Высокоповторяющаяся последовательность FCP из генома зяблика: Структура, локализация и особенности функционирования в половых и соматических клетках
Используя молекулярно-цитологические методы исследования, мы доказали, что белковые тела, которые формируются на ламповых щетках зяблика и принимают участие в образовании кариосферы, не гомологичны никаким известным внутриядерным структурам и маркируют центромерные районы всех хромосом. Высказывается предположение, что сателлитная последовательность FCP ответственна за формирование белковых тел… Читать ещё >
Содержание
- Глава I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 9 1−1. Высокоповторяющиеся ДНК в геноме эукариот
- 1. 1. 1. Типы повторяющихся последовательностей
- 1. 1. 2. Сателлитные ДНК в геноме эукариот
- 1. 1. 3. Организация центромерного гетерохроматина 13 1.2. Организация генома птиц
- 1. 2. 1. Особенности кариотипа птиц
- 1. 2. 2. Особенности структуры и поведения хромосом в оогенезе птиц
- 1. 2. 3. Хромосомы птиц в фазе ламповых щеток
- 1. 2. 4. Белковые тела на ламповых щетках птиц и формирование кариосферы
- Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
- 2. 1. Материал исследования
- 2. 2. Методы исследования
- 2. 2. 1. Выделение геномной ДНК
- 2. 2. 2. Гибридизация на мембранах
- 2. 2. 3. Секвенирование
- 2. 2. 4. Компьютерный анализ первичной последовательности
- 2. 2. 5. Получение препаратов метафазных хромосом
- 2. 2. 6. Приготовление препаратов хромосом типа ламповых щеток
- 2. 2. 7. Окрашивание митотических хромосом нуклеотид-специфичными флуорохромами
- 2. 2. 8. Иммуноцитохимия
- 2. 2. 9. Мечение ДНК на препаратах митотических хромосом
- 2. 2. 9. 1. Ник-трансляция in situ
- 2. 2. 9. 2. Олигомечение in situ со случайными праймерами
- 2. 2. 10. Флуоресцентная гибридизация in situ (FISH)
- 2. 2. 11. Олигомечение in situ со специфичными праймерами (PRINS)
- 2. 2. 12. Микродиссекция фрагментов хромосом
- 2. 2. 13. ПЦР-анализ изолированных фрагментов хромосом
- 2. 2. 14. Флуоресцентная микроскопия
- 3. 1. Исследование структуры последовательности 47 FCP из генома зяблика
- 3. 1. 1. Анализ геномной организации FCP методом 47 гибридизации по Саузерну
- 3. 1. 2. Оценка содержания FCP в геноме
- 3. 1. 3. Структура первичной последовательности FCP
- 3. 2. Локализация FCP на хромосомах зяблика
- 3. 2. 1. Особенности кариотипа зяблика
- 3. 2. 1. 1. Межхромосомные соединения
- 3. 2. 1. 2. Локализация повторяющейся последовательности FCP на митотических хромосомах
- 3. 2. 2. Исследование FCP на ламповых щетках зяблика
- 3. 2. 2. 1. Особенности хромосом типа ламповых щеток зяблика
- 3. 2. 2. 2. Локализация FCP на хромосомах типа ламповых щеток
- 3. 2. 1. Особенности кариотипа зяблика
- 4. 1. Молекулярно-генетические характеристики FCP
- 4. 2. Функциональные характеристики FCP
- 4. 2. 1. Транскрипция FCP в оогенезе на стадии ламповых щеток
- 4. 2. 2. Участие FCP в пространственной организации хромосом
- 4. 2. 2. 1. Пространственная организация хромосом в соматических клетках
- 4. 2. 2. 2. Пространственная организация хромосом в растущих ооцитах
Высокоповторяющаяся последовательность FCP из генома зяблика: Структура, локализация и особенности функционирования в половых и соматических клетках (реферат, курсовая, диплом, контрольная)
Повторяющиеся последовательности ДНК, различающиеся по нуклеотидному составу, степени повторяемости и особенностям распределения в геноме, — характерная черта эукариот. Несмотря на более чем 30-летний период их исследования, многие вопросы, связанные с возникновением, эволюцией и, особенно, функциональным значением высокоповторяющихся ДНК, до сих пор остаются открытыми. Более того, сохраняется представление о том, что некоторые повторы вообще не выполняют никаких определенных функций.
В хромосомах эукариот наибольшая концентрация высокоповторяющихся последовательностей наблюдается в гетерохроматиновых блоках центромерных и теломерных районов. Локализованные здесь большие кластеры тандемных повторов относят к так называемым сателлитным последовательностям (Восток, Самнер, 1981). Структура и функции сателлитной ДНК — одна из разрабатываемых проблем современной молекулярной биологии клетки.
Результаты структурно-молекулярного анализа сателлитных последовательностей и их локализации на разных стадиях клеточного цикла дают основание говорить об участии некоторых из них в пространственной организации генома (Masumoto et al., 1989; Zalensky, 1998; De Bruin et al., 2000; Донев, Джонджуров, 2000). Проблема взаимного расположения хромосом в клеточном ядре впервые была затронута в работах Рабла (Rabl, 1885) и Бовери (Boveri, 1888). С тех пор она поднималась неоднократно, в том числе в связи с описанием межхромосомных соединений (Takayama, 1975, 1976; Chiarelli et al., 1977; Avivi, Feldman, 1980; Hilliker, Appels, 1989) и обнаружением того факта, что митотические хромосомы формируют розетки, в которых центромерные районы расположены внутри (Nagele et al., 1995, 1998; Slijepcevic et al., 1997; Klein et al., 1998; Allison, Nestor, 1999; Jin et al.,.
