of copia-like nomadic elements can be induced by heat shock / N. Junakovic, C. DiFranco, P. Barsanti et al. // J. Mol. -Evol. 1986. — Vol. 24. — P. 89−93.
  185. Kakpakov V.T., Stability and variability of karyotype in continually cultivated sublines of Drosophila melanogaster embryonic cells. / V.T. Kakpakov, L.G.Polukarova, V.A. Gvozdev//. Sov J Dev Biol. 1971. — Vol. 2. P. 236−242.
  186. Kalendar R. Large retrotransposon derivatives: abundant, conserved, but nonautonomous retroelements of barley and related genomes / R. Kalendar, C.M. Vicient, O. Peleg et al. // Genetics, 2004. Vol. 166. — P. 1437−1450.
  187. Kalmykova A. Retrotransposon 1731 in Drosophila melanogaster changes retro virus-like expression strategy in host genome / A. Kalmykova, C. Maisonhaute, V. Gvozdev // Genetica, 1999. Vol. 107. — P. 73−77
  188. Kamakaka R.T. Accurate and efficient RNA polymerase II transcription with a soluble nuclear fraction derived from Drosophila embryos / R.T. Kamakaka, C.M. Tyree, J.T. Kadonaga // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. — Vol. 88. — P. 1024−1028.
  189. Kanamori Y. Molecular identification of the active ninja retrotransposon and the inactive aurora element in Drosophila simulans and D. melanogaster / Y. Kanamori, H. Hayashi, M.T. Yamamoto // Genes Genet. Syst. -1998.-Vol. 73.-P. 385−396.
  190. Kanchan V. Memory antibody response from antigen loaded polymer particles and the effect of antigen release kinetics /V. Kanchan, Y.K. Katare, A.K.Panda //Biomaterials. 2009. — Vol. 30. — P. 4763−4776.
  191. Kandror K.V. Identification and isolation of casein kinase type II from RNA-binding proteins of amphibian oocytes. / K.V. Kandror, A.S. Stepanov // Biokhimiia. 1984. Vol. 49. — P. 1038−1045.
  192. Katzmann D.J. Multivesicular body sorting: ubiquitin ligase Rsp5 is required for the modification and sorting of carboxypeptidase S / D.J. Katzmann, S. Sarkar, T. Chu, A. Audhya, S.D. Emr // Mol Biol Cell. 2004. — Vol. 15. — P. 468−480.
  193. Katzourakis A. Macroevolution of complex retroviruses / A. Katzourakis, R.J. Gifford, M. Tristem, M.T. Gilbert, O.G. Pybus // Science. 2009. -Vol. 325.-P. 1512−1517.
  194. Kazazian H.H., Moran J.V. The impact of LI retrotransposons on the human genome / H.H. Kazazian, J.V. Moran // Nature Genet., 1998. Vol. 19. — P. 19−24.
  195. Kidwell M. Lateral transfer in natural populations of eukaryotes. //Annu. Rev. Genet. 1993. — Vol.27. — P. 235−256.
  196. Kidwell M.G. Horizontal transfer // Curr. Opin. Genet. Dev. 1992. -Vol. 2.-P. 868−873.
  197. Kielkopf C.L. U2AF homology motifs: protein recognition in the RRM world / C.L. Kielkopf, S. Lucke, M.R.Green // Genes Dev. 2004. — Vol. 18. — P. 1513−1526.
  198. Kikuchi Y. Unusual priming mechanism of RNA-directed DNA synthesis in copia retrovirus-like particles of Drosophila / Y. Kikuchi, Y. Ando, T. Shiba//Nature. 1986. — Vol.323. — P.824−826.
  199. Kim A.I. Transposition of mobile elements gypsy mdg4. and hobo in germ-line and somatic cells of a genetically unstable mutator strain of Drosophilamelanogaster / A.I. Kim, E.S. Belyaeva // Mol. Gen. Genet. 1991. — Vol. 229. — P. 437−444.
  200. Kim A. Retroviruses in invertebrates: the gypsy retrotransposon is apparently an infectious retrovirus of Drosophila melanogaster / A. Kim, C. Terzian, P. Santamaria et al. // Proc Natl Acad Sei USA. 1994. — Vol.91. — No 4. — P. 1285−1289.
  201. Kim M.H. Translation and fates of the Gag protein of 1731, a Drosophila melanogaster retrotransposon / M.H. Kim, C. Coulondre, S. Champion et al. // FEBS Lett. 1993. — Vol. 328. — P. 183−188.
  202. Kim F.J. Emergence of vertebrate retroviruses and envelope capture / F.J. Kim, J.L. Battini, N. Manel, M. Sitbon // Virology. 2004. — Vol. 318. — P. 183 191.
  203. Kimchi-Sarfaty C. High cloning capacity of in vitro packaged SV40 vectors with no SV40 virus sequences / C. Kimchi-Sarfaty, M. Arora, Z. Sandalon, A. Oppenheim, M.M.Gottesman // Hum Gene Ther. 2003. — Vol. 20. -P. 167−177
  204. Kingsman A.J. Retroelement particles as purification, presentation and targeting vehicles / A.J. Kingsman, S.E. Adams, N.R. Burns et al. // Trends in Biotechnology. 1991.- Vol. 9. — P. 303−309.
  205. Kitching R. The RING-H2 protein RNF11 is differentially expressed in breast tumours and interacts with HECT-type E3 ligases / R. Kitching, M.J. Wong, D. Koehler, A.M. Burger, et al.. // Biochim Biophys Acta. 2003. — Vol. 1639. -P. 104−112.
  206. Kozak M. Structural features in eukaryotic mRNAs that modulate the initiation of translation. J. Biol. Chem. 1991. — Vol.266. — P. 19 867−19 870.
  207. Kulguskin V.V. Mobile dispersed genetic element MDG1 of Drosophila melanogaster: nucleotide sequence of long terminal repeats / V.V. Kulguskin, Y.V. Ilyin, G.P. Georgiev // Nucl. Acids Res. 1981. — Vol. 9. — P. 3451−3463.
  208. Kugimiya W. Close relationship between the long terminal repeats of avian leucosis-sarcoma virus and copia-like movable genetic elements of Drosophila / W. Kugimiya, H. Ikenaga, K. Saigo // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1983. — Vol. 80.-P. 3193−3197.
  209. Kuff E.L. Some structural and antigenic properties of intracisternal A-particles occurring in mouse tumors / E.L. Kuff, K.K. Lueders, G.L. Ozer // Proc. Nat. Acad. Sci. USA., 1972. — Vol. 69. — P. 218−222.
  210. Kuznetsov Y.G. Investigation by atomic force microscopy of the structure of Ty3 retrotransposon particles / Y.G. Kuznetsov, M. Zhang, T.M. Menees, A. McPherson, S. Sandmeyer // J. Virol. 2005. — Vol. 79. — P. 8032−8045.
  211. Lacoste J. Characterization and cloning of pi 1, a transrepressor of Drosophila melanogaster retrotransposon 1731 / J. Lacoste, S. Codani-Simonart, M. Best-Belpomme et al. // Nucl. Acids Res. 1995. — Vol. 23. — P. 5073−5079.
