Дипломы, курсовые, рефераты, контрольные...
Срочная помощь в учёбе

Изучение микрофлоры рубца крупного рогатого скота на основе молекулярно-биологического метода T-RFLP с целью разработки способов ее оптимизации

Диссертация: Изучение микрофлоры рубца крупного рогатого скота на основе молекулярно-биологического метода T-RFLP с целью разработки способов ее оптимизации
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Основные знания о микрофлоре рубца и ее функциях были получены с помощью классических методов микробиологии (Bryant, 1959; Hungate, 1966; Dehority, Orpin, 1988; Hespell et al., 1997). В настоящее время исследователями (Dehority, 2003) описан ряд ограничений и недостатков данных методов, в том числе невозможность правильного подсчета микробов ввиду их роста на питательных средах культивирования… Читать ещё >

Содержание

  • СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
  • 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
    • 1. 1. Особенности пищеварения у жвачных животных
    • 1. 2. Экосистема рубца
      • 1. 2. 1. Симбиоз между микроорганизмами рубца и животным
      • 1. 2. 2. Условия, необходимые для роста и размножения микроорганизмов в рубце
      • 1. 2. 3. Микроорганизмы рубца
      • 1. 2. 4. Взаимодействие между микроорганизмами в рубце
    • 1. 3. Возможность управления процессами ферментации в рубце
    • 1. 4. Методы изучения микробиоценоза рубца жвачных животных
      • 1. 4. 1. Традиционные микробиологические методы
      • 1. 4. 2. Метагеномный анализ микробных сообществ
      • 1. 4. 3. Проблемы получения качественной ДНК для метагеномных исследований
      • 1. 4. 4. Молекулярно-генетические методы для изучения рубца жвачных
      • 1. 4. 5. Т-БО^ЬР-анализ

Изучение микрофлоры рубца крупного рогатого скота на основе молекулярно-биологического метода T-RFLP с целью разработки способов ее оптимизации (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Актуальность темы

На протяжении последних десятилетий изучение микроорганизмов рубца, их роли в пищеварении и обмене веществ в многокамерном желудке жвачных вызывает повышенный интерес, как ученых, так и практиков — животноводов, поскольку результаты этих исследований способствуют организации более рационального и полноценного кормления животных и эффективного использования кормов для повышения продуктивности (Пивняк, Тараканов, 1982; Георгиевский, 1990; Прохоренко, 2006; Стреко-зов и др., 2006; Романенко, 2007; Эрнст, Зиновьева, 2008; Hungate, 1966).

Основные знания о микрофлоре рубца и ее функциях были получены с помощью классических методов микробиологии (Bryant, 1959; Hungate, 1966; Dehority, Orpin, 1988; Hespell et al., 1997). В настоящее время исследователями (Dehority, 2003) описан ряд ограничений и недостатков данных методов, в том числе невозможность правильного подсчета микробов ввиду их роста на питательных средах культивирования не из одной клетки, а из их скопления (Wells, Russell, 1996), разного количества микроорганизмов, выявляемых при микроскопировании и культивировании на искусственных средах (Leedle et al, 1982; Wells, Russell, 1996; Zoetendal et al., 2004). Классификация бактерий рубца, основанная на изучении фенотипических характеристик и биохимических тестов, также не является достаточно точной. Кроме того, зарубежными специалистами недавно было показано, что значительная часть микроорганизмов рубца представлена некультивируемыми видами (нежизнеспособными при культивировании на существующих питательных средах), однако активными в процессах рубцовой ферментации. Установлено, что в настоящее время не существует ни одной среды, на которой возможно поддержание роста всех жизнеспособных бактерий рубца. Кроме того, известны виды микроорганизмов, для которых применяемые условия культивирования не подходят или которые вступили в некультивируемое состояние или никогда ранее не культивируемые виды вследствие отсутствия подходящих методов (Amann et al.,.

1995). Поэтому многие ученые считают, что представления, основанные на традиционных микробиологических методах, не отражают всей полноты процессов ферментации, происходящих в рубце и взаимодействия микроорганизмов (Amann et al., 1992; Wintzingerode et al., 1997; Zoetendal et al., 1998; Krause et al., 2003; Shin, 2004).

Развитие метагеномных методов делает возможным дальнейшее изучение разнообразия микроорганизмов без ограничений традиционных методов микробиологии — т. е. минуя стадию культивирования. Метагеномные методы изучения микробных сообществ основаны на анализе разнообразия консервативных элементов генома микроорганизмов и часто включают в себя стадии клонирования общей (тотальной) ДНК всех микроорганизмов, выделенной из образца, в вектор и затем анализ полученных библиотек клонов (Эрнст, Зиновьева, 2008; Handelsman, 2004). Для определения вида микроорганизма нук-леотидная последовательность сравнивается с последовательностями из баз данных (Stackebrandt, Goebel, 1994; Amann et al., 1995; Madden et al., 1996; Ta-jima et al., 1999; Nelson et al., 2003). Наиболее распространенным является анализ, основанный на изучении вариабельных фрагментов консервативных элементов генов 16S/18S рРНК. Выбор генов 16S/18S рРНК в качестве маркеров в филогенетических исследованиях обусловлен, прежде всего, их повсеместной распространенностью во всем живом мире и доступностью огромных массивов данных о структуре генов рРНК у самых разнообразных микроорганизмов.

Несмотря на широкий спектр возможностей, составление и анализ библиотек клонированных фрагментов генов 16S/18S рРНК микроорганизмов является достаточно трудоемким и дорогостоящим. Кроме того, часто перед исследователем стоит задача не просто описать структуру микробного сообщества, но и проследить, как изменяется эта структура с течением времени в результате какого-либо воздействия. Одним из наиболее перспективных на сегодняшний день является T-RFLP (Terminal restriction fragment length polymorphism) — молекулярно-биологический метод для изучения структуры микробной экосистемы, основанный на анализе полиморфизма длин амплифицированных рестрикционных фрагментов ДНК микроорганизмов. Сущность данного метода заключается в амплификации целевого гена (например, гена 16S рРНК) с определенным набором праймеров, один из которых мечен флуоресцентной меткой, рестрикции полученного продукта с помощью частощепящих рестриктаз, с последующим определением количества терминальных рестрикционных фрагментов. Интенсивность флюоресценции каждого пика отражает относительное количество (долю) каждого филотипа в микробном сообществе. Для анализа бактериальных сообществ созданы компьютерные программы, позволяющие детальную расшифровку T-RFLP — профилей, результатом которых является не только установление количества и относительной численности доминирующих групп микроорганизмов, но и их таксономической принадлежности, например, программа FragSort или другие (March et al., 2000). Таким образом, метод T-RFLP является удобным методом мониторинга динамики структуры микробного сообщества. В результате возможно выявление групп микроорганизмов, оказывающих непосредственное влияние на продуктивность животных, а также выявлять патогенные микроорганизмы.

Цель исследований. Изучить состав микрофлоры рубца крупного рогатого скота, его изменения в течение суток, в процессе роста и развития животных, а также под действием пробиотических препаратов на основе молеку-лярно-биологического метода T-RFLP для оценки возможности использования данного подхода в разработке способов его оптимизации.

Задачи исследований:

— модифицировать методику T-RFLP для изучения микрофлоры рубца крупного рогатого скота;

— сравнить результаты классических методов микробиологии и T-RFLP-анализа при изучении микрофлоры рубца жвачных животных;

— изучить закономерности суточной и возрастной динамики микробного сообщества рубца бычков с помощью T-RFLP-анализа;

— установить особенности микробиоценоза рубца дойных коров в зависимости от уровня продуктивности и состояния здоровья;

— оценить влияние пробиотических препаратов на микрофлору рубца крупного рогатого скота.

Научная новизна исследований. Впервые проведен комплексный анализ таксономической структуры микробного сообщества рубца крупного рогатого скота на основе модифицированного молекулярно-биологического метода Т-РРЪР, в результате чего было выявлено более 200 филотипов бактерий, архей и грибов, в том числе некультивируемых, а также установлена возможная роль данных микроорганизмов в процессах пищеварения и обмена веществ в рубце жвачных. Изучены изменения во всех компонентах микробного сообщества (бактерии, археи, грибы), происходящие в течение суток, связанные с кормлением животных. Установлено, что рост и развитие пищеварительной системы животных сопровождается сменой доминирующих таксономических групп в составе бактерий, архей и грибов. В условиях рубцовой экосистемы проанализировано действие пробиотиков Целлобактерин-Т и Целлобактерин-Б на разные физиологические группы микроорганизмов.

Выявлена связь между физиолого-биохимическими показателями пищеварения (рН, количество ЛЖК, аммиака), продуктивностью, состоянием здоровья животных и количеством микроорганизмов в рубце крупного рогатого скота.

Практическая значимость работы. С использованием модифицированного метода Т-КРЪР в рубце крупного рогатого скота выявлено более 200 филотипов микроорганизмов (бактерий, архей и грибов), установлена их связь с физиолого-биохимическими показателями пищеварения (рН, количество ЛЖК, аммиака), продуктивностью, состоянием здоровья животных, что позволяет разработать способы регулирования микробиологических процессов в рубце, направленных на повышение эффективности использования корма жвачными животными, снижение заболеваемости и увеличение продуктивности животных.

Материалы исследований были использованы при разработке методических рекомендаций «Использование пробиотика Целлобактерин-Т в кормлении жвачных животных» (Дубровицы, ВИЖ, 2011).

Предложения производству.

Данные комплексного исследования микробиоценоза рубца крупного рогатого скота с помощью Т-КРЪР-анализа позволяют рекомендовать использование данного метода для разработки оптимальных методов повышения эффективности мероприятий, направленных на снижение заболеваемости животных и на увеличение продуктивности животных.

Результаты, полученные в данной работе позволяют рекомендовать про-биотики Целлобактерин-Т и Целлобактерин-Б для включения в рационы бычков на откорме по 10 г. на голову в сутки.

Апробация работы. Основные положения диссертационной работы представлены:

— на Международной конференции «Проблемы увеличения производства продуктов животноводства и пути их решения» (Дубровицы, октябрь 2008 г.);

— на 13 и 14 Пущинской школе-конференции молодых ученых «Биология наука 21 века» (Пущино, 2008;2009 г.),.

— на Международной научно-практической конференции «Актуальные проблемы заготовки, хранения и рационального использования кормов» (Москва, 19−20 августа 2009 г.);

— на пятой Международной научной конференции «Актуальные проблемы биологии в животноводстве» (Боровск, 14−16 сентября 2010 г.);

— на пятой Международной конференции «Современное производство комбикормов «Комбикорма — 2010» (Москва, 22−24 ноября 2010).

