Дипломы, курсовые, рефераты, контрольные...
Срочная помощь в учёбе

Дифференциация митохондриальных генов цитохрома b и контрольного региона и ядерного c-mos гена у тетеревиных птиц на основе биохимического и филогенетического анализа

Диссертация: Дифференциация митохондриальных генов цитохрома b и контрольного региона и ядерного c-mos гена у тетеревиных птиц на основе биохимического и филогенетического анализа
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Проведенные нами биохимический, генетический анализы гена цитохрома Ь митохондриальной ДНК и филогенетический анализ родства нуклеотидных последовательностей этого участка генома позволяют сделать вывод о соответствии этого гена основным требованиям филогенетического маркера в изучении родства тетеревиных на уровне семейства, тогда как левый домен контрольного региона может быть использован… Читать ещё >

Содержание

  • Страницы
  • Глава 1. Обзор литературы
    • 1. 1. Нуклеотидные последовательности — биохимические документы эволюции
    • 1. 2. Митохондриальный геном птиц
    • 1. 3. Ген цитохрома Ь митохондриального генома птиц
    • 1. 4. Контрольный регион митохондриального генома птиц
    • 1. 5. С-шов ген ядерного генома
    • 1. 6. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей
    • 1. 7. Скорость эволюции митохондриального генома
    • 1. 8. Курообразные птицы
  • Глава 2. Материалы и методы
    • 2. 1. Материалы исследования
    • 2. 2. Методы исследования
    • 2. 3. Филогенетический анализ
  • Глава 3. Результаты исследований и обсуждение
    • 3. 1. Биохимический и генетический анализ гена цитохрома Ь митохондриального генома тетеревиных
    • 3. 2. Эволюция гена цитохрома Ь у птиц отряда куриных
    • 3. 3. Филогенетическое родство гена цитохрома Ь у тетеревиных птиц
    • 3. 4. Внутривидовая изменчивость левого домена контрольного региона митохондриального генома
    • 3. 5. Время дивергенции и трансберенгийские связи тетеревиных птиц
    • 3. 6. Молекулярная филогения гена с-шов ядерного генома тетеревиных птиц
  • Заключение
  • Выводы
  • Список литературы
  • Приложение

Дифференциация митохондриальных генов цитохрома b и контрольного региона и ядерного c-mos гена у тетеревиных птиц на основе биохимического и филогенетического анализа (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Актуальность проблемы.

Построение естественной системы, отражающей филогенетическое родство организмов, является важнейшей задачей биологии. «Систематика есть одна из самых важных и необходимых, одна из самых активных и волнующих и одна из самых благородных ветвей биологической науки «(Майр, 1971).

В настоящее время молекулярная филогения и систематика претерпевает новый этап в своем развитии. Это связано в первую очередь с разработкой новых молекулярно-генетических методов, позволяющих не только получить новую информацию о нуклеотидных последовательностях организмов, но так же исследовать возможные биохимические механизмы, определяющие нуклеотидный состав и особенности системы кодирования. Геномные критерии позволяют судить не только о степени сходства между организмами, но и о степени родства между ними, в связи с чем дают возможность разрабатывать подходы к созданию системы, близкой к естественной. В эволюционном плане ДНК очень лабильная молекула, поэтому выбор филогенетического маркера, анализ нуклеотидных последовательностей которого позволил бы сделать достаточно достоверные выводы о родстве организмов, непростая и важная задача. Выбор такового не возможен без детального изучения его молекулярно-генетических и биохимических особенностей.

В последнее время появилось множество работ в которых митохондриальный геном или его отдельные гены удачно использовались в качестве такового. Тем не менее существуют и работы, в которых описаны явления, например такие как гетероплазмия, ядерные копии, которые затрудняют использование этой молекулы в качестве филогенетического маркера. Использование определенных молекулярно-генетических методических подходов, позволяющих исключать подобные явления, а так же применение современных компьютерных программ для построения схем филогенетического родства организмов, способных достаточно достоверно распознавать филогенетические сигналы, в большинстве своем, как правило, позволяют использовать молекулу митохондриальной ДНК в качестве надежного филогенетического маркера родства. В настоящее время продолжается поиск и других молекулярных маркеров, в том числе ядерных. Проведенное нами исследование филогенетического родства с-тоэ гена ядерного генома у тетеревиных — одна из первых 4 попыток использования информации о нуклеотидных последовательностях этого участка генома в качестве маркера на уровне семейства.

