Дипломы, курсовые, рефераты, контрольные...
Срочная помощь в учёбе

Аналоги олигонуклеотидов с пептидными межнуклеотидными связями

Диссертация: Аналоги олигонуклеотидов с пептидными межнуклеотидными связями
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Аналоги олигонуклеотидов находят широкое применение в диагностике и терапии вирусных и онкологических заболеваний, а также в исследованиях функций генов. В особую группу можно выделить аналоги, содержащие повторяющиеся амидные фрагменты. Среди них наиболее известны пептидно-нуклеиновые кислоты (ПНК) и олигонуклеотиды с амидными межнуклеотидными связями. ПНК изначально вызвали значительный интерес… Читать ещё >

Содержание

  • Список использованных сокращений
  • Глава 1. Методы синтеза полиамидных ДНК-миметиков. (Обзор литературы)
    • 1. 1. Методы синтеза пептидно-нуклеиновых кислот
      • 1. 1. 1. «Классические» ПНК
      • 1. 1. 2. «Хиральные» ПНК
    • 1. 2. Методы синтеза аналогов олигонуклеотидов с амидными межнуклеотидными связями
  • Глава 2. Олигонуклеотиды с пептидными межнуклеотидными связями. (Обсуждение результатов)
  • Глава 3. Экспериментальная часть
  • ВЫВОДЫ

Аналоги олигонуклеотидов с пептидными межнуклеотидными связями (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Аналоги олигонуклеотидов находят широкое применение в диагностике и терапии вирусных и онкологических заболеваний, а также в исследованиях функций генов. В особую группу можно выделить аналоги, содержащие повторяющиеся амидные фрагменты. Среди них наиболее известны пептидно-нуклеиновые кислоты (ПНК) и олигонуклеотиды с амидными межнуклеотидными связями. ПНК изначально вызвали значительный интерес благодаря более высокому и специфическому (в сравнении с природными олигонуклеотидами) гибридизационному сродству к комплементарным фрагментам ДНК/РНК [1−7]. Однако их практическое применение осложнено низкой растворимостью в водных средах, затрудненным прохождением через клеточные мембраны и склонностью к самоагрегации. Ключом к решению перечисленных проблем стало введение в ПНК остатков хиральных аминокислот [8−11] (остов «классических» ПНК содержит лишь глициновые фрагменты), в частности аминои карбокси-содержащих. Наличие положительно или отрицательно заряженных боковых групп позволяет регулировать гибридизацию путем изменения ионной силы и рН раствора. В более широком смысле встраивание в олигонуклеотидные аналоги аминокислот, содержащих боковые радикалы, можно рассматривать как метод функционализации ДНК для последующего присоединения репортерных групп или получения различных конъюгатов. Кроме того, дополнительная функционализация олигонуклеотидов может быть использована для повышения эффективности всевозможных катализаторов и лигандов на основе нуклеиновых кислот.

Целью данной работы была модификация олигонуклеотидов с амидными межнуклеотидными связями (структуры, в которых в отличие от ПНК сохранены рибозные остатки), аналогичная модификации «классических» ПНК, имевшей, как показано выше, принципиальное значение и обеспечившей данному направлению дальнейшее развитие. Разработка олигонуклеотидов с амидными межнуклеотидными связями велась практически параллельно разработке ПНК. Как и ПНК, олигонуклеотиды с амидными линкерами рассматриваются в качестве потенциальных терапевтических агентов, в частности регуляторов генной экспрессии [12, 13]. Несмотря на значительное разнообразие амидных модификаций межнуклеотидной связи, попыток введения боковых групп через амидсодержащие линкеры практически не предпринималось. Между тем, функционализация, открывающая возможность конъюгации с пептидами и маркирования (например, флуоресцентного маркирования для детектирования гибридизации [14−16]) могла бы повысить эффективность и расширить сферу применения таких аналогов. При этом функционализация не должна мешать собственно гибридизации.

В настоящей работе основные усилия были направлены на определение общей стратегии синтеза аналогов олигонуклеотидов со встроенными в межнуклеотидные связи остатками аминокислот, изучение гибридизационных свойств новых соединений и оценку возможности использования модификации данного типа для флуоресцентного маркирования олигонуклеотидов (на примере маркирования производными карбазола и пирена).

выводы.

1. Получены потенциальные регуляторы генной экспрессии нового типа — аналоги олигонуклеотидов с пептидными межнуклеотидными связями.

2. Синтезированы и охарактеризованы олигонуклеотиды, содержащие пептидные линкеры на основе глицина, Ьи Баланнина, Ь-и Бфенилаланина, Ь-и Б-лизина.

3. Изучена зависимость гибридизационной способности модифицированных олигонуклеотидов от природы пептидного линкера. Показано, что модификации на основе Б-аланина и Б-лизина приводят к стабилизации дуплексов.

