Структуры хромофоров жёлтого (zFP538) и пурпурного (asFP595) гомологов зелёного флуоресцентного белка (GFP)
В своей совокупности полученные данные позволили установить структуры всех выделенных хромопептидов, некоторые хромофоры структурно охарактеризованы впервые. Установление, на основании полученных данных, структур хромопептидов из zFP538 и asFP595 и, в качестве контроля, из красного флуоресцентного белка DsRed; Направленный мутагенез изучаемых GFP-подобных белков с целью изменения их хромофоров… Читать ещё >
Содержание
- Обзор литературы
- 1. Ковалентные структуры хромофоров цветных гомологов зелёного флуоресцентного белка (GFP) как ключ к происхождению и механизмам эволюции семейства GFPподобных белков
- 1. 1. Введение
- 1. 2. Структуры и свойства GFP и его гомологов. Структуры хромофоров GFP-подобных белков
- 1. 3. Спектральные свойства GFP-подобных белков, выделяемых из них хромопептидов и синтетических модельных хромофоров
- 1. 4. Некоторые свойства iV-ацилиминов
- 1. 5. Фрагментация полипептидных цепей жёлтого и красных гомологов GFP
1.6. Роль отдельных аминокислотных остатков в последовательностях гомологов GFP в формировании их хромофоров и в их спектральных свойствах, выявляемая методами направленного и статистического мутагенеза.
1.7.Структуры хромофоров жёлтого (zFP538) и пурпурного (asFP595) гомологов GFP и возможные механизмы их образования.
1.8.Природные имидазо[1,2-а]пиразины, их синтетические аналоги и вопросы биосинтеза.
1.9.Гипотезы о происхождении и эволюции семейства GFP-подобных белков: проблемы и перспективы.
Структуры хромофоров жёлтого (zFP538) и пурпурного (asFP595) гомологов зелёного флуоресцентного белка (GFP) (реферат, курсовая, диплом, контрольная)
Исследования структур, образующихся в белках в результате посттрансляционных модификаций, остаются одним из важных направлений современной химии белка. Особенный интерес представляют (вероятно, очень древние эволюционно) самопроизвольные/автокаталитические процессы, приводящие к изменению не только и не столько боковых групп аминокислотных остатков, но и топологии основной полипептидной цепи с разрывом химических связей и образованием новых. Наиболее интригующее свойство подобных посттрансляционных модификаций — их спонтанное прохождение без участия ферментов и/или низкомолекулярных соединений. Одним из таких процессов является формирование хромофоров в семействе зелёного флуоресцентного белка (GFP) [Tsien, 1998]. Относительно недавно открытые многочисленные цветные гомологи GFP [Ando et al., 2002; Lukyanov et al., 2000; Matz et al., 1999] демонстрируют богатое разнообразие ковалентных модификаций вблизи общего ядра хромофора GFP-типа и обилие вариаций сходного на начальных этапах механизма образования этой сложной структуры. Исследователю открывается картина непосредственных эволюционных изменений весьма древнего биохимического механизма, по-видимому, уходящего своими корнями к истокам возникновения жизни на нашей планете. Многие процессы и конкретные биохимические реакции в этой группе хромофоров были обнаружены впервые в химии белка и остаются уникальными для этих объектов. Помимо своего общенаучного значения, GFP-подобные белки представляют и большой практический интерес. Применение гомологов GFP в качестве инструментов (например, как репортеров экспрессии генов) в биотехнологических и фундаментальных работах очень широко и общеизвестно [Verkhusha & Lukyanov, 2004; Lukyanov et al., 2005]. Но детальные исследования их хромофоров, несомненно, откроют новые перспективы и для биотехнологии низкомолекулярных метаболитов. Уже почти очевидно, что хромофоры GFP-подобных белков служили в далёком прошлом (вероятно, служат и поныне) предшественниками эндогенных имидазо[1,2-я]пиразинов, пока малоизученного класса соединений, которые, по-видимому, важны для многих биохимических процессов в живых тканях и являются весьма многообещающими фармацевтическими прототипами лекарственных веществ. Одна из наиболее хорошо изученных функций природных имидазо[1,2-а]пиразинов — роль субстратов люциферазных реакций, лежащих в основе биолюминесценции (самосвечения) многих неблизкородственных представителей животного царства. Помимо сугубо фундаментального интереса, биолюминесценция имеет и широчайшее практическое применение при визуализации многих биохимических процессов (как in vitro, так и in vivo), а субстрат люциферазной реакции нужен в качестве химического реактива, удешевление производства которого (биотехнологического взамен сложного химического синтеза) станет возможным вскоре после выяснения деталей его биосинтеза. Исследования структур и механизмов формирования хромофоров GFP-подобных белков совершенно необходимы для скорейшего решения этой важной прикладной задачи.