2000). В настоящее время, исследования структуры и функции высокоповторяющихся последовательностей тесно переплетаются с морфологическими исследованиями поведения и пространственной организации хромосом во время клеточного цикла (Zalensky, 1998; Донев, Джонджуров, 2000), т. е. наблюдается комплексный подход к проблемам структуры и организации эукариотического генома на разных этапах клеточного цикла как в соматических, так и в половых клетках.
Тогда как сателлитные ДНК, локализованные в центромерном гетерохроматине, достаточно хорошо изучены у представителей млекопитающих (например, у человека, мыши, коровы), информация о центромерных повторах из геномов птиц ограничена всего несколькими статьями (Longmire et al., 1988; Chen et al., 1989; Madsen et al., 1994; Solovei et al., 1996).
Целью настоящего исследования было изучение структурной и функциональной организации высокоповторяющихся последовательностей у птиц. Для детального исследования была выбрана сателлитная последовательность FCP (Fringilla coelebs Pstl элемент), выделенная из генома зяблика.
В конкретные задачи исследования входило:
1. Исследование геномной организации FCP методами дот-блот гибридизации, гибридизации по Саузерну и прямого геномного секвенирования.
2. Определение первичной последовательности FCP и ее анализ с использованием соответствующих компьютерных программ и ресурсов ИНТЕРНЕТа.
3. Локализация FCP на метафазных хромосомах зяблика методами FISH hPRINS.
4. Локализация FCP на хромосомах типа ламповых щеток из растущих ооцитов зяблика методами FISH и PRINS.
5. Исследование колокализации FCP и белковых тел на ламповых щетках с использованием методов микродиссекции и ПЦР со специфичными для FCP праймерами.
6. Исследование транскрипции FCP на ламповых щетках зяблика с использованием FISH по протоколу ДНК-РНК гибридизации и иммуноцитохимического окрашивания РНК-полимеразы II.
В результате проведенного исследования описано новое семейство высокоповторяющихся центромерных последовательностей у птиц. Изучен первый тандемный повтор, клонированный из генома Fringilla coelebs L. (Aves: Passeriformes). Для определения консенсусной последовательности FCP применен метод прямого геномного секвенирования, разработанный для исследования полных бактериальных геномов (Slesarev et al., 2001).
Методами молекулярной цитогенетики и иммуноцитохимии показано присутствие ДНК в межхромосомных нитях, наблюдаемых на препаратах митотических хромосом зяблика. Присутствие последовательности FCP в составе межцентромерных соединениях показано методами флуоресцентной гибридизации in situ (FISH) и олигомечения in situ (PRINS) с использованием специфичных праймеров.
Используя молекулярно-цитологические методы исследования, мы доказали, что белковые тела, которые формируются на ламповых щетках зяблика и принимают участие в образовании кариосферы, не гомологичны никаким известным внутриядерным структурам и маркируют центромерные районы всех хромосом. Высказывается предположение, что сателлитная последовательность FCP ответственна за формирование белковых тел на стадии ламповых щеток и что специфическая функция центромерного гетерохроматина в оогенезе зяблика проявляется в формировании белковых тел и кариосферы.
ВЫВОДЫ.
1. Сателлитная последовательность FCP, выделенная из генома зяблика (Fringilla coelebs L., Aves: Passeriformes), представляет новое семейство высоких повторов.
2. Последовательность FCP составляет 0,9% генома зяблика и организована в кластеры тандемно повторяющихся элементарных единиц размером 505 п. н., степень гомологии между которыми не менее 99% (5 SNP).
3. Последовательность FCP локализована в центромерных районах всех хромосом зяблика. Кроме того, она присутствует в межцентромерных нитях, соединяющих негомологичные хромосомы на препаратах метафазных пластинок.
4. Сайты локализации последовательности FCP совпадают с районами формирования белковых тел на хромосомах в стадии ламповых щеток. Таким образом, центромерные районы ламповых щеток зяблика маркированы белковыми телами.
5. Центромерный сателлит FCP транскрибируется в ооцитах зяблика на стадии ламповых щеток. Каждый мономер FCP содержит набор консервативных элементов, характерных для промотора без ТАТА-бокса.
6. FCP является функционально значимым сателлитом, участвующим в пространственной организации хромосом в ядрах соматических и половых клеток.
Список литературы
- Беридзе Т.Г. Сателлитные ДНК. М.: Наука. 1982. 120 с.
- Восток К., Самнер Э. Хромосома эукариотической клетки. М: Мир. 1981. 600 с.
- Гагинская Е.Р. Ядерные структуры в ооцитах половозрелых птиц. I. Поведение хромосом в период цитоплазматического роста ооцита // Цитология. 1972. Т. 14. С.426−432.
- Гагинская Е.Р. Функциональная морфология хромосом в оогенезе птиц //Канд.дисс. Л. 1989.
- Гагинская Е.Р. Хромосомы-ламповые щетки из ооцитов амфибий // Цитология. 1989. Т.31. С.1267−1291.
- Гагинская Е.Р., Цветков А. Г. Электронно-микроскопическое исследование структуры хроматина в диспергированных хромосомах типа ламповых ламповых щеток курицы // Цитология. 1988. Т.ЗО. С.142−150.
- Гагинская Е.Р., Грузова М. Н. Особенности оогенеза зяблика // Цитология. 1969. Т.П. С. 1241−1251.
- Гагинская Е.Р., Чинь X. Особенности оогенеза цыпленка. II. Фолликулярный период в развитии ооцитов // Онтогенез. 1980. Т.П. С.213−221.