Публикация результатов исследований. По теме диссертации опубликовано 13 научных статей, в том числе три в изданиях, рекомендованных ВАК Министерства образования и науки РФ.

Положения, выносимые на защиту:

— изучение микрофлоры рубца крупного рогатого скота на основе модифицированного метода Т-КБЬР позволяет идентифицировать более 200 фило-типов микроорганизмов (бактерий, архей и грибов), в том числе некультиви-руемых, а также установить их возможную роль в процессах пищеварения и обмена веществ в рубце жвачных;

— установлена связь между физиолого-биохимическими показателями пищеварения (рН, количество ЛЖК, аммиака), продуктивностью, состоянием здоровья животных и содержанием микроорганизмов в рубце крупного рогатого скота.

Структура и объем диссертации

Диссертационная работа изложена на 197 страницах компьютерной верстки, содержит 40 таблиц, 18 рисунков, структурно включает следующие разделы: введение, обзор литературы, материалы и методы исследований, результаты исследований и их обсуждение, заключение, выводы, предложения производству и список использованной литературы, включающий 342 источника, в том числе 303 на иностранном языке.

выводы.

1. Метод Т-ЫБЬР модифицирован для анализа микрофлоры рубца крупного рогатого скота, в том числе выбраны методы экстракции и очистки ДНК, условия ПЦР-амплификации универсальных фрагментов генов микроорганизмов, эндонуклеазы рестрикции, что позволило получить высоковос-производимые результаты. Индексы сходства Брея-Кертиса для бактериального сообщества составляют 0,84−0,92, для грибного — 0,89−0,91, для архей-ного-0,90−0,91.

2. В рубце крупного рогатого скота с использованием модифицированного молекулярно-биологического метода Т-КБЪР выявлено более 200 филоти-пов бактерий, архей и грибов, в том числе некультивируемых видов. Результаты Т-Ш^ЪР-анализа бактериального сообщества рубца крупного рогатого скота сопоставимы с данными традиционных микробиологических методов.

3. Во всех компонентах микробного сообщества рубца крупного рогатого скота зафиксированы изменения, связанные с кормлением животных: через два-три часа после кормления животных в рубце увеличивается доля сахаро-литических (семейств аояпсИасеае, ЕиЬаМепасеае), лактат-утилизирующих (семейства УеШопеИасеае) и амилолитических бактерий (филы Bacteroidetes).

4.

Введение

в рацион бычков пробиотиков Целлобактерин-Т и Целлобак-терин-Б оказывает регулирующее действие на состав бактериального сообщества в рубце и показатели рубцового пищеварения: увеличивается доля амилолитических (в 2,22 и 4,08 раз соответственно) и лактатферментирую-щих бактерий (в 3,77 и 7,33 раза), а также измененяется соотношение ЛЖК в рубце в сторону увеличения доли пропионата (на 9,4 и 1,4%) по сравнению с контрольным вариантом.

5. Изучен процесс формирования состава микробного сообщества в рубце в процессе роста и развития животных на основе молекулярно-биологического метода Т-Ш^ЬР. Показано, что смена рациона в процессе роста бычков сопровождается сменой доминирующих таксономических единиц в составе бактерий, архей и грибов.

6. Содержание в рубце бычков микроорганизмов, ферментирующих растительные корма, к 2−3-месячному возрасту достигает уровня, характерного для взрослого животного.

Введение

в рацион пробиотика Целлобактерин-Т способствует более раннему увеличению количества целлюлозолитических, амилолитических и лактат-ферментирующих микроорганизмов в рубце животных.

7. Установлена достоверная положительная связь между содержанием в рубце бычков разного возраста бактерий, обладающих способностью ферментировать углеводы растительных кормов (семейств ВаЫего1<1асеае, С1о-БМсИасеае, ЕиЪаШпасеае, Ьаскпоярггасеае, Киттососсасеае) с долей в рационе сена, силоса и концентратов, а также с увеличением продуктивности животных.

8. Снижение продуктивности у исследованных коров сопровождалось значительными нарушениями в таксономической структуре микробного сообщества: выявлено низкое количество целлюлозолитических (0,93±0,26−7,03±0,6%), лактат-ферментирующих бактерий (0,5±0,16 — 1,87±0,56%), а также высокое содержание молочнокислых бактерий (до 6,7±0,60) и фузо-бактерий (до 4,08±1,07%).

9. Установлена достоверная положительная связь между уровнем молочной продуктивности коров и долей бактерий семейств ЬаскпоБрггасеае и УеШопеИасеае (г=0,76 и г=0,60 соответственно) и достоверная отрицательная — с содержанием бактерий рода ЕшоЬа^епит (г=-0.78).

ПРЕДЛОЖЕНИЯ ПРОИЗВОДСТВУ.

Научным учреждениям рекомендуем проводить комплексный анализ микробного сообщества рубца крупного рогатого скота на основе модифицированного метода Т-КРЬР для разработки методов направленной регуляции микробиологических процессов в преджелудках, позволяющих повысить эффективность использования корма, увеличить продуктивность и снизить заболеваемость животных.

Сельскохозяйственным предприятиям рекомендуем применение про-биотиков на основе бацилл и дрожжей для регуляции состава микробного сообщества в рубце крупного рогатого скота для увеличения продуктивности бычков на откорме и дойных коров.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

.

Результаты T-RFLP-анализа позволили подтвердить мнение ряда ученых, показавших, что рубец жвачных животных — уникальная симбиотиче-ская экосистема, в которой множество микроорганизмов (бактерий, грибов, простейших, метаногенных архей) взаимосвязаны между собой и за счет деятельности собственных энзиматических систем обеспечивают животное питательными веществами (Георгиевский, 1990; Тараканов, 2006; Hungate, 1966; Chalupa, 1980; Church, 1993; Owens et al, 1998; Tajima et al, 2001; Russel, 2002; Edwards et al, 2004; Mrazek et al, 2006; Skillman et al, 2006; Fernando et al., 2008). В свою очередь, организм хозяина создает оптимальные условия для жизнедеятельности микроорганизмов, т. е. для их роста и размножения (питательными веществами, температурой окужающей среды и буферный состав окружающей среды) (VanNevel, Demeyer, 1988; Russel, 2002).

Данные, полученные в физиологических и научно-хозяйственных экспериментах с помощью микробиологических, молекулярно-биологических, физиологических, биохимических и зоотехнических методов показали, что микробное сообщество рубца является достаточно хрупкой экосистемой. Установлено, что молекулярно-биологический метод T-RFLP позволяет зафиксировать более 200 филотипов микроорганизмов рубца крупного рогатого скота (бактерий, архей, грибов), в том числе значительное количество не-культивируемых видов, которые ранее с помощью традиционных методов микробиологии не удавалось выявить а, следовательно, установить роль данных микроорганизмов в процессах ферментации. Показано, что применение данного подхода позволяет фиксировать детальные изменения в экосистеме рубца под действием таких факторов, как рацион, возраст, состояние здоровья животных.

Установлено, что смена рациона животных, добавление пробиотиче-ских препаратов, приводит к изменению микробиоценоза, что ведет за собой изменение параметров рубцового пищеварения, направленности ферментативных процессов, изменение показателей переваримости питательных веществ и, в конечном счете, оказывает влияние на продуктивность животных.

При анализе суточных изменений в микробиоценозе рубца бычков были выявлены колебания в составе бактерий, участвующих в процессах ферментации углеводов растительных кормов — бактерий фил Вас1его1с1е1е8 (семейств Вас1его1с1асеае, Е1ауоЪас1епасеае, ПехЛаМегасеаё) и Е1гт1сШея (семейств аояМсИасеае, ЕиЪаМепасеае, Ьаскпозрггасеае, Яиттососсасеае), а также в составе грибов и архей. Кроме того, анализ микробного сообщества рубца бычков показал, что введение в рацион бычков пробиотиков Целло-бактерин-Т и Целлобактерин-8 оказывает выраженное регулирующее действие на состав микрофлоры в преджелудках, при этом наблюдается увеличение доли амилолитических (семейства ВаМегогйасеаё) и лактатферменти-рующих бактерий (семейства УеШопеНасеаё), а также изменение соотношения ЛЖК в сторону образования пропионата.

При изучении формирования микробного сообщества рубца бычков был показано, что содержание микроорганизмов, участвующих в ферментации углеводов растительных кормов (бактерии семейств ВаМегогйасеае, ПауоЬаМепасеае, ПехЛаМегасеае, СЬяМсИасеае, ЕиЬаМепасеае, ЬасИпозрг-гасеае, Яиттососсасеаё) уже к 2−3-месячному возрасту достигает уровня, характерного для взрослого животного. Показано, что добавление в рацион бычков пробиотика Целлобактерин-Т способствовало более раннему (2-месячные телята), по сравнению с контрольным вариантом, увеличению количества целлюлозолитиков практически до уровня взрослого животного. Таким образом, результаты исследований свидетельствуют о возможности регулирования количества и увеличения содержания определенных целлюло-золитических микроорганизмов в рубце телят с помощью пробиотика Целло-бактерин-Т.

Продемонстрировано, что отклонение от оптимальных условийскармливание большой доли концентратов — приводит к нарушению экосистемы рубца, что в результате отрицательно отражается на продуктивности животных. В рубце выбракованных животных выявлено низкое содержание целлюлозолитических бактерий семейств Ьаскпозрггасеае и Яиттососсасеае, лактат-утилизирующих — семейства УеШопеИасеае, высокий уровень молочнокислых бактерий семейства ЬаМоЬасШасеае, ферментирующих моносахара до лактата в рубце, и бактерий рода ГтоЪаМегшт. Кроме того, была установлена достоверная положительная связь доли целлюлозолитических бактерий семейств ЬаскпоБр1гасеае и Яиттососсасеае в рубце коров и достоверная отрицательная бактерий рода ЕтоЬаМегшт с уровнем молочной продуктивности. Подобная ситуация обычно наблюдается при ацидозе рубца, что дает возможность предположить, что снижение удоев у выбракованных животных, вероятно, произошло в результате лактатного ацидоза (Мосек, 1997).

