Влажность как экологический фактор формирования почвенного гидролитического микробного комплекса
Поэтому представляется актуальным вопрос об активности и субстратной специфичности внеклеточных ферментов в природных системах, и таким образом об их участии в микробной реминерализации органического углерода. Выявлен филогенетический состав метаболически активного гидролитического комплекса гумусовых горизонтов серой лесной, глее-слабоподзолистой почв и чернозема в зависимости от влажности… Читать ещё >
Содержание
- ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИ!1 ЕРАТУРЫ
- 1. 1. Отношение микроорганизмов к влажности субстратов
- 1. 1. 1. Характеристика влажности субстратов
- 1. 1. 2. Причины устойчивости микроорганизмов к низкой влажности среды
- 1. 2. Влияние свойств почвенной влаги на развитие микроорганизмов
- 1. 3. Гидролитические сообщества почв развивающиеся при внесении пектина или хитина
- 1. 3. 1. Разложение хитина
- 1. 3. 2. Разложение пектина
- 1. 4. Влияние физико-химических характеристик почв гидролитические сообщества
- 1. 5. Особенности анаэробного разложения хитина в почвах и связанного с ним метано генеза
- 1. 6. Роль рассматриваемых полисахаридов и их производных в природе
- 1. 6. 1. Роль хитина и его производных в природных экосистемах
- 1. 6. 2. Роль пектина и его производных в природных экосистемах
- 1. 1. Отношение микроорганизмов к влажности субстратов
- 2. 1. Объекты исследования
- 2. 2. Методы исследования
- 2. 2. 1. Методы обнаружения матричного давления почвенной влаги в исследуемых образцах
- 2. 2. 2. Изучение эмиссии диоксида углерода из образцов исследуемых почв газовохроматографическим методом
- 2. 2. 3. Определение численности разных групп микроорганизмов люминесцентномикроскопическим методом
- 2. 2. 4. Определение структуры прокариотного хитинолитического и пектинолитического микробных комплексов в почвах методом Fluorescence in situ hybridization
- 3. 1. Сравнительное исследование динамики эмиссии диоксида углерода из образцов чернозема и серой лесной почвы с в несением полисахаридов в зависимости от давления почвенной влаги
- 3. 2. Разложение хитина в микроаэробных условиях
- 3. 2. 1. Активность (трансформации хитина микробным комплексом почв в микроаэробных условиях при различных уровнях влажности
- 3. 2. 2. Динамика эмиссии СН4 из образцов глее-слабоподзолистой, дерново-подзолистой, серой лесной, каштановой почвы и чернозёма в ходе сукцессии, инициированной увлажнением и внесением хитина
- 3. 3. 2. Определение динамики численности и биомассы хитин разлагающих микроорганизмов при инкубации в микроаэробных условиях
- 3. 4. Анализ структурных и функциональных показателей при деструкции полисахаридов в почвах
- 3. 5. Исследование прокариотного гидролитического сообщества почв с помощью флуоресцентной гибридизации in situ
- 3. 6. Разделяюйщий градиентный гель электрофорез
Влажность как экологический фактор формирования почвенного гидролитического микробного комплекса (реферат, курсовая, диплом, контрольная)
Такие полисахариды как хитин и пектин входят в состав матрикса клеточных стенок как эукариотических, так и прокариотичесКих организмов и постоянно присутствуют в почве. Поступающие в почву полисахариды относительно быстро утилизируются микроорганизмами и активно участвуют в почвенно-химических реакциях. Они образуют комплексные соединения с ионами металлов, вступают в химические или адсорбционные взаимодействия с глинистыми минералами, способствуя созданию почвенной структуры. Содержание полисахаридов в почве, в зависимости от метода экстракции и типа почвы, колеблется в пределах от 0,06% до 3,0% от массы почвы и от 1% до 14% от массы органического вещества почв. Из литературы известно, что в почвы с растительными остатками ежегодно поступает от 2 до 14 т/га углеводов, значительная часть которых минерализуется или участвует, как структурные элементы, в формировании гуминовых кислот.
С ростом использования биополимеров в промышленности, сельском хозяйстве и медицине становится важным вопрос не только о синтезе, но и о деструкции больших количеств этих соединений. Поэтому представляется актуальным вопрос об активности и субстратной специфичности ' внеклеточных ферментов в природных системах, и таким образом об их участии в микробной реминерализации органического углерода.