4. Продемонстрирована возможность флуоресцентного маркирования аналогов олигонуклеотидов по пептидным межнуклеотидным связям для детектирования гибридизации.

Показать весь текст

Список литературы

  1. М., Buchardt О., Christensen L., Behrens С., Freier S.M., Driver D.A., Berg R.H., Ют S.K., Norden В., Nielsen P.E. PNA hybridizes to complementary oligonucleotides obeying the Watson-Crick hydrogen bonding rules. // Nature. 1993, 365, P. 556−568.
  2. Uhlmann E., Peyman A., Breipohl G., Will D. W. PNA: Synthetic polyamide nucleic acids with unusual binding properties. // Angew. Chern. Int. Ed. 1998, 37, P. 2796−2823.
  3. Giesen U., Kleider W., Berding C, Oram H., Nielsen P.E. A formula for thermal stability™ prediction of PNA/DNA" duplexes // Nucleic Acids Res. 1998,26, P. 1601 -1620.
  4. Ratilainen Т., Holmen A., Tuite E., Haaima G., Christensen L., Nielsen P. E., Norden В. Hybridization of peptide nucleic acid // Biochemistry. 1998, 37, P. 12 331−12 342.
  5. Wang G., Xu Xiaoxin S. Peptide nucleic acid (PNA) binding-mediated gene regulation // Cell Research. 2004,14, P. 111−116.
  6. Norden В., Ray A. Peptide nucleic acid (PNA): its medical and biotechnical application and promise for the future. // FASEB J. 2000,14, P. 1041−1060.
  7. Nielsen P.E. Peptide Nucleic Acids (PNA) in chemical biology and drug discovery // Chem. Biodiversity. 2010, 7, P. 786−804.
  8. Haaima G., Lohse A., Buchardt O., Nielsen P.E. Peptide Nucleic Acids (PNA) containing thymine monomers derived from chiral amino acids: Hybridization and solubility properties of D-lysine PNA. H Angewandte Chemie. 1996,35, P. 1939−1941.
  9. Piischl A., Sforza S., Haaima G., Dahl О., Nielsen, P.E. Peptide Nucleic Acids (PNAs) with a functional backbone. II Tetrahedron Lett. 1998,39, P. 4707−4710.
  10. Sforza S., Haaima G., Marchelli R., Nielsen P.E. Chiral peptide nucleic acids (PNAs): helix handedness and DNA recognition//Eur. J. Org. Chem. 1999, P. 197−204.
  11. Sforza S., Corradini R., Ghirardi S., Dossena A. DNA binding of D-lysine-based chiral PNA: direction control and mismatch recognition // Eur. J. Org. Chem. 2000, P. 2905−2913.
  12. Baker В. F., Monia В.P. Novel mechanisms for antisense-mediated regulation of gene expression. // Biochim. Biophys. Acta. 1999,1489 P. 3−18.
  13. Micklefield J. Backbone modification of nucleic acids: synthesis, structure and therapeutic applications. // Curr. Med. Chem. 2001, 8, P. 1157−1179.
  14. Afonina I.A., Reed M.W., Lusby E., Shishkina I.G., Belousov Y.S. Minor groove binder-conjugated DNA probes for quantitative DNA detection by hybridization-triggered fluorescence. // BioTechniques. 2002, 32, P. 940−949.
  15. Nazarenko I., Pires R., Lowe В., Obaidy M., Rashtchian A. Effect of primary and secondary structure of oligonucleotides on the fluorescent properties of conjugated dyes. // Nucleic Acids Res. 2002, 30, P. 2089−2195.
  16. Ikeda S., Kubota T., Yukin M., Yanagisawa M., Tsuruma S., Okamoto A. Hybridization-sensitive fluorescent DNA probe with self-avoidance ability // Org. Biomol. Chem. 2010, 8, P. 546−551.
  17. Hyrup В., Nielsen P.E. Peptide nucleic acids (PNA): synthesis, properties and potential applications // Bioorg. Med. Chem. Lett. 1996, 4, P. 5−23.
  18. С.И. Пептидно-нуклеиновые кислоты: структура, свойства, применение, стратегии и практика химического синтеза. // Успехи химии. 2002, 71, № I, С. 81−95.
  19. Shakeel S., Karim S., Ali A. Peptide nucleic acid (PNA) a review. Il J. Chem. Technol. Biotechnol. 2006, 81, P. 892−899.
  20. De Mestmaeker A., Altmann K.-H., Waldner A., Wendeborn S. Backbone modifications in oligonucleotides and peptide nucleic acid systems. II Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, P. 343−355.
  21. Agrawal S., Iyer R.P. Modified oligonucleotides as therapeutic and diagnostic agents. // Curr. Opin. Biotechnol. 1995,6, P. 12−19.
