Инженерия гомотримерных фибриллярных белков
В настоящем исследовании впервые разработана и экспериментально подтверждена стратегия использования ранее известного зародышевого ядра (фолдона) фибритина для управления сворачиванием и олигомеризацией другого тримерного фибриллярного белка в обход шаперонного пути. В ходе исследования сконструирован ряд векторов, несущих фрагменты гена фибритина. Эти вектора могут служить универсальными… Читать ещё >
Содержание
- Список сокращений
- Глава I. Введение
- 1. 1. Актуальность проблемы
- 1. 2. Цели и задачи исследования
- 1. 3. Научная новизна и практическая ценность
- 1. 4. Основные положения, выносимые на защиту
- 1. 5. Апробация работы
- I. 7. Объем и структура работы
- Глава II. Обзор литературы
- II. 1. Фибриллярные адгезины бактериофага Т
- II. 1.1. Длинные хвостовые фибриллы (ДХФ)
- II. 1.1.1. Функциональная роль 11 II. 1.1.2. Характеристика белкового комплекса длинных хвостовых фибрилл 12 II. 1.1.3. Структурная характеристика белков длинных хвостовых фибрилл
- II. 1.2. Короткие хвостовые фибриллы (КХФ)
- II. 1.2.1. Функциональная роль
- II. 1.2.2. Молекулярная организация
- II. 1.3. Фибритин бактериофага Т
- II. 2. Хлорамфеникол-ацетилтрансфераза (CAT): модель для изучения фолдинга белка и стабилизации структуры
- II. 3. Бета-спиральные белки
- II. 3.1. Общие сведения о |3-спиральных белках
- 11. 3. 2. Свойства ß--спиральной структуры
- 11. 3. 3. Факторы стабилизации ß--спиральной структуры
- 11. 3. 4. Петли и спирали как минорные элементы ß--спиральных белков. Роль этих участков в функциональной активности белка
- 11. 3. 5. Предполагаемые белки с ß--спиральной структурой и их функции
- III. 1 Бактериальные штаммы
- 111. 2. Среды для выращивания бактерий
- 111. 3. Векторы для клонирования. Плазмиды 54 III. 4 Ферменты 59 III. 5 Полимеразная цепная реакция 59 III.6 Выделение и очистка ДНК
- 111. 6. 1. Очистка амплифицированных фрагментов
- 111. 6. 2. Выделение и очистка плазмидной ДНК
111.6.3. Очистка линеаризованной плазмидной ДНК 62 III. 7 Приготовление компетентных клеток Е. coli 63 III. 8 Трансформация компетентных клеток E. coli плазмидной ДНК 63 III. 9 Селекция клонов, содержащих рекомбинантные
Плазмиды
III. 10 Экспрессия клонированных генов в Е. coli 64 III. 11 Проверка экспресии в клетках и растворимости синтезированных белков
III. 12 Выделение и очистка белков
III. 12.1. Выделение растворимых белков
III. 12.2. Очистка белков на основе фибритина ES
III. 12.3. Очистка белков на основе фибритина ТВ 1 67 Ш. 12.4.0чистка рекомбинантных белков gpl2N2 и gpl2N3. 67 III. 12.5. Очистка растворимого рекомбинантного белка gpl2N4.
III. 12.6. Выделение и рефолдинг белка gpl2Nl
III. 12.7. Очистка белка gpl2FN 69 III. 12.8. Выделение белков gpAd-FA, gpAd-FB, gpAd-FC
III. 12.9. Выделение и очистка белка CAT-FbrE
III. 13. Определение концентрации белка
III. 14. Определение олигомерности белка
III. 15. Ограниченный протеолиз
III. 16. Спектроскопия кругового дихроизма (КД)
III. 17. Электронная микроскопия
Глава IV. Результаты исследования и их обсуждение
IV. 1. Клонирование и экспрессия фрагментов генов 12 и 37 бактериофага Т
ГУ.2. Выделение, очистка и исследование растворимых делеционных мутантов gpl2M-gpl2N
IV.3. Конструирование химерных белков, содержащих фрагменты gpl2, gp34 и gp37 бактериофага Т4 в качестве С-концевого продолжения фибритина
ГУ.3.1. Выделение, очистка и свойства химер на основе фибритина Е с переходным сайтом НрМ (серия конструкций р? Е8)
IV.3.2. Выделение, очистка и свойства химер на основе фибритина В1 с переходным участком, включающим участок атаки протеиназами и сайт ВатШ (серия конструкций pWTBl)
IV.3.3. Свойства химер на основе полноразмерного фибритина J с переходным сайтом ВатШ. (серия конструкций pWJ)
IV.3.4. Выделение, очистка и свойства химер на основе фолдона фибритина (фибритина Y) с переходным сайтом ВатШ (серия конструкций pWY)
IV.4. Конструирование и исследование химерных белков, содержащих фрагменты gpl2 и gp37 бактериофага Т4 и белка хвостового шипа аденовируса в качестве N-концевого продолжения фолдона фибритина
IV. 5. Конструирование и исследование химерного белка, содержащего глобулярный и фибриллярный домены, CAT-FbrE
V. Выводы
Инженерия гомотримерных фибриллярных белков (реферат, курсовая, диплом, контрольная)
1.1. Актуальность проблемы.