Цель работы.

Исследование биохимических и молекулярно-генетических особенностей гена цитохрома b митохондриального генома у тетеревиных. Использование особенностей структуры генов цитохрома b и левого домена контрольного региона митохондриального генома и ядерного c-mos гена для определения филогенетического родства тетеревиных птиц.

Научная новизна работы.

Впервые проведен детальный всесторонний филогенетический анализ родства птиц семейства тетеревиных на основе данных как о быстро эволюционирующих, так и относительно медленно эволюционирующих генов митохондриального генома, а также на основе данных о полиморфизме нуклеотидных последовательностей гена c-mos ядерного генома. В работе рассмотрены родство гена цитохрома b внутри этого семейства, а на основе данных о полиморфизме нуклеотидных последовательностей левого домена контрольного региона митохондриального генома — внутривидовые отношения исследуемой группы птиц. Впервые определены нуклеотидные последовательности гена цитохрома b для Tetrao urogalloides, Lagopus lagopus, Bonasa bonasia, Falcipennis falcipennis из разных регионов России, нуклеотидные последовательности для левого домена контрольного региона мт ДНК и c-mos гена ядерного генома тетеревиных птиц. Впервые проведен детальный анализ структуры гена цитохрома b митохондриального генома и его системы кодирования для птиц семейства тетеревиные.

Научно-практическое значение.

Данные о нуклеотидных последовательностях исследованных нами генов c-mos ядерного, цитохром b и левый домен контрольного региона митохондриального геномов тетеревиных внесены в международную базу данных.

Молекулярно-генетическая характеристика филогенетических взаимоотношений тетеревиных птиц на основе данных о нуклеотидных последовательностях трех генов митохондриального и ядерного геномов может служить хорошим наглядным примером использования молекулярных данных для решения спорных таксономических вопросов. Предпринятая попытка оценить время дивергенции тетеревиных имеет 5 существенное значение для понимания межконтинентального фаунистического обмена и роли Беренгии в формировании современной орнитофауны. Апробация работы.

Основные положения диссертации доложены на научных сессиях Института Биологических проблем Севера ДВО РАН (Магадан, 1999, 2000), 7-ой Международной научно-практической конференции аспирантов, соискателей и молодых исследователей «Идеи, гипотезы, поиск» (2000), XI Международной конференции «Актуальные проблемы изучения и охраны птиц Восточной Европы и Северной Азии» (Казань, 2001 г.).

Публикации.

По материалам диссертации опубликовано 6 работ, 1 работа находится в печати. 6.

ВЫВОДЫ.

1. Биохимический и генетический анализ гена цитохрома Ь показал, что данный участок мт генома соответствует основным требованиям филогенетического маркера и может быть успешно использован в качестве такового для изучения родства тетеревиных птиц.

2. Контрольный регион (левый домен) является удобным филогенетическим маркером для внутривидового и межпопуляционного родства.

3. Полученные филогенетические схемы родства гена цитохрома Ь митохондриального генома у тетеревиных совпадают с морфо-экологической дифференциацией этого семейства, предложенной Потаповым Р. Л. В целом это свидетельствует о достаточно высокой степени корреляции эволюции ядерного и митохондриального геномов.

4. Согласно полученным данным о полиморфизме нуклеотидных последовательностей гена цитохрома Ь митохондриального генома и с-шов гена ядерного генома, род Вопаза имеет немонофилитическое происхождение.

5. Согласно данным анализа полиморфизма нуклеотидных последовательностей у курообразных, индюк (Ме1еадпз § а11орауо) находится в более тесном филогенетическом родстве с семейством тетеревиных, чем серая куропатка (РегсИх регсЦх).

6. Согласно данным о синонимичных заменах в гене цитохрома Ь митохондриального генома, семейство тетеревиных дивергировало в позднем плейстоцене.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

.

Анализ и сопоставление полученных нами результатов и данных о нуклеотидных последовательностях генов митохондриального генома (контрольный регион и цитохром Ь), имеющихся на сегодняшний день в генетических базах данных или доступных из литературы, позволяют заключить, что для успешного использования информации об их нуклеотидных последовательностях для филогенетического анализа родства, необходимо следовать определенным методическим молекулярно-генетическим подходам, которые.

1) позволяют исключить вероятность амплификации и секвенирования ядерных копий митохондриальных генов;

2) учитывать особенности нуклеотидного состава, кодирования, возникновения нуклеотидных замен, что позволяет уловить и достаточно достоверно распознать истинный филогенетический сигнал при использовании современных компьютерных программ.