  22. Freier S.M., Altmann K.-H. The ups and downs of nucleic acid duplex stability: structure-stability studies on chemically-modified DNA: RNA duplexes. // Nucleic Acids Res. 1997, 25, P. 4429−4443.
  23. Nielsen P.E., Egholm M., Berg R.H., Buchardt O. Sequence-selective recognition of DNA by strand displacement with a tliymine-substituted polyamide. // Science. 1991, 254, P. 14 971 500.
  24. Ferrer E., Eisenhut M., Eritia R. A convenient route for the preparation nucleic acid monomers carrying acid-labile groups for the protection of the amino function. // LUWER/HSCOM. Letters in peptide science. 1999, 6, P. 209−219.
  25. Thomson S. A., Josey J. A., Cadilla R., Gaul M. D., Hassman C. F., Luzzio M. J., Pipe A. J. Reed K. L., Ricca D. J., Wiethe R. W., Noble S. A. Fmoc mediated synthesis of peptide nucleic acids. // Tetrahedron. 1995, 51, P. 6179−6194.
  26. Stetsenko D. A., Lubyako E. N., Potapov V. K., Azliikina T. L., Sverdlov E. D. New approach to solid phase synthesis of polyamide nucleic acids analogues (PNA) and PNA-DNA conjugates. // Tetrahedron Lett. 1996, 37, P. 3571−3574.
  27. Breipohl G., Knolle J., Langner D., O’Malley G., Uhlmann E. The synthesis of polyamide nucleic acids (PNAs) using a novel Fmoc/Mmt protecting-group combination. // Bioorg. Med Chem. Lett., 1996, 6, P. 665−670.
  28. Will D.W., Breipohl G., Langner D., Knolle J., Uhlmann E. The synthesis of polyamide nucleic acids using a novel monomethoxytrityl protecting-group strategy. // Tetrahedron. 1995,51, P. 12 069−12 082.
  29. Mitsunobu O. The use of diethyl azodicarboxylate and triphenylphosphine in synthesis and transformation of natural products // Synthesis. 1981,16, P. 1−29.
  30. Dueholm K.L., Eghohn M., Buchardt O. An efficient synthesis of Boc-aminoacetaldehyde and its application to the synthesis of N-(2-Boc-aminoethyI)glycine esters. // Org. Prep. Proced. Int. 1993,25, P. 457−461.
  31. Finn P. J., Gibson N. J., Fallon R., Hamilton A., Brown T. Synthesis and properties of DNA-PNA chimeric oligomers. // Nucleic Acids Res. 1996, 24, P. 3357 3363.
  32. Kosynkina L., Wang W., Chyan Liang T. A convenient synthesis of peptide nucleic acid (PNA) monomers. //Tetrahedron Lett. 1994, 35, P. 5173 -5176.
  33. Christensen L, Fitzpatrick R., Gildea B., Peterson K.H., Hansen H.F., Koch T., Egholm M., Buchart O., Nelson P.E., Coull J., Berg R.G. Solid-phase synthesis of peptide nucleic acids. // J. Pept. Sci. 1995, 3, P. 175−183.
  34. Koch T., Hansen H.F., Andersen P., Larsen T., Batz H.G., Ottesen K., Oram H. Improvements in automated. PNA synthesis using Boc/Z monomers. // J. Pept. Res., 1997, 49, P. 80−88.
  35. Aldrian-Herrada G., Rabie A., Winersteiger R., Brugidou J. Solid-phase synthesis of peptide nucleic acid (PNA) monomers and their oligomerization using disulphide anchoring linkers. II J. Pept. Sci. 1998, 4, P. 266−281.
  36. Casale R., Jensen I.S., Egholm M. Sinthesis of PNA oligomers by Fmoc chemistry. In Peptide nucleic acids: protocols and applications. (Eds Nielsen P.E., Egholm M.). Horizon Scientific Press, Wymondham, 1999. P. 39.
  37. Bergmann F., Bannwarth W., Tam S. Solid phase synthesis of directly linked PNA-DNA-hybrids. // Tetrahedron Lett. 1995, 36, P. 6823−6826.
  38. Kocienski P. Protecting Groups. Georg Thieme, Stuttgart, 1994.
  39. Sonveaux E. Jn Protocols for Oligonucleotides Conjugates, Methods in Molecular Biology, V. 26, (Ed. S. Agrawal), Humana Press, Totowa, 1994, P. 1−12.
  40. Timar Z., Kovacs L., Kovacs G., Schmel Z. Fmoc/aeyl protecting groups in the synthesis of polyamide peptide nucleic acid monomers. II J. Chem. Soc. Perkin Trans.I. 2000,1, P. 19−26.
  41. Kuwahara M., Arimitsu M, Sisido M. Novel peptide nucleic acid that shows high sequence specificity and all-or- none-type hybridization with the complementary DNA. // J. Am. Chem. Soc. 1999,121, P. 256−257.