- Глазко Г. В., Рогозин И. Б., Глазков М. В. Компьютерное предсказание участков взаимодействия фрагментов ДНК с различными элементами ядерного матрикса // Молекуляр. биология. 2000. Т. 34. № 1.С. 5−10.
- Глазков М.В. Компактизация хромосомных локусов генов эукариот: триплексные структуры ДНК (модель) // Молекуляр. биология. 1999. Т.ЗЗ. № 4. С.581−585.
- Донев P.M., Джонджуров Л. П. Прочно связанная с матриксом ДНК вероятно играет важную роль в организации центромер хромосом // Молекулярная биология. 2000. Т.34. № 1. С. 137−142.
- Евтеев А.В., Андреева Т. Ф., Гагинская Е. Р. Анализ транскрипции субтеломерной повторяющейся последовательности CNM в микробивалентах курицы в оогенезе // Цитология. 2000. Т.42. № 3. С.278−279.
- Калинина Е.И., Гагинская Е. Р. Прелептотенная стадия в оогенезе домашней курицы II Цитология. 1980. Т.22. С.899−906.
- Калинина Е.И., Гагинская Е. Р. Авторадиографическое и цитофотометрическое исследование синтеза ДНК в ооцитах домашней курицы на прелептотенной стадии профазы мейоза // Цитология. 1983. Т.25. С. 1370−1377.
- Калинина Е.И. Электронно-микроскопическое исследование ядер ооцитов прелептотенной стадии профазы мейоза у курицы // Цитология. 1986. Т.28. С.1061−1067.
- Кропотова Е.В. Исследование хромосом типа ламповых щеток из ооцитов птиц // Дисс. канд. биол. наук. 1984. 202 с.
- Кропотова Е.В., Гагинская Е. Р. Хромосомы типа ламповых щеток из ооцитов японского перепела. Данные световой и электронной микроскопии//Цитология. 1984. Т.26. С.1008−1015.
- Кузнецова Т.В., Логинова Ю. А., Чиряева О. Г., Пендина А. А., Баранов B.C. Цитогенетические методы // Медицинские лабораторные технологи (под ред. Карпищенко А.И.). Т.2. 1999. СПб: Интермедика. С.550−578.
- Макгрегор Г., Варли Дж. Методы работы с хромосомами животных. М.: Мир. 1986. 272 с.
- Мосолов А.Н. Гипотеза объединения эукариотических хромосом в центромерное кольцо на всех стадиях клеточного цикла // Доклады АН СССР. 1973. Т.212, С.483−484.
- Мякошина Ю.А., Родионов А. В. Мейотические хромосомы индейки Meleagris galloparo (Galliformes: Meleagrididae) на стадии хромосом- ламповых щеток// Генетика. 1994. Т.30. С.649−656.
- Орлов В.Н., Булатова Н. Ш. Сравнительная генетика и кариосистематика млекопитающих. М.: Наука, 1983. 405 с.
- Паткин ЕЛ., Гайцхоки B.C. Сателлитные ДНК и болезни -возможные механизмы нестабильности минисателлитов // Генетика. 2000. Т. 36. № 9. С. 1189−1194.
- Писарчик А.В., Картель Н. А. Простые повторяющиеся последовательности и экспрессия генов // Молекулярная биология. 2000. Т.34.№ 3. С. 357−362.
- Прохорчук А.В., Рузов А. С. Метилирование генома и его роль в функционировании эукариотического организма // Генетика. 2000. Т.36. № 11. С.1475−1486.
- Родионов А.В. QFH-исчерченность и распределение ДНК в макрохромосомах курицы Gallus domesticus // Цитология. 1984. Т.26. С.537−542.
- Родионов А.В. Micro vs. macro: структурно-функциональная организация микро- и макрохромосом птиц И Генетика. 1996. Т.32. № 5. С.597−608.
- Родионов А.В. Эволюция хромосом и групп сцепления у птиц // Генетика. 1997. Т.ЗЗ. № 6. С.725−738.
- Родионов А.В. ГЦ-богатые хромомицин-позитивные (CMA-DA)-блоки в кариотипах кур (Gallus gallus domesticus): идеограмма и внутривидовая изменчивость рисунка//Генетика. 1998. Т.34. № 9. С.1−5.
- Родионов А.В., Челышева JI.A, Кропотова Е. В., Гагинская Е. Р. Гетерохроматиновые районы хромосом курицы и японского перепела в митозе и на стадии ламповых щеток // Цитология. 1989. Т.31. С.867−873.
- Свидченко А.И. Соматические ассоциации хромосом // Цитология и генетика. 1975. Т.5. С.464−470.
- Сингер М., Берг П. Гены и геномы. Т. 2. М: Мир. 1998. 392 с.
- Соловей И.В., Хутинаева М. А., Челышева JI.A. Идентификация и строение полового бивалента у птиц на стадии ламповых щеток // Цитология. 1990. Т.32. № 8. С.816−824.
- Хутинаева М.А., Кропотова Е. В., Гагинская Е. Р. Особенности морфофункциональной организации хромосом типа ламповых щеток из ооцитов сизого голубя // Цитология. 1989. Т.31. С.1185−1192.
- Хутинаева М. А. Функциональная морфология хромосом ламповых щеток из ооцитов сизого голубя // Канд. дисс. J1. 1990
- Цветков А.Г., Гагинская Е. Р. Ядерный матрикс ооцитов зяблика // Цитология. 1983. Т.25. С.649−654.
- Челышева JI.A., Соловей И. В., Родионов А. В., Яковлев А. Ф., Гагинская Е. Р. Хромосомы ламповые щетки курицы. Цитологические карты макробивалентов // Цитология. 1990. Т.32. С.303−316.