Исследование деструкции полимеров в почве обычно проводились при усредненных значениях влажности и зачастую не отражали объективной картины происходящего в связи с активной динамикой влажности в почвах. В связи с этим эксперимент предлагается провести на широком диапазоне влажности вплоть до переувлажнения почвы и создания анаэробных условий.
Целью диссертационной работы было исследование структурных и функциональных особенностей комплекса микроорганизмов, осуществляющих деструкцию полисахаридов (хитина и пектина) в почвах Европейской части России при широком диапазоне влажностей.
В задачи исследования входит:
1) Сравнительное исследование динамики эмиссии диоксида углерода из образцов почв с хитином и пектином.
2) Изучение динамики численности и биомассы эукариотных и прокариотных микроорганизмов, развивающихся в исследуемых микрокосмах в ходе сукцессии, инициированной увлажнением и внесением.
— полисахаридов.
3) Определение активности разложения хитина и пектина в условиях различных влажностей исследуемых почв.
4) Оценка филогенетического разнообразия и численности отдельных групп доменов Bacteria в природном и гидролитическом (пектинолитическом и хитинолитическом) прокариотном комплексе микрокосмов.
Научная новизна. Установлено, что, влажность имеет более значимое влияние на деятельность хитинолитического комплекса по сравнению с пектинолитическим. При деструкции полисахаридов с увеличением влажности почвы в микробном комплексе заметно возрастает роль прокариотных микроорганизмов, особенно — актиномицетов. Впервые с использованием метода FISH оценена численность' и выявлен филогенетический состав метаболически активного гидролитического комплекса гумусовых горизонтов серой лесной, глее-слабоподзолистой почв и чернозема в зависимости от влажности. При оптимальной влажности в хитинолитическом и пектинолитическом прокариотном микробном комплексе ' преобладали представители филогенетических групп Actinobacteria и Fiipnicutes. С увеличением влажности отмечается возрастание? • доли протеобактерий. С понижением влажности до влажности, близкой к I i ! влаги завядания, в гидролитическом комплексе возрастает роль гамма, альфа-протеобактерий и актинобактерий.
Практическая значимость. Дана количественная оценка скорости деструкции хитина в разных типах почв при различных уровнях увлажнения. Выявлен филогенетический состав метаболически активного гидролитического комплекса гумусовых горизонтов серой лесной, глее-слабоподзолистой почв и чернозема в зависимости от влажности. Полученные данные могут быть использованы для подбора оптимальных условий при поиске и выделении активных организмов хитинои пектинолитиков.
Апробация работы. Основные результаты диссертационной работы доложены на ХЩ Международной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых Ломоносов-2007 и заседании кафедры биологии почв факультета почвоведения МГУ.
Публикации. По результатам исследований опубликовано 5 статей, 6 тезисов докладов.
Объем работы. Диссертация включает введение, обзор литературы, экспериментальную часть, выводы. Материалы диссертации изложены на 120 страницах машинописного текста, содержат 39 рисунков, 7 таблиц.
выводы.
1. Установлено, что, уровень влажности почвы в заданном диапазоне для некоторых структурных показателей может оказаться более значимым фактором по сравнению с такими существенными для микробного сообщества факторами как внесение ресурсов и время. Влажность имеет более значимое влияние на деятельность хитинолитического комплекса по сравнению с пектинолитич’еским.
2. Дыхание на широком спектре условий (влажность, поступление органического вещества, сукцессионное время) может существенно контролироваться актиномицетами, роль которых, по всей видимости, определяется вкладом в регуляцию функционирования микробного сообщества. При деструкции полисахаридов с увеличением влажности почвы в микробном комплексе заметно возрастает роль прокариотных микроорганизмов, особенно i актиномицетов.
3. Впервые с использованием метода FISH оценена численность физиологически активного гидролитического прокариотного комплекса в черноземе, серой лесной и глее-слабоподзолистой почвах при различных уровнях влажности. Численность метаболически активных представителей отдельных филогенетических групп доменов Bacteria о составила 10 клеток в грамме почвы. Доля метаболически активных от всех выделяемых клеток прокариот достигала 80% и определялась типом почвы.