  42. Breipohl G., Will D.W., Peyman A., Uhlmann E. Novel synthetic routes to PNA monomers and PNA-DNA linker molecules. // Tetrahedron. 1997,53, P. 14 671−14 686.
  43. Efimov V.A., Choob M.V., Buryakova A.A., Chakhmakhcheva O.G. Synthesis and binding study of phosphonate analogs of PNAs and their hybrids with PNAs. // Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids. 1998,17, P. 1671−1679.
  44. Efimov V.A., Choob M.V., Buryakova A. A, Kalinkina A.L., Chakhmakhcheva O.G. Synthesis and evaluation of some properties of chimeric oligomers containing PNA and phosphono-PNA residues. II Nucl. Acids Res. 1998, 26, P. 566−576.
  45. Coste J., Le-Nguyen D., Castro B. PyBOPR: a new peptide coupling reagent devoid of toxic by-product. // Tetrahedron Lett. 1990, 31 (2), P. 205−208.
  46. Carpino L.A. The 9-fluorenylmethoxycarbonyl family of base-sensitive amino- protecting groups. // Acc. Chem. Res. 1987, 20, P. 401−407
  47. Uhlmann E., Will D.W., Breipohl G., Langner D., Ryte A. Synthesis and properties of PNA/DNA chimeras. IIAngew. Chem., Int. Ed. Engl. 1996,35, P. 2632−2635.
  48. Van der Laan A.C., Brill R., Kuimelis R.G., Kuyl-Yeheskiely E., van Boom J.H. Andrus A., Vinayak R. A convenient automated solid-phase synthesis of PNA-(5')-DNA-(3')-PNA chimera. // Tetrahedron Lett. 1997, 38, P. 2249−2252.
  49. Van der Laan A.C., Meeuwenoord N.J., Kuyl-Yeheskiely E., Oosting R.S., Brands R., van Boom J.H. Solid support synthesis of a PNA-DNA hybrid. // Trav. Chim. Pays-Bas. 1995, 114, P. 295−297.
  50. Eriksson M, Christensen L., Schmidt J., Haaima G., Orgel L., Nielsen P.E. Mechanisms and kinetics of N-terminal degradation at high pH. // New J. Chem. 1998, 22, P. 1055−1059.
  51. Le-Nguyen D., Heitz A., Castro B. Renin substrates. Part 2. Rapid solid phase synthesis of the ratine sequence tetradecapeptide using BOP reagent. // J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1. 1987, P. 1915−1919.
  52. Schnolzer M, Alewood P., Jones A., Alewood D., Kent S.B. In situ neutralization in Boc-chemistry solid phase peptide synthesis. Rapid, high yield assembly of difficult sequences. // Int. J. Pept. Protein Res. 1992, 40, P. 180−193.
  53. T., Naesby M., Wittung P., Jorgensen M., Larsson C., Buchardt O., Stanley C.J., Norden B., Nielsen P.E., 0rum H. PNA-peptide chimera. // Tetrahedron Lett. 1995, 36, P. 6933−6936.
  54. Scarfi S., Gasparini A., Damonte G., Benatti U. Synthesis, uptake, and intracellular metabolism of a hydrophobic tetrapeptide-peptide nucleic acid (PNA)-biotin molecule. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1997, 236, P. 323−326.
  55. Lesignoli F., Germini A., Corradini R., Sforza S., Galaverna G., Dossena A., Marchelli R. Application of mixed partition-adsorption systems in high-performance liquid chromatography of purines and pyrimidines. // J. Chrom. A. 2001, 922, P. 177−185.
  56. Lenzi A., Reginato G., Taddei M., Trifllieff E. Solid phase synthesis of a self complementary (antiparallel) chiral peptidic nucleic acid strand. // Tetrahedron Lett. 1995, 36, P. 1717−1718.
  57. Mayfild L.D., Corey D. R. Automated synthesis of peptide nucleic acids (PNAs) and peptide nucleic acid-peptide conjugates. II Anal. Biochem. 1999, 268, P. 401−404.
  58. Hyunil L., Jae Hoon J., Jong Chan L., Hoon C., Yeohong Y., Sung Kee K. Peptide nucleic acid synthesis by novel amide formation. // Org. Lett. 2007, 9 (17), P. 3291−3293.
  59. Inoue T., Joyce G.F., Grzeskowiak D., Orgel L.E., Brown J.M., Reese C.B. Template-directed synthesis on the pentanucleotide CpCpGpCpC. // J. Mol. Biol. 1984, 178, P. 669 676.
  60. Yon Kiedrowski G. A self-replicating hexadeoxynucleotide. 11 Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1986, 25, P. 932−935.