Представленная работа имела целью установление структур хромофоров и химических основ механизмов их формирования в двух гомологах GFP, жёлтом флуоресцентном белке (zFP538) и пурпурном нефлуоресцентном хромобелке (asFP595) из морских кишечнополостных. В ходе исследования решались следующие задачи:
1) разработка методов препаративной наработки, денатурации и протеолитической деградации исследуемых белков с целью минимального повреждения их нативных хромофоров;
2) разработка методов выделения содержащих хромофоры протеолитических пептидов;
3) препаративная наработка хромопептидов, их всестороннее изучение с привлечением ряда современных физико-химических методов: масс-спектрометрии, спектроскопии ЯМР ('Н и 13С), электронной спектроскопии и аминокислотного анализа;
4) установление, на основании полученных данных, структур хромопептидов из zFP538 и asFP595 и, в качестве контроля, из красного флуоресцентного белка DsRed;
5) установление, с учётом полученной информации о хромопептидах, а также на основании экспериментов с полноразмерными GFP-подобными белками (N-концевое секвенирование, масс-спектрометрические, хроматографические и электрофоретические исследования), точных сайтов самопроизвольной фрагментации полипептидных цепей zFP538 и asFP595 вблизи их хромофоров;
6) направленный мутагенез изучаемых GFP-подобных белков с целью изменения их хромофоров и способности к самопроизвольной фрагментации;
7) выдвижение обоснованных предположений о структурах хромофоров в нативных zFP538 и asFP595 и о возможных механизмах их формирования.
Обзор литературы.
Выводы.
1. Из протеолитических гидролизатов трёх цветных гомологов зелёного флуоресцентного белка (GFP), а именно: жёлтого zFP538, пурпурного asFP595 и красного DsRedвыделено в общей сложности 8 (восемь) разных хромофорсодержащих пептидов (хромопептидов).
2. Выделенные хромопептиды охарактеризованы с помощью ряда физико-химических методов: электронной спектроскопии, аминокислотного анализа, масс-спектрометрии, спектроскопии ЯМР ('Н и 13С).
3. В своей совокупности полученные данные позволили установить структуры всех выделенных хромопептидов, некоторые хромофоры структурно охарактеризованы впервые.
4. Получен ряд точечных мутантов zFP538 и его зелёного гомолога zFP506, изучены их фенотипы.
5. Изучена самопроизвольная фрагментация полипептидных цепей zFP538 и asFP595, картированы точные сайты этих фрагментаций.
6. Впервые установлена структура фрагментированного хромофора красного флуоресцентного белка DsRed и опровергнут альтернативный механизм образования хромофора в пурпурном белке asFP595.
7. Выдвинуты обоснованные предположения о структурах хромофоров нативных zFP538 и asFP595 и возможных механизмах их образования.
Список литературы
- Басюк В.А. Имидазо1,2-а.пиразины. // Успехи химии 1997. Т. 66. С. 207−224 (Basiuk V.A. Imidazo[l, 2-a]pyrasines. // Russ. Chem. Revs. 1997. V. 66. P. 187−204).