- Чиряева О.Г. Исследование цитохимической неоднородности митотических хромосом крупного рогатого скота (Bos taurus L.) и проблема их идентификации: дис. канд.. биол. наук. JI.: ВНИИРГЖ, ЛГУ, 1988. 160с.
- Яковлев А.Ф., Трофимова Л. В. Изменение числа микрохромосом в процессе спирализации макрохромосом у Gallus domesticus // Генетика. 1977. Т.13. № 5. С.806−810.
- Ahmad M.S. Development, structure and composition of lampbrush chromosomes in domestic fowl // Canad. J. Genet. Cytol. 1970. V.12. P.728−737.
- Allison D.C., Nestor A.L. Evidence for a relatively random array of human chromosomes on the mitotic ring // J. Cell Biol. 1999. У.145. P. l-14.
- Andrade L.E., Tan E.M., Chan E.K. Immunocytochemical analysis of the coiled body in the cell cycle and during cell proliferation // Proc Natl Acad Sci USA. 1993. V.90. P. 1947−1951.
- Arrighi F.E., Hsu T.S. Staining constitutive heterochromatin and Giemsa crossbands of mammalian chromosomes // Human Chromosome Methodology / ed. J.J.Yunis. 1974. NY: Academic Press.
- Avivi L., Feldman M. Arrangement of chromosomes in the interphase nucleus of plants //Hum. Genet. 1980. V. 55. P.281−295.
- Bakken A., Morgan G., Sollner-Webb В., Roan J., Busby S., Reeder R.H. Mapping of transcription initiation and termination signals on Xenopus laevis ribosomal DNA II Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1982. V.79. P.56−60.
- Baldwin L., Macgregor H.C. Centromeric satellite DNA in the newt Triturus cristatus karelinii and related species: its distribution and transcription on lampbrush chromosomes // Chromosoma. 1985. V.92. P.100−107.
- Belterman R.H.R., De Boer L. E.M. A karyological study of 55 species of birds, including karyotypes of 39 species new to cytology // Genetica. 1984. V.65. P.39−82.
- Bennet M.D. Towards a general model for spatial law and order in nuclear and karyotipic architecture // Cromosomes today/Procceding of the Eighth International Chromosome Conference, Lubeck, Germany. 1983. P. 190−202.
- Boveri K.T., 1888. Die Befruchtung und teilung des eies von Ascaris megaocephala// Zellen-Studies. Jena: G.Fischer. P. l-189.
- Brambell F.W.R. The oogenesis of the fowl (Gallus bankiva) // Phil. Trans. Roy. Soc. bond. 1926. Ser. B. V.214. P. l 13−151.
- Brinkley B.R., Ouspenski I., Zinkowski R.P. Structure and molecular organisation of the centromere-kinetochore complex // Trends Cell Biol. 1992. V.2.P.15−21.
- Burgess S.M., Kleckner N., Weiner B.M. Somatic pairing of homologs in budding yeast: existence and modulation // Genes & Development. 1999. Y. 13. P.1627−1641.
- Callan H.G., Lloyd L. Lampbrush chromosomes of crested newts Triturus cristatus (Laurenti) // Phil. Trans. Roy. Soc. Lond., Ser. B. 1960. Y.243.P. 135−219.
- Callan H.G. Lampbrush chromosomes. Berlin: Springer Verlag, 1986. 254 p.
- Carmena M., Abad J.P., Villasante A., Gonzalez C. The Drosophila melanogaster dodecasatellite sequence is closely linked to the centromere and can form connections between sister chromatids during mitosis // J. Cell Sci. 1993. V.105.P.41−50.
- Chen Z.-Q., Lin C.C., Hodgetts R.B. Cloning and characterization of a tandemly repeated DNA sequence in the crane family (Gruidae) //. Genome. 1989. V.32. P.646−654.
- Chiarelli В., Ardito G., Brogger A. The non-random distribution of human chromosomes at metaphase. II. Chromosomal interconnections // The nucleus. 1977. V.20. P.249−251.
- Choo K.H.A. Centromerization // Cell biology. 2000. V.10.P.182−188.
- Christidis L. Chromosomal evolution in finches and their allies (families: Ploceidae, Fringillidae, and Emberizidae) // Canad. J. Genet. Cytol. 1986. V.28. P.762−769.
- Coignet L., Girardet A., Andreo В., Charlieu JP., Pellestor F. Double and triple in situ chromosomal labeling of human spermatozoa by PRINS // Cytogenet CellGenet. 1996. V73. P.300−303.
- Craig J.M., Earnshaw W.C., Vagnarelli P. Mammalian centromeres: DNA sequence, protein composition, and role in cell cycle progression // Exp. Cell Res. 1999. V. 246. P. 249−262.
- Davidson E.H. Gene activity in early development, 2nd ed. London-NY: Acad. Press, 1976. 452p.
- Debrauwere H., Gendrel C.G., Lechat S., Dutreix M. Differences and similarities between various tandem repeat sequences minisatellites and microsatellites // Biochimie. 1997. У. 79. P. 577−586.
- De Bruin D., Kantrow S.M., Liberatore R.A., Zakian V.A. Telomere folding is required for the stable maintenance of telomere position effects in yeast // Mol Cell Biol. 2000 V.20. P.7991−8000.
- Dernburg A.F., Broman K.W., Fung J.C., Marshall W.F., Philips J., Agard D.A., Sedat J.V. Perturbation of nuclear architecture by longdistance chromosome interactions// Cell. 1996 Y.85. P.745−759.
- Diaz M.O., Barsacchi-Pilone G., Mahon K.A., Gall J.G. Transcripts from both strands of a satellite DNA occur on lampbrush chromosome loops of the newt Notophthalmus // Cell. 1981. V.24. P.649−659.