  61. Li X.- Zhan Z.-Y.- Knipe R.- Lynn D. G. DNA-catalyzed polymerization. // J. Am. Chem. Soc. 2002,124, P.746−747.
  62. Xu Y, Karalkar N.B., Kool E.T. Nonenzymatic autoligation in direct three-color detection of RNA and DNA point mutations. II Nat. Biotechnol. 2001,19, P. 148−152.
  63. Chen J.J., Cai X., Szostak J.W. N2'—>p3' phosphoramidate glycerol nucleic acid as a potential alternative genetic system. // J. Am. Chem. Soc. 2009,131, P. 2119−2121.
  64. Rosenbaum D.M., Liu D.R. Efficient and sequence-specific DNA-templated polymerization of peptide nucleic acid aldehydes. II J. Am. Chem. Soc. 2003,125, P. 13 924−13 925.
  65. Ura Y., Beierle J.M., Leman L.J., Orgel L.E., Ghadiri M.R. Self-assembling sequence-adaptive peptide nucleic acids. // Science. 2009, 325, P. 73−77.
  66. Heemstra J.M., Liu D.R. Templated synthesis of peptide nucleic acids via sequence-Selective base-filling reactions. II J. Am. Chem. Soc. 2009,131(32), P. 11 347−11 349.
  67. Ganesh K.N., Nielsen P.E. Peptide nucleic acids: analogs and derivatives. // Curr. Org. Chem. 2000, 4, 931−943.
  68. Beck F., Nielsen P.E., Peptide nucleic acid (PNA): a DNA mimic with a pseudopeptide backbone. In Artificial DNA: Methods and Applications, Eds. Khudyakov Y.E., Fields H. A. CRC Press LLC, Boca Raton, 2003, Chapter 3.
  69. Kehler J., Henriksen U., Vejbjerg H., Dahl O. Synthesis and hybridization properties of an acyclic achiral phosphonate DNA analogue. // Bioorg.Med. Chem. 1998, 6, P. 315—322.
  70. Peyman A., Uhlmann E., Wagner K., Augustin S., Weiser C., Will D., Breipohl G. PHONA -PNA Co-oligomers: nucleic acid mimetics with interesting properties. // Angew. Chem. Int. Ed. Engl 1997,36, P. 2809−2812.
  71. J.K., Witschi M.A., Purnell B.L., Appella D.H., (S, S)-Trans-cyclopentane-constrained peptide nucleic acids. A general backbone modification that improves binding affinity and sequence specificity. II J. Am. Chem. Soc. 2004,126, P. 15 067−15 073.
  72. Gangamani В., Kumar V., Ganesh К. Synthesis of Na-(purinyl/pyrimidinyl acetyl)-4-aminoproline diastereomers with potential use in PNA synthesis. // Tetrahedron. 1996, 52. P. 15 017−15 030.
  73. B.A., Авралов A.B., Чахмачева О. Г. Миметики на основе пирролидина и гидроксипролина. // Биоорг. химия. 2010, 36 (6), стр. 725—746.
  74. Falkiewicz В., Kowalska К., Kolodziejczyk A.S., Wisniewski К., Lankiewicz L. Synthesis of new chiral nucleic acid (PNA) monomers by a simplified reductive animation method // Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids. 1999,18 (3), P. 353−361.
  75. Falkiewicz В., Wisniowski W., Kolodziejczyk A.S., Wisniewski K., Lankiewicz L. Synthesis and characterization of new chiral peptide nucleic acid (PNA) monomers. // Nucleic Acids Symposium Series. No. 42, P. 29−30
  76. Dragulescu-Andrasi A., Zhou P., He G., Ly D.H. Cell-permeable GPNA with appropriate backbone stereochemistry and spacing binds sequence-specifically to RNA. // Chem. Commun. 2005, P. 244−246.
  77. Totsingan F., Tedeschi Т., Sforza S., Corradini R., Marchelli R. Highly selective single nucleotide polymorphism recogniton by a chiral (5S) PNA beacon. // Chirality. 2009, 21, P. 245−253.
  78. Sforza S., Tedeschi Т., Corradini R., Dossena A., Marchelli R. Direction control in DNA binding of chiral D-lysine-based peptide nucleic acid (PNA) probed by electrospray mass spectrometry. // Chem. Commun. 2003, 9, P. 1102−1103.
  79. Lioy E., Kessler H. Synthesis of a new chiral peptide analogue of DNA using ornithine subunits and solid-phase peptide synthesis methodologies. // LiebigsAnn., 1996, P. 201−204.
  80. Dzimbova T., Pajpanova T., Synthesid of different types of PNAs, containing chiral pseudopeptide backbone. // Trakia Journal of Sciences. 2010, 8, Suppl. 2, P. 98−101.
  81. Zhang L.G., Min J.M., Zhang L.H. Synthesis of two new chiral blocks for the construction of peptide nucleic acid (PNA). // Chinese Chemical Letters. 1999,10 (3), P. 195−198.