- Верхуша B.B., Аковбян H.A., Ефременко E.H., Варфоломеев С. Д., Вржещ П. В. Кинетический анализ созревания и денатурации красного флуоресцентного белка DsRed. // Биохимия 2001. Т. 66. С. 1656−1667.
- Зубова Н.Н., Булавина А. Ю., Савицкий А. П. Спектральные и физикохимические свойства зеленого (GFP) и KpacHoro (drFP583) флуоресцирующих белков. // Успехи биол. химии 2003. Т. 43. С. 163−224.
- Пахомов А.А.,' Мартынова Н. Ю., Гурская Н. Г., Балашова Т. А., Мартынов В. И. Фотопревращение хромофора флуоресцентного белка из Dendronephthya sp. // Биохимия 2004. Т. 69. С. 1108−1117.
- Роберте Дж., Касерио М. Основы органической химии (пер. с англ.). М.: Мир, 1978. Т. 1.С. 488−491.
- Терней А. Современная органическая химия (пер. с англ.). М.: Мир, 1981. Т. 2. С. 15−18.
- Уайт А., Хендлер Ф., Смит Э., Хилл Р., Леман И. Основы биохимии (пер. с англ.). М.: Мир, 1981. Т. 3. С. 1672−1673.
- Янушевич Ю.Г., Булина М. Е., Гурская Н. Г., Савицкий А. П., Лукьянов К. А. Выявление ключевых аминокислотных остатков, определяющих цвет зеленого и желтого флуоресцентных белков из кораллового полипа Zoanthus. // Биоорган, химия 2002. Т. 28. С. 303−307.
- Ananikov V.P. Evaluation of 13С NMR spectra of cyclopropenyl and cyclopropyl acetylenes by theoretical calculations. // Central European Journal of Chemistry (CEJC) 2004. V. 2. P. 196 213.
- Andersen L.H., Lapierre A., Nielsen S.B., Nielsen I.B., Pedersen S.U., Pedersen U.V., Tomita S. Chromophores of the green fluorescent protein studied in the gas phase. // Eur. Phys. J. D 2002. V. 20. P. 597−600.
- Ando R., Наша H., Yamamoto-Hino M., Mizuno H., Miyawaki A. An optical marker based on the UV-induced green-to-red photoconversion of a fluorescent protein. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002. V. 99. P. 12 651−12 656.
- Baird G.S., Zacharias D.A., Tsien R.Y. Biochemistry, mutagenesis, and oligomerization of DsRed, a red fluorescent protein from coral. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000. V. 97. P. 11 984— 11 989.
- Banfield J.E., Brown G.M., Davey F.H., Davies W., Ramsay Т.Н. N-acyl derivatives of aromatic ketimines. //Aust. J. Sci. Res. 1948. Ser. A. V.l. P. 330−342.
- Barondeau D. P., Kassmann C. J., Tainer J. A. and Getzoff E. D. «Understanding GFP Chromophore Biosynthesis: Controlling Backbone Cyclization and Modifying Post-translational Chemistry» //Biochemistry. 2005. V. 44. P. 1960−1966
- Bax A., Griffey R.H., Hawkins B.L. Correlation of proton and nitrogen-15 chemical shifts by multiple quantum NMR. // J. Magn. Reson. 1983. V.55. P. 301−315.
- Bax A., Davis D.G. MLEV-17-based two-dimensional homonuclear magnetization transfer spectroscopy. // J. Magn. Reson. 1985. V. 5. P. 355−366.
- Bax A., Davis D.G. Practical aspects of two-dimensional transverse NOE spectroscopy. // J. Magn. Reson. 1985. V.63. P. 207−213.
- Bax A., Subramanian S. Sensitivity-enhanced two-dimensional heteronuclear shift correlation NMR spectroscopy. // J. Magn. Reson. 1986. V. 67. P. 565−569.1 j -l
- Bax A., Summers M.F. H and С assignments from sensitivity-enhanced detection of heteronuclear multiple-bond connectivity by 2D multiple quantum NMR. // J. Am. Chem. Soc. 1986. V. 108. P. 2093−2094.