Проведенные нами биохимический, генетический анализы гена цитохрома Ь митохондриальной ДНК и филогенетический анализ родства нуклеотидных последовательностей этого участка генома позволяют сделать вывод о соответствии этого гена основным требованиям филогенетического маркера в изучении родства тетеревиных на уровне семейства, тогда как левый домен контрольного региона может быть использован в качестве такового только для анализа внутривидового родства изучаемой группы птиц.

Полученные нами схемы филогенетических отношений тетеревиных птиц в целом соответствовали дендрограммам родства, предложенным Потаповым (Потапов, 1985) на данных экологии и морфологии птиц, что указывает на достаточно высокую степень корреляции эволюции митохондриального генома с ядерным у тетеревиных. Проведенный филогенетический анализ гена с-шо8 ядерного генома подтвердил немонофилитическое происхождение рода Вопаэа.

Показать весь текст

Список литературы

  1. . Анализ генетических данных. М.: Мир, 1995. — С.270−320.
  2. В. В. Молекулярные маркеры в проблеме партогенеза и филогении ящериц сем. Ьасегйёае. Автореферат диссертации. Москва, 2000. 48 с.
  3. В. В., Рябинин Д. М., Федорова Л. Ф., Федоров А. Н., Даревский И. С, Рысков А. П. Таксонопринтный анализ ДНК некоторых видов ящериц семейства Ьасегйёае // Мол. биол. 1993, — Т.27. -N6. — С. 1404−1414.
  4. С. В., Слободанюк С. Я. Эволюция фрагмента гена цитохрома б митохондриальной ДНК некоторых байкальских и внебайкальских видов подкаменщиковых рыб//Мол. биол. 1997. — Т. 31. -N1. — С. 168−175.
  5. М. А. Тетеревиные и фазановые СССР, — Алма-Ата: Наука, 1977. -294 с.
  6. Э. Принципы зоологической систематики. М.: Мир, 1971. — 460 с.
  7. . М. Применение методов геносистематики в построении системы хордовых .В.: Молекулярные основы геносистематики. М.: МГУ, 1980. — С.203−215.
  8. . М., Банникова А. А., Ломов А. А., Мельникова М. Н., Шубина Е. А. Рестрикционный анализ повторяющейся ядерной ДНК, критерий вида и механизм видообразования//Мол. биол. 1995. — Т.29. — С. 1308−1319.97
  9. . М., Шубина Е. А. О происхождении китообразных // Природа. 1977.-N7.-С.47−48.
  10. А. Г., Дударева Н. А. Митохондриальный геном. Новосибирск: Наука, 1990. — 192с.
  11. Р. Л. Фауна СССР, птицы. Л.: Наука, — 1985."638с.
  12. В. А. Краткий очерк теории молекулярной эволюции. Новосибирск: Наука, 1992. -С.64.
  13. В. А., Жарких А. А., Колчанов Н. А. " Проблемы теории молекулярной эволюции. Новосибирск: Наука, 1985. — С.260.
  14. Е. П. Анализ повторяющихся элементов геномной ДНК у представителей близких видов птиц // Генетика. 1998. — Т.34. — N 8. — С.1045−1048.
  15. Л. С. Надвиды и виды двойники в авиафауне СССР. М.: Наука, 1983.-С.285.
  16. Е. А. Применение метода молекулярной гибридизации ДНК в микросистематических исследованиях (на примере позвоночных). В.: Молекулярные основы геносистематики. М.: МГУ, 1980. — С. 185 — 201.
  17. Aquadro С. F. and Greenberg В. D. Human mitochondrial DNA variation and evolution: analysis of nucleotide sequences from seven individuals //Genetics. 1983. -V. 103.-P. 287−312.
  18. Arctander P. Comparison of a mitochondrial gene and a corresponding nuclear pseudogene// Proc. R. Soc. Lond. 1995. — V. 262. — P.13−19.
  19. Avise J. C. Molecular Markers, Natural History and Evolution. HAPMAN & HALL 1994. 511 p.
  20. Avise J. C., Ankney C. D., and Nelson W. S. Mitochondrial gene trees and the evolutionary relationship of mallard and black ducks// Evolution. 1990. — N.44. -P.1109−1119.
  21. Avise J. C. and Aquadro C. F. A comparative summary of genetic distances in vertebrates, patterns and correlations// Evolution. Biol. 1982. — V.15. — P.151−185.