- Dimitri P., Junakovic N. Revising the selfish DNA hypothesis: new evidence on accumulation of transposable elements in heterochromatin // Trends in Genet. 1999. Y.15. P. 123−124.
- Doolittle W.F., Sapienza С. Selfish genes, the phenotype paradigm and genome evolution //Nature. 1980. V.284. P.601−603.
- Dozortsev D., Coleman M.S., Nagy P., Diamond M., Ermilov A., Weier U., Liyanage M., Reid T. Nucleoli in a pronuclei stage mouse embryo are represented by major satellite DNA of interconnecting chromosomes // Fertil. Steril. 2000. V.73. P.366−371.
- Du Praw E J. Macromolecular organization of nuclei and chromosomes: a folded fibre model based on whole-mount electron microscopy // Nature. 1965. V.206. P.338−343.
- Eiberg H. New selective Giemsa technique for human chromosomes, Cd staining//Nature. 1974. V.248. P.55.
- Ferguson M., Ward D.C. Cell-cycle dependent chromosome movement in pre-mitotic human T-lymphocyte nuclei // Chromosoma. 1992. V.101. P.557−565.
- Fitzgerald-Hayes M., Clarke S., Carbon J. Nucleotide sequence comparisons and functional analysis of yeast centromere DNAs // Cell. 1982. V.29.P.235−44.
- Gaginskaya E., Zhurov V., Evteev A., Saifitdinova A., Zhurova E., Andreeva T. Centromere and telomere heterochromatin regions reveal special functioning during lampbrush stage in birds // Cytogenetics and cell genetics. 1998. Y.81. P. l 17−118.
- Gall J.G. Lampbrush chromosomes from oocyte nuclei of the newt // J.Morphol. 1954. Y.94. P.283−352.
- Gall J.G., Diaz M.O., Stephenson E.C., Mahon K.A. The transcription unit of lampbrush chromosome // Symp. Soc. Dev. Biol. 1983. V.41. P.137−146.
- Gall J. G., Callan H. G. The sphere organelle contains small nuclear ribonucleoproteins //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1989. У.86. P.6635−6639.
- Gall J. G. Spliceosomes and snurposomes // Science. 1991. V.252. P.1499−1500
- Gall J. G., Bellini M., Wu Z., Murphy C. Assambly of the nuclear transcription and processing machinery: Cajal bodies (Coiled bodies) and transcriptsomes // Molecular Biol. Cell. 1999. V.10. P.4385−4402.
- Goto Т., Monk M. Regulation of X-chromosome inactivation in development in mice and human // Mol. Cell. Biol. 1998. V.62. № 2. P.362−378.
- Gropp A. Chromosome abnormalities, tumours and developmental disorders //Klin Wochenschr. 1981. V.59. P.965−75. German.
- Haaf Т., Ward D.C. Structural analysis of a-satellite DNA and centromere proteins using extended chromatin and chromosomes // Humam Molecular Genetics. 1994. V.3. P.697−709.
- Hankeln Т., Fillippova M.A., Kiknadze I.I., Aimanova K.G., Schmidt E.R. Centromeric heterohromatin and satellite DNA in the Chironomus plumosus species group//Genome. 1994. V.37. P.925−934.
- Harlid A., Janke A., Arnason U. The complete mitochondrial genome of Rhea americana and early avian divergences // J. Mol. Evolution. 1998. V.46. P.669−679.
- Hennig W. Y chromosome function and spermatogenesis in Drosophila Hydei//Adv. Genet. 1985. V.23. P.179−234.
- Henning W. Heterohromatin // Cromosoma. 1999. У. 108. P. 1 -9.
- Hilliker A. J., Appels R. The arrangement of interphase chromosomes: sructural and functional aspects // Exp. Cell Res. 1989. Y.185. P.297−318.
- Holm C., Goto Т., Wang J.C., Botstein D. DNA topoisomerase II is required at the time of mitosis in yeast // Cell. 1985. V. 41. P. 553−563.
- Hori Т., Suzuki Y., Solovei I., Saiton Y., Hutchison N., Ikeda J.-E., Macgregor H., Mizuno S. Characterization of DNA sequences constituting the terminal heterochromatin of the chicken Z chromosome // Chromosome Research. 1996. Y.4. P.411−426.
- Howell W.M., Black D.A. A rapid technique for producing silver-stained nucleolus organizer regions and trypsin-Giemsa bands on human chromosomes // Hum. Genet. 1978. V.43. P.53−56.
- Hultman P., Enestrom S., Turley S.J., Pollard K.M. Selective induction of anti-fibrillarin autoantibodies by silver nitrate in mice // Clin Exp Immunol. 1994. V.96. P.285−91.
- Hutchison N. Lampbrush chromosomes of the chicken, Gallus domesticus // J. Cell. Biol. 1987. V.105. p.1493−1500.
- Ikemura Т., Ohno M., Uemura Т., Sasaki H., Tenzen T. Genome and subnuclear organization of non-B forming DNA in mammalian chromosomes // Cytogenet. Cell Genet. 1998. V.81. P.101−102.
- Ince T.A., Scotto K.W. A conserved downstream element defines a new class of RNA polymerase II promoters // J. Biol. Chem. 1995. V.270. P. 30 249−30 252.
- Jamrich M., Warrior R., Steele R., Gall J.G. Transcription of repetitive sequences on Xenopus lampbrush chromosomes // Proc. Nat. Acad. Sci. U S A. 1983. V.80. P.3364−3367.