  212. Langereis M.A. Production of sumoylated proteins using a baculovirus expression system / M.A.Langereis, G. Rosas-Acosta, K. Mulder, V.G.Wilson // J Virol Methods. 2007. — Vol. 139. — P. 189−194.
  213. Lankenau D.H. Micropia: a retrotransposon of Drosophila combining structural features of DNA viruses, retroviruses, and non-viral transposable elements / D.H. Lankenau, P. Huijser, E. Jansen et al. // J. Mol. Biol. 1988. -Vol. 204. — P. 233−246.
  214. Lankenau S. The Drosophila micropia retrotransposon encodes a testis-specific antisense RNA complementary to reverse transcriptase / S. Lankenau, V.G. Corces, D.H. Lankenau // Mol. Cell. Biol. 1994. — Vol. 14. — P. 1764−1775.
  215. Lankenau D.H. DNA sequence comparison of micropia transposable elements from Drosophila hydei and Drosophila melanogaster / D.H. Lankenau, P. Huijser, E. Jansen et al. // Chromosoma, 1990. Vol. 99. — P. 111−117.
  216. Larsson E. Human endogenous proviruses / E. Larsson, N. Kato, M. Cohen // Curr Top Microbiol Immunol. 1989. — Vol.148. — P. 115−132.
  217. Larsen L.S. TY3 GAG3 protein forms ordered particles in Escherichia coli / L.S. Larsen, Y. Kuznetsov, A. McPherson et al. // Virology. 2008. -Vol.370. — P. 223−227.
  218. Leblanc P. Invertebrate retroviruses: ZAM a new candidate in D. melanogaster / P. Leblanc, S. Desset, B. Dastugue et al. // EMBO J. 1997. -Vol.16.-P. 7521−7531.
  219. Leblanc P. The integration machinery of ZAM, a retroelement from Drosophila melanogaster, acts as a sequence-specific endonuclease / P. Leblanc, B. Dastugue, C. Vaury // J. Virol. 1999. — Vol. 73. — P. 7061−7064.
  220. Leblanc P. Life cycle of an endogenous retrovirus, ZAM, in Drosophila melanogaster / P. Leblanc, S. Desset, F. Giorgi et al. //J. Virol. 2000. — Vol. 74. -P. 10 658−10 669.
  221. Lecher P. Expression of the Drosophila retrovirus gypsy as ultrastructurally detectable particles in the ovaries of flies carrying a permissive flamenco allele / P. Lecher, A. Bucheton, A. Pelisson // J Gen Virol. 1997. -Vol.78. — P. 2379−2388.
  222. Leis J.D.Standardized and simplified nomenclature for proteins common for all retroviruses / J.D. Leis, J.M. Baltimore, J. Bishop et al. // J Virol. -1988.-Vol. 62.-P. 1808−1809.
  223. Leonova O.G. Nucleolar apparatus in the macronucleus of Dididnium nastum (Ciliata): EM and 3D reconstruction./ O.G. Leonova, B.P. Karajan, Y.F. Ivlev et al. // Protist. 2006. — Vol.157. — P. 391 — 400.
  224. Linial M.L. Foamy viruses are unconventional retroviruses // J Virol. -1999.-Vol.73.-P.1747−1755.
  225. Liu L. A whole genome screen for HIV restriction factors / L. Liu, N.M. Oliveira, K.M. Cheney, C. Pade et al. // Retrovirology. 2011. — Vol. 8 -P.94- 109
  226. Lock L.F. Studies of the mechanism of spontaneous germline ecotropic provirus acquisition in mice / L.F. Lock, E. Keshet, D.J. Gilbert et al. // EMBO J. 1988.- Vol. 7.-P.4169−4168.
  227. Llorens C. Network dynamics of eukaryotic LTR retroelements beyond phylogenetic trees / C. Llorens, A. Munoz-Pomer, L. Bernad, H. Botella, A. Moya // Biol. Direct. 2009. — Vol. 4. — P. 41−49.
  228. Luciw P.A. The retroviridae / P.A. Luciw and N.J. Leung // (1995) In: Levy J. A ed. Plenum Press, N.Y. and London. — Vol. I. — P. 159 — 298
  229. Ludwig A. Multiple invasions of Errantivirus in the genus Drosophila / A. Ludwig, V.L.Valente, E.L. Loreto // Insect. Mol. Biol. 2008. — Vol. 17. — P. 113−124.
  230. Luschnig C. The gag homologue of retrotransposon Tyl assembles into spherical particles in Escherichia coli / C. Luschnig, M. Hess, O. Pusch, J. Brookman, A. Bachmair // Eur. J. Biochem. 1995. — Vol. 228. — P. 739−744.
  231. Lyubomirskaya N.V. Transcription of Drosophila mobile element gypsy (mdg4) in heat-shocked cells / N.V. Lyubomirskaya, I.R. Arkhipova, Y.V. Ilyin // FEBS Lett. 1993. — Vol. 325. — P. 233−236.
  232. Ma Q. Analysis of the murine All-1 gene reveals conserved domains with human ALL-1 and identifies a motif shared with DNA methyltransferases / Q. Ma, H. Alder, K.K. Nelson et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. — 1993. — Vol. 90. — P. 6350−6354.
  233. Ma Y.M. Rous sarcoma virus Gag protein-oligonucleotide interaction suggests a critical role for protein dimer formation in assembly / Y.M. Ma, V.M. Vogt // J. Virol. 2002. — Vol. 76. — P. 5452−5462.
  234. Malik H.S. Poised for contagion: evolutionary origins of the infectious abilities of invertebrate retroviruses / H.S. Malik, S. Henikoff, T.H. Eickbush//Genome Res. 2000. — Vol. 10. — P. 1307−1318.
  235. Malik H.S. Phylogenetic analysis of ribonuclease H domains suggests a late, chimeric origin of LTR retrotransposable elementsand retroviruses / H.S. Malik, T.H. Eickbush // Genome Research. 2001. — Vol.11. — P. 1187−1197.
  236. Marlor R.L. The Drosophila melanogaster gypsy transposable element encodes putative gene products homologous to retroviral proteins / R.L. Marlor, S.M. Parkhurst., V.G. Corees // Mol. Cell Biol. 1986. — Vol. 6. — P. 1129−1134.
  237. Maruyama K. Interspecific transfer of the transposable element mariner between Drosophila and Zaprionus / K. Maruyama, D.L. Hartle // J. Mol. Evol. -1991.-Vol. 33.-P. 514−524.
  238. Marsano R.M. The complete Tirant transposable element in Drosophila melanogaster shows a structural relationship with retrovirus-like retrotransposons /
  239. R.M. Marsano, R. Moschetti, C. Caggese et al. // Gene.- 2000. Vol. 247. — P. 8795.
  240. Martinez-Izquierdo J. A. What makes Grande 1 retrotransposon different? / J.A. Martinez-Izquierdo, J. Garcia-Martinez, C.M. Vicient // Genetica. -1997.- Vol. 100.- P. 15−28.