4. Выявлен филогенетический состав метаболически активного гидролитического комплекса гумусовых горизонтов всех исследуемых почв в зависимости от влажности. Отличительной чертой активного хитинолитического и пектинолитического прокариотного микробного комплекса было преобладание групп АсИпоЬааепа и РштсШеБ в почвах с оптимальным значением влажности. С увеличением влажности отмечается возрастание доли протеобактерий. С понижением матричного давления до влажности, близкой к влаги завядания, в гидролитическом комплексе возрастает роль гамма, альфа-протеобактерий и актинобактерий. г.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
.
С ростом использования биополимеров в промышленности, сельском хозяйстве и медицине становится важным вопрос не только о синтезе, но и о деструкции больших количеств этих соединений.
Поэтому представляется актуальным вопрос об активности и субстратной специфичности внеклеточных ферментов в природных системах, и таким образом об их участии в микробной реминерализации органического углерода. Выявлен филогенетический состав метаболически активного гидролитического комплекса гумусовых горизонтов серой лесной, глее-слабоподзолистой почв и чернозема в зависимости от влажности. Полученные данные могут быть использованы для подбора оптимальных условий при поиске и выделении активных организмов хитинои пектинолитиков. Исследование численности и биомассы микроорганизмов изучаемых почв показала возрастающую роль прокариотных микроорганизмов, особенно — актиномицетов при деструкции полисахаридов с увеличением влажности почвы в микробном комплексе. С использованием метода FISH выявлен филогенетический состав метаболически активного гидролитического комплекса гумусовых горизонтов серой лесной, глее-слабоподзолистой почв и чернозема в зависимости от влажности. Отличительной чертой активного хитинолитического и пектинолитического прокариотного микробного комплекса было преобладание группы актинобактерий и фирмикут в почвах с оптимальным значением влажности. С увеличением влажности отмечается возрастание доли про-теобактерий. С понижением матричного давления до влажности, близкой к влаги завядания, в гидролитическом комплексе возрастает роль гамма, альфа-протеобактерий и актинобактерий i I.
Список литературы
- Балабуха B.C., Разбитная J1.M., Разумовский М. О. и. др. Проблема выведения из организма долгоживущих радиоактивных изотопов // М.: Госатомиздат, 1962 167с.
- Березин П.Н., Гудима ИИ. Физическая деградация почвы: пара метры состояния // Почвоведение 1994 № 11
- Генджиев М.Г. Характеристика состава грибов-микромицетов пустынных областей Туркмении и развитие их при различной активности воды // Автореф. дисс. Канд. Биол. Наук. М.: МГУ, 1978.
- Грачева И.М., Кривова А.Ю. Технология ферментных препаратов
- М.: Изд-во Эвалар, 2000. 512 с. i
- Дорошенко Е.А., Зенова Г. М., Звягинцев Д. Г., Судницын И. И. Спорообразование и мицелиальный рост стрептомицетов при различных уровнях влажности // Микробиология Т. 74, № 6. 2005. С. 795−799
- Звягинцев Д. Г. Развитие микроорганизмов в тонких капиллярах и пленках // Микробиология. 1970а. Т 39. Вып.1
- Звягинцев Д.Г., Питрюк А. П. Развитие микроорганизмов в проточных и непроточных капиллярах разной толщины // Микробиология. 1973. Т 42. Вып.1.
- Звягинцев Д.Г., Бабьева И. П., Зенова Г. М. Биология почв // М.:МГУ, 2005
- Зенова Г. М. Актиномицеты в наземных экосистемах. // Автореферат докт. дис.М.:МГУ, 1998.
- Качалай и др. Методические указания по использованию в лечебно-профилактических целях пектинов и пектин с о держащих продуктов // Киев: Урожай, 1990 № 504 989- 15 с.
- Кожевин П.А. Микробные популяции в природе // М.: МГУ, 1989. -175 с.
- Кравченко И.К., Кизилова А. К., Быкова С. А., Менько Е. В., Гальченко В. Ф. Молекулярный анализ накопительных культур с высоким сродством к метану, выделенных из почв лесного биоценоза и агроценозов // Микробиология. 2009. I
- Моисеева В.Г., Зайко Г. М. Влияние чистоты пектинового препарата на физико-химические и комплексообразующие свойства пектина // Пищевая технология, 1976 № 3, стр.27−30.