Таким образом, в результате комплексных исследований получены экспериментальные данные, которые существенно дополняют знания о микрофлоре преджелудков и ее роли в питании жвачных, что открывает новые перспективные направления поиска способов направленной регуляции микробиологических процессов в преджелудках. Полученные результаты показывают необходимость использования Т-КБЪР-анализа для регистрации нарушений в микробной экосистеме рубца крупного рогатого скота. Важным плюсом данного метода является возможность комплексного изучения микробиоценоза рубца с рассмотрением трех основных групп микроорганизмов — бактерий, архей и грибов. Это является крайне актуальным в связи с тем, что здоровье животных не столько зависят от какого-то одного компонента сообщества, сколько представляют собой результат взаимодействия различных групп микроорганизмов. В связи с этим, проведение Т-КТЪР-анализа микрофлоры коров позволит диагностировать причины снижения продуктивности животных, скорректировать нежелательные изменения «нормальной» микрофлоры за счет изменения рациона, что позволит повысить эффективность использования корма жвачными животными, снизить заболеваемость и увеличить их продуктивность.

Показать весь текст

Список литературы

  1. , A.A. Липидный обмен и продуктивность жвачных животных. / A.A. Алиев-М: Колос. 1980. 380с.
  2. A.A. Обмен веществ у жвачных животных. М., 1997.
  3. Л.К. Кислотно-щелочной баланс в организме особей крупного рогатого скота в зависимости от возраста животных / Л. К. Бусловская // Сельскохозяйственная биология. 2002. № 2. — С. 82−85.
  4. В.И. Физиология сельскохозяйтвенных животных. М.: Агропромиздат, 1990. — 511 с.
  5. , И.Ф. Исследование селена при производстве продукции животноводства и БАДов: монография / И.Ф.Горлов- ВолгГТУ, ГУ Волгогр. НИТИ ММС и ППЖ РАСХН. М.- Волгоград: Вестник РАСХН, 2005. — 189 с.
  6. В.А. Общая протистология // М.: Сов. наука, 1951. 603 с.
  7. И.А., Долгова С. И. Микрофауна рубца и ее роль в питании жвачных. В сб.: Сельскохозяйственные животные, физиологические и биохимические параметры организма. Боровск, 2002: 335−347.
  8. Дубинин А. В, Ардатская М. Д., Кондракова O.A. и др. Клиническая медицина, 1987, № 7: 140−144.
  9. .Д. Современные подходы к разработке системы питания животных и реализации биологического потенциала их продуктивности / Б. Д. Кальницкий, В. В. Калашников // Вестник РАСХН. — 2006. — № 2.
  10. , И. И. Ацидоз рубца / И. И. Калюжный // Ветеринария. -1988,-№ 7.-С. 42−47.
  11. Н.В., Кроткова" А.П. Физиология и биохимия пищеварения жвачных. М.: Колос, 1971. 432 с.
  12. Н.В., Кошаров А. Н. Использование протеина корма животными. -М.: Колос, 1979.
  13. Г. Ф. Биометрия / Г. Ф. Лакин. М.: Высшая школа, 1990. -352 с.
  14. Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование. М. Мир, 1984.-480 с.
  15. А.Ю., Материкин A.M. Процессы рубцового метаболизма при введении в рацион коров крахмала и глюкозы. Тр. Свердловской научно-исследовательской и ветеринарной станции. Свердловск, 1995, 10: 193−196.
  16. A.M., Скорохид В. И. Биологическая роль короткоцепочечных кислот в организме жвачных животных. С.-х. биол., 1992, 2: 122−129.
  17. Э.Р. Протеиновое питание жвачных животных. М., 1985: 31−53.
  18. Молочное скотоводство России / Под ред. Н. И. Стрекозова и Х. А. Амерханова. Москва. 2006. — 604 с.
  19. И.Г., Тараканов Б. В. Микробиология пищеварения жвачных. 1982.
  20. И.С. Протеиновое питание животных. /И.С. Попов, И. П. Дмитроченко, В. М. Крылов М.: Колос, 1975. 339с
  21. Ю.И. Методика зоотехнического и биохимического анализа кормов, продуктов обмена и животноводческой продукции. // Раецкая Ю. И., Сухарева В. Н. и др. Дубровицы. ОНТИ. 1970. 128 с.
  22. JI.B. Особенности кормления и система рационов для высокопродуктивных коров / JI.B. Романенко, В. И. Волгин // Сельскохозяйственная биология, 2007. № 4. — С. 20−27.
  23. И.И. Особенности рубцового пищеварения у каракульских ягнят подсосного периода. Материалы второй Всесоюзной конференции по физиологическим и биохимическим основам повышения продуктивности сельскохозяйственных животных. Боровск, 1963.
  24. Ю.И., Мусинко Н. В. Рубцовый метаболизм и углеводно-жировой обмен у коров при скармливании различных углеводистых кормов. Вест. Агарной науки, 1994, 4: 65−74.
  25. H.A. Развитие рубцового пищеварения у молодняка жвачных животных. Материалы третьей Всесоюзной конференции по физиологическим и биохимическим основам повышения продуктивности сельскохозяйственных животных. Боровск, 1965. с. 222.
  26. А.Д. Биология питания сельскохозяйственных животных /А.Д. Синещеков // Биологические основы рационального использования кормов. М.: Колос, 1965. 399с.
  27. А.Д. Методика комплексного изучения физиологических процессов питания / А. Д. Синещеков, З.М. Шеремет// Физиология питания сельскохозяйственных животных. —М.: Сельхозиздат, 1953. с.24−58.
  28. A.C. Физиологическая функция рубца при раннем приучении телят к растительным кормам, / А. С Солун. // Вестник с.-х. науки.- 1970.-№ 6.-с.69−73.
  29. Н.И., Дедов М. Д., Тимофеев Ю. П. Основные направления племенной работы с симментальской породой. Зоотехния. 1995. № 3. С. 4. 1
  30. .В., Николичева Т. А. Целлюлозолитическая микрофлора и метаболические функции в рубце молодняка крупного рогатого скота при раннем включении в рацион растительных кормов. Сельскохозяйственная биология. 1986. № 4. с. 89−94.
  31. .В. Методы исследования микрофлоры пищеварительного тракта сельскохозяйственных животных и птицы М.: Научный мир, 2006. -188 с.
  32. Е.З. Практикум по микробиологии / Е. З. Теппер, В.К. Шильнико-ва, Г. И. Переверзева. М.: Колос, 1975. — 216 с.
  33. . М.Ф. Методика взятия образцов для химического анализа.- М., 1969.- 34 с.
  34. Увеличение продолжительности хозяйственного использования коров и повышение экономической эффективности и конкурентоспособности молочного животноводства в хозяйствах Ленинградской области. Рекомендации. Спб, 2007.
  35. P.A. Статистические методы для исследователей. М.: Госстатиз-дат, 1958. — 267 с.
  36. Н.С., Грушкин А. Г. // Сельскохозяйственная биология. Сер .'Биология животных. 2003. — N6.-C.15−22. — С. 2003
  37. Эрнст J1.K., Зиновьева Н. А. Биологические проблемы животноводства в XXI веке. М.: РАСХН, 2008, 501 с.
  38. Abou Akkada, A. R. and Howard, В. Н., The biochemistry of rumen protozoa. 4. Decomposition ofpectic substances // Biochem. J. 1961. Vol.78. P.512−517.
  39. Akin D.E., Ames Gottferd N., Hartly R.D., Fulcher R.G., Rigsby C.L.,. Micro-spectrometry of phenolic compounds in Bermuda grass cell walls in relation to microbial digestion // Crop. Science. 1990. — Vol.30. P.396.
  40. Albers S.V., W.N. Konings, and J. M. Driessen. Solute Transport, in Archaea: Molecular and Cellular Biology // ASM Press, Washington, DC. 2007. P. 354−368.
  41. Allen M.S. Relationship between fermentation acid production in the rumen and the regulirement for physically effective fiber // J. Dairy Sci. 1997. — Vol.80. № 7. P. l447−1462.
  42. Amann R.I., Lin C., Key R., Montgomergy L., Stahl D.A. Diversity among Fi-brobacter isolates: towards a phylogenetic classification // Syst. Appl. Microbiol. -1992,-Vol.15. P.23−31.
  43. Amann R.I., Ludwig W., Schleifer K.H. Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation // Microbiol. Rev. 1995. -Vol.59. P.143−169
  44. Armstrong D.G., Gilbert, H.J. Biotechnology and the rumen: a mini review // J. Sci. Food Agric.- 1985,-Vol.36. P. 1039−1046.
  45. Aurungzeb M., Oadeer M., Iqbal J. Production of raw starch hydrolyzing amy-lolytic enzymes by Streptococcus bovis PCSIR-7B // Pakistan Journal of Scientific and Industrial Research. 1992. — Vol.35. P.520−523.
  46. Axelrood P.E., M.L. Chow, C.C. Radomski, J.M. McDermott, and J. Davies. Molecular characterization of bacterial diversity from British Columbia forest soils subjected to disturbance // Can. J. Microbiol. 2002. — Vol.48. P.655−74.
  47. Bauchop T., D.O. Mountfort. Cellulose fermentation by a rumen anaerobic fungus in both the absence and the presence of rumen methanogens // Appl. Environ. Microbiol. 1981. — Vol.42. P. l 103−1110.
  48. Bauchop T. Rumen anaerobic fungi of cattle and sheep // Journal of Applied Environmental Microbiology. 1979. — Vol.38. P.148−158.
  49. Bennink M.R., T.R. Tyler, G.M. Ward, and D.E. Johnson. Ionic milieu of bovine and ovine rumen as affected by diet//J. Dairy Sci. 1978. — Vol.61. P.315.
  50. Bera-Maillet C., Ribot Y., Forano E. Fiber-degrading systems of different strains of the genus Fibrobacter // Applied and Environmental Microbiology. 2004. -Vol.70. P.2172−2179.
  51. Bergen, W.G., D.B. Bates. Ionophores: Their effect on production efficiency and mode of action // J. Anim. Sci. 1984 — Vol.58. P. 1465.
  52. Bernalier A., G. Fonty, F. Bonnemoy and P. Gouet. Inhibition of the cellulolyt-ic activity of Neocallimastix frontalis by Ruminococcus flavefaciens // J. Gen. Microbiol. 1993. -Vol.139. P.873−880.