  241. Mazo A.M. Supression of Drosophila su (Hw) and su (f) gene products interact with a region of mdg4 (gypsy) regulating its transcriptional activity / A.M. Mazo, L.J. Mizrokhi, A.A. Karavanov et al. // EMBO J. 1989. — Vol. 8. — P. 903−911.
  242. McClintock B. Controlling elements and the gene. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1956. — Vol. 21. — P. 197−216.
  243. McDonald J.F. Responsive genome: evidence and evolutionary implication / J.F. McDonald, D.J. Strand, M.E. Lambert et al. // In: Rauff R., Rauff
  244. E. eds. Development as an evolutionary process. New York: Alan R. Liss Press, 1987.-P. 239−263.
  245. McDonald O.B. Activation of casein kinase II by sphingosine.
  246. O.B. McDonald, Y.A. Hannun, C.H. Reynolds et al.// J Biol Chem. 1991. -Vol.266.-P.21 773 -21 776.
  247. Meckes D.G. Jr, Microvesicles and viral infection. / D.G. Jr Meckes, N. Raab-Traub //J Virol. 2011. — Vol. 85. — P. 12 844−12 854.
  248. Mejlumian L. Comparative and functional studies of Drosophila species invasion by the gypsy endogenous retrovirus / L. Mejlumian, A. Pelisson, A. Bucheton et al. //Genetics. 2002.- Vol.160. — No.l.- P.201−209.
  249. Melchior F. SUMO nonclassical ubiquitin // Annu. Rev. Cell Dev. Biol. — 2000. — Vol. 16. — P. 591−626.
  250. Mellor J. The Ty transposon of Saccharomyces cerevisiae determines the synthesis of at least three proteins / J. Mellor, A.M. Fulton, M.J. Dobson et al. // Nucleic Acids Res. 1985. — Vol. — 13. — P. 6249−6262.
  251. Minich W.B. Purification and characterization of the major 50-kDa repressor protein from cytoplasmic mRNP of rabbit reticulocytes. / W.B. Minich, I.P. Maidebura L.P. Ovchinnikov // Eur J Biochem. 1993. — Vol. 212. — P. 633−638.
  252. Minchiotti G. Convergent transcription initiated from oppositely oriented promoters within the 5' end regions of Drosophila melanogaster F elements / G. Minchiotti, P.P. DiNocera // Mol. Cell. Biol. 1991. — Vol. 11. — P. 5171−5180.
  253. Miyake T. Production of virus-like particles by the transposable genetic element, copia, of Drosophila melanogaster / T. Miyake, N. Mae, T. Shiba et al. // Mol. Gen. Genet. 1987. — Vol. 207. — P. 29−37.
  254. Mizrokhi L.J. Cloning and analysis of the mobile element gypsy from D. virilis / L.J. Mizrokhi, A.M. Mazo // Nucl. Acids Res. 1991. — Vol. 19. — P. 913 916.
  255. Mizrokhi L.J. Jockey, a mobile Drosophial element similar to mammalian LINEs, is transcribed from the internal promoter by RNA polymerase II / L.J. Mizrokhi, S.G. Georgieva, Y.V. Ilyin // Cell, 1988. Vol. 54. — P. 685−691
  256. Morikawa Y. In vitro assembly of human immunodeficiency virus type 1 Gag protein / Y. Morikawa, T. Goto, K. Sano // J. Biol. Chem. 1999. — Vol. 274. — P. 27 997−28 002.
  257. Morikawa Y. Human immunodeficiency virus type 1 Gag assembly through assembly intermediates / Y. Morikawa, T. Goto, F. Momose // J. Biol. Chem. Vol.279. — 2004. — P. 31 964−31 972.
  258. Morillon A. Activation of the Kssl invasive-filamentous growth pathway induces Tyl transcription and retrotransposition in Saccharomyces cerevisiae /A. Morillon, M. Springer, P. Lesage // Mol Cell Biol. 2000. — Vol. 20 -P. 5766−5776.
  259. Mount S.M. Complete nucleotide sequence of the Drosophila transposable element copia: homology between copia and retroviral proteins / S.M. Mount, G.M. Rubin // Mol. Cell Biol. 1985. — Vol. 5. — P. 1630−1638.
  260. Mullins C.S. Endogenous retrovirus sequences as a novel class of tumor-specific antigens: an example of HERV-H env encoding strong CTL epitopes. / C.S.Mullins, M. Linnebacher // Cancer Immunol Immunother. 2011.-DOI: 10.1007/s00262−011−1183−3.
  261. Muriaux D. RNA is a structural element in retrovirus particles / D. Muriaux, J. Mirro, D. Harvin, A. Rein // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2001. — Vol. 98.-P. 5246−5251.
  262. Obradovic Z. Predicting intrinsic disorder from amino acid sequence / Z. Obradovic, K. Peng, S. Vucetic, P. Radivojac et al. // Proteins. 2003. — Vol. 53. — P. 566−572.
  263. Okutucu B. Comparison of five methods for determination of total plasma protein concentration / B. Okutucu, A. Din9er, O. Habib, F. Zihnioglu // J Biochem Biophys Methods. 2007. — Vol.70. — P.709−711
  264. Ohno H. Interaction of tyrosine-based sorting signals with clathrin-associated proteins / H. Ohno, J. Stewart, M.C. Fournier, H. Bosshart, I. Rhee et al. // Science. 1995. — Vol. 269. — P. 1872−1875.
  265. Ohtsubo H. RIRE2, a novel gypsy-type retrotransposon from rice / H. Ohtsubo, N. Kumekawa, E. Ohtsubo // Genes Genet. Syst. 1999. — Vol. 74. — P. 8391.
  266. Pang S. Human immunodeficiency vims Env-independent infection of human CD4(-) cells./S. Pang S, D. Yu, D.S. An et al. // J Virol. 2000 — Vol. 74. — P. 10 994−11 000.
  267. Parkhurst S.M. The Drosophila su (Hw) gene, which controls the phenotypic effect of the gypsy transposable element, encodes a putative DNA-binding protein / S.M. Parkhurst, D.A. Harrison, M.P. Remington et al. // Genes Dev.- 1988.-Vol. 2.-P. 1205−1215.
  268. Parkhurst S.M. Developmental expression of Drosophila melanogaster retrovirus-like transposable elements / S.M. Parkhurst, V.G. Corces // EMBO J. -1987.-Vol. 6.-P. 419−424.
  269. Parkhurst S.M. Forked, gypsy and supressors in Drosophila / S.M. Parkhurst, V.G. Corces // Cell, 1985. Vol. 41. — P. 429−437.
  270. Parker S.D. Analysis of Mason-Pfizer monkey virus Gag particles by scanning transmission electron microscopy / S.D. Parker, J.S. Wall, E. Hunter // J. Virol. 2001. — Vol. 75. — P. 9543−9548.
  271. Patnaik A. Ubiquitin is part of the retrovirus budding machinery / A. Patnaik, V. Chau, J.W. Wills // Proc Natl Acad Sci USA. 2000. — Vol. 97. -P.13 069−13 074.