  22. Avise J. C., Walker DeEtte and Johns G. C. Speciation durations and Pleistocene effects on vertebrate phylogeography// Proc. R. Soc. Lond. B. 1998. — V.265. — P. 1−6.
  23. Baker A. J. and Marshall H. D. Mitochondrial control region sequences as tools for understanding evolution. Avian Molecular Evolution and Systematics. Edited by Mindell, Copyright by Academic Press. 1997. — P.51−82.
  24. Berg T., Moum T., and Johansen S. Variable numbers of tandem repeats make birds of the order Ciconiiformes heteroplasmic in their mitochondrial genomes// Curr. Genet. -1995. -V. 27. -P.513−527.
  25. Berg T. W. Avian Molecular Evolution and Systematics. Edited by Mindell David P., Academic press.1997, — P. l-28.
  26. Britten R. J. Rates of DNA sequence evolution differ between taxonomic groups// Science. 1986. — P.1393−1398.
  27. Bromham L., Rambaut A., Harvey P. H. Determinants of rate variation in mammalian DNA sequence evolution// J.Mol. Evol. 1996. V.43. — P.610−621.
  28. Broode M. de L., Rowe G. Behavioral and molecular evidence for specific status of light and dark morphs of the Herald Petrel Pterodroma heraldic// Ibis. 1996. — V.138. -N.3 — P.420−432.
  29. Brown G, Gadaleta G., Pepe G., Saccone C. and Sbisa E. Structural conservation and variation in the D-loop-containing region of vertebrate mitochondrial DNA// J. Mol. Biol. 1986. — V.192. — P.503−511.
  30. Brown W. M., Prager E. M., Wang A., and Wilson A. C. Mitochondrial DNA sequences of primates: tempo and mode of evolution// J. Mol. Evol. 1982. — V.18. — P. 225−239.
  31. Buroker N. E., Brown J. R., Gilbert T. A., O’Hara P. J., Beckenbach A. T., Thomas W. K., and Smith M. J. Length heteroplasmy of sturgeon mitochondrial DNA: an illegitimate elongation model// Genetics. 1990. — N.124. — P. 157−163.
  32. Comas D, Paabo S., and Bertranpetit J. Heteroplasmy in the control region of human mitochondrial DNA// Genome research. 1995. — N.5. — P. 89−90.
  33. Cooper A., Cooper R. The Oligocene bottleneck and New Zealand biota: Genetic record of a past environmental crisis// Proc. Roy.Soc. London. B. -1995. V.261 — N 1362. -P.293−302.
  34. Cooper A., Rhymer J., James H. Olson S., Mcintosh C., Sorenson M., Fleischer R. Ancient DNA and island endemics// Nature (Gr.Brit.). 1996. — V.381. — N 6582. -P.484−497.
  35. Clayton D. A. Nuclear gadgets in mitochondrial DNA replication and transcription// TIBS. 1991.-V.16.-P. 107−111.
  36. Clayton D. A. Replication of animal mitochondrial DNA// Cell. 1982. — N.28. — P. 693−705.
  37. Clayton D. A. Transcription and replication of animal mitochondrial DNAs// International Review of Cytology. 1992. — V. 141. — P. 218−232.
  38. Desjardins P. and Morais R. Sequence and gene organization of the chicken mitochondrial genome. A novel gene order in higher vertebrates// J. Mol. Biol. 1990. -N212. — P. 599−634.
  39. Douzery E. and Randi E. The Mitochondrial Control Region of Cervidae: Evolutionary Patterns and Phylogenetic Content// Mol. Biol. Evol. 1997. — V.14. -N11. -P. 1154−1166.
  40. Edwards S. V., Arctander P., Wilson A. C. Mitochondrial resolution of a deep branch in the genealogical tree for perching birds// Proc. R. Soc. Lond. B. 1991. — V. 243. — P. 99−107.
  41. Espinosa de los Monteros, Cracraft J. Intergeneric relationships of the New World jays inferred from cytochrome b gene sequences// Condor. 1997. — V.99. — N2. -P.490−502.
  42. Ellsworth D. L, Honeycutt R. L. and Silvy N. J. Phylogenetic relationships among north american grouse inferred from restriction endonuclease analysis of mitochondrial DNA// The Condor. 1995. — V. 97. — P. 492−502.
  43. Ellsworth D. L., Honeycutt R. L, and Silvy N. J. Systematics of grouse and ptarmigan determined by nucleotide sequences of the mitochondrial cytochrome b gene// The AUK. — 1996. — V. l 13. — N.4. — P. 811−822.