- Becke A.D. Density-functional thermochemistry. III. The role of exact exchange. // J. Phys. Chem. 1993. V. 98. P. 5648−5652.
- Bell A.F., He X., Wachter R.M., and Tonge PJ. Probing the ground state structure of the green fluorescent protein chromophore using Raman spectroscopy // Biochemistry. 2000. V. 39. P. 4423−4431.
- Bevis B.J., Glick B.S. Rapidly maturing variants о f the Discosoma red fluorescent protein (DsRed). // Nat. Biotechnol. 2002. V. 20. P. 83−87 .
- Binkley J.S., Pople J.A. Muller-Plesset theory for atomic ground state energies. // Int. J. Quantum Chem. 1975. V. 9. P. 229.
- Bokman S.H., Ward W.W. Renaturation of Aequorea green-fluorescent protein. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1981. V. 101. P. 1372−1380.
- Brejc K., Sixma Т.К., Kitts P.A., Kain, S.R., Tsien R.Y., Ormo M., Remington S.J. Structural basis for dual excitation and photoisomerization of the Aequorea victoria green fluorescent protein. // Proc. Natl Acad.Sci.USA 1997. V. 94. P. 2306−2311.
- Breuer S.W., Bernath Т., Ben-Ishai D. N-benzoyl-benzaldimines and N-R-alkoxybenzyl-benzamides. //Tetrahedron 1967. V. 23. P. 2869−2877.
- Campbell R.E., Tour O., Palmer A.E., Steinbach P.A., Baird G.S., Zacharias D.A., Tsien R.Y. A monomeric red fluorescent protein. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002. V. 99. P. 7877−7882.
- Carugo O. When X-rays modify the protein structure: radiation damage at work. // Trends in Biochemical Sciences. 2005. V. 30. P. 213−219.
- Chalfie M., Tu Y., Euskirchen G., Ward W.W., and Prasher D.C. Green fluorescent protein as a marker for gene expression // Science. 1994. V. 263. P. 802−805.
- Chattoraj M., King B.A., Bublitz G.U., Boxer S.G. Ultra-fast excited state dynamics in green fluorescent protein: Multiple states and proton transfer. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996. V. 93. P. 8362−8367.
- Cody C.W., Prasher D.C., Westler W.M., Prendergast F.G., and Ward W.W. Chemical structure of the hexapeptide chromophore of the Aequorea green-fluorescent protein. // Biochemistry. 1993. V. 32. P. 1212−1218.
- Corbett J.F. Benzoquinone Imines. Part II. Hydrolysis of p-Benzoquinone Monoimine and p-Benzoquinone Di-imine. // J. Chem. Soc.1969 (B). P. 213−216.
- Cubitt A.B., Heim R., Adams S.R., Boyd A.E., Gross L.A., Tsien R.Y. Understanding, improving and using green fluorescent proteins. // Trends Biochem. Sci. 1995. V. 20. P. 448−455.
- Cubitt A.B., Woollenweber L.A., Heim R. Understanding structure-function relationships in the Aequorea victoria green fluorescent protein. // Methods Cell Biol. 1999. V. 58. P. 19−30.
- Darwin Ch. On the origin of species by means of natural selection. London: John Murray, Albemarle Street, 1859. P. 193 (Дарвин Ч. Происхождение видов путём естественного отбора. (пер. с англ.). СПб.: Наука, 1991. С. 160).
- Deng W.P. Site-directed mutagenesis of virtually any plasmid by eliminating a unique site. // Anal. Biochem. 1992. V. 200. P. 81−88.
- Ditchfield R. Self-consistent perturbation theory of diamagnetism. I. A gauge-invariant LCAO method for NMR chemical sifts. //Mol. Phys. 1974. V. 27. P. 789−807.