Фибриллярные белки, выполняющие разнообразные биологические функции, являются одними из наиболее интересных и важных объектов современной молекулярной биологии. Так, вирусные белки фибриллярной природы играют первостепенную роль в процессе инфицирования. Узнавание специфических рецепторов на поверхности клетки-хозяина и адсорбция вируса на мембране происходит именно при помощи фибриллярных адгезинов. Поэтому исследование функциональных участков этих белков, определение их структуры и механизма взаимодействия с рецепторами представляют интерес для разработки способов борьбы с вирусными инфекциями.
Фибриллярные белки также являются удобной моделью для исследования процессов упорядоченной укладки (фолдинга) и олигомеризации белка. Недостаточность сведений о механизмах фолдинга существенно сдерживает дизайн белковых молекул de novo в биотехнологии и белковой инженерии [4]. Известно, что процесс пространственной укладки белка регулируется белками-помощниками (шаперонами) [42], которые стабилизируют частично собранные интермедиаты. При создании рекомбинантных биологически активных белков экспрессия генов в гетерологичных системах часто приводит к аберрантной укладке полипептидов и образованию неспецифических агрегатов, называемых «телами включения 67].
Удобными объектами исследования являются фибриллярные гомотримерные адгезины бактериофага Т4, продукты генов 12, 34 и 37. Другой фибриллярный тримерный белок фага Т4, фибритин (белок воротничковых нитей), детально исследован в нашей лаборатории [35, 88, 89], и его структура решена рентгеновскими методами [92, 95]. Выяснено, что карбоксиконцевой домен фибритина, или фолдон в нашем определении, отвечает за правильный фолдинг и олигомеризацию белка. Это свойство является полезным при конструировании химерных белков, в которых фолдон фибритина направляет правильную упаковку и олигомеризацию другого белка в обход шаперонного пути.
1.2.
Цель и задачи исследования
.
Проведенное исследование — установочная часть в белково-инженерном направлении лаборатории молекулярной биоинженерии. Цель работы — получение в растворимой форме рекомбинантных вирусных адгезинов и их первичное физико-химическое исследование. Первой задачей было конструирование делеционных мутантов белков. Второй — создание химерных белковых конструкций, состоящих из фрагментов фибритина различной длины, содержащих фолдон, и фрагментов вирусных адгезинов — gp 12, gp34 и gp37 бактериофага Т4 или хвостового шипа аденовируса типа V. При этом мы варьировали положение домена, направляющего фолдинг, относительно полипептидной цепи химерного белка.
В настоящей диссертации поставлены следующие задачи:
1. Конструирование экспрессионных векторов, несущих гены делеционных мутантов адгезинов, а также гибридных генов фибритин+адгезин.
2. Экспрессия полученных искусственных генов в системе E. coli, проверка растворимости продуцируемых белков, рефолдинг белков, образующих тела включения.
3. Разработка методов выделения и очистки растворимых делеционных мутантов и химерных белков.
4. Первичное исследование физико-химических параметров полученных белков — числа субъединиц, присутствия структурных элементов по КД-спектру, биологической активности.
5. При возможности — изучение структуры белка с помощью электронной микроскопии и подбор условий для кристаллизации белка.
1.3. Научная новизна и практическая ценность.