  44. Eyre-Walker A. Analysis of codon usage in mammals: selection or mutation bias?//J. Mol. Evol. 1991. — V. — 33: — P. 442−449.
  45. Eyre-Walker A., Smith N. H. and Smith J. M. How clonal are human mitochondria?// Proc R. Soc. Lond. 1999. — V.266. — P. 477−483.
  46. Felsenstein. 1989 PHYLIP. Manual Version 3.5. Berkeley. University Herbarium.
  47. Freese E. On the evolution of base composition of DNA// J. Theor. Biol. 1962. -N3. — P. 82−101.
  48. Gill P., Ivanov P., Kimpton C., Piercy R., Benson N., Tully G., Evett I., Hagelberg E., Sullivan K. Identification of the remains of the Romanov family by DNA analysis// Nature Genetics. 1994. — V.6. — P. 130−135.
  49. Gray M. W. The bacterial ancestry of plastids and mitochondria// Bioscience. -1983. V.33.-P.693−699.
  50. Gutierrez R. J., Barrowclough G. F. And Groth J. G. A classification of the grouse (Aves: tetraoninae) based on mitochodrial DNA sequences// Wildlife Biology. 2000. ¦ V.6. — P. 205−211.
  51. Hagelberg E. Evidence for mitochondrial- DNA recombination in a human population of island Melanesia// Proc. R. Soc. London. 1999.- Ser. B266. — P. 485 492.
  52. Helm-Bychowski K. and Wilson A. Rates of nuclear DNA evolution in pheasantlike birds: Evidence from restriction maps// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1986. — V. 83 -P. 688−692.
  53. Helbig A. and Seibold I. Molecular Phylogeny of Palearctic-African Acrocephalus and Hippolais Warblers (Aves:Sylviidae)// Molecular Phylogenetics and Evolution. -1999. V. l 1. — N 2. — P.246−260.
  54. Hillis D. M., Huelsenbeck J. P., Cunningham C. W. Application and accuracy of molecular phylogenies// Science. 1994. — V.264. — P.671−677.
  55. Hillis D. M. Taxonomic sampling, phylogenetic accuracy, and investigator bias// Syst. Biol. 1998.-V. 47. P. 3−8.
  56. Howell N. Evolutionary conservation of protein regions in the protonmotive cytochrome b and their possible roles in redox catalysis// J. Mol. Evol. 1989. — V. 29. -P. 157−169.
  57. Howell N. Kubacka I., and Mackey D. How rapidly does the human mitochondrial genome evolve?// Am. J. Hum. Genetic. 1996. — V. 59. — P. 501−509.
  58. Huelsenbeck J. P., Hillis D. M. and Jones R. Parametric bootstrapping in molecular phylogenetics: applications and performance in Molecular zoology.- Advances, strategies, and protocols. Edited by Ferraris D.F. and Palumbi S. R., 1996. P. 20−42.
  59. Huelsenbeck J. P. and Rannala B. Phylogenetic methods come of age: testing hypotheses in an evolutionary context// Science. 1997. — V.276. — P.227−232.101
  60. Irwin D. M., Kocher T. D, and Wilson A. C. Evolution of the cytochotome b gene of mammals// J. Mol. Evol. 1991. — V.32. — P. 128−144.
  61. Jermiin L. S., Graur D., Rlowe R. M., Crozier R. H. Analysis of directional mutation pressure and nucleotide content in mitochondrial cytochrome b genes// J. Mol. Evol. 1994. — V. 39. — 160−173 p.
  62. Johnsgard P. A. The Grouse of the world. University of Nebraska Press and London.1983.-413 p.
  63. Johnsgard P. A. The Pheasants of the world. Oxford Univ. Press, Oxford. 1986. P. 520.
  64. Jukes T. H., Bhushan V. Silent nucleotide substitutions and G+C content of some mitochondrial and bacterial genes// J. Mol. Evol. 1986. — V. 24. — P. 39−44.
  65. Kessler L.G. and Avise J.C. Systematic relationships among waterfowl (Anatidae) inferred from restriction endonuclease analysis of mitochondrial DNA// Syst. Zool.1984. -V. 33. P. 370−380.
  66. Kimball R. T., Braun E. L., Zwartjes P. W., Crowe T. M. and Ligon J. D. A Molecular phylogeny of the pheasants and partridges suggests that these lineages are not monophyletic//Molecular Phylogenetics and Evolution. 1999. — V.ll. N. 1. — P.38−54.