- Орлов, Бирюкова, Суханова Органическое вещество почв Российской Федерации // М. Наука, 1996
- Панкратов Т. А., Белова С. Э., Дедыш С. Н. Оценка филогенетического разнообразия прокариотных микроорганизмов в сфагновых болотах с использованием метода FISH,// Микробиология, 2005. Т. 74, № 6, С. 831−837.
- Панкратов Т.А. Бактериальные сообщества сфагновых болот и их участие в деструкции природных полимеров// Диссер.к.б.н. ИнМи РАН, М., 2007
- Полянская JI.M. Микробная сукцессия в почве // Автореф. дис.докт. Биол. Наук. М.: МГУ, 1996. 96 с.
- Смагин A.B., Садовникова Н. В., Мизури Маауиа Бен Али Определение основной гидрофизической характеристики почв методом центрифугирования // Почвоведение. 1998. № 11. С. 1362−1370.
- Смагин A.B., Садовникова Н. Б., Хайдапова Д. Д., Шевченко Е. М. Экологическая оценка биофизического состояния почв. Методическая разработка к курсу «Биогеофизика» // Москва. МГУ ф-т Почвоведения. 1999. 48 с.
- Хенглейн Н.Ф. Пектины // Биохимические методы анализы растений. М.Ин.лит, 1960. с.280−323I
- Шелухина Н.П., Ашубаева З. Д., Аймухамедова Г. Б. Пектиновые вещества их некоторые свойства и производные // Фрунзе: Илим, 1970. 73с. t
- Aber N.J., Mellilo J. D. & J. M., Terrestrial Ecosystems // Saunders College Publishing, PA. 1991.
- Amann R.I., Krunholz L., Stahl D.A. Fluorescent-oligonucleotide probing of * whole cells for determinative, phylogenetic, and environmental studies in microbiology // Bacterid., 1990. V. 172. P. 762−770. '
- Amann R.I., Ludwig W., Schleifer K.-H. Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation // Microbiol. Rev. 1995. V. 59. P. 143−169.
- Amann R.I., Ludwig W. Ribosomal RNA-targeted nucleic acid probes for studies in microbial ecology //FEMS Microbiol. Reviews, 2000. V. 24. P. 555−56^.
- Arotupin D. J., Akinyosoye F. A. and Onifade A. K. Purification and characterization of pectinmethylesterase from Aspergillus repens isolated from cultivated soil // African Journal of Biotechnology Vol. 7 (12), pp. 1991−1998, 17 June, 2008
- Baker, G.C., and D.A. Cowan. 16S rDNA primers and the unbiased assessment of thermophile diversity // Biochem. Soc. Trans. 2004. 32:218−221.
- Black Sharon A., Smit C J.B. The grading of low ester pectin for use in dessert gels // J. Food Sci., 1972. vol. 37,5 p.726−729
- Bouvier, T., and P.A. del Giorgio. Factors influencing the detection of bacterial cells using fl uorescence in situ hybridization (FISH): A quantitative review of published reports // FEMS Microbiol. Ecol. 44:3−15.2003.i
- Boyer J.N. Aerobic and Anaerobic Degradation and Mineralization of 14C-Chitin by Water Column and Sediment Inocula of the York River Estuary, Virginia // APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, Jan. 1994, p. 174−179
- Brock, T. D. M. T. Madigan. Biology of Microorganisms 5th edn //Prentice Hall Incorporation. 1988.
- Casida L.E. Jr. Industrial Microbiology. Enzymes as Fermentation Products 4th edition // Wiley Eastern Limited New Delhi, 1991. pp. 390−401.
- Chandler, D.P., J.K. Fredrickson, and FJ. Brockman. Effect of PCR template concentration on the composition and distribution of total community 16S rDNA clone libraries // Mol. Ecol. 6: 1997.47518?. .
- Conrad R., Bak F., Seitz H.B., Thebrath B., Mayer H.P., Schutz H. Hydrogen turnover by psychrotrophic homoacetogenic and mesophilic methanogenic bacteria in anoxic paddy soil and lake sediments //FEMS Microbiol. Ecol. 1989. V. 62. P. 285−294.