В настоящем исследовании впервые разработана и экспериментально подтверждена стратегия использования ранее известного зародышевого ядра (фолдона) фибритина для управления сворачиванием и олигомеризацией другого тримерного фибриллярного белка в обход шаперонного пути. В ходе исследования сконструирован ряд векторов, несущих фрагменты гена фибритина. Эти вектора могут служить универсальными матрицами для клонирования различных генов с целью получения химерных белков, в том числе, возможно, и для конструирования белков со встроенными антигенными детерминантами различных вирусов.
Впервые получены химерные белки, имеющие фибриллярную тримерную организацию, а также ряд делеционных мутантов ёр12 бактериофага Т4. Разработаны методы выделения и очистки этих белков. Перевод фрагментов ряда адгезинов в растворимую форму и изучение свойств этих белков позволили получить ряд новых сведений об их структуре и функциях.
1.4. Основные положения, выносимые на защиту.
1. Клонирование серии фрагментов генов 12 и 37 бактериофага Т4.
2. Конструирование векторов, экспрессируюгцих гибридные гены, состоящие из фрагмента гена м>ас и фрагментов генов 12, 34, 37 бактериофага Т4 и гена хвостового шипа аденовируса тип V.
3. Разработка методов препаративного выделения и очистки полученных делеционных мутантов и химерных белков.
4. Анализ структурированности полученных растворимых белков методами КД-спектроскопии, ограниченного протеолиза и электронной микроскопии.
1.5. Апробация работы.
Материалы диссертации изложены в 2 опубликованных статьях. Результаты исследований были доложены на 4-х конференциях в виде стендовых докладов и в виде пленарного сообщения на IV чтениях памяти Ю. А. Овчинникова (1998). Тезисы исследований, вошедших в диссертацию, удостоены поощрительного гранта Конкурса-экспертизы 1997 г. научных проектов молодых ученых РАН по фундаментальным и прикладным исследованиям (постановление президиума РАН № 272 от 13.07.98).
1.6. Структура диссертации.
Диссертация состоит из введения, обзора научной литературы, в котором обобщены сведения о белках-объектах исследования, описания методической части, изложения результатов и их обсуждения, выводов, списка литературы и приложений. Общий объем работы составляет Мб страниц машинописного текста, иллюстрированного 9 таблицами и 37 рисунками.
Список литературы
включает 112 наименований.
V. выводы.
1. Получены и исследованы растворимые делеционные мутанты gp12 бактериофага Т4, имеющие тримернцю организацию. Выявлена закономерность повышения растворимости по мере уменьшения полипептидной цепи в направлении №-конца. Определен участок повышенной устойчивости к трипсину, соответствующий 170 № концевым аминокислотным остаткам.
2. Разработана новая стратегия создания химерных белков на основе фибритина бактериофага Т4, использующих свойства фолдона фибритина для сворачивания и олигомеризации других включенных в химеру фибриллярных тримерных белков.
3. Получен и исследован ряд химерных белков, содержащих фрагменты адгезинов бактериофага Т4 в качестве С-концевого продолжения фибритинов различной длины. Выявлено уменьшение экспрессии и стабильности химерных белков с возрастанием длины фибритина-носителя, вызванное, вероятно, преждевременной инициацией упаковки и олигомеризации.
4. Получены и исследованы химерные белки, содержащие фрагменты адгезинов gpl2 и яр37 бактериофага Т4, или белка хвостового шипа аденовируса, и фолдона фибритина, расположенного на С-конце химерной молекулы. Обнаружена зависимость растворимости и стабильности таких белков от соответствия диаметров стыкуемых фибриллярных белков.
5. Показана принципиальная возможность создания химерных белков, содержащих фибриллярный и глобулярный домены. Сконструированный белок БЬтЕ-САТ обладает как ферментативной устойчивостью к хлорамфениколу, так и устойчивостью к БББ, свойственной фибритину.
