Дипломы, курсовые, рефераты, контрольные...
Срочная помощь в учёбе

Выявление и оценка диагностического значения гиперметилированных генов супрессоров при опухолях молочной железы и яичников

Диссертация: Выявление и оценка диагностического значения гиперметилированных генов супрессоров при опухолях молочной железы и яичников
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Характерной чертой опухолевых и трансформированных in vitro клеток млекопитающих является дисбаланс метилирования геномной ДНК, который вносит значительный вклад в создание генетической и фенотипической нестабильности. В тоже время, нестабильность 5-МеС в составе CpG динуклеотидов, приводящая к эпимутациям, может иметь тот же конечный результат. Таким образом, метилирование, являясь… Читать ещё >

Содержание

  • Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
    • 1. 1. Теории развития канцерогенеза
      • 1. 1. 1. Мутационная теория
    • 1. L .2. Эпигеномная теория
      • 1. 1. 3. Вирусная теория
      • 1. 2. Протоонкогены и гены-супрессоры
      • 1. 2. 1. Гипотеза Кнудсона
      • 1. 3. Механизмы действия генов-супрессоров
      • 1. 3. 1. Гены хранители клеточного цикла
        • 1. 3. 1. 1. р
        • 1. 3. 2. Гены общего контроля
        • 1. 3. 2. 1. BRCA1, BRCA
      • 1. 4. Эпигенетические механизмы
        • 1. 4. 1. Метилирование-как вид эпигенетической модификации ДНК
        • 1. 4. 2. Метилирование ДНК в нормальных клетках
        • 1. 4. 3. Нарушения метилирования ДНК при канцерегенезе
          • 1. 4. 3. 1. Тотальное гипометилирование генома
          • 1. 4. 3. 2. Локальное гиперметилирование
  • Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
    • 2. 1. Сбор клинического материала
    • 2. 2. Клеточные линии опухолей, использованные в работе
    • 2. 3. Выделение геномной ДНК из клеточных линий опухолей
    • 2. 4. Выделение геномной ДНК из лимфоцитов человеческой крови
    • 2. 5. Выделение геномной ДНК из замороженных тканевых срезов
    • 2. 6. Выделение геномной ДНК из тканевых срезов, фиксированных в парафине
    • 2. 7. Бисульфитная модификация геномной ДНК
    • 2. 8. Полимеразная цепная реакция
      • 2. 8. 1. Амплификация бисульфит-модифицированой геномной ДНК
      • 2. 8. 2. Амплификация бисульфит-модифицированой геномной ДНК с использованием метил-специфичной количественной ПЦР в реальном времени
    • 2. 9. Обработка полученных данных методом статистического анализа
    • 2. 10. Програмное обеспечение
  • Глава 3. ОЦЕНКА СТАТУСА МЕТИЛИРОВАНИЯ ПРОМОТОРНОЙ ОБЛАСТИ ГЕНОВ СУПРЕССОРОВ ОПУХОЛЕВОГО РОСТА ПРИ СПОРАДИЧЕСКОМ РАКЕ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ И ЯИЧНИКОВ
  • Глава 4. АНАЛИЗ СТАТУСА МЕТИЛИРОВАНИЯ ИССЛЕДУЕМЫХ ГЕНОВ В ОБРАЗЦАХ МОРФОЛОГИЧЕСКИ НОРМАЛЬНЫХ ТКАНЕЙ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ И ЛИМФОЦИТАХ ЧЕЛОВЕЧЕСКОЙ КРОВИ.¦
  • Глава 5. АНАЛИЗ СТАТУСА МЕТИЛИРОВАНИЯ ИССЛЕДУЕМЫХ ГЕНОВ ДЛЯ КЛЕТОЧНЫХ ВИДОВ ОПУХОЛЕЙ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ И ЯИЧНИКОВ
  • Глава 6. АНАЛИЗ МЕТИЛИРОВАНОГО СТАТУСА ИССЛЕДУЕМЫХ ГЕНОВ В БИОПСИЙНОМ МАТЕРИАЛЕ, ПОЛУЧЕННОМ ОТ БОЛЬНЫХ РАКОМ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ И ЯИЧНИКОВ
  • Глава 7. СТАТИСТИЧЕСКИЙ APIA ЛИЗ СТАТУСА МЕТИЛИРОВАНИЯ ИССЛЕДУЕМЫХ ГЕНОВ В ОПУХОЛЕВЫХ ОБРАЗЦАХ ДЛЯ РАКА МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ И ЯИЧНИКОВ
    • 7. 1. Сравнительный анализ статуса метилирования исследуемых генов в морфологически нормальных и опухолевых образцах для рака молочной железы и яичников
    • 7. 2. Расчет диагностической чувствительности и специфичности для каждого исследованного гена при раке молочной железы и яичников

Выявление и оценка диагностического значения гиперметилированных генов супрессоров при опухолях молочной железы и яичников (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Актуальность работы.

Гормонозависимые опухоли, в том числе рак молочной железы и рак яичников, являются одной из главных причин смертности среди женщин от злокачественных новообразований. К сожалению, в последние годы наблюдается значительный рост обоих заболеваний (В.Ф. Семиглазов, 2008).

Из 10 млн. новых случаев злокачественных опухолей различных органов, выявляемых в мире, 10% приходится на молочную железу (Аксель Е.М., 2005). Если оценивать только женскую популяцию удельный вес рака молочной железы возрастает до 22%. В промышленно развитых странах удельный вес злокачественных новообразований молочной железы еще выше — 27%. В Российской Федерации ежегодно выявляется около 47 тыс. новых случаев этого заболевания. (В.Ф. Семиглазов, 2008). В то же время рак яичников занимает 3 место в структуре заболеваемости женских половых органов по России. При этом смертность от этого заболевания находится на 1 месте и составляет 43,1% от общего числа умерших от злокачественных новообразований женских половых органов (В.А.Медик и др., 2001).