  53. Bevans D.W., Beauchemin K.A., Schwartzkopf-Genswein K.S., Mc-Kinnon J.J., and Mcallister T.A. Effect of rapid or gradual grain adaptation on subacute acidosis and feed intake by feedlot cattle // J. Anim. Sci. 2005. — Vol.83. P. l 116−1132.
  54. Biavati B., Mattarelli P. Bifidobacterium-Ruminantium Sp-Nov and Bifidobac-terium-Merycicum Sp Nov from the Rumens of cattle // International Journal of Systematic Bacteriology. 1991. — Vol.41. P. 163−168.
  55. Boadi D., C. Benchaar, J. Chiquette, D. Masse. Mitigation strategies to reduce enteric methane emissions from dairy cows: update review // Can. J. Anim. Sci. -2004.-Vol.84. P.319−335.
  56. Bonhomme A. Rumen ciliates: their metabolism and relationships with bacteria and their hosts // Anim. Feed and Technol. 1990. — Vol.30. P. 203−266.
  57. Briesacher S. L., T. May, K. N. Grigsby, M. S. Kerley, R. V. Anthony, and J. A. Paterson. Use of DNA probes to monitor nutritional effects on ruminai prokaryotes and Fibrobacter succinogenes S85 // J. Anim. Sci. 1992. — Vol.70. № 1. P.289−295.
  58. Broberg G. Putrefaction in the rumen as aprimary cause of disease Nordisk Ve-terinaermedicin. 1956. Vol.8. P.935−952.
  59. Bryant M.P. Bacterial species of the rumen // Bact. Rev. 1959. — Vol.23, P.125
  60. Busquet M., S. Calsamiglia, A. Ferret, and C. Kamel. Plant extracts affect in vitro rumen microbial fermentation // J. Dairy Sci. 2006. — Vol.89. P.761−771.
  61. Calsamiglia S., M. Busquet, P. W. Cardozo, L. Castillejos, and A. Ferret. Invited Review: Essential oils as modifiers of rumen microbial fermentation // J. Dairy Sci. 2007. — Vol.90. P.2580−2595.
  62. Castillejos L., S. Calsamiglia, A. Ferret, and R. Losa. Effects of dose and adaptation time of a specific blend of essential oils compounds on rumen fermentation// Anim. Feed Sci. Technol. 2007. — Vol.132. P. 186−201.
  63. Cardozo P. W., Calsamiglia, S., Ferret, A. and Kamel, C. Effects of natural plant extracts at different pH on in vitro rumen microbial fermentation of a highcon-centrate diet for beef cattle // J. Anim. Sci. 2006. — Vol.84. P.2801−2808.
  64. Chalupa W. Chemical control of rumen microbial metabolism. In Digestive Physiology and Metabolism in Ruminants. Ruckebush Y and Thvend P. (eds). Westport, CT: AVI Publishing Co., Inc. 1980.
  65. Chen M., and M. J. Wolin. Effect of monensin and lasalocidsodium on the growth of methanogenic and rumen saccharolytic bacteria // Appl. Environ. Microbiol. 1979.-Vol.38. P.72.
  66. Cheng K.J., McCowan R.P., Costerton J.W. Adherent epithelial bacteria in ruminants and their roles in digestive tract function // Am. J. Clin. Nutr. 1979. -Vol.32. P.139−148.
  67. Church D.C. Ruminant Animal: Digestive Phisiology and nutrition. New Jersey: Prentice Hall. 1993.
  68. Clement B.G. and C.L. Kitts. Isolating PCR-quality DNA from human feces with a soil DNA kit // BioTechniques. 2000. — Vol.28. P.640−646.
  69. Cordova-Kreylos A.L., Cao, Y., Green, P.G., Hwang, H., Kuivila, K.M., La-Montagne, M.G., Van De Werfhorst, L.C., Holden, P. A., and Scow, K.M. Diversity, Compostion, and Geographic Distribution of Microbial Communities in California
  70. Salt Marsh Sediments // Applied and Environmental Microbiology. 2006. — Vol.72. № 5. P.3357−3366.
  71. Counotte G.H.M., Prins R.A., Janssen R.H. and Debie M.J. Role Megasphaera-Elsdenii in the Fermentation of Lactate-2-C-13 in the Rumen of Dairy-Cattle // Applied and Environmental Microbiology. 1981. — Vol.42. P.649−655.
  72. Cushnie G.H., Richardson A.J., Sharman, G.A.M. Procedures and equipment for the production and reraring of gnobiotic lambs // Laboratory Animals. 1981. -Vol.15. P. 199−204.
  73. Dann H.M. Manipulating ruminal fermentation using organic acids. In: Cornell Nutrition Conference, Department of Dairy Science, Cornell University, Ithaca, N.Y. U.S.A. 2005.
  74. Dawson K.A. Current and future role of yeast culture in animal production: A review of research over the last six years. In: T. P. Lyons (Ed.) Biotechnology in the Feed Industry, p 1. Alltech Technical Publications, Nicholasville, KY. 1992.
  75. Dawson K.A., K.E. Newman, and J.A. Boling. Effects of microbial supplements containing yeast and lactobacilli on roughage-fed ruminal microbial activities// J. him. Sci. 1990.-Vol.68. P.3392
  76. Dehority B.A., Orpin C.G. Development of, and natural fluctuations in, rumen microbial population. In «The Rumen Microbial Ecosystem», P.N. Hobson (ed.). -1988.P 151−183.
  77. B. A. 1969. Pectin-Fermenting Bacteria Isolated from Bovine Rumen. Journal of Bacreiology 99: 189−190.
  78. Dehority B.A. Protozoa of the digestive tract of herbivorous mammals. Insect Sci. Appl., 1986, 7, 279−296.
  79. Dehority B.A. Rumen ciliate protozoa of the blue duiker (Cephalophus monticola), with observations on morphological variation lines within the species Entodi-nium dubardi // Journal ofEukaryotic Microbiology. 1994. — Vol.41. P. 103−111.
  80. Dehority B.A. Rumen Microbiology. Nottingham University Press, Nottingham, UK. 2003.
  81. Dennis S. M., T. G. Nagaraja, and A. D. Dayton. Effect of lasalocid, monensin and thiopeptin on rumen protozoa.// Res. Vet. Sci. 1986. — Vol.41. P.251.
  82. Dragulici V. Modificari histophatilogice in mucoasa rumenului la mieii ingra-sati cu concentrate. Seminarul «Ameliorarea, tehnologia si patologia rumegatoarelor» // Cluj-Napoca. 1986. — Vol.11. P.245−247.
  83. Dunbar J., S. White, and L. Forney. Genetic diversity through the looking glass: effect of enrichment bias // Appl Environ Microbiol. 1997. — Vol.63. № 4. P.1326−1331.
  84. Gabor E.M., E. J. Vries, and D. B. Janssen. Efficient recovery of environmental DNA for expression cloning by indirect extraction methods.// FEMS Microbiol. Ecol. -2003,-Vol.44. P.153−63.
  85. Gafan G.P., Lucas V.S., Roberts G.J., Petrie A., Wilson M., Spratt D.A. Statistical analyses of complex Denaturing Gradient Gel Electrophoresis profiles // J. Clin. Microbiol. 2005. — Vol.43. № 8. P.3971−3978.
  86. Goad D.W. Goad C.L. and Nagaraja T.G. 1998. Ruminal microbial and fermentative changes associated with experimentally indiced subacute acidosis in steers. Journal of Animal Science 76: 234−241
  87. Gradel C.M., B.A. Dehority. Fermentation of isolated pectin and pectin from intact forage by pure cultures of rumen bacteria // Appl. Microbiol. 1972. — Vol.23. P.332−340.
  88. Grant R.J., Muckian, L.M., Clipson, N.J.W., and Doyle, E.M. Microbial community changes during the bioremediation of creosote-contaminated soil // Letters in Applied Microbiology. 2007. — Vol.44. P.293−300.
  89. Guan H., K.M. Wittenberg, K.H. Ominski, and D.O. Krause. Efficacy of iono-phores in cattle diets for mitigation of enteric methane // J. Anim. Sci. 2006. -Vol.84. P.1896−1906.
  90. Edwards J.E., Mcewan N.R., Travis A.J. and Wallace R.J. 16S rDNA library-based analysis of ruminal bacterial diversity // Antonie Van Leeuwenhoek International Journal of General and Molecular Microbiology. 2004. — Vol.86. P.263−281.
  91. Elliott R., A. J. Ash, F. Colderon-Cortes, B. W. Norton, and T. Rauchop. The influence of anaerobic fungi on rumen volatile fatty acid concentrations in uiuo // J. Agric. Sci. 1987. -Vol.109 P.13.
  92. Engebreston J., J. and Moyer, C. L. Fidelity of Select Restriction Endonucleas-es in Determining Microbial Diversity by Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism // Applied and Environmental Microbiology. 2003. — Vol.69. № 8. P.4823−4829.
  93. Ferry J.G., K.A. Kastead. Methanogenesis. Molecular and Cellular Biology // R. Cavicchioli, ed. ASM Press, Washington, DC. 2007. P.288−314
  94. Firkins J.L., A.N. Hristov, M.B. Hall, G .A. Varga, and N.R. St-Pierre. Integration of ruminai metabolism in dairy cattle // J. Dairy Sci. 2006. — Vol.89.
  95. Flint H.J., A.M. Thomson. Deoxyribonuclease activity in isolated rumen bacteria and rumen fluid // Lett. Appl. Microbiol. 1990. — Vol.11. P. 18−21.
  96. Flint H., Thomson, A.M. Genetic manipulation of rumen bacteria with special reference to fibre digestion // Anim. Feed Sci. Technol. 1991. — Vol.32. P. 123−129.
  97. Fonty G., Gouet P., Jouany J.P., Senaud, J. Establishment of the microflora and anaerobic fungi in the rumen of lambs // J. Gen. Microbiol. 1987. — Vol.13. P. 18 351 843.
  98. Forster R., J. Gong, and R. Teather. Group-specific 16S rRNA hybridization probes for determinative and community structure studies of Butyrivibrio fibrisolvens in the rumen // Appl. Environ. Microbiol. 1997. — Vol.63. P. 1256−1260.
  99. Frostegard A., S. Courtois, V. Ramisse, S. Clerc, D. Bernillon, F. Le Gall, P. Jeannin, X. Nesme, and P. Simonet. Quantification of bias related to the extraction of DNA directly from soils // Appl. Environ. Microbiol. 1999. — Vol.65. P.5409−20.
  100. Handelsman J. Metagenomics: application of genomics to uncultured microorganisms // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2004. — Vol.68. P.669−85.