Список литературы
- Голицына Н.Л., Селиванов H.A., Рустамбеков О. С., Месянжинов В. В. «Выделение биологически активных половинок длинных хвостовых фибрилл и бакенбард бактериофага Т4″ // Биол. Науки (1983), 114, с.27−32-
- Зинченко В.П., Рудик O.JL, Селиванов H.A., Месянжинов В. В. „Функциональная активность коротких фибрилл бактериофага Т4″ II Докл. АН СССР, (1982) 267, с. 974−977-
- Куриц Т.С., Селиванов H.A., Месянжинов В. В., “ Особенности молекулярной организации коротких фибрилл бактериофага Т4″ II Докл. АН СССР, (1984), 274, с. 448−452-
- Курочкина Л.П., Месянжинов В. В. „Фолдинг белка в клетке“ // Успехи биол. химии (1996), 36, с.49−86-
- Лондер Ю.Я., Летаров A.B., Орлов В. Н., Месянжинов В. В. „Круговая пермутация фибритина бактериофага Т4 белка структуры coiled coil“// Биохимия (1999) — в печати
- Марусич E.H., Курочкина Л. П., Месянжинов В. В. Шапероны в сборке бактериофага Т4. IIБиохимия, (1998) 63, 399−406.
- Месянжинов В.В. Фибриллярные белки бактериофага Т4 как модели для изучения фолдинга. //Молек. биология (1997) 31, 389−397.
- Мирошников К. А., Лейман П. Г. „Бета-спиральные белки“ /У Успехи биол. химии (1998), 38, с. 95−113
- Мирошников К. А., Марусич Е. И., Месянжинов В. В. „Белковая инженерия на основе фибритина бактериофага Т4″ // Тезисы стендовых сообщений II съезда биохимического общества РАН (1997) Москва, 19−23 мая, с. 127−128.
- Селиванов H.A., Беньяминов С. Ю., ГолицинаН.Л., Николаева Л. И., Месянжинов В. В. „Структура и регуляция сборки фибриллярных белков бактериофага Т4. Выделение и спектральные свойства длинных хвостовых фибрил IIМолек. биология (1987), 21, с. 1258 1267-
- Bairoch A., Boeckman В. „The SWISS-PROT protein sequence data bank. Recent developments.“ I I Nucleic Acids Res. (1993), 21, p.3093−3096-
- Baumann U., Bauer M., Lutoffu S., Delepelaire P., Wandersman C „Crystal structure of a complex between Serratia marcescens metallo-protease and an inhibitor from Erwinia chrysanthemi“ // J.Mol.Biol. (1995). 248. p. 653−661.
- Baumann U., Wu S., Flaherty K M., McKay D.B. „Three -dimensional structure of the alkaline protease of Pseudomonas aeruginosa: a two-domain protein with a calcium binding parallel beta roll motif.“ // EMBO J. (1993), 12. p. 3357−3364-
- Beaman T.W., Binder D.A., Blanchard J. S, Roderick S.L. „Three-dimensional structure of tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase.“ // Biochemistry. (1997), 36, p. 489−494-
- Beaman T.W., Sugantino M., Roderick S.L. „Structure of the hexapeptide xenobiotic acetyltransferase from Pseudomonas aeruginosa“ // Biochemistry (1998), 37, p.6689−6696-
- Beckendorf S.K. „Structure of bacteriophage T4 genes 37 and 38″ // JMol.Biol. (1973), 73, p.17 35-
- Benedetti E., DiBlasio B., Pedone C., Lorenzi G.P., Tomasic L., Gramlich V. „A double-stranded beta-helix with antiparallel chains in a crystalline oligo-L-D-peptide.“ II Nature (1979), 282, p. 630-
- Bowie J.D., Luthy R., Eisenberg D. “ A method to identify protein sequences that fold into a known three-dimensional structure.“ // Science (1991) 253, p. 164−170-
- Brenner F., Stuisiunger G., Hoene R.W. “ Structural components of bacteriophage T4″ II J.Mol.Biol. (1959), 1, p.281−292-
- Cerritelli M.E., Wall J.S., Simon M.N., Conway J.F., Steven A.C. » Stoichiometry and domainal organization of the long tail-fiber of bacteriophage T4: a hinged viral adhesin" II J. Mol Biol. (1996), 260. p. 767−780-
- Chen B, King J «Thermal unfolding pathway for the thermostable P22 tailspike endorhamnosidase» //Biochemistry{99), 30, p.6260−6269.
- Chothia C., Murzin A."New folds for all-beta proteins" // Structure. (1993), 1, p. 217−222-
- Cohen F.E. «The parallel beta helix of pectate lyase C: something to sneeze at» // Science. (1993), 260, p. 1444−1445.