  272. Pegtel D.M. Functional delivery of viral miRNAs via exosomes // D.M. Pegtel, K. Cosmopoulos, D.A. Thorley-Lawson, M.A.van Eijndhoven, E.S. Hopmans et al. / Proc Natl Acad Sci U S A. 2010. — Vol. 107. — P. 63 286 333.
  273. Perkins K.K. In vitro analysis of the Antennapedia P2 promoter: identification of a new Drosophila transcription factor / K.K. Perkins, G.M. Dailey, R. Tjian//Genes Dev. 1988.-Vol. 2. — P. 1615−1626.
  274. Pelisson A. Drosophila germline invasion by the endogenous retrovirus gypsy: involvement of the viral Env gene / A. Pelisson, L. Mejlumian, V. Robert et al. // Insect Biochem and Mol Biol. 2002. — Vol. 32. — P. 1249−1256.
  275. Perera R. Alphavirus nucleocapsid protein contains a putative coiled coil alpha-helix important for core assembly / R. Perera, K.E. Owen, T.L. Tellinghuisen, A.E. Gorbalenya et al.//J Virol. -2001.- Vol.75. P. l-10.
  276. F. 1731, a new retrotransposon with hormone modulated expression / F. Peronnet, J.L. Becker, d’Auriol L. et al. // Nucl. Acids Res. 1986. -Vol. 14.-P. 9017−9033.
  277. Pinna L.A. Phosphorylation of troponin T by casein kinase TS. / L.A. Pinna, F. Meggio, M. Dediukina// Biochem Biophys Res Commun. 1981. — Vol. 100.-P. 449−454.
  278. Phelps J.P. Expression and self-assembly of cowpea chlorotic mottle virus-like particles in Pseudomonas fluorescens / J.P. Phelps, P. Dao, H. Jin, L. Rasochova // J Biotechnol. 2007. — Vol. 128. — P. 290−296.
  279. Pornillos O. Mechanisms of enveloped RNA virus budding./ O. Pomillos, J. E Garrus, W. I. Sundquist// Trends Cell Biol. 2002. — Vol.12. — 569 579.
  280. Potter S.S. Transposition of elements of the 412, copia and 297 dispersed repeated gene families in Drosophila / S.S. Potter, W.J. Brorein, P. Dunsmuir et al. // Cell, 1979. Vol. 17. — P. 415−427.
  281. Plus N. Endogenous viruses of Drosophila melanogaster cell lines: their frequency, identification and origin. / In Vitro. 1978. — Vol. 14. — P. 1015−1021.
  282. Priimagi A.F. Drosophila mobile element jockey belongs to LINEs and contains coding sequences homologous to some retroviral proteins / A.F. Priimagi, L.J. Mizrokhi, Y.V. Ilyin // Gene, 1988. Vol. 70. — P. 253−262.
  283. Prud’homme N. Flamenco, a gene controlling the gypsy retrovirus of Drosophila melanogaster / N. Prud’homme, M. Gans, C. Terzian et al. // Genetics, 1995.-Vol. 139.-P. 697−711.
  284. Puffer B.A. Equine infectious anemia virus utilizes a YXXL motif within the late assembly domain of the Gag p9 protein / B.A. Puffer, L.J. Parent, J.W. Wills, R.C. Montelaro // J Virol. 1997. Vol. 71. — P. 6541 — 6546.
  285. Ratner V.A. Induction of the mobile genetic element 412 transpositions in the Drosophila genome by heat shock treatment / V.A. Ratner, S.A. Zabanov, O.V. Kolesnikova et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. — Vol. 89. — P. 5650−5654.
  286. Richards F. M. Areas, volumes, packing and protein structure // Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1977. — Vol. 6. — P. 151−176.
  287. Riedel T. Synthetic virus-like particles and conformationally constrained peptidomimetics in vaccine design / T. Riedel, A. Ghasparian, K. Moehle et al. // Chembiochem. 2011. — Vol. 12. — P. 2829−2836.
  288. Ritzhaupt A. Porcine endogenous retrovirus infects but does not replicate in nonhuman primate primary cells and cell lines / A. Ritzhaupt, L.J. Van Der Laan, D.R. Salomon et al. // J Virol. 2002. — Vol.76. — No22. — P.11 312−11 320.
  289. Robbins J. Two independent basic domains in nucleoplasmin nuclear targeting sequence: identification of a class of bipartite nuclear targeting sequence / J. Robbins, S.M. Dilworth, R.A. Laskey et al. // Cell. 1991. — Vol.64. — P. 615 623.
  290. Roldao A. Virus-like particles in vaccine development / A. Roldao, M.C. Mellado, L.R. Castilho et al. // Expert Rev Vaccines. 2010, Oct. — Vol. 9. -P. 1149−1176.
  291. Ronfort C. Characterization of two distinct RNA domains that regulate translation of the Drosophila gypsy retroelement / C. Ronfort, S. De Breyne, V. Sandrin et al. // RNA. 2004. — Vol. 10. — P. 504−515.
  292. Rohrmann G.F. Relatedness of baculovirus and gypsy retrotransposon Envelope proteins / G.F. Rohrmann, P.A. Karplus // BMC Evol Biol. 2001. -Vol.1.-P.l-9.
  293. Ruiss R. A virus-like particle-based Epstein-Barr virus vaccine / R. Ruiss, S. Jochum, G. Wanner et al. // J Virol. 2011, Dec. — Vol. 85. — P. 1 310 513 113.
  294. Saigo K. Identification of a coding sequence for a reverse transcriptase-like enzyme in a transposable genetic element in Drosophila melanogaster / K. Saigo, W. Kugimiya, Y. Matsuo//Nature. 1984.- Vol. 312. — P. 659−661.
  295. Sambrook J. Molecular cloning. A laboratory manual / J.E. Sambrook, E. Fritsch, T. Maniatis // N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. 286p.
  296. Sandmeyer S.B. Ty3, a position-specific, gypsy-like element in Saccharomyces cerevisiae /S.B. Sandmeyer, M. Aye, T. Menees // In Mobile DNA. Edited by Craig NL, Craigie R, Gellert M, Lambowitz A.L. Washington, DC. -ASM Press. 2002. — P. 663−683.
  297. Sandmeyer S. Integration by design / Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2003. — Vol.100. — P. 5586−5588
  298. Sandmeyer S.B. Function of a retrotransposon nucleocapsid protein / S.B. Sandmeyer, K.A. Clemens // RNA Biol. 2010. — Vol. 7. — P. 642−654.
  299. Sarid R. Viruses and human cancer: from detection to causality / R.
  300. Sarid, S.J. Gao // Cancer Lett. 2011, Jun 28. — Vol. 305. — P.218−227.
  301. Scarlata S. Rol e of HIV-1 Gag domains in viral assembly / S. Scarlata, C. Carter // Biochim. Biophys. Acta Biomembr. 2003. — Vol. 1614. — P. 62−72.
  302. Schaffner W. A rapid, sensitive, and specific method for the determination of protein in dilute solution. /Schaffner W., C. Weissmann //Anal Biochem. 1973. — Vol. 56. — P. 502−514.