- Jin Q.-W., Trelles-Sticken E., Scherthan H., Loidl J. Yeast nuclei display prominent centromere clustering that is reduced in nondividing cells and in meiotic prophase // J. Cell Biol. 1998. V.141. P.21−29.
- Jin Q.-W., Fuchs J., Loidl J. Centromere clusterin is a major determinant of yeast interphase nuclear organization // J. Cell Science. 2000. V.113. P.1903−1912.
- Jobse C., Buntjer J.B., Haagsma N., Breukelman H.J., Beintema J.J., Lenstra J. A. Evolution and recombination of bovine DNA repeats // J. Mol. Evol. 1995. V.41.P.277−283.
- Johnson III M.D., Fresco J.R. Third-strand in situ hybridization (TISH) to non-denatured metaphase spreads and interphase nuclei // Chromosoma. 1999. V.108. P.181−189.
- Jost J.-P., Siegmann M., Thiry S., Jost Y.-C., Benjamin D., Schwarz S. A re-investigation of the ribonuclease sensitivity of a DNA demethylation reaction in chicken embryo and G8 mouse myoblasts // FEBS Letter. 1999. V.449. P.251−254.
- Keyser C., Montagnon D., Schlee M., Ludes В., Pfitzinger H., Mangin P. First isolation of tandemly repeated DNA sequences in New World vultres andphylogenetic implications// Genome. 1996. V.39. P.31−39.
- Koecke H.U., Muller M. Formwechel und Anzahl der Chromosomen bei Huhn und Ente // Naturwissenshcaften. 1965. V.52. P.483.
- Kollmar R., Sukow K.A., Sponagle S.K., Farnham PJ. Start site selection at the TATA-less carbomoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing)/aspartate carbamoytransferase/ dihydroorotase promoter // J. Biol. Chem. 1994. V.269. P.2252−2257.
- Kunze В., Weichenhan D., Virks P., Traut W., Winking H. Copy number of a clustered long-range repeat determine C-band staining // Cytogenet. Cell. Genet. 1996. V. 73. P. 86−91.
- Lamond A.I., Earnshaw W.C. Structure and function in the nucleus // Science. 1998. V.280. P.547−553.
- Lee C., Wevrick R., Fisher R.B., Ferguson-Smith M.A., Lin C.C. Human centromeric DNAs //Human Genet. 1997. V.100. P.291−304.
- Lerner E.A., Lerner M.R., Janeway C.A.Jr., Steitz J.A. Monoclonal antibodies to nucleic acid-containing cellular constituents: probes for molecular biology and autoimmune disease // Proc Natl Acad Sci USA. 1981. V.78. P.2737−41.
- Lica L.M., Narayanswami S., Hamkalo B.A. Mouse satellite DNA, centromere structure, and sister chromatid pairing // The J. Cell Biol. 1986. V.103. P. l 145−1151.
- Lichter P., Cremer T. Chromosome analysis by non-isotopic in situ hybridization // Human Cytogenetics: A Practical Approach. Oxford, ILR Press, 1992. P.157−192.
- Lima-de-Faria A. Classification of genes, rearrangements and chromosomes according to the chromosome field // Hereditas. 1980-V.93.P.l-46.
- Long E.O., Dawid I.B. Repeated genes in eukaryotes // Ann. Rev. Biochem. 1980. V.49. P.727−764.
- Loyez M. Recherches sur le developpement ovarian des oeufs meroblastiques a vitellus nutritif abondant // Arch. Anat. Microsc. Morphol. Exper. 1906. V.8. P.69−397.
- Macgregor H.C. In situ hybridisation of highly repetitive DNA to chromosomes ofTriturus cristatus// Chromosomes. 1979. V.71. P.57−64.
- Macgregor H.C. Lampbrush chromosomes // J. Cell Science. 1987. V.88. P.7−9.
- Madsen C.S., de Kloet D.H., Brooks J.E., de Kloet S.R. Highly repeated DNA sequences in birds: the structure and evolution of an abundant, tandemly repeated 190-bp DNA fragment in parrots // Genomics. 1992. V.14. P.462−473.
- Madsen C.S., Brooks J.E., de Kloet E., de Kloet S.R. Sequence conservation of an avian centromeric repeated DNA component // Genome. 1994. V.37.P.351−355.
- Magaud J. P., Rimokh R., Brochier J., Lafage M., Germain D. Chromosomal R-banding with monoclonal antidouble-stranded DNA antibody // Human Genet. 1985. V.69. P.238−242.
- Maniatis Т., Fritsch E.E., Sambrook J. Molecular cloning: a laboratory manual. NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press. 1982. 545 p.
- Maniotis A.J., Bojanowski K., Ingber D.E. Mechanical continuity and reversible chromosome disassembly with intact genomes removed from living cells //J. CellBiochem. 1997. V.65. P. l 14−130.
- Marion D. Johnson III, Jacques R. Fresco. Third-strand in situ hybridisation (TISH) to non-denatured metaphase spreads and interphase nuclei//Chromosoma. 1999. V.108. P. 181−189.
- Masumoto H., Masukata H., Muro Y., Nazaki N., Okazaki T. A human centromere antigen (CENP-C) interacts with a short specific sequence in alphoid DNA, a human centromeric satellite // J. Cell Biol. 1989. V.109. P.1963−1973.
- Maueler W., Bassili G., Epplen C., Keyl H.-G., Epplen J.T. Protein binding to simple repetitive sequences depends on DNA secondary structure (s) // Chromosome Research. 1999. V.7. P.163−166.
- Mayr В., Lambrou M., Schleger W. Further resolution of the quail karyotype and characterization of microchromosomes by counterstain-enhanced fluorescence //j. Heredity. 1989. V.80. P.147−150.