- Culbreath AK, Rodriguez-Cabana R, Morgan-Jones G. Chi’tin and Paecilomyces lilacinus for control of Meloidogyne arenaria II Nematropica 16: 1986. p. 153−166.
- Daims, H., K. Stoecker, and M. Wagner. Fluorescence in situ hybridization for the detection of prokaryotes. // In A.M.Osborn and C.J. Smith (ed.) 2005. p. 213−239
- De Boer W, Klein Gunnewiek PJA, Lafeber P, Janse JD, Spit BE, Woldendorp JW Antifungal properties of chitinolytic dune soil bacteria // Soil Biol Biochem 30: p. 193−203. 1998 •
- Dedysh, S. N*., Panikov N. S., Liesack W., Grobkopf R., Zhou J., and Tiedje J. M. Isolation of acidophilic methane-oxidizing bacteria from northern peat wetlands // Science, 1998. V. 282. P. 281−284.
- Dedysh S. N., Pankratov T.A., Belova S.E., Kulichevskaya I.S. and Liesack W. Phylogenetic analysis and in situ identification of
- Bacteria community composition in an acidic Sphagnum peat bog // Appl. Envir Microbiol., 2006
- Edwards U., Rogall T., Bloeker H., Ende M.D., Boeettge E.C. Isolation and direct complete nucleotide determination of entire genes, characterization of gene coding for 16S ribosomal RNA // Nucl. Acids Res. 1989. V. 17. P.7843−7853.t
- Frankenberger, W. T. Jr. & W. A. Dick. Relationships between enzyme activities and microbial growth and activity indices in soil // Soil Science Society of America Journal 47: 1983. p. 945−951.
- Friedrick J., < Cinerman A., Steiner W. Production of pectolytotic enzymes by Aspergillus niger. Effect of inoculum size and Potassium Hexacyanoferrate II Trihydrate. // Appl. Microbiol. Biotechnol, 1990. 33:377.
- Freeman, C., G. Liska, N. Ostle, S. E. Jones & M. A. Lock. The use of fluorogenic substrates for measuring enzyme activity in peatlands //Plant and Soil 175: p. 147−152. 1995.52.
- Garcia J.L., Patel B.K.C., Ollivier B. Taxonomic, phylogenetic, and ecological diyersity of methanogenic Archae // Anaerobe. 2000. V. 6. P. 205−226.
- Gelsomino, A., A.C. Keijzer-Wolters, G. Cacco, and J.D. van Elsas. Assessmentof bacterial community structure in soil by polymerase chain reaction and denaturing gradient gel electrophoresis // J. Microbiol. Methods 38:1−15. 1999.
- Gemma Reguera 1, Susan B. Leschine Chitin degradation by cellulolytic anaerobes and facultative aerobes from soils and sediments // FEMS Microbiology Letters 204. 2001. pp 367−374.
- Ginige, M.P., P. Hugenholtz, H. Daims, M. Wagner, J. Keller, and
- L. Blackall. Use of stable-isotope probing, full-cycle rRNA? analysis, and fluorescence in situ hybridization-microautoradiography to study a methanol-fed denitrifying microbial community // Appl. Environ. Microbiol. 2004. 70:588 596
- Gomes, R. C., Semedo, L. T., Soares, R. M., Alviano, C. S., Linhares, L. F., and Coelho, R. R.: Chitinolytic activity of actinomycetes from a cerrado soil and their potential in biocontrol //1.tt. Appl. Microbiol., 30, 146−150 (2000) <
- Gould WD, Bryant RJ, Trofymow JA, Anderson RV, Elliott ET, Coleman DC 1981. Chitin decomposition in a model soil system // Soil Biol Biochem 13: p. 487−49
- Gray TRG, Baxby P. Chitin decomposition in soil. II. The ecology of chitinoclastic micro-organisms in forest soil // Trans Br Mycol Soc 51: p. 293−309. 1968
- Griffin DM. 11 985. A comparison of the roles of bacteria and fungi. In: Leadbetter ER, Poindexter JS (eds) Bacteria in nature. I. Bacterial activities in perspective // Plenum, New York, pp 221 255
- Gummadi S.N., Kumar D.S. Microbial pectic transeliminases // Biotechnology Letters, 2005. V. 27. P. 451−458.