Скрытое течение обоих заболеваний и трудности в диагностике приводят к тому, что до 80% случаев выявляются на поздних стадиях, а смертность от них стойко опережает смертность от рака тела и шейки матки вместе взятых (В. М. Мерабишвили и др., 2001).

Надежды сократить число смертей от данных заболеваний основаны на раннем выявлении патологии, точности прогноза и эффективном лечении болезни в ее начальной стадии. В связи с этим, очевидна необходимость поиска и внедрения в клиническую практику новых методов, которые сделают возможным определение злокачественных новообразований на ранних стадиях развития.

Известно, что одной из важнейших причин перерождения нормальной клетки в неопластическую является нарушение функционирования генов-супрессоров опухолевого роста. Изменения в работе этих генов приводят к возникновению и прогрессии развития рака, а восстановление функциик существенному замедлению пролиферации опухолевых клеток. Исследования последнего десятилетия показали, что наряду с генетическими событиями, обуславливающими инактивацию клеточных генов вследствие структурных изменений в ДНК, важную роль в процессе канцерогенеза играют также эпигенетические явления, не затрагивающие первичную структуру ДНК, но влияющие на экспрессию генов (Jones et al., 2002). Одним из таких эпигенетических изменений является локальное гиперметилирование специфических последовательностей — CpG-островков, расположенных в 5'-регуляторных районах многих генов, которое влечет за собой подавление экспрессии гена либо в результате прямого ингибирования связывания транскрипционных факторов с ДНК, либо в результате привлечения корепрессоров транскрипции (Klose et al., 2006). До сих пор остается открытым вопрос о механизмах инициации гиперметилирования CpG-островков в процессе образования опухоли.

На данный момент известен ряд генов-супрессоров опухолевого роста, экспрессия которых нарушена вследствие гиперметилирования их CpG-островков и выявлена их ассоциация с различными видами опухолей (Esteller et al., 2002). В настоящее время все более актуальным становится поиск новых, ранее неизученных генов-супрессоров опухолевого роста, метилирование которых специфично для опухолей определенных видов, т.к. результаты подобных исследований открывают новые возможности, как для изучения механизмов канцерогенеза, так и для разработки методов диагностики, мониторинга, прогноза и терапии опухолей.

Тема диссертации является составной частью плана научно-исследовательской работы Волгоградского государтсвенного медицинского университета и утверждена на заседании Ученого совета Волгоградского государственного медицинского университета (протокол № 9 от «16» мая 2007 г.).

Цель исследования:

Целью данного исследования является анализ метилированого статуса генов-супрессоров опухолевого роста, а также новых кандидатов в гены-супрессоры опухолевого роста, которые могут являться потенциальными маркерами опухолей молочной железы и яичников.

Задачи исследования:

1. Подбор для исследования генов-супрессоров опухолевого роста, а также новых кандидатов в гены-супрессоры опухолевого роста путем скрининга существующих библиотек генов и научных статей, принимая за критерий отбора снижение или полное отсутствие экспрессии этих генов при опухолях молочной железы и яичников.

2. Анализ статуса метилирования отобранных генов в морфологически нормальных тканях, первичных опухолях и клеточных линиях карцином молочной железы и яичников.

3. Отбор генов инактивированных в опухолях в результате метилирования, но в тоже время не метилированых в морфологически нормальных тканях молочной железы и лимфоцитах человеческой крови.

4. Определение диагностической чувствительности и специфичности маркеров метилирования при анализе биопсийного материала карцином молочной железы и яичников.

5. Создание диагностических панелей из отобранных генов для анализа биопсийного материала, полученного от пациентов с опухолями молочной железы и яичников.

Научная новизна работы.

В результате работы с научной литературой, для оценки статуса метилирования промоторной области генов супрессоров опухолевого роста при спорадическом раке молочной железы и яичников, были отобраны 12 генов. Все гены имеют в составе своих промоторов CpG-островки и транскрипционно активны в клетках морфологически нормальной молочной железы и поверхностном эпителии яичников.

При анализе статуса метилирования CpG-островков двенадцати отобранных генов в клеточных линиях рака молочной железы и яичников, а так же морфологически нормальной ткани молочной железы и лимфоцитах человеческой крови, было показано, что гены RASSF1 А, Р16, RARP, АРС, GSTP1, HIN1, NTRK2, CTGF, MAL, OPCML и DKK1 метилированы в клеточных линиях, но не метилированы в норме.

Был проведен статистический анализ статуса метилирования генов RASSF1A, Р16, RARp, АРС, GSTP1, HIN1, NTRK2, CTGF, MAL, BRCA1, OPCML и DKK1 в нормальных и клинических образцах рака молочной железы и яичников различных стадий. Результат наличия метилирования в клинических образцах и его отсутствие в нормальных образцах делает возможным использование генов RASSF1A, Р16, RARJ3, АРС, GSTP1, HIN1, NTRK2, CTGF, MAL, BRCA1, OPCML и DKK1 в лабораторной диагностике рака молочной железы и яичников.

Практическая ценность работы.

В результате проведенных исследований было показано, что комбинация генов RASSFA1, HIN1, MAL позволяет диагностировать опухоль молочной железы с чувствительностью 98%, а комбинация генов BRCA1, MAL, DKK1 — злокачественную опухоль яичников с чувствительностью 94%. Полученные данные являются экспериментальным обоснованием для разработки скрининговых тест-систем с целью диагностики рака молочной железы и яичников. Использование таких систем служит одним из новых молекулярно-биологических методов диагностики.

Материалы исследования также представляют интерес для получения новых дополнительных знаний об участии генов супрессоров опухолевого роста в процессе канцерогенеза, а также расширения понимания роли эпигенетических факторов в регуляции экспрессии этих генов при злокачественной трансформации клетки.

Реализация результатов исследования.