- Colloc’h H., Cohen F. E «Beta-breakers. An aperiodic secondary structure» II J. MolBiol. (1991), 221, p.603 613-
- Cramar W. A., Dankert J.R., Uratani U «The membrane channel forming bacteriocidal protein, colicin El» //Biochim.etBiophys Acta, (1983) 737, p. 173−193-
- Crawford J.T., Goldberg E.B. " The effect of baseplate mutation on the requirement for tail-fiber binding for irreversible adsorption on bacteriophage T4″ // J. Mol. Biol (1977), 111, p. 305 313-
- Crowther R.A., Zenk E.V., Kikushi Y., King J. «Molecular reorganization in the hexagon to star transition of the baseplate of bacteriophage T4» // J. Mol. Biol. (1977), 116, p.489−523-
- Dawes J. «Characterization of bacteriophage T4 receptor site» II Nature (1975), 256, p.332−338-
- Dewey M.J., Wiberg J.S., Frankel F.R. «Genetic control of whisker antigen of bacteriophage T4D» II J. Mol. Biol. (1974), 84, p.625−634.
- Dickson R.C. «Assembly of bacteriophage T4″ II J.Mol. Biol (191G), 53, p.633−647-
- Dykes C.W., Bookless A.B., Coomber B. A., Noble S.A., Humber DC., Hobden A.N. :Expression of atrial natriuretic factor as a cleavable fusion protein with chloramphenicol acetyltransferase in Escherichia coli» II Eur. J. Biochem. (1988), 174, p.411−416-
- Earnshaw W.G., Goldberg E.B., Crowther E. A «The distal half of the tail fiber of the bacteriophage T4. Rigidly linked domains and cross P — structure» // J. Mol. Biol. (1979), 132, p. 101 — 131-
- Edgar R.S., Wood W.B. «Morphogenesis of bacteriophage T4 in extracts of mutant-infected cells' II Proc.Natl.Acad.Sci. USA (1966), 55, p. 498−505-
- Eiserling F.A., Black L.W. „Pathways in T4 morhpogenesis“. In Molecular biology of bacteriophage T4 (Karam J., ed.), (1994) pp. 209−212. American Society for Microbiology. Washington, D.C.
- Ellis J., Bagshaw C.R., Shaw W. V. „Substrate binding to chloramphenicol acetyltransferase: evidence for negative cooperativity from equilibrium and kinetic constants for binary and tertiary complexes“ // Biochemistry (1991), 30, p. 1 080 610 813-
- Emsley P., Charles I.G., Fairweather N.F., Isaacs N.W."Structure of Bordetellapertussis virulence factor P69 pertactin» // Nature.(1996), 381, p. 9092.
- Engel J., Prockop D.J. «The zipper-like folding of collagen triple helices and the effects of mutations that disrupt the zipper» // Annu. Rev. Biophys. Chem. (1991), 20, p.137- 152-
- Follansbee S.E., Vanderslice R.W., Chavez L.G., Yegian C.D. «A new set of adsorption mutants of bacteriophage T4D: identification of a new gene» // Virology (1974), 58, 180−199.
- Fraser R.D., MacRae T.P. in «Conformation of fibrous proteins» (1973) Academic press, New York, p. 13−31-
- Georgeopulos C.P., Hendrix R.W., Casjens S.R., Kaiser A.D. «Host participation in bacteriophage lambda head assembly. Host participation in bacteriophage lambda head assembly» // J.Mol.Biol. (1973), 76, p.45−60-
- Gilmore R, Coffey M.C., Leone G., McLure K., Lee P.W. «Co-translational trimerization of the reovirus cell attachment protein"// EMBO J. (1996), 15, p.2651−2658-
- Goldberg E., Grinius, L., Letellier, L. „Recognition, attachment and injection“ in Bacteriophage T4 (Karam J.D., ed.) American society for microbiology, Washington D.C. (1994), pp.347−356-
- Hadfield C., Cashmore A.M., MeacockP.A. „An efficient chloramphenicol-resistance marker for Saccaromyces cerevisae and Escherichia coif' // Gene (1986), 45, p. 149−158-
- Heiskanen T, Tollersrud OK, Zhao M, Peltonen L. „Large-scale purification of human aspartylglucosaminidase: utilization of exceptional sodium dodecyl sulfate resistance“ II Protein Expr Purif {1994), 5, p.205−210.