  303. Scherer G. Isolation of cloned genes differentially expressed at early stages of Drosophila embryonic development / G. Scherer, J. Telford, C. Baldari et al. // Dev. Biol. 1981. — Vol. 86. — P. 438−447.
  304. Scherrer K. Sedimentation characteristics of rapidly labeled RNA from HeLa cells / K. Scherrer, J.E.Darnell // Biochem. Biophys. Coomunic. 1962. — Vol. 7. — P. 486−494.
  305. Schneider I. Embryonic cell lines of Drosophila melanogaster / Dros. Inf. Serv. 1971. -Vol.46. -P.lll
  306. Schwartz H.E. Analysis of transcripts from two families of nomadic DNA / H.E. Schwartz, T.J. Lockett, M.W. Young // J. Mol. Biol. 1982. — Vol. 157. — P. 49−58.
  307. Schwarz-Sommer Z. Cin4, an insert altering the structure of the Al gene in Zea mays, exhibits properties of nonviral retrotransposons / Z. SchwarzSommer, L. Leclerq, H. Sardler // EMBO J. 1987. — Vol. 6. — P. 3873−3880.
  308. Scotto C. Cysteine oxidation in the mitogenic S100B protein leads to changes in phosphorylation by catalytic CKII-alpha subunit. / C. Scotto, Y. Mely, H. Ohshima et al.// J Biol Chem. 1998. — Vol. 273. — P. 3901−3908.
  309. Seger D. Phosphorylation of vitronectin by casein kinase II. Identification of the sites and their promotion of cell adhesion and spreading. /D. Seger, Z. Gechtman, S. Shaltiel// J Biol Chem. 1998. — Vol. 273. — P. 2 480 524 813.
  310. Sherrer G. B104, a new dispersed repeated gene family in Drosophila melanogaster and its analogies with retroviruses / G. Sherrer, C. Tschudi, J. Perera et al. // J. Mol. Biol. 1982. — Vol. 157. — P. 435−452.
  311. Shepard P. SR protein family / P. Shepard, K.J. Hertel // Genome Biol. -2009.-Vol. 10.-P. 242−251.
  312. Shiba T. Retrovirus-like particles containing RNA homologous to the transposable element copia in Drosophila melanogaster / T. Shiba, K. Saigo // Nature, 1983. Vol. 302. — P. 119−124.
  313. Shih H-P. Identification of septin-interacting proteins and characterization of the Smt3/SUMO-conjugation system in Drosophila / H-P Shih, K. G. Hales, J. R. Pringle, M. Peifer // J. of Cell Sci. 2002. — Vol. 115. — P. 12 591 271.
  314. Skalka A.M. Reverse transcriptase / A. M. Skalka, S.P. Goff // Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1993.
  315. Smale S.T. Transcriptional activation by Spl as directed through TATA or initiator: Specific requirement for mammalian transcription factor IID / S.T. Smale, M.C. Schmidt, A.J. Berk et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. -Vol. 87.-P. 4509−4513.
  316. Snyder M.P. A transposable element that splits the promoter region inactivates a Drosophila cuticle protein gene / M.P. Snyder, D. Kimbrell, M. Hunkapiller et al. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1982. — Vol. 79. — P. 7403−7434.
  317. Soeller W. In vitro transcription of the Drosophila engrailed gene / W. Soeller, S.J. Poole, T. Kornberg // Genes Dev. 1988. — Vol. 2. — P. 68−81.
  318. Sondermeijer P.J.A. Established cell lines of Drosophila hydei / P.J.A. Sondermeijer, J.W.M. Derksen, N.H. Lubsen // In Vitro. 1980. — Vol. 16. — P. 913 -914.
  319. Song S.U. An Env-like protein encoded by a Drosophila retroelement: evidence that gypsy is an infectious retrovirus / S.U. Song, T. Gerasimova, M. Kurkulos et al. // Genes Dev. 1994. — Vol. 8. — P. 2046−2057.
  320. Song J.M. Proteomic Characterization of Influenza H5N1 Virus-like Particles and Their Protective Immunogenicity / J.M. Song, C.W. Choi, S.O. Kwon et al. // J Proteome Res. 2011. — Vol. 10. P. 3450−3459.
  321. Spana C. The Drosophila melanogaster suppressor of Hairy-wing protein binds to specific sequences of the gypsy retrotransposon / C. Spana, D.A. Harrison, V.G. Corces // Genes Dev. 1988. — Vol. 2. — P. 1414−1423.
  322. Stacey S.N. Distribution and conservation of mobile elements in the genus Drosophila / S.N. Stacey, R.A. Lansman, H.W. Brock et al. // Mol Biol Evol. 1986. — Vol.3. — P.522−534.
  323. Steeg C.M. RNA-binding properties of the matrix protein pl9gag. of avian sarcoma and leukemia viruses // C.M. Steeg, V.M. Vogt // J Virol. 1990. -Vol. 64. — P.847−855.
  324. Steller H. A transposable P vector that confers selectable G418 resistance to Drosophila larvae / H. Steller, V. Pirrotta // EMBO J. 1985. — Vol. 4. -P. 167−174.
  325. Strobel E. Polymorphism in the chromosomal location of elements of the 412, copia and 297 gene families in Drosophila / E. Strobel, P. Dunsmuir, G.M. Rubin // Cell, 1979. Vol. 17. — P. 429−439.
  326. Strack B. Late assembly domain function can exhibit context dependence and involves ubiquitin residues implicated in endocytosis / B. Strack, A. Calistri, H.G. Gottlinger // J Virol. 2002, Jun. — Vol. 76. — P. 5472−5479.
  327. Strambio-De-Castillia C. Mutational analysis of the major homology region of Mason-Pfizer monkey virus by use of saturation mutagenesis / C. Strambio-De-Castillia, E. Hunter//J. Virol. 1992. — Vol. 66. — P. 7021−7032.
  328. Strand D.J. Copia in transcriptionaly responsive to Enviromental stress / D.J. Strand, J.F. McDonald // Nucl. Acids Res. 1985. — Vol. 13. — P. 4401−4410.
  329. Stroumbakis N.D. A homolog of human transcription factor NF-X1 encoded by the Drosophila shuttle craft gene is required in the embryonic central nervous system / N.D. Stroumbakis, Z. Li, P.P. Tolias // Mol Cell Biol. 1996. -Vol. 16-P. 192−201.
  330. Sy M. Inflammation induced by infection potentiates tau pathological features in transgenic mice./ M. Sy, M. Kitazawa, R. Medeiros, L. Whitman et al.// Am J Pathol. 2011. — Vol. 178. — P. 2811−2822.
  331. Syomin B.V. Difference in intracellular localisation of retrotransposons reverse transcription intermediates / B.V. Syomin, N.G. Schuppe // Drosophila Information Service (DIS Journal). 1988. — Vol. 66. — P. 139.