  82. Falkiewicz B. Koiodziejczyk A. S., Liberek B., K. Wisniewski. Synthesis of achiral and chiral nucleic acid (PNA) monomers using Mitsunobu reaction. // Tetrahedron, 2001, 57, P.7909−7917.
  83. Hu H" Goon H.J., Sung R.C., Su N.K., Yong T.K., Chwang S.P., Joon H.H., Wonjae L. Synthesis of enantiopure r-glutamic acid fiinctionalized peptide nucleic acid monomers. // Bull. Korean Chem. Soc. 2010, 31 (7), P. 2054−2056.
  84. Sforza S., Tedeschi T., Corradini R., Ciavardelli D., Dossena A., Fast R.M. Solid-phase synthesis of chiral peptide nucleic acids with a high optical purity by a submonomeric strategy. //Eur. J. Org. Chem. 2003, 6, P. 1056−1063.
  85. De Mestmaeker A., Waldner A., Sanghvi Y.S., Lebreton J. Comparison of rigid and flexible backbones in antisense oligonucleotides. // Bioorg. Med. Chem. Lett. 1994, 4 (3), P.395−398.
  86. De Mestmaeker A., Lebreton J., Waldner A., Fritsch V., Wolf R.M. Replacement of phosphodiester linkage in oligonucleotides: comparison of two structural amide isomers. // Bioorg. Med. Chem. Lett. 1994, 4 (7), P. 873−878.
  87. Lebreton J., Waldner A., Fritsch V., Wolf R.M., De Mestmaeker A. Comparison of two amides as backbone replacement of phosphodiester linkage in oligodeoxynucleotides. // Tetrahedron Lett. 1994, 35 (29), P. 5225−5228.
  88. Stirchak E.P., Summerton J.E., Weller D.D. Uncharged stereoregular nucleic acid analogues. Synthesis of a cytosine-containing oligomer with carbamate internucleoside linkages. // J. Org. Chem. 1987, 52, P. 4202−4206.
  89. Habus I., Temsamani J., Agrawal S. Synthesis of di-, tri-, and tetrameric building blocks with novel carbamate internucleoside linkages and their incorporation into oligonucleotides. // Bioorg. Med. Chem. Lett. 1994, 4 (8), P. 1065−1070.
  90. Waldner A., De Mestmaeker A., Lebreton J. Synthesis of oligodeoxyribonucleotides containing dimers with carbamate moieties as replacement of the natural phosphodiester linkage. // Bioorg. Med. Chem. Lett. 1994, 4 (3), P. 405−408.
  91. Ramasamy K.S., He L., Stoisavljevic V., Harpham B., Seifert W. Synthesis and biophysical studies of oligonucleotides containing hydroxamate linkages. // Tetrahedron Lett. 2000, 41, P. 4317−4321.
  92. Waldner A., De Mestmaeker A., Lebreton J., Fritsch V., Wolf R.M. Ureas as backbone replacements for the phosphodiester linkage in oligonucleotides. // Synlett. 1994, P. 57−61.
  93. Vandendriessche F., Voortmans M., Hoogmartens J., Van Aerschot A., Herdewijn P. Synthesis of novel N-substituted guanidine linked nucleoside dimers and their incorporation into oligonucleotides // Bioorg. Med. Chem. Lett. 1993,3 (2), P. 193−198, 1993.
  94. Garegg P.J., Samuelsson B. Oxidation of primary and secondary alcohols in partially protected sugars with the chromium trioxide-pyridine complex in the presence of acetic anhydride. // Carbohyd. Res. 1978, 67, P. 267−270.
  95. Lu D.-M., Min J.-M., Zhang L.-H. Synthesis of l-(5-amino-3,5-dideoxy-3-methoxycarbonylmethyl-p-D-ribofuranosyl)thymine. HCarbohyd. Res. 1999, 317. P. 193— 197.
  96. Morris P.E., Kiely D.E. Ruthenium tetraoxide phase-transfer-promoted oxidation of secondary alcohols to ketones. II J. Org. Chem. 1987, 52, P. 1149−1152.
  97. Von Matt P., Lochmann T., Kesselring R., Altmann K.-H. An expeditious synthesis of 3"-a-carboximethyl-2,-0-methyl rybonucleosides. // Tetr ahedron Lett. 1999, 40. P.1873−1876.
  98. Lebreton J., De Mestmaeker A., Waldner A., Fritsch V., Wolf R.M., Frier S.M. Synthesis of thymidine dimer derivatives containing an amide linkage and their incorporation into oligodeoxyribonucleotides. II Tetrahedron Lett. 1993, 34 (40), P. 6383−6386.
