Правительство. 
Реставрация Мэйдзи как одно из главных исторических событий Японии

В ходе гражданской войны Императорское правительство установило новые политические стандарты. В феврале 1868 года оно заявило представителям иностранных государств в Японии, что является новым легитимным правительством страны. Император провозглашался главой государства, который имел право осуществлять дипломатические сношения. 6 апреля 1868 он издал Клятву Пяти пунктов, в которой изложил основные принципы реставрационного курса. Они предусматривали коллегиальность управления, участие всех сословий в выработке решений, отказ от ксенофобии и соблюдение международного права, открытость Японии миру ради получения новых знаний, необходимых для укрепления страны. Присяга была составлена перед японскими божествами всеми членами правительства в присутствии Императора.

11 июня 1868 указом о государственном устройстве была утверждена новая структура правительства, которое стало называться Палатой большого государственного совета. Из Конституции США японцы позаимствовали формальное разделение власти на законодательную, исполнительную и судебную и обязали чиновников переизбираться на должности каждые 4 года. В центральном правительстве были установлены старшие службы, которые выполняли роль министерств, а в регионах — младшие, которые представляли центральную власть на местах.

В сентябре 1868 года, после захвата правительственными войсками города Эдо, его переименовали в «Восточную столицу» — Токио, а в октябре был принят новый девиз правления — Мэйдзи. Правительство решило использовать в будущем только один девиз по жизни одного монарха. 3 сентября 1869 Император перенес свою резиденцию из традиционного Киото в Токио, ставшем новой японской столицей.

Несмотря на обновление системы управления, Императорское правительство не спешило реформировать японское общество. 7 апреля 1868 оно опубликовало пять публичных объявлений для народа, в которых изложило традиционные для предыдущей эпохи положения, которые базировались на конфуцианской морали. Правительство призвало граждан Японии слушаться начальников, уважать родителей и старших, быть верными в браке, запрещало общественные организации, митинги и протесты, а также исповедание христианства.

Главной проблемой Императорского правительства времен реставрации были неравноправные договоры с европейскими государствами и США. Эти договоры были навязаны Японии иностранцами и заключены предыдущим правительством — сёгунатом Токугава. Японцы взяли курс на пересмотр кабальных соглашений законным путём и отправили в 1871 году в западные страны великое посольство во главе с министром Ивакурой Томоми. В состав миссии входило 50 должностных лиц и 60 студентов-стажёров. Для представления Японии на Западе требовался портрет императора, а изображать правителей традиция запрещала; запрет пришлось отменить, сфотографировав монарха в дворцовом одеянии. При посещении Санкт-Петербурга, Ивакура Томоми приобрёл портреты Петра I, к которому относился как к своему кумиру. Посольство не смогло добиться кассации неравноправных договоров со странами Запада, но провело скрупулёзный анализ политико-административной и социально-экономической систем посещённых ими государств. В 1876 году японский министр иностранных дел Тэрасима Мунэнори добился от правительства США соглашения о восстановление таможенной автономии Японии, но из-за протестов Великобритании и Германии эта сделка была отменена.

Одновременно с этим, в 1871 году, японское правительство отправило посольство в Цинский Китай и заключило с ним японско-цинский договор о дружбе. Это было первое равноправное соглашение Японии с иностранным государством. Впоследствии добрососедские отношения были омрачены убийством японских подданных с Рюкю на острове Тайвань, который находился под суверенитетом китайской стороны. В 1874 году, под давлением военных и нетитулованной знати, Япония осуществила карательную экспедицию на остров. Конфликт был улажен при посредничестве Великобритании — китайцы признали правомерными действия японцев и выплатили контрибуцию погибшим.

Новая японская власть также была заинтересована в развитии японско-корейских отношений. Но корейская династия Чосон, которая придерживалась старой политики международной изоляции, отказывалась идти на контакт. Из-за этого в 1873 году в японском правительстве вспыхнули дебаты о завоевании Кореи. Партия силовиков во главе с Сайго Такамори и Итагаки Тайсукэ требовала выслать новое посольство в Корею и, в случае отказа, насильно заставить корейскую сторону покончить с изоляцией и заключить сделку. Тем не менее, в японском правительстве победила точка зрения партии прагматиков Окубо Тосимити и Кидо Такаёси. Они протестовали против силового решения вопроса отношений с Кореей, ссылаясь на неразрешенные проблемы внутри Японии. Несмотря на это, в 1876 году, после инцидента у острова Канхвадо, Япония смогла вступить в диалог с Кореей и подписать договор о дружбе, положивший конец корейской столетней изоляции. Этот договор был неравноправным — он лишал корейскую сторону возможности устанавливать пошлины на японские товары и судить японских граждан, совершивших преступления в Корее по корейским законам.

Параллельно с этим японское правительство активно занималось укреплением своих границ. На юге японский суверенитет утвердился на островах Рюкю и Огасавара. В частности, в 1872 году японцы в одностороннем порядке провозгласили своим удельным владением государство Рюкю, которое находилось в вассальной зависимости и от Японии и Цин одновременно. Государство было превращено в княжество Рюкю, правителем которого стал бывший ван Рюкю Сё Тай. В 1879 году Япония окончательно аннексировала Рюкю, превратив удельное владение, в префектуру Окинава. Острова Огасавара также были присоединены в одностороннем порядке, несмотря на протесты Великобритании и США, и переданы под прямой контроль Министерства внутренних дел.

Северные границы были определены путем переговоров с Российской империей. На середину XIX века, по договору 1854 года, Япония владела южным Сахалином и южной частью Курильской гряды. Поскольку у японцев не было ресурсов для освоения Сахалина, они обменяли его на остальные Курильские острова, находившиеся под контролем русских. Обмен Сахалина на Курилы был утвержден в 1875 году договором в Санкт-Петербурге.

Первый в истории Японии официальный визит представителя правящей семьи иностранной державы состоялся в 1869 году. Это было посещение императора герцогом Эдинбургским. Для принятия высокопоставленного иностранца были в спешном порядке разработаны дипломатические придворные правила, поскольку никогда до того представителей иноземных держав на таком высоком уровне не принимали и императора Японии равным прочим монархам не считали. После обмена подарками, император Муцухито передал герцогу стихотворение, написанное им лично для британской королевы Виктории:

Во время франко-прусской войны 1870—1871 гг. Япония заявила о нейтралитете, впервые приняв участие в политической жизни великих европейских держав.