Беспозвоночные. 
Физико-географические особенности Катунского заповедника

Из беспозвоночных наиболее изучены булавоусыс чешуекрылые. Известно 119 видов булавоусых, из них 5 видов занесены в Красную книгу Республики Алтай: Чернушка Киндерманна (Erebia kindermanni Staudinger, 1881) по статусу редкости отнесена к I категории. Отмечены 4 вида II категории редкости: аполлон обыкновенный (Parnassius apollo L., 1758), этот вид также занесён в Красную Книгу РФ; аполлон Феб (Parnassius phoebus Fabricius, 1793); аполлон Эверс-манна (Driopa eversmanni Menetries, 1849); аполлон клариус (Driopa clarius Ewersmann, 1843).

Известно 2 вида нуждающихся в особом внимании: хвостоносец Махаон (Papilio machaon) и Чернушка Кеферштейна (Erebia Kefersteini). Полужесткокрылых установлено 47 видов, 3 вида дождевых червей, зоопланктон озер насчитывает 20 видов, мирмикофауна — 10 видов. В целом беспозвоночные на территории заповедника еще слабо изучены.

Костные рыбы

В озерах и реках заповедника обитает 8 видов рыб: обыкновенный таймень, занесенный в Красную книгу РФ (I категория), ленок (местное название — ускуч) — занесён в Красную книгу РФ (I категория), сибирский хариус, сибирский пескарь, гольян-красавка, сибирский голец, обыкновенный налим, сибирский подкаменщик.

Река Катунь и некоторые ее притоки довольно богаты рыбой, в основном хариусом. В озерах число видов рыб значительно меньше, чем в речной системе, а во многих высокогорных, небольших по площади олиготрофных озерах ихтиофауна отсутствует. В наиболее крупных озерах заповедника — Тайменьем, Мультинских (кроме Верхнего), в верховьях рек Собачьей, Проездной, Мульты, Крепкой, а также на смежной с заповедником территории (Кучерлинское и Аккемское озера) обитает лишь 3 вида рыб: сибирский хариус, сибирский голец, сибирский подкаменщик. В озеро Тайменье заходят из речной системы хариус, налим. Численность так называемых непромысловых видов рыб (голец, подкаменщик, гольян) находится в пределах нормальной, то есть соответствует количеству пищи. Численность же тех видов рыб, которые подвержены вылову человеком, за последние десятилетия однозначно уменьшается. Прежде всего это относится к популяциям тайменя, ленка, хариуса, в меньшей степени — налима.