- Henrissat B., Heffron S.E., Yoder M.D., Lietzke S.E., Jumak F. „Functional implications of structure-based sequence alignment of proteins in the extracellular pectate lyase superfamily“ // Plant Physiol. (1995), 107, p.963−976-
- Jenkins J., Mayans O., Pickersgill Restructure and evolution of parallel beta-helix proteins"///. Struct .Biol. (1998), 122, p. 236−246-
- Kells S.S., Haselkorn R. „Bacteriophage T4 short tail fibers are the product of gene 12“ // J.Mol.Biol, (1974), 83, p.473−485-
- Kells S.S., Ohtsuki M., Haselkorn R. „The structural properties of bacteriophage T4 gene 12 protein“ II J. Mol. Biol., (1975), 99, p.349−351-
- King J., Laemmli U.K. „Polypeptide of the tail fibres of bacteriophage T4“ II J. Mol Biol. (1971), 62, p.465 -477-
- Kisker C., Schindelin H., Alber B.E., Ferry J.G., Rees D.C. „A left-handed beta-helix revealed by the crystal structure of a carbonic anhydrase from the archaeon Methanosarcina thermophilia“ //EMBO J. (1996), 15, p. 2323−2330-
- Kleanthous C., Cullis P.M., Shaw W.V. „3-(Bromoacetyl)chloramphenicol, an active site directed inhibitor for chloramphenicol acetyltransferase“ // Biochemistry (1985), 24, p.5307−5313-
- Laemmli U.K. „Cleavage of structural protein during the assembly of the head of bacteriophage T4“ II Nature (1970), 227, p.680 685-
- Langs D. A „Three-dimensional structure at 0.84A of the uncomplexed form of the transmembrane ion channel peptide gramicidin A“ // Science (1988), 241, p. 188−191-
- Lazo N.D., Downing D.T. „Beta-helical fibrils from a model peptide“ // Biochem BiophysRes Commun. (1997), 235, p.675−679-
- Leslie A.G.W., Moody P.C.E., Shaw W.V. „Structure of chloramphenicol acetyltransferase at 1.74A resolution“ IIProc. Natl. Acad Sci. USA (1988), 85, p.283−285-
- Levitt M., Chothia C."Structural patterns in globular proteins“ // Nature. (1976), 261, p.552−558-
- Lupas A. „Coiled coils: New structures and new functions“ // Trends in Biochemcal Science (TIBS), (1996),.21, p.375−382-
- Makhov A.M., Trus B.L., Conway J.F., Simon M.N., Zurabishvili T.G., Mesyanzhinov V. V., Steven A.C. „The short tail fiber of bacteriophage T4: Molecular structure and a mechanism for its conformational transition“ // Virology (1993), 194, p. 117- 127-
- Martenez M.C., Lasdunski C., Pattus F „Isolation, molecular and functional properties of the C-terminal domain of colicin A“ EMBO J., (1983) 2, p.1501−1508-
- Mason V.S., Haselkorn R. „Product of bacteriophage T4 gene 12“ // JMol.Biol., (1972), 66, p.445−469-
- Michel C.J., Jacq B., Arques D.G., Bickle T.A. „A remarkable amino acid sequence homology between a phage T4 tail fibre protein and ORF314 of phage lambda located in the tail operon“ // Gene, (1986), 44, p. 147 150-
- Miroshnikov K.A., Marusich E.I., Cerritelli M.E., Cheng N, Hyde C.C., Steven A.C., Mesyanzhinov V.V. „Engineering trimeric proteins based on bacteriophage T4 adhesins"// Protein Engineering (1998), 11, p.97−104-
- Mitraki A., Fane B., Haase-Pettingell C., Sturtevaht J., King J.“ Global suppression of protein folding defects and inclusion body formation» // Science (1991), 253, p.54−58-
- Montag D., Schwarz H., Henning U. «Receptor-recognizing proteins T-even type bacteriophages. Constant and hypervariable regions and an unusual case of evolution» // J. Mol. Biol (1987), 196, p. 165 174-
- Murray I. A., Hawkins A.R., Keyte J.W., Shaw W.V. «Nucleotide sequence of the chloramphenicol acteyltransferase» // Biochem. J. (1988), 252, p. 173−179-
- Oliver D.B., Crowther R.A. «DNA sequence of the tail fibre genes 36 and 37 of bacteriophage T4″ IIJ. Mol. Biol (1989), 153, p. 545 568-
- Petersen T.N., Kaupinen S., Larsen S. „The crystal structure of rhamnogalactouronase A from Aspergillus aculeatus. A right-handed parallel beta-helix“ // Structure (1997), 5, p.533−544-
- Pickersgill R., Jenkins J., Harris G., Nasser W., Robert-Baudony J. „The structure of Bacillus subtilis pectate lyase in complex with calcium“ // Nature Structural Biology, (1994), 1, p. 717−723-
- Pickersgill R., Smith D., Worboys K., Jenkins J. „Crystal structure of polygalactouronase from Erwinia carovotora ssp. Carovotora“ // J. Biol Chem. (1998), 273, p.24 660−24 664-
- Prilipov A.G., Selivanov N.A., Nikolaeva L.I., Mesyanzhinov V. V. „Nucleotide and deduced amino acid sequence of bacteriophage T4 gene wac“ // Nucleic Acids Res. (1988), 16, 10 361.