Панели метилированных генов, составленные в результате проведенного исследования, используются в научной лаборатории ракового центра Фокс Чейз (Филадельфия, США) при анализе клинических образцов для изучения функционирования этих генов при раке молочной железы и яичников. А так же внедрены в практику работы Волгоградского Областного Онкологического диспансера.

Результаты исследования, отражающие молекулярные механизмы канцерогенеза и иллюстрирующие новые подходы в диагностике онкологических заболеваний включены в лекционные курсы по молекулярной биологии, медицинской генетики и клинической биохимии Волгоградского государственного медицинского университета и курсы лекций по клинической лабораторной диагностике Санкт-Петербургского государственного медицинского университета им. академика И. П. Павлова.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Гены RASSF1A, Р16, RAR0, АРС, GSTP1, HIN1, NTRK2, CTGF и MAL метилированы в клеточных линиях рака молочной железы, но не метилированы в морфологически нормальных тканях молочной железы.

2. Установлено наличие метилирования генов RASSF1A, RARj3, АРС, GSTP1, HIN1, NTRK2, CTGF и MAL в образцах карцином молочной железы всех стадий.

3. Гены MAL, OPCML, HIN1, BRCA1 и DKK1 метилированы в клеточных линиях карцином яичников, но не метилированы во всех образцах лимфоцитов крови, полученных от людей без онкологических заболеваний.

4. Выявлено наличие метилирования генов MAL, OPCML, HIN1, BRCA1 и DKK1 в образцах карцином яичников всех стадий.

5. Диагностическая чувствительность панели генов (RASSF1 A, MAL, HIN1) для выявления рака молочной железы составляет 98%, а при раке яичников она достигает 94% в случае одновременного определения статуса метилирования комбинации генов MAL, DKK1, BRCA1.

Апробация работы.

Основные результаты работы докладывались на международных конференциях: «97th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research» (Washington, DC, USA, April 1−5, 2006) — «15th SPORE meeting National Institutes of Health (Baltimore, MD, USA, 2007) — «99th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research» (San Diego, CA,.

USA April 12−16, 2008) — XLVI международная научная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс» (Новосибирск, 2008).

Диссертация обсуждена на совместном заседании кафедр теоретической биохимии с курсом клинической биохимии, молекулярной биологии и генетики, биологии, патологической анатомии с участием НИИ фармакологии, ФГУЗ НИПЧИ (6 мая 2009 года, протокол № 14).

Публикации.

По теме диссертации опубликовано 7 печатных работ, в том числе 2 статьи в реферируемых журналах.

Структура и объем диссертации

.

ВЫВОДЫ.

1. Промоторные области генов RASSFIA, Р16, RARp, АРС, GSTP1, HIN1, NTRK2, CTGF, MAL оказались не метилированы в образцах морфологически нормальной ткани молочной железы.

2. Гены RASSFIA, Р16, RARp, АРС, GSTP1, HIN1, NTRK2, CTGF, MAL были метилированы хотя бы в одной из пяти изученных клеточных линий рака молочной железы.

3. Во всех образцах все проанализированные гены метилированы при злокачественных новообразованиях молочной железы, при этом гены RASSFIA, RARp, АРС, HIN1, CTGF и MAL имеют высокую диагностическую чувствительность, а гены GSTP1, NTRK2 и Р16 обладают низкой диагностической чувствительностью.

4. Наиболее высокая диагностическая чувствительность при раке молочной железы достигается при совместном метилировании генов RASSFIA, MAL, HIN1 и составляет 98%.

5. Промоторные области генов MAL, OPCML, HIN1, BRCAl и DKK1 были не метилированы во всех образцах лимфоцитов крови, полученных от людей без онкологических заболеваний.

6. Гены MAL, OPCML, HIN1, DKK1 за исключением гена BRCA1 оказались метилированы хотя бы в одной из пяти исследуемых клеточных линий рака яичников.

7. Выявлено, что промоторные области всех проанализированных генов метилированы при злокачественых новообразованиях яичников, при этом гены OPCML и MAL имеют высокую диагностическую чувствительность, а гены HIN1, BRCA1 и DKK1 обладают низкой диагностической чувствительностью.

8. Установлено, что при раке яичников оптимальная диагностическая чувствительность достигается комбинацией генов MAL, DKK1, BRCA1 и составляет 94%.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

.

Характерной чертой опухолевых и трансформированных in vitro клеток млекопитающих является дисбаланс метилирования геномной ДНК, который вносит значительный вклад в создание генетической и фенотипической нестабильности. В тоже время, нестабильность 5-МеС в составе CpG динуклеотидов, приводящая к эпимутациям, может иметь тот же конечный результат. Таким образом, метилирование, являясь эпигенетической модификацией ДНК, может в случае нарушения приводить к генетическим изменениям, делая очевидной взаимосвязь между генетическими и эпигенетическими процессами при возникновении и развитии опухоли. Нарушение паттерна метилирования проявляется на ранних стадиях злокачественной трансформации клеток млекопитающих.

Таким образом определение статуса метилирования новых кандидатов в гены супрессоры опухолевого процесса является перспективным направлением исследований с целью создания новых высокоэффективных диагностических тестов для выявления злокачественных новообразований.

Представляется обоснованным следующий дизайн исследования, реализованный в данной работе. На первом этапе работа с существующими базами данных и выявление генов, имеющих нарушение уровня экспресии в сторону его понижения при опухолевом процессе. Затем исследование статуса метилирования промоторной зоны этих генов. На заключительном этапе необходимо провести оптимизацию панелей генов, при помощи анализа чувствительности и специфичности.

Реализация описанного подхода позволила нам предложить оптимальные наборы генов для диагностики злокачественных опухолей молочной железы и яичников. Комбинация RASSFA1, HTN1, MAL позволяет диагностировать опухоль молочной железы с чувствительностью 98%, а комбинация BRCA1, MAL, DKK1 позволяет диагностировать злокачественную опухоль яичников с чувствительностью 94%.