  99. Robins M.J., Sarker S., Xie M., Zhang W" Peterson M.A. Synthesis of 2,3←fused (3.3.0)y-butyrolacton-nucleosides and coupling with amino-nucleosides to give amide-linked nucleotide-dimer analogues. // Tetrahedron Lett. 1996,37 (23), P. 3921−3924.
  100. De Mestmaeker A., Lebreton J., Waldner A., Fritsch V., Wolf R.M., Freier S.M. Amides as substitute for the phosphodiester linkage in antisense oligonucleotides. // Synlett. 1993, P. 733−736.
  101. Rozners E., Katkevica D., Bizdena E., Stromberg R. Synthesis and properties of DNA analogues as interuridine linkages at selected positions. // J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, P. 12 126−12 136.
  102. Lebreton J., Waldner A., Lesueur C., De Mestmaeker A. Antisense oligonucleotides with alternating phospodiester-«amide-3» linkages. // Synlett. 1994, 41, P. 137−140.
  103. Idziak I., Just G., Damha M.J., Giannaris P.A. Synthesis and hibridisation properties of amide-linked thimidine dimers. Incorporation into oligonucleotides. // Tetrahedron Lett. 1993,34, P. 5417−5420.
  104. Peterson M.J., Nilsson B.L., Sarker S., Doboszewski B., Zhang W., Robins M.J. Amide-linked ribonucleoside dimmers derived from 5″ -amino-5' -deoxv and 3' -(carboxymethyl)-3' -deoxynucleoside precursors. II J. Org. Chem. 1999, 64, P. 8183−8192.
  105. Robins M.J., Doboszewski B., Nilsson B.L., Peterson M.A. Synthesis of amide-linked (3'CH2CO-NH (5'). nucleoside analogues of small oligonucleotides. // Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids. 2000,199(1 &2), P. 69−86.
  106. Dias N., Stein C.A. Antisense oligonucleotides: basic concepts and mechanisms. // Molecular Cancer Therapeutics. 2002,1, P. 347—355.
  107. Hajeri P.B., Singh S.K. siRNAs: their potential as therapeutic agents Parti. Designing of siRNA. // Drug Discovery Today. 2009,14 (17/18), P. 851−858
  108. Rozners E. Carbohydrate chemistry for RNA interference: synthesis and properties of RNA analogues modified in sugar-phosphate backbone. // Curr. Org. Chem. 2006, 10, P. 675−692
  109. Inoue H, Hayase Y, Imura A, Iwai S, Miura K, Ohtsuka E. Synthesis and hybridization studies on two complementary nona (2'-0-methyl)ribonucleotides. I I Nucleic Acids Res. 1987, 15, P. 6131−6148.
  110. M.J., Doboszewski B., Timoshchuk V.A., Peterson M.A. // Glucose-derived 3'-(carboxymethyl)-3"-deoxyribonucleosidcs and 23"-lactones as synthetic precursors for amide-linked oligonucleotide analogues. // J. Org. Chem. 2000, 65, P. 2939−2945.
  111. Lavallee J.-F., Just G. Asymmetric synthesis of 3'-deoxythymidine via radical cyclization. // Tetrhedron Lett. 1991, 32 (29), P. 3469−3472.
  112. Wendeborn S., Nussbaumer H., Robert F., Jorg M., Pachlatko J.P. Towards novel amide-modified oligonucleotides: asymmetric synthesis of 5″ -(S)-methyl-3 «-carboxymethylene-3'-deoxythymidine. // Tetrhedron Lett. 2002, 43, P. 5461−5464.
  113. Rozners E., Xu Q. Total synthesis of 3', 5'-C-branched nucleosides. // Org. Lett. 2003, 5 (21), P. 3999−4001.
  114. Rosners E., Liu Y. Monomers for preparation of amide-linked RNA: asymmetric synthesis of all four nucleoside S'-azido-S'-carboxylic acids. // J. Org. Chem. 2005, 70, P. 9841−9848.
  115. Von Matt P., De Mestmaeker A., Pieles U., Zurcher W., Altmann K.-IT. 2,-Deoxyribo-PNAs: a structurally novel class of polyamide nucleic acids with good RNA and DNA binding affinity. // Tetrahedron Lett. 1999, 40, P. 2899−2902.
  116. Vorbruggen H., Lagoja I.M., Herdewijn P. Synthesis of ribonucleosides by condensation using trimethylsilyl triflate. // Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry. Eds Glick G.D., Jones R.A. Wiley Intersciense, Chapter 1. Unit 1.13.
  117. Pierce T.L., White A.R., Tregear G.W., Sexton P.M. Peptide-oligonucleotide hybrids in antisense therapy. // Mini-Rev. Med. Chem. 2005, 5, P. 41−55.
  118. Venkatesan N., Kim B.H. Peptide conjugates of oligonucleotides: synthesis and applications. // Chem. Rev. 2006,106, P. 3712−3761.
