Аннотация геномов. 
Биоинформационные технологии

В контексте геномики аннотация — процесс маркировки генов и других объектов в последовательности ДНК.

Первая программная система аннотации геномов была создана в 1995 году Оуэном Уайтом (англ. Owen White), который работал в команде Института Геномных Исследований (англ. The Institute for Genomic Research). Он секвенировал и проанализировал первый декодированный геном свободноживущего организма бактерии Haemophilus influenzae.

Доктор Уайт построил систему для нахождения генов (участок ДНК, задающий последовательность определённого полипептида, либо функциональной РНК), тРНК и других объектов ДНК. Он сделал первые обозначения функций этих генов.

Большинство современных систем анотиции генома работают сходным образом, но такие программы доступные для анализа геномной ДНК, как GeneMark, используются для нахождения генов, кодирующих белок в Haemophilus influenzae, постоянно меняются и совершенствуются.

Вычислительная эволюционная биология

Эволюционная биология исследует происхождение и появление видов, также как их развитие с течением времени. Информатика помогает эволюционным биологам в нескольких аспектах:

• · изучать эволюцию большого числа организмов, измеряя изменения в их ДНК, а не только в строении или физиологии;
• · сравнивать целые геномы, что позволяет изучать более комплексные эволюционные события, такие как: дупликация генов, горизонтальный перенос генов, и предсказывать бактериальные специализирующие факторы;
• · строить компьютерные модели популяций, чтобы предсказать поведение системы во времени;
• · отслеживать появление публикаций, содержащих информацию о большом количестве видов.

Область в компьютерных науках, которая использует генетические алгоритмы, часто путают с компьютерной эволюционной биологией, но две эти области не обязательно связаны. Работа в этой области использует специализированное программное обеспечение для улучшения алгоритмов и вычислений и основывается на эволюционных принципах, таких, как репликация, диверсификация через рекомбинацию или мутации, и выживании в естественном отборе.