- Elsliger M.A., Wachter R.M., Hanson G.T., Kallio K., and Remington S.J. Structural and spectral response of green fluorescent protein variants to changes in pH. // Biochemistry, 1999 V 38, P5296−5301.
- Fradkov A.F., Chen Y., Ding L., Barsova E.V., Matz M.V., Lukyanov S.A. Novel fluorescent protein from Discosoma coral and its mutants green fluorescent protein homolog. // FEBS Lett. 2000. V. 479. P. 127−130.
- Frisch M.J., Trucks G.W., Schlegel H.B., Scuseria G.E., Robb M.A., Cheeseman, J. et al. (79 co-authors). Gaussian 03, Revision B.04. Gaussian, Inc., Pittsburgh, PA, 2003.
- Garcia Parajo M.F., Koopman M., van Dijk E.M., Subrumaniam V., van Hulst N.F. The nature of fluorescence emission in the red fluorescent protein DsRed, revealed by single-molecule detection. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001. V. 98. P. 14 392−14 397.
- Gauss J. Effects of electron correlation on the calculation of nuclear magnetic resonance chemical shifts. // J. Phys. Chem. 1993. V. 99. P. 3629−3643.
- Gong Z., Wan H., Tay T.L., Wang H., Chen M., Yan T. Development of transgenic fish for ornamental and bioreactor by strong expression of fluorescent proteins in the skeletal muscle.// Biochem. Biophys. Res. Comm. 2003. V. 308. P. 58−63.
- Gross L.A., Baird G.S., Hoffman R.C., Baldridge K.K., Tsien R.Y. The structure of the chromophore within DsRed, a red fluorescent protein from с oral. //P roc. Natl. Acad. Sci. USA 2000. V. 97. P. 11 990−11 995.
- Gurskaya N.G., Savitsky A.P., Yanushevich Y.G., Lukyanov S.A., Lukyanov K.A. Color transitions in coral’s fluorescent proteins by site-directed mutagenesis. // BMC Biochem. 2001. 2:6.
- Gurskaya N.G., Fradkov A.F., Terskikh A., Matz M.V., Labas Y.A., Martynov V.I., Yanushevich Y.G., Lukyanov K.A., Lukyanov S.A. GFP-like chromoproteins as a source of far-red fluorescent proteins. // FEBS Lett. 2001. V.507. P. 16−20.
- Haddock S.H.D., Rivers T.J., Robison B.H. Can coelenterates make coelenterazine? Dietary requirement for luciferin in cnidarian bioluminescence. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001. V. 98. P. 11 148−11 151.
- Hariharan P.C., Pople J.A. The effect of d-functions on molecular orbital energies for hydrocarbons. // Chem. Phys. Lett. 1972. V. 16. P. 217−219.
- He X., Bell A.F., Tonge P.J. Synthesis and spectroscopic studies of model red fluorescent protein chromophores. // Org. Lett. 2002. V. 4. P. 1523−1526.
- He, X., Bell, A. F., and Tonge, P. J. Ground-state isomerization of a model green fluorescent protein chromophore. // FEBS Lett. 2003. V. 549. P. 35−38
- Heim R., Prasher D.C., Tsien R.Y. Wavelength mutations and posttranslational autoxidation of green fluorescent protein. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1994. V. 91. P. 12 501−12 504.
- Heng Suen Y., Kagan H.B. Iminomagnesiens. III. Proprietes d’acylimines et acylenamines. // Bull. Soc. Chim. Fr. 1965. V. 5. P. 1460−1463.
- Hopf M., Gohring W., Ries A., Timpl R., Hohenester E. Crystal structure and mutational analysis of a perlecan-binding fragment of nidogen-1. // Nat. Struct. Biol. 2001. V. 8. P. 634−640.
- Kiernan J.A. Histological and histochemical methods: Theory and practice. // 1999. Butterworth Heinemann, Oxford, London, UK. Ed.3.