- McQueen H.A., Fantes J., Cross S. H., Clark V. H., Archibald A. L., Bird A. P. CpG islands of chicken are concentrated on microchromosomes //Nature Genetics. 1996. V.12. P.321−324.
- Miklos G.L.G., John B. Heterochromatin and satellite DNA in man: properties and prospects // Am. J. Hum. Genet. 1979. V.31. P.264−280.
- Mizuno S., Macgregor H. The ZW lampbrush chromosomes of birds: a unique opportunity to look at the molecular cytogenetics of sex chromosomes // Cytogenet. Cell Genet. 1998. Y.80. P.149−157.
- Monaghan P., Metcalfe N.B. Genome size and longevity // Trends Genet. 2000. V.16. № 8. P.331−332.
- Morgan G.T., Doyle O., Murphy C., Gall J.G. RNA polymerase II in cajal bodies of amphibian oocytes // J. Structural Biology. 2000. V.129. P.258−268.
- Moroi Y., Peebles C., Fritzler M.J., Steigerwald J., Tan E.M. Autoantibody to centromere (kinetochore) in scleroderma sera // Proc Natl Acad Sci USA. 1980 Y.77. P. 1627−1631.
- Nagele R., Freeman Т., McMorrow L., Lee H. Precise spatial positioning of chromosomes during prometaphase: evidence for chromosomal order // Science. 1995. V.270. P.1831−1834.
- Nagele R. G., Freeman Т., Fazekas J., Lee K.-M., Thomson Z., Lee H.-Y. Chromosome spatial order in human cells: evidence for early origin and faithful propagation// Chromosome. 1998. V.107. P.330−338.
- Oakes M., Aris J.P., Brockenbrough J.S., Wai H., Vu L., Nomura M. Mutational analysis of the structure and localization of the nucleolus in the yeast Saccharomyces cerevisiae // J. Cell Biol. 1998. V.143. P.23−34.
- Offenberg H.H., Schalk J.A., Meuwissen R.L., van Aalderen M., Kester H.A., Dietrich A.J., Heyting C. SCP2: a major protein component of the axial elements of synaptonemal complexes of the rat // Nucleic Acids Res. 1998. V.26. P.2572−9.
- Pardue M.L. Repeated DNA sequences in chromosomes of higher organizms // Genetics. 1975. V. 79. P. 159−170.
- Pardue M.L., Henning W. Heterochromatin: junk or collectors item? // Chromosoma. 1990. V. 100. P. 1−7.
- Pathak S., Wurster-Hill D.H. Distribution of constitutive heterochromatin in carnivores // Cytogenet Cell Genet. 1977V. 18. P.245−54.
- Piccinii E., Stella M. Some avian karyograme // Caryologia. 1970. V.23. P. 189−202.
- Pigozzi M.I., Solari A.J. Germ cell restriction and regular transmission of an accessory chromosome that mimics a sex body in the zebra finch, Taeniopygia guttata// Chromosome Res. 1998. V.6. P.105−113.
- Radic M.Z., Lundgren K., Hamkalo B.A. Curvature of mouse satellite DNA and condensation of heterochromatin // Cell. 1987 V.50. P. 11 011 108.
- Rabl C. Uber Zellteilung. Morphologisches Jahrbuch. 1885. V.10. P.214−330.
- Saffery R., Earle E., Irvine D.V., Kalitsis P., Choo K.H.A. Conservation of centromere proteins in vertebrates // Chrom. Res. 1999. V. 7. P. 261−265.
- Rolfs A., Schuller I., Finckh U., Weber-Rolfs I. PCR: clinical diagnostics and research. Berlin: Springer-Verlag, 1992. P.51−60.
- Saifitdinova A.F., Derjusheva S.E., Malykh A.G., Zhurov V.G., Andreeva T.F., Gaginskaya E.R. Centromeric tandem repeat from the chaffinch genome: isolation and molecular characterization // Genome. 2001. V.44.P.96−103.
- Schmid М., Guttenbuch M. Evolutionary diversity of reverse ® fluorescent chromosome bands in vertebrates // Chromosoma. 1988. V.97. P.101−114.
- Schubert I. Late-replicating satellites: something for all centromeres // Trends in Genet. 1998. Y.14. P.385−386.
- Siegfried Z., Eden S., Mendelsohn M., Feng X., Tsuberi B.Z., Cedar H. DNA methylation represses transcription in vivo // Nat. Genet. 1999. V.22. P.203−206.
- Singer M. Highly repeated sequences in mammalian genomes // Int. Rev. Cytol. 1982. V. 76. P. 67−112.
- Slesarev A.I., Belova G.I., Lake J.A., Kozyavkin S.A. Topoisomerase V from Methanopyrus kandleri // Methods in Enymology. 2001. V.334. P.179−192.
- Slijepcevic P., Hande M.P., Bouffler S.D., Landsdorp P., Bryant P.E. Telomere length, chromatin structure and chromosome fusigenic potential // Chromosoma. 1997. V.106. P.413−421.
- Smith A.F.A. The origin of the interspersed repeats in the human genome // Cuur. Opin. Genet. Dev. 1996. V.6. P.743−748.
- Solari A.J. Ultrastructure of the synaptic autosomes and the ZW bivalent in chicken oocytes // Chromosoma. 1977. V.64. P.155−165.
- Solovei I., Gaginskaya E., Allen Т., Macgregor H. A novel structure associated with a lampbrush chromosome in the chicken, Gallus domestucus // J/ cell Science. 1992. V.101. P.759−772.
- Solovei I., Gaginskaya E., Hutchinson N., Macgregor H. Avian sex chromosomes in the lampbrush form: the ZW lampbrush bivalent from six species of bird// Chromosome Res. 1993. V.l. P.153−166.