- Provencher, S. W., Glockner, J. „Estimation of globular protein secondary structure from circular dichroism“ // Biochemistry, (1981), 20, 33−37.
- Raetz C., Roderick S. „A left-handed parallel beta-helix in the structure of UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase“ // Science, (1995), 270, p. 997−1000-
- Richardson D.S. „The anatomy and taxonomy of protein structure“ // Adv. Protein Chem. (1981), 34, p. 167−339-
- Robben J., Massie G., Bosmans E., Wellens B., Volckaert G. „An Escherichia coli plasmid vector system for high-level production and purification of heterologous peptides fused to active chloramphenicol acetyltransferase“ // Gene (1993), 126, p.109−113-
- Robben J., Van der Schueren J., Verhasselt P., Aert R, Volckaert G. „Insertional reactivation of chloramphenicol acetyltransferase misfolding mutant protein“ II Protein Eng. (1995), 8, p.159−165-
- Robben J., Van der Schueren J., Volckaert G. „Carboxyl terminus is essential for intracellular folding of chloramphenicol acetyltransferase“ // J. Biol. Chem. (1993), 268, p.24 555−24 558-
- Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T „Molecular cloning: a laboratory manual“ Cold Spr. Harb. Press. — Second ed. (1989)
- Selivanov N. A., Prilipov A.G., Efimov V.P., Marusich E.I., Mesyanzhinov V.V. „Cascade of overlapping late genes in bacteriophage T4″ // Biomedical Science (1990), 1, p. 55 62-
- Shaw W.V. „The enzymatic acetylation of chloramphenicol by extracts of R-factor resistant Escherichia coir II J. Biol. Chem. (1967), 242, p.687−693-
- Shaw W. V., Leslie A.G.W. „Chloramphenicol acetyltransferase"// Annn. Rev. Biophys. Chem. (1991), 20, p.363−386-
- Simon L.D., Anderson T.F. „The infection of Escherichia coli by T2 and T4 bacteriophages as seen in electron microscope. I. Attachment and generation“ // Virology (1967), 32, p.279−297-
- Simon L.D., Swan J.G., Flatgaart J.E. 'Functional defects in T4 bacteriophage lacking the gene 11 and 12 products“ // Virology (1970), 41, p. 77−90-
- Sobolev B.N., Mesyanzhinov V. V „The wac gene product of bacteriophage T4 contains coiled-coil structural patterns“ // J. Biom. Str. Dynamics. (1991), 8,953−965.
- Speed M.A., Morshead T., Wang D.I.C., King J. „Conformation of P22 tailspike folding and aggregation intermediates probed by monoclonal antibodies“ // Protein Science (1997). 6, p.99−108.
- Steinbacher S., Seckler R., Miller S., Steipe B., Huber R, Reinemer P.“ Crystal structure of P22 tailspike protein: interdigitated subunits in a thermostable trimer“ // Science (1994), 265, p.383−386.
- Stouten P.F.W., Sander C., Ruigrok R.W.H., Cusack C. „New triple-helical model for the shaft of the adenovirus fibre“ II J. Mol. Biol. (1992), 226, p.1073−1084-
- Strelkov S.V., Tao Y., Shneider M.M., Mesyanzhinov V.V., Rossmann M.G. „Structure of bacteriophage T4 fibritin M: a troublesome packing arrangement“ II Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. (1998), 54, p.805−816.