- Kishi Y., Goto Т., Hirata Y. Cypridina bioluminescence. I. Structure of Cypridina luciferin. // Tetrahedron Lett. 1966. P. 3427−3436
- Krishnan R., Frisch M.J., Pople J.A. Contribution of triple substitutions to the electron correlation energy in fourth order perturbation theory. // J. Chem. Phys. 1980. V. 72. P. 4244.
- Mackie G. O. Defensive strategies in planktonic coelenterates. // Mar. Fresh Behav. Physiol. 1995. V. 26 P. 119−129.
- Malassa V.I., Matthies D. Lineare N-Acylimine eine eigenstandige Verbindungklasse? I. N-Acyl-aldimine. //Chem.-Z. 1987. V. 111. P. 181−185.
- Malassa V.I., Matthies D.- Lineare N-Acylimine eine eigenstandige Verbindungklasse? II. N-Acyl-ketimine. // Chem.-Z. 1987. V. 111. P. 253−261.
- Martynov V.I., Maksimov B.I., Martynova N.Y., Pakhomov A.A., Gurskaya N.G., Lukyanov S.A. A purple-blue chromoprotein from Goniopora tenuidens belongs to the DsRed subfamily of GFP-like proteins. // J. Biol. Chem. 2003. V. 278. P. 46 288−46 292.
- Matz M.V., Fradkov A.F., Labas Y.A., Savitsky A.P., Zaraisky A.G., Markelov M.L., Lukyanov S.A. Fluorescent proteins from nonbioluminescent Anthozoa species. // Nat. Biotechnol. 1999. V. 17. P. 969−973.
- McCapra F., Roth M. Cyclisation of a dehydropeptide derivative: a model for Cypridina luciferin biosynthesis. // J. Chem. Soc., Chem. Comm. 1972. P. 894−895.
- McCapra F., Manning M.J. Bioluminescence of coelenterates: Chemiluminescent model compounds. // J. Chem. Soc., Chem. Comm. 1973. P. 467−468.
- Mizuno H., Sawano A., Eli P., Hama H., and Miyawaki A. Red fluorescent protein from Discosoma as a fusion tag and a partner for fluorescence resonance energy transfer. // Biochemistry. 2001. V. 40. P. 2502−2510.
- Mizuno H., Mai Т.К., Tong K.I., Ando R., Furuta Т., Ikura M., Miyawaki A. Photo-induced peptide cleavage in the green-to-red conversion of a fluorescent protein. // Mol. Cell. 2003. V. 12. P. 1051−1058.
- Nienhaus К., Nienhaus G.U., Wiedenmann J., Nar H. Structural basis for photo-induced protein cleavage and green-to-red conversion of fluorescent protein EosFP. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005. V. 102. P. 9156−9159.
- Niwa M., Inouye S., Hirano Т., Matsuno Т., Kojima S., KubotaM., Ohashi M., Tsuji F, 1. Chemical nature of the light emitter of the Aequorea green fluorescent protein. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996. V. 93. P. 13 617−13 622.
- Ormo M., Cubitt A.B., Kallio K., Gross L.A., Tsien R.Y., Remington S.J. Crystal structure of the Aequorea victoria green fluorescent protein. // Science 1996. V. 273. P. 1392−1395.
- Petersen J., Wilmann P.G., Beddoe Т., Oakley A.J., Devenish R.J., Prescott M., Rossjohn J. The 2.0 A crystal structure of eqFP611, a far-red fluorescent protein from the sea anemone Entacmaea quadricolor. // J. Biol. Chem. 2003. V. 278. P. 44 626−44 631.
- Piotto M., Saudek V., Sklenar V. Gradient-tailored excitation for single-quantum NMR spectroscopy of aqueous solutions. // J. Biomol. NMR 1992. V. 2. P. 661−665.
- Prasher D.C., Eckenrode V.K., Ward W.W., Prendergast F.G., and Cormier M.J. Primary structure of the Aequorea victoria green fluorescent protein // Gene. 1992. V. 111. P. 229−233.