  67. Kimball R. T., Braun E. L., Ligion J. D. Resolution of the phylogenetic position of the Congo peafowl, Afropavo congensis: a biogeographic and evolutionary enigma// Proc. R. Soc. London B. 1997. — V.264. — P.1517−1523.
  68. Klicka J. and Zink R. M. The importance of recent ice ages in speciation: a failed paradigm// Science. 1997. — V.277. — P. 1666−1669.
  69. Knight R. A. and Mindel D. P. Substitution bias, a priori weighting of DNA sequence and the phylogenetic position of Azennops feae// Syst. Biol. 1993. — V. 42. -P.18−31.
  70. Kornegay J. R., Kocher T. D., Williams L. A., Wilson A. C. Pathways of lysozyme evolution inferred from the sequences of cytochrome b in birds// J. Mol. Evol. 1993. -V.37. — P. 367−379.
  71. Kumazawa Y., and Nishida M. Variations in mitochondrial tRNA gene organization of reptiles as phylogenetic markers// Mol. Biol. Evol. 1995. — V. 12. — P. 759−772.
  72. Kumar S., Tamura K., Nei M. MEGA-molecular evolutionary genetics analysis. Version 1.0. 1993. Pennsylvania State University.
  73. Kunkel T. A. The mutational specificity of DNA polymerase -a and -y during in vitro DNA synthesis// J. Biol. Chem. 1985. — V. 135. — P.327−351.
  74. W.-H. Molecular Evolution. 1997. Sinauer, Sunderland, MA. 487 p.1.nt D. H. Hyman B. C. Animal mitochondrial DNA recombination//Nature. -1997. -V. 387. P. 247.
  75. Masuda R. and Yoshida M. A molecular phylogeny of family Mustelidae (Mammalia, Carnivora), based on comparison of mitochondrial cytochome b nucleotide sequences// Zoological Society of Japan. 1994. — N. l 1. — P.605−612.
  76. Martin A. P. and Palumbi S. R. Body size, metabolic rate, generation time, and the molecular clock// Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1993. — V.90. — P.4087−4091.
  77. Marshall, H. D. and Baker, A.J. Rates and patterns of mitochondrial DNA sequence evolution in Fringilline finches (Fringilla spp.) and the Greenfinch (Carduelis chloris)// Mol. Biol. Evol. 1998. — V.15: — P.638−646.
  78. Meyer A. Molecular approaches to phylogenetic study of vertebrates// Verh. Dtsch. Zool. Ges. 1993. — V. 86. — N.2. — P. 131−149.
  79. Mindell D. P., Sorenson M. D., and Dimcheff D. E. Multiple independent origins of mitochondrial gene order in birds// Proc. Natl. Acad. Sei. USA 1998. — V. 95. — P. 10 693−19 697.
  80. Moore W. S. and DeFilippis V.R. Avian Molecular Evolution and Systematics. 1997. Edited by Mindell David P. Academic press. P.84−86.
  81. Moritz C., and Broun W. M. Tandem duplication of D-loop and ribosomal RNA sequences in lizard mitochondrial DNA// Science. 1986. — V. 233. — P. 1425−1427.
  82. Moritz C., and Broun W. M. Tandem duplication in animal mitochondrial DNAs: Variation in incidence and gene content among lizards// Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. -1987. -V. 84. P. 7183 — 7187.
  83. Nagley P. Coordination of gene expression in the formation of mammalian mitochondria// Trends Genet. 1991. — V.7. — N.l. — P. 1−4.
  84. Nass Margit M. K. Precise sequence assignment of replication origin in the control region of chick mitochondrial DNA relative to 5' and 3' D-loop ends, secondary structure, DNA synthesis, and protein binding// Curr. Genet 1995. — V.28. — P.401−409.
  85. Nei M. Relative efficiencies of different tree-making methods for molecular data// Oxford University Press. 1991. — P. 90−128.
  86. Ojala D., Montoya J., and Attardi G. tRNA punctuation model of RNA processing in human mitochondria// Nature (London). 1981. — V.290. — P.470−474.
  87. Paabo S" Thomas W. K" Whitefield K. M" Kumazawa Y. & Wilson A. C. Rearrangements of mitochondrial transfer RNA genes in marsupials// Journal Molecular Evolution. 1991. — V.33. — P.426−430.