Показать весь текст

Список литературы

  1. , Г. И. Что такое опухоль? / Г. И. Абелев // Соросовский Образовательный Журнал. 1998.- № 11.- С. 85−90.
  2. , Е.М. Статистика рака молочной железы в Москве/ Е. М. Аксель, Э. А. Михайлов // Вопросы онкологии. 2005.-№ 6. -С.656−658.
  3. , А.В. Гены супрессоры опухолевого роста / А. В Баранова, Н.К. Янковский//Молекулярная биология. — 1998. — Т.32.- С.206−218.
  4. Гвоздев, В. А Механизмы регуляции активности генов в процессе транскрипции / В. А. Гвоздев // Соросовский Образовательный Журнал.-1998.-№ 2, — С. 22−31.
  5. , В.А. Регуляция активности генов, обусловленная химической модификацией (метилированием) ДНК / В. А. Гвоздев // Соросовский Образовательный Журнал.- 1999.-№ 4.- С.15−17.
  6. , У. Рак: как распутать клубок?: Пер. С англ. / У. Гиббс // В мире науки.-2003.-№ 10.-С.55−85.
  7. , И.Ф. Общая и молекулярная генетика, 4-е изд./ И. Ф. Жимулев -Сибирское университетское изд-во, 2007. 479с.
  8. , Д.Г. Канцерогенез / Д. Г. Заридзе М.: Научный мир, 2000. -418с.
  9. , B.JT. От чего зависит судьба гена / В. Л. Карпов // Биотехнология.- 2005.-ЖЗ.-С.10−11.
  10. , Л.Л. Геном человека и биология XXI века / Л. Л. Киселев // Вестник Российской Академии наук. -2000.-Т.70.-№ 5.-С.412−424.
  11. , С.Л. Эмбриональные стволовые клетки человека / С. Л. Киселев, М. А. Лагарькова //Природа.-2006.-№ 10.-С.31−32.
  12. А.И. Справочник для инженеров и научных работников / А. И. Кобзарь. -М.: Физматлит, 2006.-814с.
  13. , Л.И. Как гены контролируют развитие клеток / Л. И. Корочкин // Соросовский Образовательный Журнал.- 1996. -№ 1.- С.17−22.
  14. , А.В. Метилирование ДНК в канцерогенезе / А. В. Лихтенштейн, Н. П. Киселева //Биохимия.-2001.-№ 66.-С.293−317.
  15. , В.И. Районы потенциальных генов-супрессоров эпителиальных опухолей почки, молочной железы и яичников на хромосоме 3 человека / В. И. Логинов, И. В. Базов // Генетика. -2008.- Т. 44.-№ 2.-С. 250−256.
  16. , В.И. Уровень метилирования гена RASSF1A в эпителиальных опухолях почки, молочной железы и яичников/ В. И. Логинов, А.В. Малюкова//Молекуляр. биология.-2004.-Т.38.- С.654−667.
  17. , А.А. Генетика в клинической медицине / А. А. Новик, Т. А. Камилова, В. Н. Цыган. СПб.: Изд-во ВМедА, 2001.- 219 с.
  18. , Р.Х. Биологические эффекты токсических соединений / Р. Х. Райе, Л. Ф. Гуляева. Новосибирск: изд-во НГУ, 2003.-208с.
  19. , Е.Д. «Гены рака» и передача сигнала в клетке/ Е. Д. Свердлов // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология.-1999.-№ 5.-С.З-22.
  20. , В.Ф. Скрининг рака молочной железы / В. Ф. Семиглазов //Медицинский вестник. 2008.-№ 35.- С.-462.
  21. , В.Н. Репарация генетических повреждений / В. Н. Сойфер // Соросовский Образовательный Журнал.- 1997.-№ 8.- С.4−13.
  22. , Н.К. Наша история, записанная в ДНК / Н. К. Янковский, С. А. Боринская // Природа, — 2001.-№ 6. -С. 10−17.
  23. Ahuja, N. Aging and DNA methylation in colorectal mucosa and cancer/ N. Ahuja, Q. Li // Cancer Res. -1998- Vol. 23- P.5489−5494.
  24. Angeloni, D. Molecular analysis of deletions in human chromosome 3p21 and the role of resident cancer genes in disease / D. Angeloni // Brief. Funct. Genomic Proteomic.- 2007-Vol.6. -P. 19−39.
  25. Antequera, F. Number of CpG islands and genes in human and mouse / F. Antequera, A. Bird // Proc.NatJ.Acad.Sci.-1993-Vol. 90- P. l 1995−11 999.
  26. Araujo, F.D. Concurrent replication and methylation at mammalian origins of replication / F.D. Araujo, J.D. Knox // Mol Cell Biol.-1998-Vol.18-P.3475−3482.
  27. Bachman, K.E. Methylation-associated silencing of the tissue inhibitor of metalloproteinase-3 gene suggest a suppressor role in kidney, brain, and other human cancers / K.E. Bachman, J.G. Herman //.Cancer Res. -1999 -Vol.4- P.798−802.
  28. Baylin, S. B. Alterations in DNA methylation: a fundamental aspect-of neoplasia / S.В. Baylin, J.G. Herman, J.R. Graff// Adv Cancer Res. -1998-Vol.72-P.141−196.
  29. Belinsky, S.A. Aberrant methylation of p 161NK4a is an early event in lung cancer and potential biomarker for early diagnosis / S.A. Belinsky, K.J. Nikula, W.A. Palmisano // Proc. Natl. Acad. Sci. USA-1998-Vol.95-P.l 189 111 896.
  30. Bestor, Т.Н. DNA methyltransferases / Т.Н. Bestor, G.L. Verdin // Caix.Opin. Cell Biol. 1994 -Vol.259-P.946−951.
  31. Bestor, Т. H. DNA methylation: evolution of a bacterial immune function into a regulator of gene expression and genome structure in higher eukaryotes / Т.Н. Bestor//Philos Trans R Soc Lond В Biol Sci. -1990-Vol.326-P.179−187.