- Prescott M., Ling M., Beddoe Т., Oakley A.J., Dove S. The 2.2 A crystal structure of a pocilloporin pigment reveals a nonplanar chromophore conformation. // Structure (Camb.) 2003. V. 11. P. 275−284.
- Quillin M.L., Anstrom D.M., Shu X., O’Leary S., Kallio K., Chudakov D.M., Remington S.J. Kindling fluorescent protein from Anemonia sulcata: Dark-state structure atl.38 A resolution. // Biochemistry 2005. V. 44. P. 5774−5787.
- Ranee M., Sorensen O.W., Bodenhausen G., Wagner C., Ernst R.R., Wuthrich K. Improved spectral resolution in COSY 1 H NMR spectra of proteins via double quantum filtering. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1983. V. 117. P. 479−485.
- Reeves R.L. (Patai, S. ed.) Formation of carbon-nitrogen double bonds In: The chemistry of the carbonyl group // Interscience Publishers, 1966. V. 1. Chapter 7. P. 600−614.
- Reid B.G., Flynn G.C. Chromophore formation in green fluorescent protein. // Biochemistry 1997. V. 36. P. 6786−6791.
- Remington S.J. Negotiating the speed bumps to fluorescence. // Nat. Biotechnol. 2002. V. 20. P. 28−29.
- Remington S J., W achter R .M., Y arbrough D .К., В ranchaud ВAnderson D.C., Kallio K., Lukyanov K.A. zFP538, a yellow-fluorescent protein from Zoanthus, contains a novel three-ring chromophore. // Biochemistry 2005. V. 44. P. 202−212.
- Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1977. V. 74. P. 5463−5467.
- Shaner N.C., Campbell R.E., Steinbach P.A., Giepmans B.N., Palmer A.E., Tsien R.Y. Improved monomeric red, orange and yellow fluorescent proteins derived from Discosoma sp. red fluorescent protein. // Nat. Biotechnol. 2004. V. 22. P. 1567−1572.
- Shimomura O., Johnson F.H., Saiga Y.J. Extraction, purification, and properties of aequorin, a bioluminescent protein from luminous hydromedusan, Aequorea. II Cell. Сотр. Physiol. 1962. V. 59. P. 223−239.
- Shimomura O., Johnson F.H. Peroxidized coelenterazine, the active group in the photoprotein aequorin. //Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1978. V. 75. P. 2611−2615.
- Shimomura O. Structure of the chromophore of Aequorea green fluorescent protein. // FEBS Lett. 1979. V. 104. P. 220−222.
- Shimomura O. A short story of aequorin. // Biol. Bull. 1995. V. 189. P. 1−5.
- Smith P.A.S. The Chemistry of Open-Chain Organic Nitrogen Compounds // New York- Amsterdam: W.A.Benjamin Inc., 1965.
- Sollenberger P.Y., Martin R.B. Carbon-nitrogen and nitrogen-nitrogen double bond condensation reactions. In: The chemistry of the amino group (S.Patai, ed.) // Interscience Publishers. 1968. Chapter 7. P. 349−406.
- States D.J., Habercorn R.A., Ruben D.J. 2D NOE with pure absorption phase in four quadrants. // J. Magn. Reson. 1982. V. 48. P. 286−292.
- Terskikh A., Fradkov A., Ermakova G., Zaraisky A., Tan P., Kajava A.V., Zhao X., Lukyanov S., Matz M., Kim S., Weissman I., and Siebert P. Fluorescent timer: protein that changes color with time.// Science. 2000. V. 290. P. 1585−1588.
- Thornton J.W. Resurrecting ancient genes: experimental analysis of extinct molecules. // Nat. Revs. Genet. 2004. V. 5. P. 366−375.
- Tsien R.Y. The green fluorescent protein. // Annu. Rev. Biochem. 1998. V. 67. P. 509−544.