  332. Syomin B.V. Intracellular distribution of sequences homologous to Drosophila retrotransposons changes with the age of culture / B.V. Syomin, N.G. Schuppe // Drosophila Information Service (DIS Journal). 1988. — Vol.67. — P. 76.
  333. Syomin B.V. Presence of the gypsy (mdg4) retrotransposon in extracellular virus-like particles / B.V. Syomin, K.V. Kandor, A.B. Semakin et al. // FEBS Lett. 1993. — Vol. 323. — P. 285−288.
  334. Syomin B.V. Drosophila melanogaster endogenous retrovirus gypsy can propagate in Drosophila hydei cells / B.V. Syomin, L.I. Fedorova, S.A. Surkov et al. // Mol. Gen. Genet. 2001. — Vol. 264. — No 5. — P. 588−594.
  335. Syomin B.V. Evidence for horizontal transfer of the LTR retrotransposon mdg3 that lacks an env-gene / B.V. Syomin, T.Ya. Leonova, Y.V. Ilyin //Mol. Gen. Genomics. 2002. — Vol. 267. — P. 418−423.
  336. Takabe W. Disturbed flow: p53 SUMOylation in the turnover of endothelial cells. / W. Takabe, N. Alberts-Grill, H. Jo // J Cell Biol. 2011. -Vol.193.-P. 805−807.
  337. Tanda S. Retrovirus-like features and sit-specific insertions of a transposable element, torn, in Drosophila ananassae / S. Tanda, E. Shrimpton, C. Ling-Ling et al. // Mol. Gen. Genet. 1988. — Vol. 214. — P. 405−411.
  338. Tanda S. The Drosophila torn retrotransposon encodes an Envelope protein / S. Tanda, J.L. Mullor, V.G. Corces // Mol. Cell Biol. 1994. — Vol. 14. — P. 5392−5401.
  339. Tchurikov N.A. General properties of mobile dispersed genetic elements in Drosophila melanogaster / N.A. Tchurikov, Y.V. Ilyin, K.G. Skryabin et al. // Cold Spring Harbor symp. On Quant. Biol. — 1981. — Vol. 45. — P. 655 685.
  340. Teninges D. Contamination and persistent of Drosophila cell lines by reovirus-type particles. / D. Teninges, A. Ohanessian, C. Richard-Molard//In Vitro. -1979. Vol. 15. — P. 425 -428.
  341. Terzian C. Evolution and phylogeny of insect endogenous retroviruses / C. Terzian, A. Pelisson, A. Bucheton // BMC Evolutionary Biology. 2001. — Vol.1. -P. 3−11.
  342. Terzian C. Evolution of the Gypsy endogenous retrovirus in the Drosophila melanogaster subgroup / C. Terzian, C. Ferraz, J. Demaille et al. // Mol Biol Evol. 2000. — Vol. 1. — P. 908−914.
  343. Temin H.M. RNA dependent DNA polymerase in virions of Raus sarcoma virus / H.M. Temin, S. Mizutani // Nature. 1970. — Vol. 226. — P. 12 111 213.
  344. Temin H.M. Origin of retroviruses from movable genetic elements // Cell. 1980. — Vol. 21. — P. 599−600.
  345. Thummel C.S. The Drosophila E74 promoter contains essential sequences downstream from the start site of transcription // Genes Dev. 1989. -Vol. 3.-P. 782−792.
  346. Toufaily C. Activation of LTRs from different human endogenous retrovirus (HERV) families by the HTLV-1 tax protein and T-cell activators /C. Toufaily, S. Landry, C. Leib-Mosch, E. Rassart, B. Barbeau // Viruses. 2011. -Vol. 3.-P. 2146−2159.
  347. Tselis A. Evidence for viral etiology of multiple sclerosis // Semin Neurol. 2011. — Vol. 31. — P. 307−316.
  348. Van der Laan L.J. Infection by porcine endogenous retrovirus after islet xenotransplantation in SCID mice / Van der Laan L. J, C. Lockey, B.C. Griffeth et al. //Nature. 2000. — Vol. 407. — No 6800. — P. 90−94.
  349. Varmus H.E. Replication of retroviruses. In: Weiss R., Teach N., Varmus H. et al. eds. RNA tumor viruses. 2nd ed / H.E. Varmus, R. Swanstrom // Cold Spring harbor, N.Y.: Cold Spring harbor Laboratory Press, 1985. P. 369−512.
  350. Varmus H.E. Nobel lecture. Retroviruses and oncogenes // Biosci Rep. 1990.-Vol. 10.-P. 413−430.
  351. Varmus H.E. Retroviruses. In: Berg H., Howe M. eds / H.E. Varmus, P. Brown // Mobile DNA. Washington, DC: American Society for Microbiology, 1989.-P. 53−108.
  352. Vazquez-Manrique R.P. Evolution of gypsy endogenous retrovirus in the Drosophila obscura species group / R.P. Vazquez-Manrique, M. Hernandez, M.J. Martinez-Sebastian et al. // Mol Biol Evol. 2000. — Vol. 17. — P. 1185−1193
  353. Vicient C.M. Envelope-class retrovirus-like elements are widespread, transcribed and spliced, and insertionally polymorphic in plants / C.M. Vicient, R. Kalendar, A.H. Schulman // Genome Res. 2001. — Vol. 11. — P. 2041−2049
  354. Vidricaire G. HIV-1 infection of trophoblasts is independent of gpl20/CD4 Interactions but relies on heparan sulfate proteoglycans /G. Vidricaire, S. Gauthier, M.J.Tremblay // J Infect Dis. 2007. — Vol.195. — P. 1461−1471.
  355. Vieira C. Wake up of transposable elements following Drosophila simulans worldwide colonization / C. Vieira, D. Lepetit, S. Dumont et al. // Mol Biol Evol. 1999. — Vol. 16. — P. 1251−1255.
  356. Vogt V. M. Proteolytic processing and particle maturation // Curr Top Microbiol Immunol. 1996. — Vol. 214. — P. 95−132.
  357. Vogt V.M. Ubiquitin in retrovirus assembly: actor or bystander? // Proc Natl Acad Sci USA. 2000. — Vol. 97. — P. 12 945−12 947.
  358. Voytas D.F. Tyl and Ty5 of Saccharomyces cerevisiae / D.F. Voytas, J.D. Boeke // In Mobile DNA / Edited by Craig NL, Craigie R, Gellert M, Lambowitz AL. Washington, DC. ASM Press- 2002. P. 631−662.
  359. Wang Y.E. Regulation of the nucleocytoplasmic trafficking of viral and cellular proteins by ubiquitin and small ubiquitin-related modifiers./ Y. E Wang, O. Pernet, B. Lee// Biol Cell. 2011-. doi: 10.111 l/boc.201 100 105.
  360. Whalen J.H. Molecular characterization of a retrotransposon in Drosophila melanogaster, nomad, and its relationship to other retrovirus-like mobile elements / J.H. Whalen, T.A. Grigliatti // Mol Gen Genet. 1998. — Vol. 260. — P. 401−409.
  361. Will B.M. Nucleotide sequence of long terminal repeats of 412 transposable element of Drosophila melanogaster / B.M. Will, A.A. Bayev, D.J. Finnegan//J Mol Biol. 1981. — Vol. 153. — P. 897−915.