- Solovei I., Gaginskaya E.R., Macgregor H.C. The arrangement and transcription of telomere DNA sequences at the ends of lampbrush chromosomes of birds // Chromosome Research. 1994. V.2. P.460−470.
- Solovei I.V., Joffe B.I., Gaginskaya E.R., Macgregor H.C. Transcription on lampbrush chromosomes of a centromerically localized highly repeated DNA in pigeon (Columba) relates to sequence arrangement // Chromosome Research. 1996. V.4 P.588−603.
- Stephan W., Sho S. Possible role of natural selection in the formation of tandem-repetitive noncoding DNA // Genetics. 1994. Y.136. P.333−341.
- Straight A.F., Marshall W.F., Sedat J.W., Murray A.W. Mitosis in living budding yeast: anaphase A but no metaphase plate // Science. 1997. V.277. P.574−578.
- Sumner A.T. Functional aspects of the longitudinal differentiation of chromosomes //Eur.J.Histochem. 1994. V.38. P.91−109.
- Takayama S. Interchromosomal connectives in squash preparations of L cells //Experimental Cell Research. 1975. V.91. P.408−412.
- Takayama S. Interchromosomal connectives in air-dried metaphase chromosomes of some mammalian cells // Annotations Zoologicae Japonenses. 1976. Y.49. P.38−47.
- Tandon P., Nanda I., Raman R. Cytological analysis of constitutive heterochromatin in two species of birds // Genetica. 1984. V.64. P.229−234.
- Telenius H., Carter NP, Bebb CE, Nordenskjold M, Ponder BA, Tunnacliffe A. Degenerate oligonucleotide-primed PCR: general amplification of target DNA by a single degenerate primer. // Genomics. 1992. V.13.P.718−725.
- Thompson N.E., Steinberg Т.Н., Aronson D.B., Burgess R.R. Ingibition of in vivo and in vitro transcription by monoclonal antibodies prepared against weat germ RNA polymerase II // J. Biol. Chem. 1989 V.264. P.11 511−11 520
- Varley J.M., Macgregor H.C., Erba J.P. Satellite DNA is transcribed on lampbrush chromosomes // Nature 1980. V.283. P.686−688.
- Vig B.K., Broccoli D. Sequence of centromere separation: differential replication of pericentric heterochromatin in multicentre chromosomes //Chromosoma. 1988 V.96.P.311−317.
- Vig B.K., Rattner J.B. Centromere, kinetochore, and cancer // Crit Rev Oncog. 1989. V.l. P.343−371.
- Vig B.K., Sternes K.L., Paweletz N. Centromere structure and function in neoplasia // Cancer Genet. Cytogenet. 1989. V. 43. P. 151−178.
- Visser A.E., Eils R., Jauch A., Little G., Bakker P J.M., Cremer Т., Aten J.A. Spatial distributions of early and late replicating chromatin in interphase chromosome territories // Exp. Cell Res. 1998. V.243. P.398−407.
- Wang Z., Castano I.B., De Las Penas A., Adams C., Christman M.F. Pol к: A DNA Polymerase required for sister chromatid cohesion // Science. 2000. V.289. P.774−779.
- Warburton P.E., Cooke H.J. Hamster chromosomes containing amplified human a-satellite DNA show delayed sister chromatid separation in the absence of de novo kinetochore formation // Chromosoma. 1997. V.106. P.149−159.
- Weitzel J.M., Buhrmester H., Stratling W.H. Chicken MAR-binding protein ARBP is homologous to rat methyl-CpG-binding protein MeCP2 // Mol Cell Biol. 1997. V.17. P.5656−5666.
- Wichman H.A., Payne C.T., Ryder O.A., Hamilton M.J., Maltbie M., Baker R.J. Genomic distribution of heterochromatic sequences in equids: implications to rapid chromosomal evolution. // J Hered. 1991. V.82. P.369−77.
- Willard H.F., Waye J.S. Hierarchical order in chromosome-specific human alpha satellite DNA // Trends Genet. 1987. V.3. P. 192−198.
- Wingender E., Chen X., Hehl R., Karas H., Liebich I., Matys V., Meinhardt Т., Prub M., Reuter I., and Schacherer F. TRANSFAC: an integrated system for gene expression regulation // Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. P. 316−319.
- Wu Z., Murphy C., Call J. G. A transcribed satellite DNA from the bullfrog Rana catesbeiana // Chromosoma. 1986. У.93. P.291−297.
- Wu C.-H. H., Gall J. G. U7 small nuclear RNA in С snurposomes of the Xenopus germinal vesicle II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1993. У.90. P.6257−6259.
- Yang C.H., Lambie E.J., Hardin J., Craft J., Snyder M. Higher order structure is present in the yeast nucleus: autoantibody probes demonstrate that the nucleolus lies opposite the spindle pole body // Chromosoma. 1989. V.98. P.123−128.
- Zalensky A.O. Genome architecture // Adv. Genome Biol. 1998 V.5(A). P. 179−210.
- Zeller R.W., Griffith J.D., Moore J.G., Kirshhamer C.V., Britten R.J., Davidson E.H. A multumerizing transcription factor of sea urchin embryos capable of looping DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. Y.92. P.2989−2993.
- Zhang, J., Madden T.L. PowerBLAST: A new network BLAST application for interactive or automated sequence analysis and annotation. // Genome Res. 1997. V.7. P.649−656.
- Zimmer R., Haberfeld A., Gibbins A.M.V. Microisolation of the chicken Z chromosome and construction of microclone libraries // Genome. 1997. V. 40. P.865−872.