  101. Harrison D.G., Mc Allan, A.B. Factors affecting microbial growth yields in the reticulo-rumen. In «Digestive Physiology and Metabolism in Ruminants». Y. Ruckebusch & P. Thivend (eds.), MTP Press, Lancaster. 1980. P.205−226,
  102. Harry M., B. Gambier, Y. Bourezgui, and E. Garnier-Sillam. Evaluation of purification procedures for DNA extracted from organic rich samples: interference with humic substances // Analysis. 1999. — Vol.27. P.439−442.
  103. Hebraud M., and M. Fevre. Characterization of glycoside and polysaccharide hydrolases secreted by the rumen anaerobic fungi Neocallimastix frontalis, Sphaero-monas communis and Piromonas communis // J. Gen. Microbiol. 1988. — Vol.134. P. 1123−1129.
  104. Hegarty R. S, Reducing rumen methane emissions through, elimination of rumen protozoa // Australian Journal of Agricultural Research. 1999. — Vol.50. P.1321−1327.
  105. Henderson C., C.S. Stewart, and F.V. Nekrep. The effect of monensin on pure and mixed cultures of rumen bacteria // J. Appl. Bacteriol. 1981. — Vol.51. P. 159
  106. Handelsman, J. Metagenomics: application of genomics to uncultured microorganisms. Microbiol // Mol. Biol. Rev. 2004. — Vol.68. P.669−85.
  107. Henning P.H., C.H. Horn, D.G. Steyn, H.H. Meissner, and F.M. Hagg. The potential of Megasphaera elsdenii isolates to control ruminal acidosis. Anim. Feed Sei. Technol. 2010a. l57:13−19.
  108. Hespell R.B., D.E. Akin, B.A. Dehority. Bacteria, fungi, and protozoa of the rumen. In: Mackie, R. I., B. A. White & R. E. Isaacson (eds) Gastrointestinal Microbiology, vol. 2. Chapman and Hall, New York, 1997. P.59−141.
  109. Hess, et al. Metagenomic Discovery of Biomass-Degrading Genes and Genomes From Cow Rumen // Science. 2011. Vol.331. P.463−467.
  110. Holben W.E., J.K. Jansson, B.K. Chelm, and J.M. Tiedje. DNA Probe Method for the Detection of Specific Microorganisms in the Soil Bacterial Community // Appl. Environ. Microbiol. 1988. — Vol.54. P.703−711.
  111. Hullar M.A.J., Kaplan, L.A., and Stahl, D.A. Recurring Seasonal Dynamics of Microbial Communities in Stream Habitats // Applied and Environmental Microbiology. 2006. — Vol.72. № 1. P.713−722.
  112. Hungate R.E. The anaerobic mesophilic cellulolytic bacteria // Bacteriol. Rev. -1950,-Vol.14. P.l.
  113. Hungate R.E. Introduction: The ruminant and the rumen. In «The Rumen Microbial Ecosystem». P.N. Hobson (ed.). 1988. P. l-19.
  114. Hungate R.E. The Rumen and its Microbes. Academic Press, New York. -1966.
  115. Hungate R.E. The rumen microbial ecosystem // Annual Review of Ecology and Systematics. 1975. — Vol.6. P.39−66.
  116. Irskov E.R., H.J. Flint. Manipulation of rumen microbes or feed resources as methods of improving feed utilization. In: The Biotechnology in Livestock in Developing Countries (Ed. A. G. Hunter). Rkitchie of Edinburgh Ltd, United Kingdom. 1989.
  117. Ito A., Y. Miyazaki, S. Mai. Light microscopic observation of infraciliature and morphogenesis in six species of rumen Ostracodinium ciliates // Journal of Eukaryotic Microbiology. 2001. — Vol.48. P.440−448.
  118. Ives W., B. Torrey and C. Gordon. Knowledge Sharing is a Human Behavior. In: Knowledge Management: Classic and Contemporary Works, Morey, D., M. May-bury and B. Thuraisingham (Eds.). MIT Press. Cambridge. 2002. P.99−129.
  119. Jarvis G.N., Strompl, C., Burgess, D.M., Skillman, L.C., Moore, E. R. B. and Joblin, K.N. Isolation and identification of ruminal methanogens from grazing cattle // Curr. Microbiol. 2000. — Vol.40. P.327−332.
  120. Joblin K.N., G.E. Naylor and A.G. Williams. Effect of Methanobrevibacter smithii on xylanolytic activity of anaerobic ruminal fungi // Appl. Environ. Microbiol. 1990. — Vol.56. P.2287−2295.
  121. Johnson D.E., K.A. Johnson, G.M. Ward, and M.E. Branine. Ruminants and other animals, ed. Springer-Verlag, Berlin, Heidelberg, Germany. 2000. P. 112−133
  122. Junier P, Junier, T., and Witzel, K. TRiFLe, a Program for In Silico Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism Analysis with User-Defines Sequence Sets // Applied and Environmental Microbiology. 2008. -Vol.74. № 20. P.6452−6456.
  123. Kamra D.N., Saha, S., Bhatt, N., Chaudhary, L.C. and Agarwal, N. Effect of diet on enzyme profile, biochemical changes and in sacco degradability of feeds in the rumen of buffalo // Asian. Aust. J. Anim. Sci. 2003. — Vol.16. P.374−379.
  124. Kennedy M. J., Clarke R., Milligan Z. Influences of dietary sucrose and urea on transfer of endogenous urea to the rumen sheep and numbers of epithelia bacteria // Brit.J.Nutrit. 1981. Vol. 46, № 3. P.533−541.
  125. Khafipour Ehsan, Li, Shucong, Plaizier, Jan C., Krause, Denis O. Rumen Mi-crobiome Composition Determined Using Two Nutritional Models of Subacute Ru-minal Acidosis // Applied and Environmental Microbiology. 2009. — Vol.75. P.7115−7124
  126. Koenig K. M., C. J. Newbold, F. M. Mcintosh, L. M. Rode. Effects of protozoa on bacterial nitrogen recycling in the rumen // Journal of Animal Science. 2000. -Vol.78. P.2431−2445.
  127. Koike S., S. Yoshitanib, Y. Kobayashi, and K. Tanaka. Phylogenetic analysis of fiber-associated rumen bacterial community and PCR detection of uncultured bacteria // FEMS Microbiol. Lett. 2003. — Vol.229. P.23−30.
  128. Kotarski S.F., Wanishka R.D. and Thurn K.K. Starch Hydrolysis by the Ru-minal Micro flor // Journal of Nutrition. 1992. — Vol.122. P.178−190
  129. Kraigher B., Kosjek, T., Heath, E., Kompare, B., and Mandic-Mulec, I. Influence of pharmaceutical residues on the structure of activated sludge bacterial communities in wastewater treatment bioreactors // Water Research. 2008. — Vol.42. P.4578−4588.
  130. Krause D.O., Denman S.E., Mackie R.I., Morrison M., Rae A.L., Attwood G.T., McSweeney C.S. Opportunities to improve fiber degradation in the rumen: microbiology, ecology, and genomics // FEMS Microbiol. Rev. 2003. — Vol.27. P.663−693.
  131. Krehbiel C.R., S.R. Rust, G. Zhang, and S.E. Gilliland. Bacterial direct-fed microbials in ruminant diets: Performance response and mode of action // J. Anim. Sci. 2003.-Vol.81. P.120−132.
  132. Lana R.P., Russel J.B., Van Amburgh M.E. The role of pH in regulating ru-minal methane and ammonia production. J. Anim. Sci., 1998, 76, 8: 2190−2196
  133. Lange M., P. Westermann and B. K. Ahring. Archaea in protozoa and metazoa // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2005. — Vol.66. P.465−474.
  134. Larue R. et al. Novel microbial diversity adherent to plant biomass in the herbivore gastrointestinal tract, as revealed by ribosomal intergenic spacer analysis and rrs gene sequencing // Environ. Microbiol. 2005. — Vol.7. P.530−543.
  135. Latham M.J. Adhesion of rumen bacteria to plant cell wall. In «Microbial Adhesion to Surfaces». R.C.W. Berkeley, J.M. Lyn., J. Melling, P.R. Rutter, B. Vincent (eds.). Elio Howood, Child ter.- 1980. P.339−350.
  136. Lee S.Y., J. Bollinger, D. Bezdicek, and A. Ogram. Estimation of the abundance of an uncultured soil bacterial strain by a competitive quantitative PCR method // Appl. Environ. Microbiol. 1996. — Vol.62. P.3787−3793.
  137. Leedle J.A.Z., M.P. Bryant and R.B. Hespell. Diurnal variations in bacterial numbers and fluid parameters in ruminal contents of animals fed low- or high-forage diets // Applied and Environmental Microbiology. 1982. — Vol.44. P.402−412.
  138. Leng R.A. Modification of rumen fermentation. In: Nutritional Limits to Animal Production from Pastures. J B Hacker, Ed. Commonwealth Agricultural Bureaux, Farnham Royal, UK. 1982. P.427−453.
  139. Leser T.D., J.Z. Amenuvor, T.K. Jensen, R.H. Lindecrona, M. Boye, and K. Moller. Culture-independent analysis of gut bacteria: the pig gastrointestinal tract mi-crobiota revisited // Appl. Environ. Microbiol. 2002. — Vol.68. P.673−690.
  140. Leser T., Lindecrona, R., Jensen, T. and M0ller, K. Changes in bacterial community structure in the colon of pigs fed different experimental diets and after infection with Brachyspira hyodysenteriae II Appl. Environ. Microbiol. 2000. — Vol.66. P.3290.
  141. Li F., Hullar, M. A.J., and Lampe, J.W. Optimization of terminal restriction fragment polymorphism (T-RFLP) analysis of human gut microbiota // Journal of Microbiological Methods. 2007. — Vol.68. P.303−311.
  142. Li M., J. Gong, M. Cottrill, H. Yu, C. de Lange, J. Burton and E. Topp. Evaluation of QIAGEN® DNA Stool Mini Kit for ecological studies of gut microbiota // J. Microbiol. Methods. 2003. — Vol.54. P.13−20.
  143. Leiva E., M. B. Hall, and H. H. Van Horn. Performance of dairy cattle fed citrus pulp or corn products as sources of neutral detergent-soluble carbohydrates // J. Dairy Sci. 2000. — Vol.83. P.2866.
  144. Liles M. R., B. F. Manske, S. B. Bintrim, J. Handelsman, and R. M. Goodman. A census of rRNA genes and linked genomic sequences within a soil metagenomic library // Appl. Environ. Microbiol. 2003. Vol.69. P-2684−2691.
  145. Lin C., L. Raskin, and D. A. Stahl. Microbial community structure in gastrointestinal tracts of domestic animals: comparative analyses using rRNAtargeted oligonucleotide probes // FEMS Micriobiology Ecology. 1997. — Vol.22. P.281−294.