- Studier F.W., Moffat B.A. „Use of bacteriophage T7 RNA polymerase for direct selective high-level expression of cloned genes“ // J.Mol.Biol. (1986), 189, p.113−130-
- Studier F.W., Rosenberg A.N., Dunn A.H., DubendorffJ.W. :Use of T7 RNA polymerase for direct expression of cloned genes» // Meth. Enzymol. (1990), 185, p.60−69-
- Tao Y., Strelkov S.V., Mesyanzhinov V.V., Rossmann M.G. «Structure of bacteriophage T4 fibritin: a segmented coiled coil and the role of the C-terminal domain"// Structure (1997), 5, p.789−798.
- Tetart F., Repoila F., Monod C., Krisch H.M. «Bacteriophage T4 host range is expanded by duplications of a small domain of the tail fiber adhesin» // J. Mol. Biol (1996), 258, p. 726 731-
- Van Dael H «Chimeras of human lysozyme and alpha-lactalbumin: an interesting tool for studying partially folded states during protein folding"// Cell Mol Life Sci (1998), 54, p. 1217−30
- Vitali J., Schick B., Kester H.C., Visser J., Jurnak F. «The tree-dimensional structure of aspergillus niger pectin lyase B at 1.7-A resolution"II Plant Physiol. (1998), 116, p.69−80.
- Wang J., Giacomini K.M. «Characterization of a Bioengineered Chimeric Na±Nucleoside Transporter «11 Mol Pharmacol (1999), 55, p.234−240
- Ward S., Dickson R.C. «Assembly of bacteriophage T4 tail fibers. Genetic control of the major tail fiber polypeptides» // J. Mol. Biol. (1971), 62, p. 479−492-
- Wilmot C.M., Thornton J.M. «Beta-turns and their distortions: a proposed new nomenclature» // Protein Eng. (1990), 3, p.479 493.
- Wood W.B., Conley M.P. «Attachment of tail fibers in bacteriophage T4 assembly. Role of the phage whiskers» II J. Mol. Biol. (1979), 127, p. 15−29-
- Wood W.B., Eiserling F.A., Crowther R.A. «Long tail fibers: genes, proteins, structure, and assembly» in Bacteriophage T4 (Karam J.D., ed.) American society for microbiology, Washington D.C. (1994), pp. 282−290-
- Yamamoto M., Uchida H «Organizaton and function of the tail of bacteriophage T4. Structural control of the tail contraction» II J. Mol. Biol. (1973), 92, p.207 223-
- Yamamoto M., Uchida H. «Organization and function of bacteriophage T4 tail. Isolation of heat-sensitive mutations» // Virology (1973), 52, p. 234−245-
- Yoder M.D., Jurnak F.» Protein motifs. 3. The parallel beta helix and other coiled folds. «// FASEB J. (1995), 9, p.335−342.
- Yoder M. D, Keen N.T., Jurnak F. «New domain motif: the structure of pectate lyase C, a secreted plant virulence factor «// Science. (1993), 260, p. 15 031 507.
- Yoder M.D., Lietzke S.E., Jurnak F.» Unusual structural features in the parallel beta-helix in pectate lyases» // Structure. (1993), 1. p.241−251.
- Zandmeier H., Iida S., Arber W. «DNA inversion regions Min of plasmid pl5B and Cin of bacteriophage PI: evolution of bacteriophage tail fibers genes» // J. Bacteriol. (1992), 174, p.3936−3944-
- Zell R., Fritz H.-J. «DNA mismatch-repair in Escherichia coli counteracting the hydrolytic deamination of 5-methyl cytosine residues» // EMBO J. (1987), 6, p.1809−1815-
- Zorzopulos J., Kozloff L.M. «Identification of T4 bacteriophage gene 12 product as the baseplate zinc metalloprotein» II J. Biol. Chem., (1978), 253, p.5543−5547-
- Zorzopulos J., KozlofFL.M., Chapman V., DeLong X. «Bacteriophage T4 receptors and Escherichia coli cell wall structure: role of spherical partiles and protein wall in bacteriophage infection» // J. Bacteriol. (1979), 137, p.545−555-