  32. Bhattacharya, S.K. A mammalian protein with specific demethylase. activity for mCpG DNA / S.K. Bhattacharya, S. Ramchandani, N. Cervoni //
  33. Nature.-1999-Vol.397-P.579−583.
  34. Bignell, G. Sequence analysis of the protein kinase gene family in human testicular germ-cell tumors of adolescents and adults / G. Bignell // Genes Chromosomes Cancer.- 2006-Vol.45-P.42−46.
  35. Bird, A. Studies of DNA methylation in animals / A. Bird, P. Tate, X. Nan // J Cell Sci Suppl-1995-Vol.l9-P.37−39.
  36. Bird, A.P. Functions for DNA methylation in vertebrates / A. Bird // Cold Spring Harb Symp Quant Biol.-1993-Vol.58-P.281−285.
  37. Blin, N. A general method for isolation of high molecular weight DNA from eukaryotes / N. Blin, D.W. Stafford // Nucleic Acids Res. -1976-Vol.3-P.2303.
  38. Boyes, J. Repression of genes by DNA methylation depends on CpG density / J. Boyes, A. Bird // EMBO J.-1992-Vol. l l-P.327−333.
  39. Brehm, A. Retinoblastoma protein mmets chromatin / A. Brehm, T. Kouzaridies // Trends in biochemical sciences.- 1999-Vol.24-P.142−145.
  40. Bronner, C.E.Mutation in the DNA mismatch repair gene homologue hMLHl is associated with hereditary non-polyposis colon cancer / C.E. Bronner, S.M. Baker//Nature. -1994-Vol.368-P.258−261.
  41. Buchkovich, K. The retinoblastoma protein is phosphorylated during specific phases of the cell cycle. / K. Buchkovich, L.A. Duffy, E. Harlow // Cell. -1989- Vol.6 -P.1097−1105.
  42. Cairns, P. Gene methylation and early detection of genitourinary cancer: the road ahead / P. Caims // Nature Rev. Cancer -2007-Vol.7-P.531−543.
  43. Campo, E. Prognostic significance of the loss of heterozygosity of Nm23-H1 and p53 genes in human colorectal carcinomas / E. Campo, R. Miquel, P. Jares // Cancer. -1994-Vol.73-P.2913−2921.
  44. Chellappan, S.P. The E2 °F transcription factor is a cellular target for the RB protein. / S.P. Chellappan, S. Hiebert, M. Mudryj // Cell. -1991-Vol.6-P.1053−1061.
  45. Chen, H. Loss of OPCML expression and the correlation with CpG island methylation and LOH in ovarian serous carcinoma / H. Chen, F. Ye // Eur. J. Gynaecol. Oncol.-2007-Vol.28-P.464−467.
  46. Chen, R.Z. DNA hypomethylation leads to elevated mutation rates / R.Z. Chen, U. Pettersson, C. Beard // Nalure.-1998-Vol.395- P.89−92.
  47. Choi, C.H. Hypermethylation and loss of heterozygosity of tumor suppressor genes on chromosome 3p in cervical cancer / C.H. Choi, K.M. Lee, J.J. Choi // Cancer Letters.- 2007-Vol.255.-P.26−33.
  48. Chunming, D. Cantor Direct molecular haplotyping of long-range genomic DNA with Ml-PCR / D. Chunming, R. Charles // PNAS.- 2003 -Vol. 5-P.123−145.
  49. Clark, S.J. Spl binding is inhibited by (m)Cp (m)CpG methylation / S.J. Clark, J. Harrison, P.L. Molloy // Gene.-1997-Vol.l95-P.67−71.
  50. Coleman, K. Syntactic structure analysis in uveal melanomas. / K. Coleman, P.J. Diest, J.P. Baak// Br J Ophthalmol. -1994 -Vol.1 l-P.871−874.
  51. Cooper, D.L. Methyl-directed mismatch repair is bidirectional / D.L. Cooper, R.S. Lahue, P. Modrich // J Biol Chem-1993-Vol. 268-P.l 1823−11 829.
  52. Costa, A. p53 gene point mutations in relation to p53 nuclear protein accumulation in colorectal cancers / A. Costa, R. Marasca, В. Valentinis // J Pathol-1995-Vol. 176-P.45−53.
  53. Cunningham, C. Genetics of colorectal cancer / C. Cunningham, M.G. Dunlop // Br Med Bull.-1994-Vol.50-P.640−655.
  54. Dobrovic, A. Methylation of the BRCA1 gene in sporadic breast cancer./
  55. A. Dobrovic, D. Simpfendorfer // Cancer Res.-1997-Vol.16- P.3347−3350.
  56. Dyson, N. Oncogenes and cell proliferation / N. Dyson, A. Balmain // Curr Opin Genet Dev.- 1999-Vol.l -P.ll-14.
  57. Dyson, N. The regulation of E2 °F by pRB-family proteins./ N. Dyson // Genes Dev.-1998.-Vol.15 -P.2245−2262.
  58. Erkko, H. A recurrent mutation in PALB2 in Finnish cancer families / H. Erkko, B. Xia // Nature.- 2007-Vol.446 -P.316−319.
  59. Esteller, M. Cancer epigenetics and methylation./ M. Esteller, J.G. Hermann//Science.- 2002 -Vol. 5588- РЛ807−1808.
  60. Esteller, M. Promoter hypermathylation and BRCA1 inactivation in sporadic breast and ovarian tumors / M. Esteller, J.M. Silva // J. Natl. Cancer -Inst.-2000-Vol.92-P.-564−569.
  61. Fearon, E.R. A genetic model for colorectal tumorigenesis / E.R. Fearon,
  62. B. Vogelstein//Cell. -1990-Vol.61- P.759−767.
  63. Feinberg, A.P. The history of cancer epigenetics / A.P. Feinberg, B. Tycko // Nature Rev. Cancer.-2004-Vol.4-P. 143−153.