- Verkhusha V.V., Lukyanov K.A. The molecular properties and applications of Anthozoa fluorescent proteins and chromoproteins. // Nat. Biotechnol. 2004. V. 22. P. 289−296.
- Vincent F., Lobel D., Brown K., Spinelli S., Grote PBreer H., Сambillau С., Tegoni M. Crystal structure of aphrodisin, a sex pheromone from female hamster. // J. Mol. Biol. 2001. V. 305. P. 459−469.
- Wall M.A., Sokolich M., Ranganathan R. The structural basis for red fluorescence in the tetrameric GFP homolog DsRed // Nat. Struct. Biol. 2000. V. 7. P. 1133−1138.
- Ward, W.W., Cody, C.W., Hart, R.C., and Cormier, M.J. Spectrophotometric identity of the energy-transfer chromophores in Renilla and Aequorea green-fluorescent proteins. 0 Photochem. Photobiol. 1980. V. 31. P. 611−615.
- Ward W.W., Bokman S.H. Reversible denaturation of Aequorea green-fluorescent protein: physical separation and characterization of the renatured protein. // Biochemistry 1982. V. 21. P. 4535−4540.
- Ward W.W., Chalfie M. A bioluminescent indicator for gene expression and detection of mutagenesis b ased upon the expression о f a gene for a modified green fluorescent protein: U.S. Patent 5 741 668 // April 21, 1998.
- Wachter R.M., Elsliger M.A., Kallio K., Hanson G.T., Remington S.J. Structural basis of spectral shifts in the yellow-emission variants of green fluorescent protein. // Structure 1998. V. 6. P. 1267−1277.
- Weinreb S.M., Scola P.M. N-Acyl Imines and Related Heterodienes in 4+2. Cycloaddition Reactions. // Chem. Rev. 1989. V. 89. P. 1525−1534.
- Wiedenmann J., Ivanchenko S., Oswald F., Schmitt F., Rocker C., Salih A., Spindler K.D., Nienhaus G.U. EosFP, a fluorescent marker protein with UV-inducible green-to-red fluorescence conversion.//Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004. V. 101. P. 15 905−15 910.
- Wiehler J., von Hummel J., and Steipe B. Mutants of Discosoma red fluorescent protein with a GFP-like chromophore. // FEBS Lett. 2001. V. 487. P. 384−389
- Wishart D.S., Bigam C.G., Yao J., Abildgaard F., Dyson H.J., Oldfeld E., Markley J.L., Sykes B.D. 'H, 13C, and 15N chemical shift referencing in biomolecular NMR. // J.Biomol. NMR 1995. V. 6. P. 135−140.
- Wolinski K., Hinton J.F., Pulay P. Efficient implementation of the gauge-independent atomic orbital method for NMR chemical shift calculations. // J. Am. Chem. Soc. 1990. V. 112. P. 82 518 260.
- Wuthrich, K. NMR of Proteins and Nucleic Acids // John Wiley Sons, New York. 1986.
- Yampolsky I.V., Remington J., Martynov V.I., Potapov V.K., Lukyanov S., Lukyanov K.A. Synthesis and properties of the chromophore of the asFP595 chromoprotein from Anemonia sulcata. //Biochemistry 2005. V. 44. P. 5788−5793.
- Yang, F., Moss, L., and Phillips G. The molecular structure of green fluoresce nt protein. // Nat. Biotechnol. 1996 V.14. P. 1246−1251.
- Yanushevich Y.G., Staroverov D.B., Savitsky A.P., Fradkov A.F., Gurskaya N.G., Bulina M.E., Lukyanov K.A., Lukyanov S.A. A strategy for the generation of non-aggregating mutants of Anthozoa fluorescent proteins. // FEBS Lett. 2002. V. 511. P. 11−14.
- Yarbrough D., Wachter R.M., Kallio K., Matz M.V., Remington S.J. Refined crystal structure of DsRed, a red fluorescent protein from coral, at 2.0-A resolution. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001. V. 98. P. 462−467.