  362. Williams A.L. Structural and functional analysis of tomosyn identifies domains important in exocytotic regulation / A.L. Williams, N. Bielopolski, D. Meroz, A.D. Lam, D.R. Passmore, et al. // J Biol Chem. 2011. — Vol.286. -14 542−14 553.
  363. Wilson S. An enhancer region within the copia untranslated leader contains binding sites for Drosophila regulatory proteins / S. Wilson, L.V. Matyunina, J.F. McDonald // Gene, 1998. Vol. 209. — P. 239−246.
  364. Witte C.P. Terminal-repeat retrotransposons in miniature TRIM. are involved in restructuring plant genomes / C.P. Witte, Q.H. Le, T. Bureau [et al.] //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. — 2001. — Vol. 98. — P. 13 778−13 783.
  365. Wright D.A. Athila4 of Arabidopsis and Calypso of soybean define a lineage of endogenous plant retroviruses / D.A. Wright, D.F. Voytas // Genome Res. -2002.-Vol.12.-P. 122−131.
  366. Wright D.A. Potential retroviruses in plants: Tatl is related to a group of Arabidopsis thaliana Ty3/gypsy retrotransposons that encode Envelope-like proteins / D.A. Wright, D.F. Voytas // Genetics. 1998. — Vol.149. — P. 703−715.
  367. Wu C.B. Characterization and partial purification of microsomal casein kinase II from osteoblast-like cells: an enzyme that phosphorylates osteopontin and phosphophoryn. / C.B. Wu, Y. Shimizu// Connect Tissue Res. 1996. — Vol.34. — P. 23−32.
  368. Wu C. Y The SUMOylation of matrix protein Ml modulates the assembly and morphogenesis of influenza A virus. /Wu C.Y., Jeng KS, Lai MM.// J Virol. -2011. Vol. 85. — P. 6618−6628.
  369. Yang S.H. MAP Kinase: SUMO pathway interactions. /S.H.Yang, A.D.Sharrocks // Methods Mol Biol. 2010. — Vol. 661. — P. 343−367.
  370. Yildiz I. Applications of viral nanoparticles in medicine /1. Yildiz, S. Shukla, N.F. Steinmetz // Curr Opin Biotechnol. 2011. — Vol. 22. — P. 901−908.
  371. Yolken R.H. Retroviruses, genes and schizophrenia / R.H. Yolken, H. Karlsson, T.A. Bayer et al. // Clinical Neuroscience Research. 2001. — Vol. 1. — P. 164−169.
  372. Yohn C.T. Lineage-specific expansions of retroviral insertions within the gGenomes of African great apes but not humans and orangutans / C.T. Yohn, Z. Jiang, S.D. McGrath et al. // PLoS Biol. 2005. — Vol. 3. — P. 1−11.
  373. Yoo J.W. Bio-inspired, bioengineered and biomimetic drug delivery carriers / J.W. Yoo, D.J. Irvine, D.E. Discher, S. Mitragotri // Nat Rev Drug Discov. -2011. -Vol. 10. P. 521−535. doi: 10.1038/nrd3499.
  374. Yoshioka K. Virus-like particle formation of Drosophila copia through autocatalitic processing / K. Yoshioka, H. Honma, M. Zushi et al. // EMBO J. -1990.-Vol. 9.-P. 535−541.
  375. Yoshioka K. Identification of an unusual structure in the Drosophila melanogaster transposable element copia: evidence for copia transposition through an RNA intermediate / K. Yoshioka, H. Kanda, H. Akiba et al. // Gene. 1991. -Vol. 103. — P. 179−184.
  376. Yoshioka K. Autoprocessing of Drosophila copia gag precursor to generate a unique laminate structure in Escherichia coli / / K. Yoshioka, H. Kanda, S. Kondo et al. //FEBS Lett. 1991. -Vol. 285. — P. 31−34.
  377. Yoshioka K. Production of a unique multi-lamella structure in the nuclei of yeast expressing Drosophila copia Gag precursor / K. Yoshioka, A. Fujuta, S. Kondo et al. // FEBS Lett. 1992. — Vol. 302. — P. 5−7.
  378. Yoshioka K. Efficient amplification of Drosophila simulans copia directed by high-level reverse transcriptase activity associated with virus-like particles / K. Yoshioka, H. Kanda, H. Takamatsu et al. // Gene. 1992. — Vol. 120. -P. 191−196.
  379. Yu S.F. The carboxyl terminus of the human foamy virus Gag protein contains separable nucleic acid binding and nuclear transport domains / S.F. Yu, K. Edelmann, R.K. Strong et al. // J Virol. 1996. — Vol.70. — P. 8255−8262
  380. Yu S.F. Evidence that the Yuman Foamy Virus genome is DNA / S.F. Yu, M.D. Sullivan, M.L. Linial // J Virol. 1999. — Vol.73. — No. 2. — P. 1565−1572.
  381. Yu S.F. Characterization of Rous sarcoma virus Gag particles assembled in vitro / S.F. Yu, S.M. Joshi, Y.M. Ma et al. // J. Virol. 2001. -Vol.75. — P. 2753−2764.
  382. Yuki I. Nucleotide sequence characterization of a Drosophila retrotransposon, 412 / I. Yuki, S. Inouye, S. Ishimura et al. // Eur. J. Biochem. -1986.-Vol. 158.-P. 403−410.
  383. Zahler A.M. SR proteins: a conserved family of pre-mRNA splicing factors / A.M. Zahler, W.S. Lane, J.A. Stolk, M.B. Roth // Genes Dev. 1992. -Vol. 6. — P. 837−847.
  384. Zhang X. Design and immunogenicity assessment of HIV-1 virus-like particles as a candidate vaccine / X. Zhang, X. Wang, D. Zhao, X. Meng et al. // Sei China Life Sei. 2011. — Vol. 54. — P. 1042−1047.
  385. Zuber G. Assembly of retrovirus capsid-nucleocapsid proteins in the presence of membranes or RNA / G. Zuber, J. McDermott, S. Karanjia et al. // J. Virol. 2000. — Vol. 74. — P. 7431−7441.
  386. Zamore P.D. Gene expression. RNA binding: beta s and basics / P.D. Zamore, M.L. Zapp, M.R. Green //Nature. 1990. — Vol. 348. — P. 485−486.
  387. Zhou A. Proteolytic processing in the secretory pathway / A. Zhou, G. Webb, X. Zhu et al. // J Biol Chem. 1999. — Vol. 274. — No 30. — P .20 745−20 748.
  388. Ziarczyk P. Functional analysis of the long terminal repeats of Drosophila 1731 retrotransposon promoter function and steroid regulation / P. Ziarczyk, F. Fourcade-Peronnet, S. Simonart et al. // Nucl. Acids Res. 1989. -Vol. 17.-P. 8631−8644.
  389. Ziarczyk P. A short 5' region of the long terminal repeat is required for regulation by hormone and heat shock of Drosophila retrotransposon 1731 / P. Ziarczyk, M. Best-Belpomme // Nucl. Acids Res. 1991. — Vol. 19. — P. 5689−5693.