  146. Liolios K., Mavromatis K., Tavanarakis N and Kyrpides N.C. The Genomes on Line Database (GOLD) in 2007: status of genomic and metagenomic project and their associated metadata // Nuckeic Acids Research. 2008. — Vol.36. P.475−479.
  147. Lowe S.E., Theodorou M.K., Trinci A.P.J. Cellulases and xylanase of anaerobic rumen fungus grown on wheat straw, wheat straw holocellulose, Cellulose and Xylan//Appl. Environ. Microbiol. 1987. — Vol.53. P.1216−1223.
  148. Lucker S., D. Steger, K. U. Kjeldsen, B. J. MacGregor, M. Wagner, and A. Loy. Improved 16S rRNA-targeted probe set for analysis of sulfate-reducing bacteriaby fluorescence in situ hybridization // J. Microbiol. Methods. 2007. — Vol. 69. P.523−528.
  149. Machmiiller A., C. R. Soliva and M. Kreuzer. Effect of coconut oil and defau-nation treatment on methanogenesis in sheep // Reproduction Nutrition and Development. 2003. — Vol.43. P.41−55.
  150. Mackie R., R. Aminov, B.A. White, and C. McSweeney. Molecular ecology and diversity of gut microbial ecosystems, p. 61−77. In P.B. Cronje (Ed.), Ruminant: Physiology, Digestion, Metabolisms, Growth and Reproduction. ACABI Publishing, New York. 2000.
  151. Madden T.L., Tatusov R.L., Zhang J. Application of network BLAST server // Methods Enzymol. 1996. — Vol.266. P.131−141.
  152. Maniatas T., Fritsch E.F., Sambrook J. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory- Cold Spring Harbor, New York: 1991.
  153. Martin S. A., and D. J. Nisbet. Effect of direct-fed microbials on rumen microbial fermentation // J. Dairy Sci. 1992. — Vol.75. P. 1736.
  154. Martin C., Devillard E. and Michalet-Doreau B. Influence of sampling site on concentrations and carbohydrate-degrading enzyme activities of protozoa and bacteria in the rumen // Journal Animal Science. 1999. — Vol.77. P.979−983.
  155. Martin C., D.P. Morgavi, M. Doreau. Methane mitigation in ruminants: from microbe to the farm scale // Animal. 2010. — Vol.4. P.351−365.
  156. Mertens D. R. Creating a system for meeting the fiber requirements of dairy cows // J. Dairy Sci. 1997. — Vol.80. P.1463−1481.
  157. McOrist A.L., M. Jackson and A.R. Bird. A comparison of five methods for extraction of bacterial DNA from human fecal samples // J. Microbiol. Methods. -2002.-Vol.50. P.131−139.
  158. More M.I., J.B. Herrick, M.C. Silva, W.C. Ghiorse, and E.L. Madsen. Quantitative cell lysis of indigenous microorganisms and rapid extraction of microbial DNA from sediment // Appl. Environ. Microbiol. 1994. — Vol.60. P. 1572−80.
  159. Moreira D. Efficient removal of PCR inhibitors using agarose-embedded DNA preparations // Nucleic Acids Res. 1998. — Vol.26. P.3309−10.
  160. Mould D.L. and Thomas, G.J., The enzymic degradation of starch by holotrich protozoa from sheep rumen // Biochem. J. 1958. — Vol.69. P.327−337.
  161. Mountfort D.O., Asher, R.A. Production and regulation of cellulose by two strains of the rumen anaerobic fungus Neocallimastix frontalis // Appl. Environ. Microbiol. 1985, — Vol.49. P.1314−1322.
  162. Mounfort D.O., R.A. Asher. Production of xylanase by the ruminal anaerobic fungus Neocallimastix frontalis // Appl. Environ. Microbiol. 1989. — Vol.55. P. 10 161 022.
  163. Mrazek J., Tepsic K., Avgustin G. and Kopecny J. Diet-depended shifts in ruminal butyrate-producing bacteria // Folia Microbilogica. 2006. — Vol.51. P.294−298.
  164. Muyzer G., Smalla, K. Application of denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and temperature gradient gel electrophoresis (TGGE) in microbial ecology // Antonie Leeuwenhoek. 1998. — Vol.73. P. 127−141.
  165. Nagaraja T.G., and M.B. Taylor. Susceptibility and resistance of ruminal bacteria to antimicrobial feed additives // Appl. Env/. Microbiol. 1987. — Vol.53. P. 1620.
  166. Nagaraja T.G., C.J. Newbold, C.J. Van Nevel, and D.I. Demeyer. Manipulation of ruminal fermentation, in The Rumen Microbial Ecosystem. P.N. Hobson and C.S. Stewart, ed. Chapman and Hall, London, UK. 1997. P.523−632
  167. Nagaraja T.G. and M. M. Chengappa. Liver abscesses in feedlot cattle: A review// J. Anim. Sci. 1998. — Vol.76. P.287−298.
  168. Nagaraja T.G., Titgemeyer E.C. Ruminal acidosia in beef cattle: The current microbiological and nutritional outlook // Journal of Dairy Science. 2007. — Vol.90. P.17−38.
  169. Nannipieri P., J. Ascher, M.T. Ceccherini, L. Landi, G. Pietramellara, G. Renella. Microbial diversity and soil functions // Eur. J. Soil Sci. 2003. — Vol.54. P.655−670.
  170. Newbold C. J., R. J. Wallace, N. D. Watt, and A. J. Richardson. The effect of the novel ionophore tetronasin (IC1 139 603) on ruminal microorganisms // Appl. Environ. Microbiol. 1988. — Vol.54. P.544.
  171. Nicholson M. J., P. N. Evans, and K. N. Joblin. Analysis of Methanogen Diversity in the Rumen Using Temporal Temperature Gradient Gel Electrophoresis: Identification of Uncultured Methanogens // Microb. Ecol. 2007. — Vol.54. P. 141−150.
  172. Nisbet D. J. and S. A. Martin. Effect of dicarboxylic acids and Aspergillus ory-zae fermentation extract on lactate uptake by the ruminal bacterium Selenomonas ru-minantium // Appl. Environ. Microbiol. 1990. — Vol.56. P.3515.
  173. Nisbet D.J. and S.A. Martin. Effect of a Saccharomyces cereuisiae culture on lactate utilization by the ruminal bacterium Selenomonas ruminantium // J. Anim. Sci. 1991.-Vol.69. P.4628.
  174. Nisbet D.J. and S.A. Martin. Effects of fumarate, L-malate and Aspergillus oryzae fermentation extract on D-lactate utilization by the ruminal bacterium Seleno-monas ruminantiurn // Curr. Microbiol. 1993. — Vol.26. P.133.
  175. Nocek J. E. Bovine acidosis: implications on laminitis // J. Dairy Sei. 1997. -Vol.80. P.1005−1028.
  176. Preston T.R., Leng R.A. In Matching ruminant production systems with available resources in the tropics and sub-tropics. Stanthape, Queensland 4380, Australia. 1987. P.21−82.
  177. Ogram A., G.S. Sayler, and T. J. Barkay. DNA extraction and purification from sediments // J. Microbiol. Methods. 1987. — Vol.7. P.57−66.
  178. Olsen G.J., Lane, D.J., Giovannoni S.J. and Pace N.R. Microbial Ecology and Evolution: A Ribosomal RNA Approach // Annual Reviews in Microbiology. 1986. -Vol.40. P.337−365.
  179. Olsen K.N., M. Henriksen, M. Bisgaard, O.L. Nielsen and H. Christensen. Investigation of chicken intestinal bacterial communities by 16S rRNA targeted fluorescence in situ hybridization // Antonie Van Leeuwenhoek. 2008. — Vol.94. P423−437.
  180. Orpin C.G. Isolation of cellulolytic phycomycete fungi from the caecum of the horse// Journal of General Microbiology. 1981. — Vol.123. P.287−296.
  181. Orpin C.G. Studies on the rumen flagellate Neocallimastix frontalis // Journal of General Microbiology. 1975. — Vol.91. P.249−269.
  182. Orpin C.G. Studies on the rumen flagellate Sphaeromonas communis // Journal of General Microbiology. 1976. — Vol.94. P.270.
  183. Orpin C.G. The rumen flagellate Piromyces communis: Its life history and invasion of plant material in rumen // Journal of General Microbiology. 1977. -Vol.99. P.107−117.
  184. Orpin C.G., Joblin, K.N. The Rumen Microbial Ecosystem, 2nd edn. Chapman & Hall, New York, NY. 1997. P. 140−195
  185. Orskov E.R. Manipulation of rumen fermentation for maximum food utilization // World Rev. Nutr. Diet. 1975. — Vol.22. P.153−182.
  186. Osborn A.M. and C.J. Smith. Molecular microbial ecology. Taylor and Francis, New York- Abingdon England. 2005.
  187. Osborn A.M., Moore, E.R.B., and Timmis, K.N. An evaluation of terminal-restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) analysis for the study of microbial community structure and dymanics // Environmental Microbiology. 2000. -Vol.2. № 1. P.39−50.
  188. Owens F.N. Secrist D.S., Hill W J. and Gill D.R. Acidosis in cattle: A review // Journal of Animal Science. 1998. Vol.76. P.275−286.
  189. Pace N.R. A molecular view of microbial diversity and biosphere // Science. -1997.-Vol. 276. P.734−740.
  190. Patterson J. A. Prospects for the establishment of genetically engineered microorganisms in the rumen // Enzyme Microbiol. Technol. 1989. — Vol.11. 187−189.
  191. Pereira M. N., and L. E. Armentano. Partial replacement of forage with nonfo-rage fiber sources in lactating cow diets. II. Digestion and rumen function // J. Dairy Sci. 2000. — Vol.83. P.2876−2887.
  192. Preston T.R. and Leng R.A. Matching Ruminant Production Systems with Available Resources in the Tropics and Sub-Tropics. Pernambul Books, Australia. 1987. P. 245.
  193. Quaiser A., T. Ochsenreiter, H.P. Klenk, A. Kletzin, A.H. Treusch, G. Meurer, J. Eck, C. W. Sensen, and C. Schleper. First insight into the genome of an uncultivated crenarchaeote from soil // Environ. Microbiol. 2002. — Vol.4. P.603−611.
  194. Ricke S.C., S.A. Martin, D.J. Nisbet. Ecology, metabolism, and genetics of ruminal selenomonads // Crit. Rev. Microbiol. 1996. — Vol.22. P.27−65