  64. Fishel, R. The human mutator gene homolog MSH2 and its association with hereditary nonpolyposis colon cancer published erratum appears in Cell / R. Fishel, M. Lescoe // Cell.-1994-Vol.75-P.1027−1038.
  65. Ford, D. Risks of cancer in BRCA1-mutation carriers. Breast Cancer Linkage Consortium / D. Ford, D.F. Easton, D.T. Bishop // Lancet. -1994 -Vol. 8899- P.692−695.
  66. Futscher, B.W. Role for DANN methylation of cell type specific maspin expression / B.W. Futscher, M.M. Oshiro // Nat. Genet.-2002-Vol.2-P.175−179.
  67. Gardiner-Garden, V. CpG islands in vertebrate genomes / V. Gardiner-Garden, M. Frommer // J.Mol.Biol.-1987-Vol.l96- P.261−268.
  68. Gayther, S.A. Regionally clustered APC mutations are associated with a severe phenotype and occur at a high frequency in new mutation cases ofadenomatous polyposis coli / S.A. Gayther, D. Wells // Hum Mol Genet.-1994-Vol. 3-P.53−56.
  69. Greenblatt, M. S. Mutations in the p53 tumor suppressor gene: clues to cancer etiology and molecular pathogenesis / M.S. Greenblatt, W.P. Bennett, M. Hollstein // Cancer Res.-1994-Vol. 54-P.4855−4878.
  70. Groeger, A.M. Independent prognostic role of pi6 expression in lung cancer / A.M. Groeger, M. Caputic, V. Espositoa // J Thorac Cardiovasc Surg.-1999-Vol.3 -P. 529−535.
  71. Hanski, C. Low frequency of p53 gene mutation and protein expression in mucinous colorectal carcinomas / C. Hanski, F. Tiecke, M. Hummel // Cancer Lett. -1996-Vol.l03-P. 163−170.
  72. Hanski, C. Is mucinous carcinoma of the colorectum a distinct genetic, entity? / C. Hanski // Br J Cancer. -1995-Vol.72-P.1350−1356.
  73. Hendrich, B. Identification and characterization of a family of mammalian methyl-CpG binding proteins / B. Hendrich, A. Bird // Mol Cell Biol.-1998-Vol. 18-P. 6538−6547.
  74. Herman, J.G. Silencing of the VHL tumor-supressor gene by DNA methylation in renal carcinoma / J.G. Herman, F. Latif // Proc. Natl. Acad. Sci. USA-1994-Vol.91 .-P.9700−9704.
  75. Hermanek, P. Prognostic factors in rectal carcinoma. A contribution of the further developnemt of tumor classification / P. Hermanek, U. Mansmann, D. Staimmer // Dis Colon Rectum.-1989-Vol.32-P.593−599.
  76. Huschtscha, L.I. Loss of pl6INK4 expression by methylation is associated with lifespan extension of human mammary epithelial cells / L.I. Huschtscha, J.R. Noble // Cancer Res.-1998-P.3508−3512.
  77. Ikediobi, O.N. Mutation analysis of 24 known cancer genes in the NCI-60 cell line set / O.N. Ikediobi, H. Davies, G. Bignell // Mol Cancer Ther. -2006-Vol.5- P.2606−2612.
  78. Issa, J.P. Methylation of the oestrogen receptor CpG island links ageing and neoplasia in human colon. / J.P. Issa, Y.L. Ottaviano, P. Celano // Nat Genet.-1994-Vol.4- P.536−540.
  79. Jessup, J. M. The biology of colorectal carcinoma / J.M. Jessup, G.E. Gallick // Curr Probl Cancer-1992-Vol. 16- P.261−328.
  80. Jin, Z. Adenomatus polyposis coli (APC) gene promoter hypermethylation in primary breast cancers / Z. Jin, G. Tamura // Br. J. Cancer.-2001-Vol.85-P.69−73.
  81. Jirtl, R.L. Genomic imprinting and cancer / R.L. Jirtl // Exp. Cell Res.-1999-Vol. 248- P. 18−24.
  82. Jones, P.A. The fundamental role of epigenetic events in cancer / P.A. Jones, S.B. Baylin // Nature Rev. Genet.-2002-Vol.3-P.415−428.
  83. Jones, P.A. De novo methylation of the MyoDl CpG island during the establishment of immortal cell lines / P.A. Jones // Natl Acad Sci. -1990-Vol.16-P.6117−6121.
  84. Kass, S. U. DNA methylation directs a time-dependent repression of transcription initiation / S.U. Kass, N. Landsberger, A.P. Wolffe // Curr Biol.-. 1997-Vol.7-P. 157−165.
  85. Kennett, S.B. Sp3 encodes multiple proteins that differ in their capacity to stimulate or repress transcription. / S.B. Kennett // Nucleic Acids Res.-1997-Vol.l5-P. 3110−3117.
  86. Kinzler, K.W. Cancer-susceptibility genes. Gatekeepers and caretakers / K.W. Kinzler, B. Vogelstein // Nature. -1997-Vol.386-P.761−763.
  87. Kisseljova, N.P. De novo methylation of selective CpG dinucleotide clusters in transformed cells mediated by an activated N-ras / N.P. Kisseljova, E.S. Zueva, V.S. Pevzner // Int J Oncol.-1998-Vol.l2-P.203−209.
  88. Klose, R.J. C-domain-containing proteins and histone demethylation / R.J. Klose, E.M. Kallin, Y. Zhang // Nat Rev Genet.- 2006 -Vol.9 -P.715−727.
  89. Knudson, A. Mutation and cancer: statistical study of retinoblastoma / A. Knudson //Proc Natl Acad Sci. -1971-Vol.4 -P.820−823.
  90. Lapidus, R.G. The loss of estrogen and progesterone receptor gene expression in human breast cancer./ R.G. Lapidus, S.J. Nass, N.E. Davidson // J Mammary Gland Biol Neoplasia.-1998 -Vol.1-P.85−94.