  119. Juliano R., Md. Alam R., Dixit Y., Kang H. Mechanisms and strategies for effective delivery of antisense and siRNA oligonucleotides. // Nucleic Acids Res. 2008, 36(12), P. 4158−4171.
  120. Murao S., Fujii M. Organic synthesis and antisense effects of oligonucleotide-peptide conjugates. // Curr. Org. Chem. 2009,13, P. 1366−1377.
  121. Epp J.B., Widlanski T.S. Facile preparation of nucleoside-5'-carboxylic acids. // J. Org. Chem. 1999, 64(1), P. 293−295.
  122. Maclaren J.A. Amino acids and peptides. V. The alkaline saponification of N-Benzyloxy-carbonyl peptide esters. // Aust. J. Chem., 1958,11(3), P. 360−365.
  123. Hashimoto H.- Nelson M.G.- Switzer C. Formation of chimeric duplexes between zwitterionic and natural DNA. II J. Org. Chem. 1993, 58, P. 4194−4195.
  124. Bijapur J., Keppler M.D., Bergqvist S., Brown T., Fox K.R. 5-(l-Propargylammo)-20-deoxyuridine (u-p): a novel thymidine analogue for generating DNA triplexes with increased stability.// Nucleic Acids Res. 1999, 27, P. 1802−1809.
  125. Sollogoub M., Darby R.A.J., Cuenoud B., Brown T., Fox K.R. Stable DNA triple helix formation using oligonucleotides containing 20-aminoethoxy, 5-propargylamino-U. // Biochemistry. 2002, 41, P. 7224−7231.
  126. Heystek L.E., Zhou H.Q., Dande P., Gold B. Control over the localization of positive charge in DNA: the effect on duplex DNA and RNA stability. // J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, P. 12 165−12 166.
  127. Molina J., Maslen H.L., Simons C. Methyl 5-<9-benzoyl-2,3-oxazole-D-ribofuranose: a useful intermediate for the synthesis of conformationally restricted nucleosides. // Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids. 2001, 20, P. 981−983.
  128. Tor Y. (ed.), Fluorescent nucleoside analogs: synthesis, properties and applications. // Tetrahedron. 2007, 63 (17), P. 3415−3614.
  129. Printz M., Richert C. Optimizing the stacking moiety and linker of 2'-acylamido caps of DNA duplexes with 3'-terminal adenine residues. // J. Comb. Chem. 2007, 9 (2), P. 306−320.
  130. Wang G., Bobkov G. V., Mikhailov S. N., Schepers G., Van Aerschot A., Rozenski J., Van der Auweraer M., Herdewijn P., De Feyter S. Detection of RNA Hybridization by Pyrene-Labeled Probes. II ChemBioChem. 2009,10, P. 1175 1185.
  131. Hwang G.T., Seo Y.J., Kim S.J., Kim B.H. Fluorescent oligonucleotide incorporating 5-(l-ethynylpyrenyl)-2'-deoxyuridine: sequence-specific fluorescence changes upon duplex formation. // Tetrahedron Lett. 2004, 45, P. 3543−3546.
  132. Smalley M.K., Silverman S.K. Fluorescence of covalently attached pyrene as a general RNA folding probe. // Nucleic Acids Res. 2006, 34 (1).
  133. Okamoto A., Kanatani K., Saito I. Pyrene-labeled base-discriminating fluorescent DNA probes for homogeneous SNP typing. II J. Am. Chem. Soc. 2004,126 (15), P. 4820^1827.
  134. Yamana K., Ohtani Y., Nakanoa H., Saito I. Bis-Pyrene Labeled DNA Aptamer as an Intelligent Fluorescent Biosensor. II Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003, 13. P. 3429−3431.
  135. Tanious F.A., Ding D., Patrick D.A., Bailly C., Tidwell R.R., Wilson W.D. Effects of compound structure on carbazole dication-DNA complexes: tests of the minor-groove complex models. II Biochemistry. 2000, 39, P. 12 091−12 101.
  136. Tanious F.A., Wilson W.D., Patrick D.A., Tidwell R.R., Colson P., Houssier C., Tardy C., Bailly Sequence-dependent binding of bis-amidine carbazole dications to DNA. // Eur. J. Biochem. 2001, 268 (12), P. 3455−3464.
  137. Wilson J.N., Cho Y., Tan S., Cuppoletti A., Kool E.T. Quenching of fluorescent nucleobases by neighboring DNA: the «insulator» concept. // ChemBioChem. 2008, 9, P. 279−285.
  138. Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ (грант № 08−04−1 078).
Заполнить форму текущей работой

Заказал и сдал!