  390. Zimmermann B. Detection of retroviruses in a calvaria of a young mouse //Ann. Anat. 2006. — Vol. 188. — P. 415−4191. БЛАГОДАРНОСТИ
  391. Работа выполнена при финансовой поддержке Российской Академии наук, Российского фонда фундаментальных исследований и фонда поддержки научных программ НАТО.
  392. Особую благодарность автор выражает главному соавтору и оппоненту, академику РАН Юрию Викторовичу Ильину, констатируя, что без его участия этот цикл работ был бы невозможен.
  393. Огромную благодарность автор выражет Алану Бушетону, который поддержал эту работу в один из критических моментов и помог её финансированию со стороны научного фонда НАТО.
  394. Автор благодарит Алана Пелисона и Даниель Тенингенс за полезную и плодотворную критику результатов и их интерпретацию, за помощь в исследованиях.
  395. Автор благодарит Андрея Борисовича Семакина и Александра Семёновича Степанова. Без их помощи, участия и оптимизма трудно было бы начать эту работу.
  396. Выражает искреннюю благодарность всем коллегам и ученикам, чей опыт, знания и энергия существенно продвигали работу на различных этапах исследования.
  397. Автор признателен академику РАСХН Михаилу Ивановичу Гулюкину за помощь в завершении диссертационной работы.
  398. Рис. 1. Классификация мобильных генетических элементов эукариот.18
  399. Рис. 2. Схема организации различных типов ретротранспозонов.20
  400. Рис. 3. Структурная организация ретротранспозона gypsy:.33
  401. Рис. 4. Стадии обратной транскрипции ДКП-содержащих ретроэлементов. 46
  402. Рис. 5. Репликативный цикл ретротранспозонов.50
  403. Рис. 6. Типичная, минимальная организация генома ретровируса, характернаядля эрантивирусов.51
  404. Рис. 7. Дендрограмма родства различных видов ретровирусов.64
  405. Рис. 8. Клеточные факторы, вовлечённые в жизненный цикл HIV-1.67
  406. Рис. 9. Схема плазмиды BG1.83
  407. Рис. 10. Схема плазмиды pGEMgyp, созданной для производства смысловойи антисмысловой РНК gypsy.84
  408. Рис. 11. Схематичное изображение использованных в работе белков, экспрессированных в бактериях.87
  409. Рис. 12. Гибридизация меченной Р32 нуклеотидной последовательности gypsy с фракционированной электрофорезом РНК выделенной из фракций сахарозного градиента препарата внеклеточных вирусоподобных частиц.102
  410. Рис. 13. Gypsy в геномной ДНК D. melanogaster и D. virilis.103
  411. Рис. 14. Гибридизация полиаденилированных нуклеиновых кислот изсредовых ВГТЧ D. melanogaster и D.virilis.105
  412. Рис. 15. Морфология частиц третьего типа в среде культивированияпересеваемых клеток D. melanogaster (А) и D. virilis (Б).107
  413. Рис. 16. Детекция gypsy и copia в исследуемых образцах при помощи ПЦР.110
  414. Рис. 17. Блот-гибридизация фракционированных электрофорезом в агарозном геле фрагментов геномной ДНК.112
  415. Рис. 18. In situ гибридизация gypsy с ядрами клеток различных линий:.116
  416. Рис. 19. Гибридизационный анализ геномной ДНК из линий клеток D. melanogaster (67J25D), D. virilis (79fDv3g) и реципиентного клона.119
  417. Рис. 20. Тестирование реципиентного клона.120
  418. Рис. 21. Тестирование реципиентного клона.121
  419. Рис. 22. Детекция внеклеточных вирусоподобных частиц МДГЗ.123
  420. Рис. 23. Гибридизация МДГЗ с геномной ДНК и полиаденилированной РНК.125
  421. Рис. 24. Выравнивание последовательностей Gag различных вариантов gypsy.130
  422. Рис. 25. Детекция SUMO и убиквитина в препаратах Gag gypsy.131
  423. Рис 26. Иммунохимическое выявление белка Gag ретровируса gypsy вкультуре клеток Spodoptera frugiperda.133
  424. Рис. 27. Связывание антител, специфичных к Gag gypsy, убиквитину и
  425. SUMO в препаратах ВПЧ, полученных в бакуловирусной системе.134
  426. Рис. 28. Белки-партнёры в препаратах Gag.135
  427. Рис. 29. Связывание ДНК gypsy с фракционированными электрофоретически пептидами штамма Е. coli BL 21(DE3), продуцирующего белок, кодируемый ОРС1 gypsy.138
  428. Рис. 30. Электрофореграмма белков, синтезированных в клетках Е. coli. 139
  429. Рис. 31. Связывание Gag с гомологичной и гетерологичной РНК.140
  430. Рис. 32. ПААГ-электрофорез гомогенного препарата казеиновой киназы типа2 из культуры клеток D. melanogaster.144
  431. Рис. 33. Очистка СК2 из культуры клеток D. melanogaster.145
  432. Рис. 34. Включение радиоактивного фосфата в бактериальноэкспрессированный Gag gypsy.146
  433. Рис. 35. Определение зависимостей начальных скоростей реакций фосфорилирования от концентрации белка Gag gypsy методом двойных обратных величин:.147
  434. Рис. 36. Определение констант связывания нефосфорилированного ифосфорилированного Gag gypsy с РНК в координатах Скетчард.151
  435. Рис. 37. Анализ экспрессированного в бактериальных клетках полипептида1. Gag gypsy.154
  436. Рис. 38. Вестерн-блот анализ с антителами к белку Gag gypsy.156
  437. Рис. 39. Идентификация вирусоподобных частиц в препаратах полипептидов
  438. Gag gypsy методом электронной микроскопии.157
  439. Рис. 40. Выравнивание N-концевых последовательностей,.159
  440. Рис. 41. Вирусоподобные частицы Gag gypsy, собранные из нефосфорилированной (А) и фосфорилированной (Б) форм мономеровбелка. Масштабный отрезок = 100 нм.161
  441. Рис. 42. Макромолекулярные структуры, образуемые в бактериальной клетке1. Gag gypsy.163
  442. Рис. 43. Электронная микроскопия частиц, очищенных из бактериальныхклеток.166
  443. Рис. 44. Тест на связывание с нуклеиновыми кислотами белков «1″, 1ARRM», «1ANC» и «NC». 168
  444. Рис. 45 Анализ мультимеризации белков в присутствии нуклеиновойкислоты.172
  445. Рис. 46. Электронная микрофотография препаратов частиц, образованных invitro из изначально денатурированного белка в присутствии РНК.174
  446. Рис. 47. Схема предполагаемого механизма регулирования взаимодействиячастицы gypsy с SUMO или убиквитином.178
  447. Рис. 48. Сравнение способов очистки наночастиц, созданных на основе Gag gypsy.1871. ТАБЛИЦЫ
Заполнить форму текущей работой

Заказал и сдал!