  195. Roose-Amsaleg C. L., E. Gamier-Sillam and M. Harry. Extraction and purification of microbial DNA from soil and sediment samples // Applied Soil Ecology. -2001.-Vol.18. P.47−60.
  196. Porteous L. A., R. J. Seidler and L. S. Watrud. An improved method for purifying DNA from soil for polymerase chain reaction amplification and molecular ecology applications // Mol. Ecol. 1997. — Vol.6. P.787−791.
  197. Russell J. B., Baldwin R. L. Substrate Preterences in Rumen Bacteria Evidence of Catabolite Regulatory Mechanisms // Applied and Environmental Microbiology. — 1978. — Vol.36. P.319−329.
  198. Russell J.B., Dombrowski D.B. Effect of pH of the Efficiency of Groqth by Pure Cultures of Rumen Bacteria in Continuous Culture // Applied and Environmental Microbiology. 1980.-Vol.39. P.604−610.
  199. Russell J. B., James A., Lawrence M. Ward and Geraldine A. Pratt. Affective Quality Attributed to Environments A Factor Analysis Study // Environment and Behavior. — 1981.-Vol.13. P.259−288.
  200. Russell J. B., Hino T. Regulation of Lactate Production in Streptococcus Bovis- A Spiraling Effect That Contributes of Rumen Acidodis // Journal of Dairy Science.- 1985. Vol.68. P.1712−1721.
  201. Russell J.B., Wilson, D.B. Potential opportunities and problems for genetically altered rumen microorganisms // J. Nutr. 1988. — Vol.118. P.271−279.
  202. Russell J.B. and R.J. Wallace. Energy yielding and consuming reactions. In: P. N. Hobson (Ed.) The Rumen Microbial Ecosystem. Elsevier, Barking, Essex, UK. 1988. P.185.
  203. Russell J.B., H.J. Strobel. Minireview: The effect of ionophores on ruminal fermentation // Appl. Environ. Microbiol. 1989. — Vol.55. P. 1−6.
  204. Russell J.B. and Rychlik J.L. Factors that alter rumen in microbial ecology // Science 2001. — Vol.292. P. 1119−1122.
  205. Schloss P.D. and Handelsman J. Metagenomics for studing unsulturable microorganisms: cutting the Gordian knot // Genome Biology. 2005. — Vol.6.
  206. Schwartz H.M. and Gilchrist, F.M.C. Microbial interaction with the diet and the host animal. The University of New England Publishing Unit, Armidale, Australia. 1974. P.165−179
  207. Scully C., Collins G., and O’Flaherty, V. Assessment of anaerobic wastewater treatment failure using terminal restriction fragment length polymorphism analysis // Journal of Applied Microbiology. 2005. — Vol.99. P.1463−1471.
  208. Selenska S. and W. Klingmuller. Direct detection of nif-gene sequences of Enterobacter agglomerans in soil // FEMS Microbiol. Lett. 1991. — Vol.80. P.243−246.
  209. Sharma R., S.J. John, D.M. Damgaard and T.A. McAllister. Extraction of PCRquality plant and microbial DNA from total rumen contents // BioTechniques. -2003.-Vol.34. P.92−97.
  210. Sharp R., C.J. Ziemer, M.D. Stern and D.A. Stahl. Taxon-specific associations between protozoal and methanogen populations in the rumen and a model rumen system // FEMS Microbiology Ecology. 1998. — Vol.26. P. 71−78.
  211. Simpson J.M., McCracken V.J., White B.A., Gaskins H.R. and Mackie R.I. Application of denaturing gradient gel electrophoresis for the analysis of the porcine gastrointestinal microbiota// J. Microbiol. Methods 1999. Vol.36. P.167−179.
  212. Skillman L. C., Evans, P. N., Strompl C. and Joblin K. N. 16S rDNA directed PCR primers and detection of methanogens in the bovine rumen // Letters in Applied Microbiology. 2006. — Vol.42. P.222−228.
  213. Slyter L.L. Influence of acidosis on rumen function // J. Anim. Sci. 1976. -Vol.43. P.910−92
  214. Smalla K., N. Cresswell, L.C. Mendoncahagler, A. Wolters, and J.D. Vanelsas. Rapid DNA Extraction Protocol from Soil for Polymerase Chain Reaction-Mediated Amplification // Journal of Applied Bacteriology. 1993. — Vol.74. P.78−85.
  215. Smith H.W. The development of the flora of the alimentary tract in young animals // J. Path. Bact. 1965. — Vol.90. P.495−513.
  216. Smith C.J., Danilowicz B.S., Clear A.K., Costello F.J., Wilson, B. and Meijer W.G. T-Align, a web-based tool for comparison of multiple terminal restriction fragment length polymorphism profiles // FEMS Microbiology Ecology. 2005. — Vol.54. P.375−380.
  217. Stackebrandt E., Goebel B.M. Taxonomic note: a place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology // Int. J. Syst. Bacteriol. 1994. — Vol.44. P.846−847.
  218. Stahl D.A., B. Flesher, H.R. Mansfield and L. Montgomery. Use of phyloge-netically based hybridization probes for studies of ruminal microbial ecology // Appl Environ Microbiol. 1988. — Vol.54. № 5. P. 1079−1084.
  219. Steffan R.J., J. Goksoyr, A.K. Bej, and R.M. Atlas. Recovery of DNA from soils and sediments //Appl. Environ. Microbiol. 1988. — Vol.54. P.2908−2915.
  220. Stein J.L., T.L. Marsh, K.Y. Wu, H. Shizuya and E.F. DeLong. Characterization of uncultivated prokaryotes: isolation and analysis of a 40- kilobase-pair genome fragment from a planktonic marine archaeon // J. Bacteriol. 1996. — Vol.178. P.591−599.
  221. Stevens C.E., Sellers, A.F. Rumination. In «Handbook of Physiology». C.F. Code (ed.), Vol. 5, Sect. 6: Alimentary Canal, American Physiology Society. 1968. P.2699−2704.
  222. Stevenson D.M., P.J. Weimer. Dominance of Prevotella and low abundance of classical ruminal bacteria species in the bovine rumen revealed by relative quantification real-time PCR // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2007. — Vol.75. P.165−174.
  223. Stewart C.S., S.H. Duncan and A.J. Richardson. The inhibition of fungal cellu-lolysis by cell-free preparations from ruminococci // FEMS Microbiol. Lett. 1992. -Vol.97. P.83−87.
  224. Stewart C.S., Flynt H.J. and Bryant M.P. The Rumen Bacteria. In The Rumen Microbial Ecocystem. Hobson P. N. and Stewart C. S. (eds). Blackie Academic and Professional, NY, 1997. P.10−71.
  225. Stewart C. S, Fonty G, Gouet P. The establishment of rumen microbial communities // Anim. Feed Sci. Technol. 1988. — Vol.21. P.69−97.
  226. Stewart C. S. and M. P. Bryant. The rumen bacteria. In: P. N. Hobson (Ed.) The Rumen Microbial Ecosystem. Elsevier, Barking, Essex, UK1988. P.21.
  227. Strobel H.J., J.B. Russell. Effect of pH and energy spilling on bacterial protein synthesis by carbohydrate-limited cultures of mixed rumen bacteria // J. Dairy Sci. -1986. Vol.69. P.2941−2947.
  228. Stumm C.K., Gijzen H.J. and Vogels G.D. Association of methanogenic bacteria with ovine rumen ciliates // Br. J. Nutr. 1982 — Vol.47. P.95−99.
  229. Suzuki M.T. and Giovannoni S.J. Bias Caused by Template Annealing in the Amplification of Mixtures of 16S rRNA Genes by PCR // Applied and Environmental Microbiology. 1996. — Vol.62. № 2. P.625−630.
  230. D.M. 2005. Principles and applications of soil microbiology // 2nd ed. Pearson Prentice Hall, Upper Saddle River, N.J.
  231. Tajima K., Aminov R.I., Nagamine T., Ogata K., Nakamura M., Matsui H. and Benno Y. Rumen bacterial diversity as determined by sequence analysis of 16S rDNA libraries // Ferns Microbiology Ecology. 1999. — Vol.29. P. 159−169.
  232. Tajima K., Arai S., Ogata K., Nagamine T., Matsui H. Nakamura M. Rumen bacterial community transition during adaptation to high-grain diet // Anaerobe. -2000. Vol.6. P.273−284
  233. Tajima K., R.I. Aminov, T. Nagamine, H. Matsui, M. Nakamura, and Y. Benno. Diet-dependent shifts in the bacterial population of the rumen revealed with realtime PCR // Appl. Environ. Microbiol. 2001. — Vol.67. № 6. P.2766−2774.
  234. Tajima K et al. Phylogenetic analysis of archaeal 16S rRNA libraries from the rumen suggests the existence of a novel group of archaea not associated with known methanogens // FEMS Microbiol. Lett. 2001. — Vol.200. P.67−72.
  235. Tebbe C. C. and W. Vahjen. Interference of humic acids and DNA extracted directly from soil in detection and transformation of recombinant DNA from bacteria and a yeast // Appl. Environ. Microbiol. 1993. — Vol.59. P.2657−2665.
  236. Thaysen A. The nutritional role of the microflora in the alimentary tract. The microbiological aspect of rumen digestion // Proc. Nutr. Soc. 1946. — Vol.3. P. 195 199.
  237. The rumen anaerobic fungi. In: Orpin CG, Joblin KN, Hobson PN, Stewart CS (eds), The Rumen Microbial Ecosystem, 2nd edn. Chapman and Hall, New York. P.140−195.
  238. Tokura M., I. Chagan, K. Ushida, and Y. Kojima. Phylogenetic study of me-thanogens associated with rumen ciliates // Curr. Microbiol. 1999. — Vol.39. P. 123 128.
  239. Trinci A.P.J., Davies D.R., Gull K., Lawrence M.I., Nielsen B.B., Rickers A., Theodorou M.K. Anaerobic fungi in herbivorous animals // Journal of Mycological Research. 1994. — Vol.98. P. 129−152.
  240. Tringe S. G., von Mering C., Kobayashi A., Salamov A. A., Chen K, Chang H.W. et al. Comparative metagenomics of microbial communities // Science. 2005. Vol.308. P.554−557.
  241. Tsai Y.L., and B.H. Olson. Rapid method for direct extraction of DNA from soil and sediments // Appl. Environ. Microbiol. 1991. — Vol.57. P.1070−1074.
  242. Tsuda T., Sasaki Y. and Kawashima, R. Academic Press. San Diego. 1990. -P.655−680.