- Jeffries P. Mycoparasitism within the zygomycetes // Bot J Linn Soc 91: p. 135−150. 1985
- Kapoor M., Kuhad R.C. Improved polygalacturonase production from Bacillus sp. Mg Cp — 2 under submerged (SMF) and solid state (SSF) fermentation.// Lett. Appl. Microbiol. 2002. 34: 317−322.
- Klappenbach, J.A., P.R. Saxman, J.R. Cole, and T.M. Schmidt. rrndb: The ribpsomal RNA operon copy number database // Nucleic Acids Res.29:181−184. 2001.
- Kobabe, S., D. Wagner, and E.-M.- Pfeiffer. 2004. Characterization of microbial community composition of a Siberian tundra soil by fl uorescence in situ hybridization // FEMS Microbiol. Ecol. 50:1323.
- Kox E. Der durh Pilze und aerobe Bacterien veranlasste Pectin -und Cellulose Abbau im Hochmoor unter besonerer Berucksichtigung des Sphagum — Abbaus // Archiv fur microbiologic. 1954. V. 20. P. 111−140.
- Kropf, S., H. Heuer, M. Gruning, and K. Smalla. Signifi cance test forcomparing complex microbial community fi ngerprints using pairwise similarity measures // J. Microbiol. Methods 57:187−195. 2004.
- Krsek M &Wellington EMH. Comparison of different methods for the isolation and purification of total community DNA from soil // J. Microbiol. Methods 39: p. 1−16. 1999
- Krsek Martin? & Elizabeth M.H. Wellington. Assessment of chitin decomposer diversity within an upland grassland // Antonie van Leeuwenhoek 79: p. 261−267. 2001.
- Le Mer J., Roger P. Production, oxidation, emission and consumption of methane by soils: A revew // Eur. J. Soil Biology. 2001. V. 37. P.25−50.
- Maloy O.C. Plant disease control: principles and practice // Wiley, Chichester. 1993i
- Mann, K. H. Production and use of detritus in various freshwater, estuarine, and coastal ecosystems // Limnology and Oceanography 33: 910−930. 1988.
- Manz W., Amann R., Ludwig W., Wagner M., Schleifer K.-H. Phylogenetic oligonucleotide- probes for the major subclasses of Proteobacteria: problems and solutions// Syst. Appl. Microbiol., 1992. V. 15. P. 593−600.
- Meier H., Amann R., Ludwig W., Schleifer K.-H. Specific oligonucleotide probes for in situ detection of a major group of grampositive bacteria with low DNA G+C content// Syst. Appl. Microbiol, 1999. V. 22. P. 186−196.
- Mitchell R, Alexander M. Microbiological processes associated with the use of chitin for biological control // Soil Sci Soc Proc 26: p. 556 558. 1962.
- Mitsch, W. J! Global Wetlands: Old World and New // Elsevier, NY. 1994.
- Morgan, C.A., A. Hudson, A. Konopka, and C.H. Nakatsu. Analyses of microbial activity in biomass-recycle reactors using denaturing gradient gel electrophoresis of 16S rDNA and 16S rRNAPCR products // Can. J. Microbiol. 48:333−341. 2002.
- Nakatsu, C.H., Y. Torsvik, and L. 0vreas. Soil community analysis using DGGE of 16S rDNA polymerase chain reaction products // Soil Sci. Soc.'Am. J. 64:1382−1388. 2000.
- Neef A., Amann R., Schlesner H., Schleifer K.-H. Monitoring a widespread bacterial group: in situ detection of Planctomycetes with 16S rRNA-targeted probes // Microbiology, 1998. V. 144. P. 3257−3266.
- Neufeld, J.D., and W.W.- Mohn. Fluorophore-labeled primers improve the sensitivity, versatility, and normalization of denaturing gradient gel electrophoresis. Appl. Environ // Microbiol. 71:48 934 896. 2005. f
- Newman S. & K. R. Reddy. Alkaline-phosphatase activity in the sediment-water column of a hypereutrophic lake // Journal of Environmental Quality 22: p. 832−838.1993
- Ward. Microscopic examination of distribution and phenotypic properties ofi phylogenetically. diverse Chlorofl exaceae-related bacteria in hot spring microbial mats // Appl. Environ. Microbiol. 68:4593−4603. 2002.