  91. Lee, W. H. The retinoblastoma gene: from its basic umderstanding as a signal mediator for growth fnd differentiation to its use in the treatment qf cancer / W.H. Lee, E.Y. Lee // Gan To Kagaku Ryoho. -1997-Vol.24-P. 1368−1380.
  92. Lehmann, U. Quantitative assessment of promoter hypermethylation during breast cancer development / U. Lehmann, B. Hasemeier, R. Lilischkis // Am J Pathol. -2002-Vol.l60-P.605−612.
  93. Lei, H. De novo DNA cytosine methyltransferase activities in mouse embryonic stem cells / H. Lei, S.P. Oh, M. Okano // Development.-1996-Vol.122-P.3195−3205.
  94. Leonhardt, H. A targeting sequence directs DNA methyltransferase to sites of DNA replication in mammalian nuclei / H. Leonhardt, A.W. Page, H.U. Weier// Cell. -1992-Vol.71-P. 865−873.
  95. Li, E. Role for DNA methylation in genetic impinting / E. Li, C. Beard, R. Jaenisch // Nature.- 1993-Vol. 366- P.362−365.
  96. Luo, J. Determination of interaction mechanism of sensorgrams by analysis of binding kinetics / J. Luo, J. Zhou, W. Zou // J Protein Chem. -1999 -Vol.6-P.709−719.
  97. Monk M. Changes in DNA methylation during mouse embryonic development in relation to X-chromosome activity and imprinting / M. Monk // Philos Trans R Soc Lond В Biol Sci.-1990-Vol.326-P.299−312.
  98. Myohanen, S.K. Hypermethylation can selectively silence individual pl6ink4A alleles in neoplasia / S.K. Myohanen, S.B. Baylin, J.G. Herman // Cancer Res.-1998-P.591−593.
  99. Nelson, W.G. Prostate canser / W.G. Nelson, A.M. De Marzo // N. Engl. J.Med.-2003-Vol.349-P.366−381.
  100. Noyer-Weidner, M. Methylation of DNA in prokaryotes / M. Noyer-Weidner, T.A. Trautner //EXS-1993-Vol.64-P.39−108.
  101. Nuovo, G.J. In situ detection of the pl6 gene as an early event in oncogenesis / G.J. Nuovo, T.W. Plaia // Proc. Natl. Acad. Sci. USA-1999-Vol.96-P.-l 2754−12 759.
  102. Oei, S.L. Clusters of regulatory signals for RNA polymerase II transcription associated with Alu family repeats and CpG islands in human promoters / S.L. Oei, V.S. Babich // Genomics.-2004 -Vol.5-P.873−882.
  103. Okano, M. Dnmt2 is not required for de novo and maintenance methylation of viral DNA in embryonic stem cells / M. Okano, S. Xie, E. Li // Nucleic Acids Res.-1998-Vol.26-P.2536−2540.
  104. Okano, M. DNA methyltransferases Dnmt3a and Dnmt3b are essential for de novo methylation and mammalian development / M. Okano, D.W. Bell, D.A. Haber // Cell.-1999-Vol.99-P.247−257.
  105. Olopade, O.I. Molecular analysis of deletions of the short arm of chromosome 9 in human gliomas./ O.I. Olopade, R.B. Jenkins, D.T. Ransom // Cancer Res.- 1992-Vol .9-P.2523−2529.
  106. Pogribny, I.P. A sensitive new method for rapid detection of abnormal methylation patterns in global DNA and within CpG islands / LP. Pogribny, P. Yi, S.J. James // Carcinogenesis.-1999-Vol. 16-P.2863−2867.
  107. Pretlow, T. P. K-ras mutations in putative preneoplastic lesions in human colon / T.P. Pretlow, T.A. Brasitus, N.C. Fulton // J Natl Cancer Inst. -1993-Vol. 85-P.2004−2007.
  108. Rahman, N. PALB2, which encodes a BRCA2-interacting protein, is a breast cancer susceptibility gene / N. Rahman, S. Seal, D. Thompson // Nat Genet.- 2007-Vol.39 -P. 165−167.
  109. Razin, A. DNA methylation and embryogenesis / A. Razin, H. Cedar // EXS.-1993-Vol.64-P.343−357.
  110. Razin, A. DNA methylation in early development / A. Razin, R. Shemer // Hum.Mol.Genetics.-1995-Vol.4-P. 1751−1755.
  111. Reid, S. Biallelic mutations in PALB2 cause Fanconi anemia subtype FA-N and predispose to childhood cancer / S. Reid, D. Schindler, H. Hanenberg // Nat Genet. -2007-Vol.39-P. 162−164.
  112. Robertson, K.D. The human DNA methyltransferases (DNMTs) 1, 3a and 3b: coordinate mRNA expression in normal tissues and overexpression in tumors / K.D. Robertson, E. Uzvolgyi, G. Liang // Nucleic Acids Res. -1999-Vol.27-P.2291−2298.
  113. Robertson, K.D. DNA methylation: past, present and future directions / K.D. Robertson, P.A. Jones // Carcinogenesis.-2000-Vol. 21-P.461−467.
  114. Ryan, G. Repression of Pax-2by. WT-I during normal kidney development / G. Ryan, V. Steele-Perkines, J.F. Morris // Development.-1995-Vol.l21-P.867−875.
  115. Sasaki, H. DNA methylation and genomic imprinting in mammals / H. Sasaki, N.D. Allen, M. Azin // EXS.-1993-Vol.64-P.469−486.
  116. Schmutte, C. Mechanisms for the involvement of DNA methylation in colon carcinogenesis / C. Schmitte, S.A. Yang, T. Tudung // Cancer Res.-1996-Vol.56-P.2375−2381.