  243. Tyson G.W., Chapman J., Hugenholts P., Allen E.E., Ram R.J., Richardson P.M. et al. Community structure and metabolism throught reconstruction of microbial genomes from the environment // Nature. 2004. — Vol.428 P.37−43.
  244. Van Nevel C.J., Demeyer D.I. Manipulation of rumen fermentation. In «The Rumen Microbial Ecosystem». P.N. Hobson (ed.). 1988. P.387−443.
  245. Vaughan E.E., Schut, F., Heilig, G.H.J., Zoetendal, E.G., de Vos, W.M. and Akkermans, A.D.L. A molecular view of the intestinal ecosystem // Curr. Issues Intest. Microbiol. 2000. — Vol.1. P. l-12.
  246. Veira D.M.The role of ciliate protozoa in nutrition of the ruminant //Journal of Animal Science. 1986. — Vol.63. P.1547−1560
  247. Voget S., C. Leggewie, A. Uesbeck, C. Raasch, K. E. Jaeger, and W. R. Streit. Prospecting for novel biocatalysts in a soil metagenome // Appl. Environ. Microbiol. -2003. Vol.69. P.6235−6242.
  248. Wallace R. E., Cheng K. et al. An independend microbial flora of the epithelium and its role in the microbiology in rumen // Nature. 1979. — Vol. 279. № 5712. P.424−426.
  249. Wallace R.J., Cotta, M.A. Metabolism of nitrogen-containing compounds. In «The Rumen Microbial Ecosystem». P.N. Hobson (ed.). 1988.P.217−249.
  250. Wallace R.J. and Newbold, C.J.: Probiotics for ruminants. In: Probiotics, the scientific basis (Ed.: Fuller, R.). Chapman and Hall, London. 1992. P.317−353
  251. Wallace R.J., and C.J. Newbold. Rumen fermentation and its manipulation: the development of yeast cultures as feed additives. In: T. P. Lyons (Ed.) Biotechnology in the Feed Industry. Alltech Technical Publications, Nicholasville, KY. 1993. P. 173.
  252. Wanapat M., O. Pimpa, A. Petlum and C. Wachirapakorn. Participation scheme of small holder dairy farmers in the northeast Thailand on improveing feeding systems Asian-Aus // J. Anim. Sci. 2000. — Vol.13. P.600−604.
  253. J.D., Comde J.B. // J. Agric. Res. 1961. — Vol.12. № 4.
  254. Warner A.C.I., Stacy B.D. Solutes in the rumen of the sheep// J.Exp. Physiol. 1965. — Vol.50. P. 169.
  255. Webster G., C.J. Newbury, J.C. Fry and A.J. Weightman. Assessment of bacterial community structure in the deep sub-seafloor biosphere by 16S rDNAbased techniques: a cautionary tale // J. Microbiol. Methods. 2003.- Vol.55. P.155−164.
  256. Weimer P.J. Why don’t ruminal bacteria digest cellulose faster? // Journal of Dairy Science. 1996.-V.79. P.1496−1502.
  257. Weimer P.J. Manipulating ruminal fermentation: A microbial ecological perspective//J. Anim. Sci. 1998. — Vol.76. P.3114−3122.
  258. Weimer P.J., Waghorn G.C., Odt C.L. and Mertens D.R. Effect of diet on populations of three species of ruminal cellulolytic bacteria in lactating dairy cows // Journal of Dairy Science 1999. — Vol. 82. P. 122−134.
  259. Weimer P.J., J.B. Russell, R.E. Muck. Lessons from the cow: what the ruminant animal can teach us about consolidated bioprocessing of cellulosic biomass // Bioresour. Technol. 2009. — Vol.100. P.5323−5331.
  260. Weller R.A. and Pilgrim A.F. Passage of protozoa and volatile fatty acids from the rumen of the sheep and from a continuous in vitro fermentation system // British Journal of Nutrition. 1974. — Vol.32. P.341−351.
  261. Wells J.E. and J.B. Russell. Why do many ruminal bacteria die and lyse so quickly? // Journal of Dairy Science. 1996. — Vol.79. P.1487−1495.
  262. Whitehead T.R. and M.A. Cotta. Characterization and comparison of microbial populations in swine faeces and manure storage pits by 16S rDNA gene sequence analyses//Anaerobe. 2001.-Vol.7. P. 181−187
  263. Whitford M.F., R.J. Forster, C.E. Beard, J. Gong and R.M. Teather. Phyloge-netic analysis of rumen bacteria by comparative sequence analysis of cloned 16S rRNA genes //Anaerobe. 1998. — Vol.4. № 3. P.153−163.
  264. Whitford M.F., R.M. Teather and R.J. Forster. Phylogenetic analysis of metha-nogens from the bovine rumen // BMC. Microbiol. 2001. Vol.1. P.5.
  265. Williams P.E.V., and C.J. Newbold. Rumen probiosis: the effects of novel microorganisms on rumen fermentation and ruminant productivity. In: W. Haresign and D.J.A. Cole. Recent Advances in Animal Nutrition. 1990. P. 211.
  266. Williams A.G., Coleman G.S. Hemicellulose degrading enzymes in rumen ci-liate protozoa // Curr. Microbiol. 1985. Vol.12. P.85−90.
  267. Williams A.G. and Coleman G.S. The rumen protozoa. In «The Rumen Microbial Ecosystem». P.N. Hobson (ed.). Elsevier Applied. 1988. P.77−128.
  268. Williams A.G., Coleman G.S. The Rumen Protozoa. Springer-Verlag, New York. 1992.
  269. Wintzingerode F.V., Gobel U., Stackebrandt E. Determination of microbial diversity in environmental samples: pitfalls of PCRbased rRNA analysis // FEMS Microbiol. Rev. 1997. -Vol.21. P.213−229.
  270. Wojciechowicz M., Heinrichova K. and Zioleski A. An Exopectate Lyace of Butivibrio Fibriosolvens from Bovine Rumen // Journal of General Microbiology. -1982. Vol.128. P.2661−2665.
  271. Wojciechowicz M. and Ziolecki A. A Note on the Pectinolytic Enzyme of Streptococcus Bovis // Journal of Applied Bacteriology. 1984. — Vol.56. P.515−518.
  272. Wolin M.J. The rumen fermentation: a model for microbial interactions in anaerobic ecosystems //Adv. Microbial. Ecol. 1979. — Vol.3. P.49−77.
  273. Wolin M.J. The rumen fermentation: a model for microbial interactions in anaerobic ecosystems //Adv. Microbial. Ecol. 1979. — Vol.3. P.49−77.
  274. Wolin M.J., Miller T.L. Microbe-microbe interactions. In «The Rumen Microbial Ecosystem». P.N. Hobson (ed.). Elsevier Applied Science. London. 1988. P.343−359,
  275. Wozny M.A., Bryant M.P., Holdeman L.V. and Moore W.E.C. Urease Assay and Urease-Producing Species of Anaerobes in Bovine Rumen and Human Feces // Applied and Environmental Microbiology. 1977. — Vol.33. P.1097−1104.
  276. Wright A. D., A.J. Williams, B. Winder, C.T. Christophersen, S. I, Rodgers, and K.D. Smith. Molecular diversity of rumen methanogens from sheep in Western Australia // Appl. Environ. Microbiol. 2004. — Vol.70. P. 1263−1270.
  277. Wright A.G., A.F. Toovey, C.L. Pimm. Molecular identification of methon-genic archaea from sheep in Queensland, Australia reveal more uncultured novel arc-haea//Anaerobe. 2006,-Vol.12. P.134−139.
  278. Wright A.D., C.H. Auckland, and D.H. Lynn. Molecular diversity of methanogens in feedlot cattle from Ontario and Prince Edward Island, Canada // Appl. Environ. Microbiol. -2007. Vol. 73. P.4206−4210.
  279. Yu I., Hungate R.E. Extracellular Cellulases of Ruminococcus Albus // Annales de Recherches Veterinaires. 1979. — Vol. 10. P.251−254.
  280. Yu Z. and M. Morrison. Comparisons of different hypervariable regions of rrs genes for use in fingerprinting of microbial communities by PCR-denaturing gradient gel electrophoresis // Appl. Environ. Microbiol. 2004. — Vol.70. № 8. P.4800−4806.
  281. Yokoyama M.T., K.A. Johnson. Microbiology of the rumen and intestine, in The Ruminant Animal Digestive Physiology and Nutrition. D.C. Church, ed. Wavel-and Press, Inc., Prospect Heights, IL. 1988. P.145−171
  282. Zhen L. and R.T. Swank. A simple and high yield method for recovering DNA from agarose gels // Biotechniques. 1993. Vol.14. P894−898.
  283. Zhou J., M.A. Bruns, and J.M. Tiedje. DNA recovery from soils of diverse composition// Appl. Environ. Microbiol. 1996. — Vol.62. P316−322.
  284. Zhu X.Y., Zhong, T., Pandya, Y. and Joerger, R.D. 16S rRNA-based analysis of microbiota from the cecum of broiler chickens // Appl. Environ. Microbiol. 2002. -Vol.68. P.124−137.
  285. Zoetendal E.G., Akkermans A.L., Devos W.M. Temperature gradient gel electrophoresis analysis of 16S rRNA from human fecal samples reveals stable and host-specific communities of active bacteria // Appl. Environ. Microbiol. 1998. — Vol.64. P.3854−3859.
  286. Zoetendal E.G., Akkermans, A.D.L., Akkermans van-Vliet, W.M., de Visser, J.A.G.M. and de Vos W.M. The host genotype affects the bacterial community in the human gastrointestinal tract // Microb. Ecol. Health Disease 2001. — Vol.13. P. 129 134.
  287. Zoetendal E.G., C.T. Collier, S. Koike, R.I. Mackie and H.R. Gaskins. Molecular ecological analysis of the gastrointestinal microbiota: A review // Journal of Nutrition. 2004. — Vol.134. P.465−472.
  288. Xu M., F. Wang, J. Meng and X. Xiao. Construction and preliminary analysis of a metagenomic library from a deep-sea sediment of east Pacific Nodule Province // FEMS Microbiol. Ecol. 2007, — Vol.62. P.233−241.
  289. Кроме того, благодарность хотелось бы высказать сотрудникам ГНУ ВИЖа РАСХН, в особенности коллективу отдела кормления сельскохозяйственных животных и технологии кормов (Подольский район Московской области) за ценные советы и неоценимую помощь.
  290. И, наконец, особая благодарность за ценные советы и непосредственное участие в постановке опытов специалистам и руководителям хозяйств Ленинградской, Тверской, Белгородской областей и Краснодарского края, на базе которых были выполнены эксперименты.
Заполнить форму текущей работой

Заказал и сдал!