  88. Page R. and Holmes E. Molecular evolution a phylogenetic approach. 1998. -Blackwell Science LTD United Kingdom. — 346 p.
  89. Particia L. M., Clayton D. H, Griffiths R., Page R. Does behavior reflect phylogeny in swiftles (Aves: Apodidae)? A test using cytochrome b mitochondrial DNA sequences// Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1996. -N 14. — P. 7091−7096.
  90. Pesole G., Gissi C., De Chirico A., Saccone C. Nucleotide substitution rate of mammalian mitochondrial genomes. J. Mol. Evol. 1999. — V.48. — P.427−434.
  91. Poulton J., Deadman M.E., and Gardiner R. M. Duplication of mitochondrial DNA mitochondria. myopathy// Lancet. 1989. — N1. — P. 236−240.
  92. Quinn T. W. and Wilson A. C. Sequence evolution in and around the mitochondrial control region in birds// J. Mol. Evol. 1993. — V. 37. — P.417−425.
  93. Quinn T. W. The genetic legacy of Mother Goose phylogeographic of lesser snow goose Chen carelessness maternal lineages// Mol. Ecol. — 1992. — V. 1. — P. 105−117.
  94. Quinn T. W. Molecular evolution of mitochondrial genome. Avian Molecular Evolution and Systematics. 1997. Edited by Mindell David P. Academic press. P. 4−28.
  95. Randi E. A mitochondrial cytochrome b phylogeny of the Alectoris partridges// Mol. Phylogenet. Evol. 1996. — V.6. — P.214−227.
  96. Rozas J. and Rozas R. DnaSp version 3: an integrated program for molecular population genetics and molecular evolution analysis. Bioinformatics applications note. 1999. — V.15. — N.2. — P.174−175.
  97. Rohl A. Network: a program package for calculating phylogenetic network. Hamburg: Mathematishes Seminar, University of Hamburg.
  98. Saccone C., Attimonelli M. and Sbisa E. Structural elements highly preserved during the evolution of the D-loop-containing region in vertebrate mitochondrial DNA// J. Mol. Evol. 1987. — V.26. — P. 205−211.
  99. Saccone C., Pesole G., and Sbisa E. The main regulatory region of mammalian mitochondrial DNA: structure-function model and evolutionary pattern. J.Mol. Evol. -1991. -V. 33. -P. 83−91.
  100. Saint K. M, Austin C. C, Donnellan S. C., and Hutchinson M. N. C-mos, a nuclear marker useful for squamate phylogenetic analysis// Molecular Phylogenetic Analysis. -1998. -V. 10. N.2. — P. 259−263.
  101. Saitou N. and Nei M. The number of nucleotides required to determine the branching order of three species with special reference to the human-chimpanzee-gorilla divergence// J. Mol. Evol. 1986. — N 24. — P. 189−204.
  102. Saville B.J., Kohli Y., and Anderson J. B. Mitochondrial DNA recombination in a natural population//Proc. Natl. Acal. Sci. USA. 1998. — V. 95. — P. 1331−1335.
  103. Seibold I. Untersuchung zur molekularen Phylogenie der Greifvogel anhand von DNA Sequenzen des mitochondriellen Cytochrom b-Gens. Dissertation. 1994. University of Heidelberg. 230 p.
  104. Schmidt M., Oskarsson M. K., Dunn J. K., Blair D. G, Hughes S., Propst F., and Vande W. Chicken homolog of the mos proto-oncogene// Molecular and cellular biology. 1988. — V.2. — N.2. — P.923−929.
  105. Sheldon F.H. Rates of single-copy DNA evolution in herons// Mol. Biol. Evol. -1987. V.4. -P.56−59.
  106. Seibold I., Heibig A. J. Evolution history of New and Old World vultures inferred from nucleotide sequences of the mitochondrial cytochrome b gene// Phil. Trans. R. Soc. Lond. B. 1995. — V.350. — P. 163−178.
  107. Sibley C.G. and Ahlquist J.E. Phylogeny and classification of birds: a study in molecular evolution. 1990. Yale Univ. Press. New Haven. C. T. 520 p.
  108. Singer C. E. and Ames B.N. Sunlight ultraviolet and bacterial DNA base rations// Science. 1970. — V. 170. — P.822−826.
  109. Snowbank S. A., Krajewski C. Lack of restriction-site variation in mt DNA control region of Whooping Cranes (Grus americana)// AUK. 1995. — V. l 12. — N4. — P.1045−1049.