  117. Schmutte, C. Mutagenicity of nitric oxide is not caused by deamination of cytosine or 5-methylcytosine in double-stranded DNA / C. Schmitte, W.M. Rideout // Carcinogenesis.-1994-Vol.l5-P.2899−2903.
  118. Scully, R. Association of BRCAl with Rad51 in mitotic and meiotic cells./ R. Scully, J. Chen, A. Plug // Cell. 1997-Vol.2-P.265−275.
  119. Selker, E.U. Tissue-specific silencing of a transgene in rice / E.U. Selker // Cell.-1999-Vol.6-P.56−58.
  120. Serrano, M. Role of the INK4a locus in tumor suppression and cell mortality./ M. Serrano, H. Lee, L. Chin // Cell.- 1996 -Vol.l-P. 27−37.
  121. Sharma, G. Promoter hypermethylation of pl6 (INK4A), pl4(ARF), CyclinD2 and Slit2 in serum and tumor DNA from breast cancer patients / G. Sharma, S. Mirza, C.P. Prasad // Life Sci.- 2007-Vol.80- P.1873−1881.
  122. Shigematsu, H. Aberrant methylation of HIN-1 (high in normal-1) is a frequent event in many human malignancies / H. Shigematsu, M. Suzuki // Int. J. Cancer.-2005-Vol.l 13-P.600−604.
  123. Singer-Sam, J. X chromosome inactivation and DNA methylation / J. Singer-Sam, A.D. Riggs // EXS.-1993-Vol.64-P.358−384.
  124. Sjoblom, T. The consensus coding sequences of human breast and colorectal cancers / T. Sjoblom, S. Jones, L.D. Wood // Science.- 2006-Vol.314-P.268−274.
  125. Smith, A. J. Somatic APC and K-ras codon 12 mutations in aberrant crypt foci from human colons / A.J. Smith, H.S. Stern // Cancer Res. -1994-Vol.54-P.5527−5530.
  126. Tam, K.F. Methylation profile in benign, borderline and malignant ovarian tumors / K.F. Tam, V.W. Liu, S.S. Liu // J. Cancer Res. Clin. Oncol.-2007- Vol. 133.-P.331−341.
  127. Tischkowitz, M. Analysis of PALB2/FANCN-associated breast cancer families / M. Tischkowitz, B. Xia, N. Sabbaghian // Proc Natl Acad Sci. 2007-Vol.l04-P.6788−6793.
  128. Toyota, V. CpG island methylator phenotypes in aging and cancer / V. Toyota, J. Issa // Sem. Canser Biol.-1999-Vol.9- P.349−357.
  129. Tuker M.S. Basic Mechanisms and Clinical Applications / M.S. Tuker // Semin Cardiothorac Vase Anesth.- 1999-Vol. 7- P.253.
  130. Vertino, P.M. De novo methylation of CpG island sequences in human fibroblasts overexpressing DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / P.M. Vertino, R.W. Yen, J. Gao // Moll.Cell.Biol.-1996-Vol.l6-P.4555−4565.
  131. Walsh, C.P. Transcription of IAP endogenous retroviruses is contained by cytosine methylation / C.P. Walsh, J.R. Chaillet, Т.Н. Bestor // Nature Genet.-1998-Vol.20-P.116−117.
  132. Wicha, M.S. Cancer stem cells: an old idea—a paradigm shift / M.S. Wicha, S. Liu // Cancer Res.- 2006-Vol.66 -P.1883−1890.
  133. Wilentz, R.E. Pathology of cancer of the pancreas./ R.E. Wilentz, R.H. Hruban // Surg Oncol Clin N Am. -1998-Vol.l-P.43−65.
  134. Wu, Q. DNA methylation profiling of ovarian carcinomas and their in vitro models identifies HOXA9, HOXB5, SCGB3A1, and CRABP1 as novel targets / Q. Wu, R.A. Lothe // Mol. Cancer.-2007-Vol.6-P.45.
  135. Xia, B. Control of BRCA2 cellular and clinical functions by a nuclear partner, PALB2 / B. Xia, Q. Sheng, K. Nakanishi // Mol Cell.- 2006-Vol.22-P.719−729.
  136. Xia, B. Fanconi anemia is associated with a defect in the BRCA2 partner PALB2 / B. Xia, J.C. Dorsman, N. Ameziane // Nat Genet.- 2007-Vol.39~P.159−161.
  137. Xie, S. Cloning, expression and chromosome locations of the human DNMT3 gene family / S. Xie, Z. Wang, M. Okano // Gene.-1999-Vol.236-P.87−95.
  138. Yamashita, N. Frequent and characteristic K-ras activation and absence of p53 protein accumulation in aberrant crypt foci of the colon / N. Yamashita, T. Minamoto, A. Ochiai // Gastroenterology.-1995-Vol.108- P.434−440.
  139. Yao, K.L. Examination of the DNA methylation properties in nontumorigenic and tumorigenic breast epithelial cell lines / K.L. Yao, K.J. Pienta // Anticancer Res.-1998-P.2575−2642.
  140. Yebra, M.J. A cytosine methyltransferase converts 5-methylcytosine in DNA to thymine / M.J. Yebra, A.S. Bhagwat // Biochemistry. -1995-Vol.341. P. 14 752−14 757.
  141. Yen, R.W. Isolation and characterization of the cDNA encoding human DNA methyltransferase / R.W. Yen, P.M. Vertino, B.D. Nelkin // Nucleic Acids Res.-1992-Vol. 20-P.2287−2291.
  142. Yoder, J.A. A candidate mammalian DNA methyltransferase related to pmtlp of fission yeast / J. A. Yoder, Т.Н. Bestor // Hum Mol Genet.-1998-Vol.7-P. 279−284.
  143. Yonezawa, S. Expression of mucin antigens in human cancers and its relationship with malignancy potential / S. Yonezawa, E. Sato // Pathol Int. -1997-Vol.47-P.813−830.
Заполнить форму текущей работой

Заказал и сдал!