- Odutola O.O., Ikenebomeh M.J. Polygalacturonase and pectinmethylestherase produced by Erwinia carotovora and Fusarium oxysporum isolated from stared tomatoes (Lycopersicum esulentum) fruits.//Niger. J.Microbiol., 1997, 11: 108−111.
- Okafor N. Ecology of micro-organisms on chitin buried in soil // J Gen Microbial 44: p. 311−327. .1966
- Potgieter HJ, Alexander M. Susceptibility and resistance of several fungi to microbial lysis // J Bacteriol 91: p. 1526−1532. 1966.
- Raskin L., Stromley J.M., Rittmann B.E., Stahl D.A. Group-specific 16S rRNA hybridization probes to describe naturalcommunities of methanogens // Appl. Environ. Microbiol., 1994.- V. 60. P. 1232−1240.
- Roller C., Wagner M., Amann R., Ludwig W., Schleifer K.- H. In situ probing of Gram-positive bacteria with high DNA G+C content using 23S rRNA- targeted oligonucleotides // Microbiology, 1994. V.140. P. 2849−2858
- Satokari, R.M., E.E. Vaughan, A.D.L. Akkermans, M. Saarela, and W.M. de VoSj. Bifi dobacterial diversity in human feces detected by genusspecifi c PCR and denaturing gradient gel electrophoresis // Appl. Environ. Microbiol. 67:504−513. 2001
- Schippers B, Palm LC Ammonia, a fungistatic volatile in chitin-amended soil // Neth J Plant Pathol. 1973. 79: p. 279−281.
- Seymour G.B., Knox J.P. Pectin’s and their manipulation // USA: Blackwell, 2002 250p.
- Smucker, R. A. & R. Dawson. Products of photosynthesis by marine phytoplankton: chitin in. TCA 'protein' precipitates // Journal of Experimental Marine Biology and Ecology 104: p. 143— 152. 1986.
- Sokal, R., and P.H.A. Sneath. Principles of numerical taxonomy // Freeman, San Francisco. 1963.
- Stahl D.A., Amann R. Development and application of nucleic acidiprobes // In E. Stackebrandt and M. Goodfellow (ed.) Nucleic Acid Techniques in Bacterial Systematics. 1991. Wiley, New York, N.Y. P. 205−248.
- Torsvik, V., R. Sorheim, and J. Goksoyr. Total bacterial diversityin soil and sediment communities—a review // J. Indus. Microbiol. 1996. 17:170−178.
- Uffen R.L. Xylan degradation: a glimpse at microbial diversity // J. of1.dustr. Microb. Biochem., 1997. v. 19. p. 1−6 t
- Veldkamp H. A study of the aerobic decomposition of chitin by microorganisms // Meded Landbouwhogesch Wageningen 55: p. 127−174. 1955.
- W. De Boer & S. Gerards 7 P.J.A. Klein Gunnewiek R. Modderman. Response of the chitinolytic microbial community to chitin amendments of dune soils // Biol Fertil Soils 29: p. 170 177.2001.
- Watt, M., P. Hugenholtz, R. White, and K. Vinal. Numbers and locations of native bacteria on field grown wheat roots quantifi ed by fluorescence in situ hybridization // Environ. Microbiol. 8:871 884. 2006.
- Wilbur, J.D., J.K. Ghosh, C.H. Nakatsu, S.M. Brouder, and R.W. Doerge. Variable selection in high-dimensional multivariate binary data with application to the analysis of microbial community DNA fingerprints // Biometrics 58:378−386. 2002.
- Williamson, N., Brian, P., and -Wellington, E. M.: Molecular detection of bacterial and streptomycete chitinase in the environment // Antonie Van Leeuwenhoek, 78,315−321. 2000
- Woese C.R., Magrum L J., Fox G.E. Archaebacteria // J. Mol. Evol. 1978. V. 11. P. 245−252.
- Yang, C.H., and D.E. Crowley. Rhizosphere microbial communityfstructure in relation to root location and plant iron nutritional status // Appl. Environ. Microbiol. 66:345−351. 2000.