  110. Sorenson M.D. and Fleischer R.C. Multiple independent transpositions of mitochondrial DNA control region sequences to the nucleus// Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1996. — V. 93. — P.15 239−14 243.
  111. Springer M. S., Higuchi H., Ueda K., Minton J., Sibley C. Molecular evidence that the Bonin Islands «Honeyeater» is white -eye.Yamashina chorui kenkyujo kenkyu hokoku// J. Yamashina. Inst. Ornithol. 1995. — V. 27. — N.2. — P.66−77.
  112. Streisinger G., Okada Y., Emrich J., Terzaghi E., and Inouye M. Frameshift mutations and the genetic code.// Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1966. -N.31. — P. 77−84.
  113. Strimmer K and von Haeseler A. PUZZEL, ver. 3.1.1997. Maximum Likelihood Analysis for Nucleotide and Amino Acid Alignments. Zoologisches Institut, Universitat Munchen, Munchen, Germany.
  114. Sueoka N. On the genetic basis of variation and heterogenety of DNA base composition// Proc Natl Acad Sei USA. 1962. — N. 48. — P. 582−592.
  115. Swofford D.L.I 993. PAUP 3.1.1: Phylogenetic Analysis Using Parsimony. Formulary distributed by Illinois Natural History Survey, Champaign, IL.
  116. Tamura K. and Nei M. Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in Human and chimpanzees// Mol. Biol. Evol. -1993. V. 10. -N. 3. — P. 512−526.
  117. Thyagarajan B., Padua R. A. and Campbell C. Mammalian mitochondrial possess homologous DNA recombination activity// J. Biol. Chem. 1996. — V. 271. — P. 2 753 627 543.
  118. Vincent M., Richards M. and Sykes B. Mitochondrial DNA recombination no need to panic// Proc. R. Soc. Lond. B. — 1999. — V. 266. — P.2037−2039.
  119. Wallis G. P. Mitochondrial DNA insertion polymorphism and germ line heteroplasmy in the Triturus crustatus complex// Heredity. 1987. — V.58. — P. 229−238. Wallis G. P. Do animal mitochondrial genomes recombine?// Tree. — 1999. — V. 14.- N 6. P.209−210.
  120. Wenink P. W. Mitochondrial DNA Sequence evolution in shorebird populations: proefschrift. 1994. Wageningen: Wageningen Agricultural University. 136 p.
  121. Winker K. Divergence in the mitochondrial DNA of Empidonax traillii and E. alnorum, with notes on hybridization// Auk. 1994. — V. l 11. — N3. — P.710−713.
  122. Yang Z. Among -site rate variation and its impact on phylogenetic analyses// Tree.- 1996. V. l 1. -N.9. P.367−371.
  123. Yang Z. Estimating the pattern of nucleotide substitution// J. Mol. Evol. 1994. — V. 39. -P. 105−111.
  124. Yang Z. Evaluation of several methods for estimating phylogenetic trees when substitution rates differ over nucleotide sites// J. Mol. Evol. 1995. — V. 40. — P.689−697.
  125. Yang Z. On the best evolutionary rate for phylogenetic analysis// Syst. Biol. 1998.- V. 47. P.125−133.
  126. Zhang De-Xing and Hewitt Godfrey M. Nuclear integrations: challenges for mitochondrial DNA markers// Tree. 1996. — Vol 11. — N6. — P.247−252.
  127. Zevering C. E., Moritz C., Heideman A., and Sturm RA. Parallel origins of duplications and the formation of pseudogenes in mitochondrial DNA starting at the D-loop region//Nature (London). 1991. — V.378. — P.489−492.
  128. Zink R. M. and Avise J. C. Patterns of mitochondrial DNA and allozyme evolution in the avian genus Ammodramus// Syst. Zool. 1990. — V.39. — P. 148−161.
  129. Zink R. M. and Dittmann D. L. Evolution of brown towhees: Mitochondrial DNA evidence// Condor. 1991. — V. 93. — P.98−105.
  130. Zuckerkandl E. and Pauling L. Evolutionary divergence and convergence of proteins. In: Evolving genes and proteins. Ed. by V. Bryson and H. G. Vogel. N.Y.: Acad. Press. 1965. P. 97−166.107
Заполнить форму текущей работой

Заказал и сдал!